양도소득세

2주택자가 기준시가 1억원 이하 빌라를 팔아도 중과되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 1세대 2주택자가 조정대상지역 주택을 팔아도 양도 당시 기준시가가 1억원 이하이면 중과세율을 적용하지 않고 기본세율로 계산합니다. 다만 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안의 주택은 제외되고, 3주택 이상이면 이 규정이 적용되지 않습니다. 지금은 공시가격과 함께 그 집이 재개발·재건축 구역에 들어가 있는지부터 확인해야 합니다.

소형주택이 1억원 이하라는 이유로 다른 집의 주택 수에서도 빠진다고 생각할 필요는 없습니다. 이 규정은 그 1억원 이하 주택을 팔 때의 세율만 정하고, 다른 집을 팔 때 주택 수를 세는 방식은 바꾸지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 수도권의 한 광역시에 2018년 산 오래된 빌라와 같은 해 산 아파트를 가진 2주택자입니다. 두 집 모두 조정대상지역에 있다고 가정합니다. 빌라는 올해 공시된 개별주택가격이 9,000만원이고, E씨는 2026년 11월 이 빌라를 팔려고 합니다. 다주택자 중과 한시 배제가 끝났다는 소식을 듣고, 소형 저가주택도 20%p를 더 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

기준시가 1억원 이하 주택은 왜 중과에서 빠지나요?

1세대 2주택자가 조정대상지역 주택을 팔더라도 그 주택의 양도 당시 기준시가가 1억원 이하라면 중과세율을 적용하지 않고 기본세율로 계산합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 1세대 2주택 중과 대상에서 빼는 주택으로 「주택의 양도 당시 기준시가가 1억원 이하인 주택」을 정하고 있습니다. 지역 제한은 없으므로 수도권이나 광역시에 있어도 적용됩니다. 다만 이 기준은 중과 판단 대상인 바로 그 주택을 팔 때의 기준이고, 주택 수 계산에서 빼 주는 규정은 아닙니다.

• 적용 대상 - 1세대 2주택자가 파는 조정대상지역 주택
• 가액 기준 - 양도 당시 기준시가 1억원 이하(공동주택가격·개별주택가격)
• 제외 - 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안의 주택
• 효과 - 기본세율, 보유 3년 이상이면 장기보유특별공제

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

양도 당시 기준시가가 1억원 이하인 주택은 2주택 중과세율을 적용하지 않는다고 답했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 사례 65는, 같은 광역시에 2주택을 가진 사람이 2022년 4월 기준시가 1억원 이하인 주택을 판 사안에서 기본세율을 적용한다고 답하면서, 이 제외는 2주택자에게만 해당하고 3주택 이상이면 중과된다고 덧붙였습니다. 함께 실린 국세청 사전-2020-법령해석재산-1118(2021. 9. 28.) 회신도 1세대가 양도하는 조정대상지역 일반주택의 기준시가가 1억원 이하이면 중과 제외 대상이라고 보았습니다. 이 답변들은 질의한 주택 수와 소재지를 전제로 한 것이어서, 정비구역 안의 주택이거나 3주택 이상이면 결론이 달라집니다.

재개발·재건축 구역 안의 소형주택도 빠지나요?

아니요, 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안에 있는 주택은 기준시가가 1억원 이하라도 중과 제외에서 빠집니다. 시행령 단서는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역으로 지정·고시된 지역과 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행구역에 있는 주택을 제외합니다. 주거환경개선사업 구역의 주택을 그 사업시행자에게 파는 경우만 다시 예외로 둡니다. 국세청 서면-2021-법규재산-5671(2022. 6. 9.) 회신은 소규모재건축사업 사업시행구역 안의 1억원 이하 주택을 조합설립인가일(토지등소유자가 20명 미만이면 주민합의체 구성 신고일) 이후 양도하면 중과세율이 적용된다고 보았습니다. 오래된 저가 빌라일수록 정비사업 구역에 들어가 있을 가능성이 크므로 먼저 확인해야 합니다.

3주택자가 1억원 이하 주택을 팔면 어떻게 되나요?

