과징금·보조금

산학협력단이 받은 연구비 환수처분, 연구책임 교수도 소송을 낼 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 산학협력단이 받은 학술지원 사업비 환수처분이라도 비위 당사자로 지목된 참여교수는 직접 그 취소를 구하는 소송을 낼 수 있습니다. 대법원 2024두57996 판결은 참여교수가 학술진흥법이 보호하는 개별적·직접적·구체적 이익을 침해받는다고 보고, 환수처분이 취소되면 선정제외처분도 효력을 잃는다고 판단했습니다. 지금은 환수처분서와 선정제외처분서를 받은 날짜부터 확인해 두십시오.

산학협력단이 소송을 내 주기를 기다릴 필요는 없습니다. 비위 당사자로 지목된 참여교수는 자기 이름으로 환수처분 취소소송을 낼 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B대학교 교수인 A씨는 2022년부터 연구책임자로 학술지원 과제를 맡았습니다. 연구실 대학원생들의 인건비 계좌를 선임연구원이 함께 관리하며 일부를 연구실 운영비로 쓴 사실이 드러나자, 교육부는 2025년 산학협력단에 사업비 일부 환수처분을, A씨에게는 2년의 학술지원 대상자 선정제외처분을 했습니다. 산학협력단은 환수액이 크지 않다며 소송을 내지 않겠다고 했습니다. A씨는 처분서의 상대방이 아닌데도 환수처분을 직접 다툴 수 있는지, 환수처분이 취소되면 자신의 선정제외처분은 어떻게 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

산학협력단이 받은 환수처분을 교수가 직접 다툴 수 있나요?

네, 참여교수의 사업비 용도 외 사용을 이유로 산학협력단에 환수처분이 내려졌다면, 처분서의 상대방이 아닌 그 교수도 환수처분의 취소를 구할 원고적격이 있습니다. 대법원은 그 교수가 학술진흥법이 보호하는 개별적·직접적·구체적 이익을 침해받는다고 보았습니다.

취소소송은 처분의 취소를 구할 법률상 이익이 있는 자가 낼 수 있습니다. 처분의 직접 상대방이 아닌 제3자라도 근거 법규가 보호하는 이익을 침해받으면 소송을 낼 수 있다는 것이 대법원의 오랜 기준입니다. 이 판결은 환수처분이 곧바로 참여교수의 선정제외로 이어지는 학술진흥법의 구조를 보고 그 기준을 참여교수에게 적용했습니다.

환수처분이 취소되면 선정제외처분은 어떻게 되나요?

환수처분을 취소하는 판결이 확정되면 선정제외처분도 효력을 유지할 수 없습니다. 선정제외처분은 사업비 지급 중지나 환수를 발령 요건으로 하는 처분이어서, 환수처분이 처음부터 없던 것이 되면 선정제외처분의 처분사유도 처음부터 없게 되기 때문입니다.

이 사건 원심은 환수처분만 취소하고 선정제외처분은 그대로 두었습니다. 대법원은 이를 법리오해로 보고 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기한 뒤 직접 선정제외처분까지 취소했습니다(자판). 그래서 환수처분과 선정제외처분을 함께 받았다면 두 처분을 한 소송에서 함께 다투는 편이 안전합니다. 환수처분만 다투고 선정제외처분의 제소기간을 넘기면 뒤에 따로 바로잡기 어려울 수 있습니다.

학생 인건비를 연구실에서 함께 관리하면 어떤 처분을 받나요?

학생연구원 인건비를 연구실에서 공동관리해 운영비나 출장비로 쓰면 사업비를 용도 외에 사용한 것으로 보아 교육부장관이 사업비 지급을 중지하거나 이미 지급한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있습니다. 환수는 국세 징수의 절차에 준하여 징수합니다.

환수나 지급 중지가 이루어지면 교육부장관은 1년 이상 10년 이하의 범위에서 학술지원 대상자 선정에서 제외해야 합니다. 이 사건에는 2020. 12. 22. 개정 전 학술진흥법이 적용됐지만, 2026. 10. 4. 기준 현행 「학술진흥법」도 환수 또는 지급 중지를 선정제외의 전제로 삼는 구조가 같습니다. 2026. 12. 3. 시행 예정 개정본에서도 제19조와 제20조 문언은 바뀌지 않습니다.

환수처분이 지나치게 무겁다고 다툴 수 있나요?

있습니다. 용도 외 사용에 따른 환수는 「할 수 있다」로 정한 재량처분이어서, 처분으로 얻는 공익보다 연구자가 입는 불이익이 지나치게 크면 비례의 원칙 위반으로 취소될 수 있습니다. 이 사건 원심은 환수처분을 재량권 일탈·남용으로 보아 취소했고, 대법원은 그 판단을 수긍해 교육부장관의 상고를 기각했습니다.

