양도소득세

2주택자가 조정대상지역 집을 2년 안 돼 팔면 어떤 세율이 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 2주택자가 조정대상지역 집을 2년이 안 돼 팔면 기본세율이 아니라 중과세율 세액과 단기보유 세율 세액 중 큰 쪽을 냅니다. 중과 한시 배제는 보유 2년 이상 주택에만 적용됐고 그마저 2026년 5월 9일 양도분으로 끝났습니다. 지금은 취득일과 양도일 사이 보유기간, 양도 당시 조정대상지역 여부부터 확인해야 합니다.

중과 한시 배제 소식만 듣고 기본세율로 신고했다가 고지를 받는 일이 많습니다. 한시 배제는 보유기간 2년 이상인 주택에만 적용됐으므로, 2년이 안 된 집이라면 처음부터 배제 대상이 아니었습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2015년에 수도권에 있는 A주택을 샀고, 2025년 2월 조정대상지역에 있는 B아파트를 한 채 더 샀습니다. 사정이 생겨 B아파트를 2026년 11월에 팔기로 했는데, 이때 보유기간은 1년 9개월입니다. A씨는 다주택자 중과가 한동안 배제됐다는 기사를 보고 기본세율로 신고하면 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2주택자가 2년 안 된 조정대상지역 집을 팔면 세율은 어떻게 정하나요?

보유기간이 2년 미만이면 중과세율로 계산한 세액과 단기보유 세율로 계산한 세액 중 큰 쪽을 냅니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 조정대상지역에 있는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 팔면 기본세율에 20%p를 더하고, 3주택 이상이면 30%p를 더합니다. 같은 조항 후단은 보유기간이 2년 미만이면 이 중과세율 세액과 단기보유 세율 세액을 비교해 큰 세액을 산출세액으로 한다고 정합니다. 주택의 단기보유 세율은 1년 미만 70%, 1년 이상 2년 미만 60%입니다.

• 1년 미만 보유 - 기본세율+20%p 세액과 70% 세액 중 큰 것
• 1년 이상 2년 미만 보유 - 기본세율+20%p 세액과 60% 세액 중 큰 것
• 2년 이상 보유 - 기본세율+20%p(3주택 이상은 30%p), 장기보유특별공제 배제

과세표준이 1억원이라고 가정해 단순 예시 계산을 해 보면, 기본세율 세액은 1,956만원이고 20%p를 더하면 3,956만원입니다. 1년 이상 2년 미만 보유라면 60% 세액 6,000만원이 더 크므로 6,000만원이 양도소득세 산출세액이 됩니다(지방소득세는 따로 붙습니다).

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

보유기간이 2년 미만인 조정대상지역 주택은 한시 배제 기간 중에 팔더라도 기본세율을 적용하지 않는다고 답했습니다. 국세청 부동산납세과가 2022년 펴낸 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」 사례 61은, 2008년 수원 주택과 2020년 12월 서울 주택을 보유한 2주택자가 2022년 11월 서울 주택을 판 사안을 다뤘습니다. 국세청은 한시 배제가 보유기간 2년 이상인 주택을 2022. 5. 10.부터 2023. 5. 9.까지 양도하는 경우에만 적용되므로, 2년이 안 된 이 주택은 배제 대상이 아니고 1년 이상 2년 미만 단기보유 세율 60%를 적용한다고 보았습니다. 이 답변은 별도 회신 문서번호 없이 사례집에 실린 것이고, 질의한 보유기간과 주택 수를 전제로 하므로 주택 수에서 빠지는 주택이 있거나 보유기간 계산이 다르면 결론도 달라집니다.

다주택자 중과 한시 배제는 지금도 적용되나요?

아니요, 한시 배제는 2026년 5월 9일 양도분까지로 끝났습니다. 사례집이 나온 뒤 한시 배제 기간은 여러 차례 늘어났고, 현행 시행령은 보유기간 2년 이상인 주택을 2026년 5월 9일까지 양도하는 경우만 중과에서 뺍니다. 다만 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 사실이 서류로 확인되면 계약일부터 4개월(시행령 표에 적힌 지역은 6개월) 안에 양도할 때까지 배제가 유지됩니다. 토지거래허가 대상 주택은 그날까지 허가를 신청하고 허가를 받아야 하며, 2026년 5월 10일 이후 계약했다면 2026년 9월 9일(표에 적힌 지역은 2026년 11월 9일)까지 양도해야 합니다. 이 기한이 지난 뒤 조정대상지역 주택을 팔면 2년 이상 보유했더라도 중과세율이 적용됩니다.

기본세율 구간도 사례집 당시와 다릅니다. 지금은 1,400만원 이하 6%에서 10억원 초과 45%까지 8단계이고, 사례집에 실린 1,200만원·4,600만원 구간은 바뀌었습니다.

