형사·고소

세무조사 중 전산 자료를 지운 사실이 드러났다면 복구와 소명은 어떻게 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세무조사 중 전산 자료 삭제가 드러났다면 남은 자료와 백업을 그대로 보존하고, 삭제 시점과 작업자를 조사 통지일과 대조한 경위서로 소명합니다. 증거인멸 우려가 있으면 즉시 고발과 영장 없는 압수·수색 사유가 될 수 있습니다. 일시 보관 동의와 압수목록 확인, 복제본으로 하는 복구, 직원 진술 정리까지 대응 순서를 정리했습니다.

자료를 지웠다는 사실만으로 결론이 정해지지는 않습니다. 보존기간이 지난 서류를 폐기했거나 회계 프로그램을 바꾸면서 정상적으로 이관한 경우는 처벌 조항과 거리가 멉니다. 다만 조사 통지 뒤의 삭제는 목적을 의심받기 쉬우므로, 드러난 직후 무엇을 남기고 어떻게 설명하느냐가 이후 절차를 좌우합니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 온라인 쇼핑몰을 운영하는 법인의 이사입니다. 2026. 9. 세무조사 사전통지를 받자, 경리 직원에게 직원 명의 계좌로 받은 매출을 따로 관리하던 엑셀 파일과 관련 메신저 대화를 지우라고 했고 직원은 그중 일부를 삭제했습니다. 조사가 시작된 뒤 조사팀이 회사 컴퓨터의 자료 복구를 언급하자, C씨는 삭제 사실을 어떻게 설명해야 하는지, 회사가 먼저 자료를 되살려 내는 편이 나은지, 직원과 진술을 어떻게 맞춰야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

삭제 사실이 드러나면 조사 절차는 어떻게 바뀌나요?

먼저 처벌 조항을 짧게 보면, 조세 포탈을 위한 증거인멸 목적으로 보존기간 안의 장부·증빙(전산 자료 포함)을 소각·파기·은닉하면 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금 대상입니다. 이 죄의 요건과 장부를 쓰지 않은 경우의 판례는 「세무조사 전에 장부를 버리거나 안 썼다면 어떤 처벌을 받나요?」에서 설명했습니다.

절차 쪽 변화가 더 급합니다. 일반 세무조사 중이라도 처벌을 위한 증거수집이 필요하다고 보면 조세범칙조사로 넘어갈 수 있습니다. 지방국세청장이나 세무서장은 증거를 인멸할 우려가 있으면 통고처분을 거치지 않고 즉시 고발해야 합니다. 장기 3년 이상의 형에 해당하는 범칙행위 혐의자가 증거를 인멸할 우려가 있어 영장을 받을 시간적 여유가 없으면 영장 없이 압수·수색할 수 있고, 이때는 48시간 안에 영장을 청구해야 합니다.

조사팀이 컴퓨터 자료를 가져가려 하면 어떻게 하나요?

일반 세무조사 단계에서 세무공무원은 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없습니다. 법이 정한 사유가 있을 때 납세자 등이 임의로 제출한 장부를 납세자의 동의를 받아 일시 보관할 수 있을 뿐이고, 이때 일시 보관증을 내줍니다. 반환을 요청하면 원칙적으로 14일 안에 돌려받습니다. 동의서에 서명하기 전에 대상 목록을 확인하고 사본을 남겨 둡니다.

조세범칙조사의 압수·수색은 원칙적으로 영장이 있어야 하고, 혐의자와 변호사·세무사 등 대리인이 참여할 수 있습니다. 형사소송법의 압수 규정이 준용되므로, 정보저장매체는 필요한 범위의 정보를 출력하거나 복제하는 방식이 원칙이라고 볼 수 있습니다. 압수목록을 받아 무엇이 복제됐는지 확인합니다.

지운 자료는 회사가 먼저 복구해 내야 하나요?

복구한다고 이미 성립한 죄가 없어지지는 않습니다. 그러나 자료를 되살려 내고 숨긴 거래를 스스로 정리하면 증거인멸 우려와 고발 여부를 판단할 때 고려될 사정이 됩니다. 포탈죄는 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 수정신고를 하면 형을 감경할 수 있습니다.

복구는 방법이 중요합니다. 회사 직원이 직접 파일을 되살리다 보면 남아 있던 기록이 덮어써질 수 있으므로, 원본 저장장치는 그대로 두고 복제본으로 작업하며 작업 일시와 작업자를 기록합니다. 조사팀이 복구한 자료의 동일성과 압수 절차는 증거능력 문제로 다투어질 수 있는데, 이 부분은 「압수된 USB 장부 사본, 해시값이 다르면 증거로 쓸 수 없나요?」에서 설명했습니다.

삭제 경위는 어떻게 소명하나요?