반대로 거짓이나 부정한 방법으로 선정되거나 연구부정행위를 한 경우에는 사업비를 반드시 환수하도록 정해져 있어 재량 다툼의 여지가 좁습니다. 처분서에 적힌 근거가 제19조 제1항인지 제2항인지부터 확인해야 다툴 방향이 정해집니다.

학술지원 사업비 환수 대응 순서

• 처분서 두 장 대조 - 산학협력단이 받은 환수처분서와 본인이 받은 선정제외처분서의 근거 조항과 처분일을 맞춰 봅니다. 두 처분의 제소기간은 각각 계산합니다.
• 원고적격 정리 - 환수처분의 사유가 본인의 비위로 지목돼 있는지 확인합니다. 지목돼 있으면 본인 이름으로 환수처분 취소소송을 낼 수 있습니다.
• 인건비 흐름 복원 - 학생 계좌 입출금 내역과 연구실 공동경비 사용 내역을 연도별로 정리합니다. 과제별로 환수액이 정확히 계산됐는지 따지는 자료가 됩니다.
• 비례원칙 자료 수집 - 개인적으로 쓴 돈이 있는지, 연구 목적 지출인지, 반환 여부를 정리합니다. 재량권 일탈·남용 판단의 재료가 됩니다.
• 두 처분 함께 청구 - 환수처분과 선정제외처분의 취소를 한 소송에서 함께 구합니다. 환수처분이 취소되면 선정제외처분도 함께 취소되도록 하기 위해서입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 같은 사실로 국가연구개발사업 제재나 형사 고발이 함께 진행되면 각 절차의 근거 법령과 협약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 연구비 환수·참여제한 등 제재처분의 취소소송과 집행정지 신청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 처분서가 산학협력단 앞으로 나왔는데 제가 원고가 될 수 있나요?
  될 수 있습니다. 대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두57996 판결은 참여교수의 사업비 용도 외 사용을 이유로 산학협력단에 환수처분을 한 경우, 비위를 저지른 것으로 지목된 참여교수는 처분의 상대방이 아니어도 학술진흥법이 보호하는 이익을 침해받으므로 환수처분 취소를 구할 원고적격이 있다고 보았습니다.
• 환수처분만 취소되면 선정제외처분도 저절로 없어지나요?
  효력을 유지할 수 없게 되지만, 소송에서 함께 취소를 구해 두는 편이 안전합니다. 선정제외처분은 환수나 지급 중지를 발령 요건으로 하므로 환수처분 취소판결이 확정되면 처분사유가 처음부터 없게 됩니다. 이 사건에서도 대법원은 원심이 선정제외처분을 남겨 둔 부분을 파기하고 직접 취소했습니다.
• 선정제외 기간은 몇 년까지 정할 수 있나요?
  현행 학술진흥법은 1년 이상 10년 이하의 범위에서 정하도록 합니다. 사업비 지급이 중지되거나 지급한 사업비의 전부 또는 일부가 환수된 경우에 교육부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 범위에서 학술지원 대상자 선정에서 제외해야 합니다. 구체적 기간은 시행령 기준과 위반 정도에 따라 달라집니다.
• 학생 인건비를 연구실 운영비로 쓴 것도 용도 외 사용인가요?
  대체로 그렇게 봅니다. 학생연구원 명의 계좌로 지급된 인건비를 연구실에서 공동관리하며 비품 구입이나 학회·출장 경비로 쓰면, 개인적으로 쓰지 않았더라도 인건비라는 용도 밖에서 쓴 것이 됩니다. 이때 교육부장관은 지급 중지나 전부·일부 환수를 할 수 있습니다.
• 환수 금액이 과하다는 이유로도 취소될 수 있나요?
  될 수 있습니다. 용도 외 사용에 따른 환수는 재량처분이어서, 처분으로 얻는 공익에 비해 연구자가 입는 불이익이 지나치게 크면 비례의 원칙 위반으로 위법해집니다. 이 사건 원심은 그렇게 보아 환수처분을 취소했고, 대법원은 교육부장관의 상고를 기각했습니다.
• 환수처분 취소소송은 언제까지 내야 하나요?
  처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 내야 하고, 처분이 있은 날부터 1년이 지나면 정당한 사유가 없는 한 낼 수 없습니다. 행정심판을 거쳤다면 재결서 정본을 송달받은 날부터 90일을 셉니다. 산학협력단이 받은 처분이라도 교수가 그 사실을 안 날을 증명할 수 있게 공문 수신일을 남겨 두십시오.
• 환수된 돈은 어떤 방식으로 걷어 가나요?
  국세 징수의 절차에 준하여 징수합니다. 산학협력단이 납부하지 않으면 체납처분과 같은 방식의 강제징수가 이어질 수 있으므로, 처분을 다투는 동안 징수를 멈추려면 취소소송과 함께 집행정지 신청을 검토해야 합니다. 집행정지는 회복하기 어려운 손해와 긴급한 필요가 있어야 받아들여집니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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