양도소득세

15억원에 판 상가주택, 주택이 더 넓어도 상가 부분은 양도세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 양도가액이 12억원을 넘는 겸용주택은 주택 면적이 더 넓어도 주택 부분만 주택으로 보고 상가 부분은 양도소득세를 냅니다. 소득세법 시행령은 고가주택 양도차익을 계산할 때 주택 외 부분을 주택으로 보지 않는다고 정합니다. 지금은 양도·취득 당시 기준시가로 주택분과 상가분을 어떻게 안분하는지부터 확인해야 합니다.

건물 전체 양도차익에 세금이 붙는 것은 아닙니다. 12억원을 넘는 겸용주택이라도 주택 부분은 비과세 요건을 따로 판단하고, 상가 부분만 양도소득세를 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2015년 1월 1층은 상가, 2층과 3층은 주택인 3층 건물을 10억원에 사서 2층에 10년 넘게 살았습니다. 2025년 5월 이 건물을 15억원에 팔았고 취득 때 중개보수와 수리비로 쓴 필요경비는 6천만원입니다. 주택 면적이 상가 면적보다 넓어 전부 주택으로 보고 비과세되는 줄 알았는데, 12억원이 넘으면 상가 부분은 과세된다는 말을 듣고 주택분과 상가분 양도차익을 어떻게 나누는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

12억원 넘는 겸용주택은 전부 주택으로 보지 않나요?

아니요, 양도가액이 12억원을 넘는 겸용주택은 주택 면적이 더 넓어도 주택 부분만 주택으로 보고, 상가 부분은 일반 건물로 과세합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제154조 제3항은 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 클 때 건물 전부를 주택으로 보지만, 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익을 계산할 때 주택 외 부분을 주택으로 보지 않는다고 정합니다. 양도가액이 12억원 이하인 겸용주택은 종전처럼 주택 면적이 더 넓으면 전부 주택으로 보아 비과세됩니다.

• 12억원 이하, 주택 면적이 더 넓음 - 전부 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세
• 12억원 이하, 주택 면적이 같거나 작음 - 주택 부분만 주택, 상가 부분은 과세
• 12억원 초과 - 면적과 관계없이 주택 부분만 주택, 상가 부분은 과세

주택분과 상가분 양도차익은 어떻게 나누나요?

양도가액과 취득가액을 각각 양도 당시와 취득 당시의 기준시가 비율로 안분합니다. 계약서에 주택과 상가 가액을 따로 적지 않았거나 구분한 가액이 기준시가 안분액과 30% 이상 차이 나면 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 나눕니다. 공통 필요경비도 같은 비율로 나눕니다.

사례에서 15억원 양도가액을 기준시가 비율로 나누면 상가 5억2천5백만원, 주택 9억7천5백만원이고, 10억원 취득가액은 상가 3억5천만원, 주택 6억5천만원이며, 필요경비 6천만원은 상가 2천1백만원, 주택 3천9백만원으로 나뉩니다. 상가분 양도차익은 5억2천5백만원 - 3억5천만원 - 2천1백만원 = 1억5천4백만원입니다. 주택 부분은 안분한 양도가액 9억7천5백만원이 12억원 이하이고 2년 이상 보유·거주 요건을 갖췄으므로 양도차익 2억8천6백만원 전부가 비과세됩니다.

상가분 양도소득세는 얼마나 나오나요?

상가 부분은 일반 건물이므로 장기보유특별공제를 표 1 공제율로 받고 기본세율을 적용합니다. 10년 이상 11년 미만 보유면 20%이므로 1억5천4백만원 × 20% = 3천8십만원을 공제하고, 양도소득금액은 1억2천3백2십만원입니다. 기본공제 250만원을 빼면 과세표준 1억2천7십만원이고, 8,800만원 초과 1억5천만원 이하 구간 세율로 1,536만원 + (1억2천7십만원 - 8,800만원) × 35% = 2천6백8십만5천원입니다. 2022년 국세청 자료는 당시 세율표(누진공제 1,490만원)로 2천7백3십4만5천원을 제시했지만, 2023. 1. 1. 이후 양도분부터 세율 구간이 바뀌어 지금은 2천6백8십만5천원입니다.

• 상가분 양도차익 - 1억5천4백만원
• 장기보유특별공제(20%) - 3천8십만원
• 과세표준 - 1억2천7십만원
• 산출세액 - 2천6백8십만5천원

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2022. 1. 1. 이후 실지거래가액 12억원을 넘는 겸용주택을 양도하면 주택 면적이 더 넓어도 주택 부분만 주택으로 보아 양도차익과 장기보유특별공제액을 계산한다고 답했습니다(국세청 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」, 2022). 질의자는 2012년 1월 10억원에 산 1층 상가·2층과 3층 주택 건물을 2022년 5월 15억원에 팔았고, 국세청은 양도·취득 당시 기준시가로 안분해 상가분 양도차익 1억5천4백만원에 당시 세율로 산출세액 2천7백3십4만5천원을, 주택분 양도차익 2억8천6백만원은 비과세로 계산해 보였습니다. 12억원 이하 겸용주택은 주택 면적이 더 넓으면 전부 주택으로 보아 비과세된다는 설명도 붙였습니다.