다른 집을 먼저 팔면 결과가 달라지나요?

먼저 팔 집을 바꾸면 비과세까지 검토할 수 있습니다. A주택을 먼저 팔고 그 시점에 일시적 2주택 요건을 갖추면 1세대 1주택 비과세가 적용될 수 있습니다. 2026. 10. 1. 시행 시행령은 종전 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역 신규 주택을 취득한 경우 신규 주택 취득일부터 2년, 그 밖의 경우 3년 안에 종전 주택을 팔아야 한다고 정합니다. 이 2년 기한은 2026년 8월 4일 이후 신규 주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 적용되므로, 위 사례처럼 2025년에 B아파트를 샀다면 2년 기한의 적용 대상이 아니어서 3년 기한을 따릅니다.

조정대상지역 단기 양도 대응 순서

• 보유기간 계산 - 취득일(잔금청산일 또는 등기접수일 중 빠른 날)부터 양도일까지 세어 1년·2년 경계를 넘는지 확인합니다. 며칠 차이로 세율이 바뀝니다.
• 조정대상지역 확인 - 양도 당시 그 주택이 조정대상지역인지 국토교통부 공고로 확인합니다. 해제됐다면 중과는 빠지고 단기세율만 남습니다.
• 주택 수 정리 - 지방 저가주택, 장기임대주택, 상속주택처럼 주택 수에서 빠지거나 중과에서 제외되는 주택이 있는지 봅니다.
• 양도 순서 검토 - 다른 집을 먼저 팔아 일시적 2주택 비과세를 받을 수 있는지, 2년을 채운 뒤 파는 것이 나은지 세액을 비교합니다.
• 신고와 불복 - 예정신고 뒤 세율 적용이 잘못됐다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를, 고지를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재건축으로 새로 지은 주택이나 취득일이 분양권 시절로 거슬러 올라가는 주택은 매매계약서·등기부·관리처분계획 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 경정청구와 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중과 한시 배제는 언제 끝났나요?
  보유기간 2년 이상인 주택을 2026년 5월 9일까지 양도한 경우까지 적용됐습니다. 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 사실이 확인되면 계약일부터 4개월(시행령 표에 적힌 지역은 6개월) 안에 양도할 때까지 배제가 유지됩니다. 그 뒤 양도분은 조정대상지역이면 중과 대상입니다.
• 보유 1년 미만이면 세율이 몇 %인가요?
  주택을 1년 미만 보유하고 팔면 단기보유 세율은 양도소득 과세표준의 70%입니다. 조정대상지역 2주택에 해당하면 기본세율에 20%p를 더한 세액과 70% 세액을 비교해 큰 쪽을 냅니다. 과세표준이 큰 경우가 아니라면 대부분 70% 세액이 더 큽니다.
• 2년을 채우고 팔면 기본세율이 되나요?
  조정대상지역 주택을 2주택자가 팔면 2년을 채워도 기본세율에 20%p를 더한 중과세율이 적용됩니다. 한시 배제가 끝났기 때문입니다. 다만 단기보유 세율과 비교하는 단계는 없어지므로 세 부담은 대개 줄어듭니다. 양도 당시 조정대상지역에서 해제됐다면 기본세율입니다.
• 중과되면 장기보유특별공제도 못 받나요?
  조정대상지역 다주택 중과세율이 적용되는 주택은 장기보유특별공제 대상에서 빠집니다. 장기보유특별공제는 보유기간 3년 이상부터 적용되므로 2년 미만 보유 주택은 처음부터 해당하지 않습니다. 3년 이상 보유한 주택이라면 중과 여부에 따라 공제 여부가 갈립니다.
• 보유기간은 언제부터 세나요?
  보유기간은 그 주택의 취득일부터 양도일까지입니다. 취득일과 양도일은 원칙적으로 대금을 청산한 날이고, 대금 청산 전에 소유권이전등기를 했다면 등기접수일입니다. 잔금일이 며칠만 달라도 1년이나 2년 경계를 넘을 수 있으므로 잔금 영수증과 이체 내역을 확인합니다.
• 양도 전에 조정대상지역에서 해제되면요?
  중과 여부는 양도 당시 조정대상지역인지로 판단합니다. 양도 전에 해제됐다면 중과세율은 적용되지 않고, 2년 미만 보유라면 단기보유 세율만 적용됩니다. 해제 공고일과 잔금일의 선후를 국토교통부 공고문으로 확인해야 합니다.
• 세율을 잘못 적용해 신고했으면 어떻게 하나요?
  세율을 높게 적용해 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 세율을 높여 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 보유기간과 주택 수를 입증할 서류를 함께 준비합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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