3주택 이상이면 1억원 이하 주택이라도 중과 대상이 될 수 있습니다. 1억원 이하 제외 규정은 1세대 2주택 중과를 정한 조항에만 있고, 3주택 이상 중과를 정한 조항에는 같은 내용이 없습니다. 그래서 3주택 이상 1세대가 조정대상지역의 1억원 이하 주택을 팔면 다른 중과 제외 사유가 없는 한 기본세율에 30%p를 더한 세율이 적용됩니다. 다만 그 주택이 수도권·광역시·특별자치시 밖에 있고 기준시가 3억원 이하라면 3주택 중과에서도 빠지고 주택 수에서도 제외됩니다. 보유기간 2년 이상 주택의 한시 배제는 2026년 5월 9일 양도분으로 끝났으므로 지금 양도분에는 적용되지 않습니다.

1억원 이하 소형주택 양도 대응 순서

• 공시가격 확인 - 양도 예정일 기준으로 공시된 공동주택가격이나 개별주택가격이 1억원 이하인지 확인합니다. 새 가격이 공시되면 결과가 바뀔 수 있습니다.
• 정비구역 확인 - 토지이용계획확인서와 구청 고시로 정비구역 지정, 소규모주택정비 조합설립인가 여부를 확인합니다.
• 주택 수 확인 - 세대 전체가 2주택인지 3주택 이상인지, 지방 3억원 이하 주택처럼 수에서 빠지는 주택이 있는지 봅니다.
• 양도 순서 검토 - 1억원 이하 주택을 먼저 팔면 기본세율이고, 다른 집을 먼저 팔면 그 집은 2주택 중과 대상이 될 수 있으므로 세액을 비교합니다.
• 신고와 불복 - 기본세율로 신고했는데 중과로 고지되면 90일 안에 심판청구를, 중과로 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다가구주택을 여러 사람이 지분으로 나누어 가진 경우나 정비구역 지정 직전 직후에 판 경우에는 공시가격 산정 자료와 구역 지정 고시문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 경정청구와 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1억원은 매매가인가요, 공시가격인가요?
  매매가가 아니라 양도 당시 기준시가로 판단합니다. 아파트 등 공동주택은 공동주택가격, 단독주택은 개별주택가격입니다. 실제로 1억원이 넘는 값에 팔더라도 양도 당시 공시가격이 1억원 이하라면 중과 제외 대상이 될 수 있습니다.
• 수도권 주택도 1억원 이하면 빠지나요?
  네, 1억원 이하 기준에는 지역 제한이 없어 수도권이나 광역시에 있는 주택도 해당합니다. 지역 제한이 붙는 것은 수도권·광역시 밖 기준시가 3억원 이하 주택 규정입니다. 두 규정은 따로 적용됩니다.
• 1억원 이하 주택도 주택 수에는 들어가나요?
  네, 1억원 이하 주택은 그 주택을 팔 때 중과에서 빠질 뿐 다른 주택의 중과 여부를 판단하는 주택 수에서는 빠지지 않습니다. 그래서 1억원 이하 주택을 남겨 두고 다른 조정대상지역 주택을 팔면 그 집은 2주택 중과 대상이 될 수 있습니다.
• 재개발 구역 빌라도 1억원 이하면 빠지나요?
  아니요, 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역으로 지정·고시된 지역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안의 주택은 1억원 이하라도 중과 제외에서 빠집니다. 주거환경개선사업 구역 주택을 사업시행자에게 파는 경우만 예외입니다.
• 소규모재건축은 언제부터 중과되나요?
  국세청은 소규모재건축사업 사업시행구역 안의 1억원 이하 주택을 조합설립인가일 이후 양도하면 중과세율이 적용된다고 보았습니다. 토지등소유자가 20명 미만이면 주민합의체 구성 신고일이 기준입니다. 인가일 전에 잔금을 치렀는지 확인합니다.
• 3주택자는 1억원 이하 주택도 중과되나요?
  1억원 이하 제외 규정은 2주택 중과 조항에만 있어 3주택 이상이면 원칙적으로 적용되지 않습니다. 다른 중과 제외 사유가 없으면 기본세율에 30%p를 더합니다. 다만 수도권·광역시 밖의 3억원 이하 주택이라면 3주택 중과에서도 빠집니다.
• 중과로 고지되면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 양도 당시 공시가격 확인서와 정비구역 미지정 사실을 보여 주는 토지이용계획확인서로 다툽니다. 중과로 직접 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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