처벌 조항은 포탈을 위한 증거인멸의 「목적」과 보존기간 안의 「세법상 장부·증빙」을 요건으로 둡니다. 소명도 이 요건에 맞춰 자료를 모읍니다. 지운 파일이 법정신고기한부터 5년(역외거래는 7년)이 지난 자료인지, 세법상 장부가 아닌 개인 메모인지, 정기 정리 규칙이나 프로그램 교체 기록이 있는지를 확인합니다.

회계 프로그램 로그와 메신저 서버 기록에는 삭제 시점과 작업자가 남습니다. 조사 통지 날짜와 삭제 날짜를 나란히 적은 경위서를 만들고, 사실과 다른 설명은 하지 않습니다. 세무조사와 조세범칙조사에서는 변호사·세무사 등의 조력을 받아 의견을 진술할 수 있으므로 첫 진술 전에 대리인과 경위를 맞춰 봅니다.

지시를 받고 지운 직원과 회사는 어떻게 대응하나요?

실제로 지운 직원도 처벌 대상이 될 수 있고, 지시한 임원은 공범으로 책임을 지며, 법인 업무에 관한 위반이면 회사도 양벌규정에 따라 벌금형을 받습니다. 직원이 회사 사건의 증거를 지운 경우에는 형법상 증거인멸죄도 문제 될 수 있습니다.

그래서 회사와 직원의 이해가 갈릴 수 있습니다. 누가 지시했고 무엇을 지웠는지에 대한 진술이 처음부터 엇갈리면 다른 거래까지 의심받으므로, 사실관계는 자료로 확정하되 직원에게 진술 내용을 강요해서는 안 됩니다. 직원이 따로 조력을 받을 필요가 있는지도 함께 봅니다.

전산 자료 삭제 뒤 대응 순서

• 삭제 중단과 보존 - 남아 있는 자료와 백업, 클라우드 기록을 그대로 보존하고 추가 정리를 멈춥니다.
• 경위 정리 - 누가 언제 어떤 자료를 왜 지웠는지, 보존기간이 지난 자료인지를 조사 통지일과 나란히 정리합니다.
• 복구 범위 확인 - 원본은 두고 복제본으로 백업·거래처 자료에서 되살릴 수 있는 부분을 확인합니다.
• 보관·압수 목록 대조 - 일시 보관증과 압수목록을 받아 가져간 자료와 반환 일정을 확인합니다.
• 숨긴 거래 정리 - 누락한 매출이나 가공 비용이 있으면 금액을 다시 계산하고 수정신고 가능성을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지운 자료가 세법상 갖춰 둘 장부였는지, 보존기간 안의 자료였는지, 삭제 뒤 무엇을 보존하고 어떻게 설명했는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 장부 파기와 조세포탈 혐의가 함께 문제된 조세범칙조사 대응과 형사 변호를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자료를 지운 사실이 알려지면 바로 고발되나요?
  지방국세청장이나 세무서장은 증거를 인멸할 우려가 있는 경우 통고처분을 거치지 않고 즉시 고발해야 합니다. 장기 3년 이상의 형에 해당하는 범칙행위 혐의자라면 영장 없는 압수·수색 사유도 될 수 있습니다.
• 조사팀이 장부를 가져가겠다고 하면 동의해야 하나요?
  일반 세무조사에서 세무공무원은 장부등을 임의로 보관할 수 없고, 법이 정한 사유가 있을 때 납세자의 동의를 받아 일시 보관할 수 있습니다. 동의하면 일시 보관증을 받고, 반환을 요청하면 원칙적으로 14일 안에 돌려받습니다.
• 범칙조사 압수·수색에 변호사가 참여할 수 있나요?
  네, 압수·수색에는 혐의자, 물건의 소유자나 소지자, 혐의자의 대리인인 변호사·세무사 등을 참여하게 해야 합니다. 압수한 경우 목록을 작성해 교부해야 하므로 무엇이 복제됐는지 확인합니다.
• 지운 자료를 복구해 내면 처벌을 피할 수 있나요?
  이미 성립한 죄가 없어지지는 않지만 복구와 자진 정리는 고발 여부를 판단할 때 고려될 사정입니다. 포탈죄는 법정신고기한 후 2년 이내 수정신고 시 형을 감경할 수 있습니다.
• 회사가 직접 파일을 복구해도 되나요?
  원본 저장장치에서 직접 작업하면 남아 있던 기록이 덮어써질 수 있습니다. 원본은 그대로 두고 복제본으로 작업하며 작업 일시와 작업자를 기록해 두는 편이 안전합니다.
• 보존기간이 지난 자료를 지운 것도 문제가 되나요?
  처벌 조항은 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안의 장부·증빙을 대상으로 합니다. 지운 파일이 어느 과세기간 자료인지, 세법상 장부인지 개인 메모인지를 먼저 확인해 소명합니다.
• 시키는 대로 지운 직원도 처벌받나요?
  실제로 지운 직원도 대상이 될 수 있고, 지시한 사람은 공범 책임을 집니다. 회사 업무에 관한 위반이면 회사도 양벌규정에 따라 벌금형을 받을 수 있어 회사와 직원의 이해가 갈릴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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