이 답변은 주택 부분이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 사실관계를 전제로 한 것이어서, 취득 당시 조정대상지역에서 2년 거주를 채우지 못했거나 주택 부분 안분 가액이 12억원을 넘으면 주택분도 일부 과세될 수 있습니다.

2022년 자료 이후 무엇이 바뀌었나요?

세율 구간이 바뀌었습니다. 2022. 12. 31. 소득세법 개정으로 6% 구간 상한이 1,400만원, 15% 구간 상한이 5,000만원으로 올라 2023. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간의 양도분부터 적용되며(부칙 제14조), 같은 과세표준이라도 세액이 2022년 자료보다 줄어듭니다. 고가 겸용주택의 주택 부분만 주택으로 보는 규정과 12억원 기준은 그대로입니다. 2024. 2. 29. 개정 시행령은 상가를 주택으로 용도변경한 경우 보유기간을 주거용으로 쓴 날부터 세도록 했으므로, 상가였던 층을 주택으로 바꾼 겸용주택은 주택 부분 보유기간을 따로 확인해야 합니다.

고가 겸용주택 양도소득세 대응 순서

• 면적 확인 - 건축물대장으로 주택과 주택 외 부분의 연면적을 확인합니다. 12억원 이하면 면적 비교로 전부 주택 여부가 갈립니다.
• 기준시가 안분 - 양도 당시와 취득 당시 기준시가로 양도가액·취득가액·공통 경비를 주택과 상가로 나눕니다. 계약서에 구분 가액을 적었더라도 안분액과 30% 이상 차이 나면 기준시가로 나눕니다.
• 주택분 비과세 판단 - 안분한 주택 양도가액이 12억원 이하인지, 보유 2년과 취득 당시 조정대상지역이면 거주 2년을 갖췄는지 봅니다.
• 상가분 세액 계산 - 표 1 공제율과 기본세율로 산출세액을 계산하고 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
• 잘못 냈을 때 - 안분 비율이나 경비를 잘못 적용했다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상가를 주택으로 용도변경했거나 세입자가 상가를 주거용으로 쓰고 있었다면 주택 면적과 보유기간 판단이 달라지므로 건축물대장과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 경정청구와 과세처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 12억원 기준은 건물 전체 가액인가요, 주택 부분인가요?
  고가주택인지는 주택과 그에 딸린 토지의 양도가액 기준으로 보고, 겸용주택의 주택 부분은 전체 양도가액을 기준시가로 안분한 금액으로 판단합니다. 사례처럼 전체 15억원 중 주택 부분이 9억7천5백만원이면 주택 부분은 12억원 이하여서 요건을 갖춘 경우 전부 비과세됩니다. 다만 전체 양도가액이 12억원을 넘으면 상가 부분은 주택으로 보지 않습니다.
• 12억원 이하 겸용주택은 어떻게 되나요?
  주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면 건물 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용합니다. 주택 연면적이 같거나 작으면 주택 부분만 주택으로 보고 상가 부분은 과세합니다. 이때 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택 연면적이 건물 연면적에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다.
• 계약서에 주택·상가 가액을 따로 적으면 그대로 인정되나요?
  구분해 적은 가액이 양도 당시 기준시가로 안분한 금액과 30% 이상 차이 나면 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 다시 안분합니다. 30% 미만 차이면 구분 기장한 가액을 쓸 수 있습니다. 공통되는 취득가액과 양도비용은 각 자산 가액에 비례해 나눕니다.
• 상가 부분 장기보유특별공제는 몇 %인가요?
  상가 부분은 1세대 1주택이 아니므로 표 1 공제율을 적용합니다. 보유 3년 이상 4년 미만 6%부터 해마다 2%씩 올라 10년 이상 11년 미만 20%, 15년 이상 30%가 상한입니다. 주택 부분처럼 거주기간 공제를 더해 80%까지 받는 표 2는 상가 부분에 적용되지 않습니다.
• 주택 부분은 2년 거주를 안 해도 비과세되나요?
  취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 보유기간 2년만 갖추면 되고, 취득 당시 조정대상지역이었다면 보유 2년에 더해 그 기간 중 거주 2년을 채워야 합니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 계산합니다. 상가 층에 살았다면 주택 부분 거주로 인정되기 어렵습니다.
• 상가를 주택으로 바꾼 뒤 팔면 보유기간은 언제부터인가요?
  주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 쓰거나 공부상 용도를 주택으로 바꾼 경우, 비과세 판단의 보유기간은 사실상 주거용으로 쓴 날부터 양도일까지로 봅니다. 사실상 주거용으로 쓴 날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 바꾼 날부터 셉니다. 장기보유특별공제도 상가 기간과 주택 기간을 나누어 계산합니다.
• 세액을 잘못 계산해 더 냈으면요?
  안분 비율이나 필요경비, 공제율을 잘못 적용해 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정하거나 거부 통지를 해야 하며, 거부되면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 고가 다가구주택을 팔 때 땅과 건물의 양도차익을 따로 계산할 수 있나요?
• 상가주택 주택과 상가 면적이 같다며 양도세가 나왔는데 계단·지하실로 다툴 수 있나요?
• 땅이나 건물을 서로 맞바꾸면 양도세는 어떤 가격으로 계산하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기