감면·공제

벤처 인수 뒤 창업자가 지분을 남기고 대표로 있으면 세액공제가 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 피인수법인이 공정거래위원회의 계열편입 유예 통지를 받았다면 지분을 남긴 창업자 대표는 지배주주등이 아니어서 기술혁신형 주식취득 세액공제가 막히지 않습니다. 세법은 공정거래법상 계열회사 관계로 특수관계를 판단합니다. 지금은 유예 통지서와 기준충족사업연도 말 주주명부부터 확인하십시오.

창업자 대표가 지분 일부를 남기고 대표 자리를 지킨다고 해서 공제를 미리 포기할 필요는 없습니다. 인수법인과 피인수법인이 공정거래법상 계열회사로 묶이는지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

대기업집단 계열사인 C법인은 2025년 11월 벤처기업인 D사 지분 70%를 창업자 대표와 투자자들에게서 사들였습니다. 창업자는 인수 뒤에도 지분 9%를 갖고 대표이사로 남았습니다. D사는 공정거래위원회에 계열편입 유예를 신청해 기업집단 소속회사에서 제외된다는 통지를 받았습니다. C법인은 2026 사업연도 신고 때 기술혁신형 주식취득 세액공제를 받을 수 있는지, 창업자가 D사의 지배주주로 보여 공제가 막히지 않는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

창업자 대표가 지분을 남기고 계속 재직해도 공제를 받나요?

계열편입 유예 통지를 받았다면 받을 수 있습니다. 법은 피인수법인의 기존 지배주주가 기준충족사업연도 말에 인수법인이나 피인수법인의 지배주주등이 아닐 것을 요건으로 둡니다. 지배주주등은 지분 1% 이상을 가진 주주 중 특수관계인과 합한 지분이 가장 많은 주주를 말합니다. 창업자 혼자 9%를 가진 것만으로는 최대가 아니지만, 인수법인이 창업자의 특수관계인이 되면 인수법인 지분까지 합해져 창업자가 지배주주등이 됩니다. 결국 인수법인과 창업자 사이에 특수관계가 있는지가 공제를 가릅니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제12조의4도 같은 구조입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 피인수법인이 계열편입 유예 통지를 받았다면 계속 재직하며 지분을 가진 대표이사는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 않는다고 회신했습니다(사전-2023-법규법인-0184, 2024. 8. 28.). 질의 법인은 상호출자제한 기업집단 계열사로, 2022년 11월 기술혁신형 중소기업 지분을 대표이사 등에게서 사들였고 대표이사는 9%를 남겼습니다. 피인수법인은 7년간 그룹 소속회사에서 제외된다는 계열편입 유예 통지를 받았습니다.

국세청은 세법이 특수관계를 판단할 때 공정거래법상 기업집단과 계열회사 개념을 그대로 끌어 쓰므로, 계열회사 관계가 없는 이상 인수법인과 대표이사 사이에 특수관계도 없다고 보았습니다. 세액공제와 계열편입 유예 모두 벤처 인수를 촉진하려는 제도이므로, 공정거래법에서 계열회사로 보지 않는 것을 세법에서도 존중하는 것이 행정의 일관성에 맞다는 점도 들었습니다.

이 회신은 유예 통지가 유지되는 사실관계를 전제로 합니다. 유예가 취소되거나 대표이사가 인수법인 임원을 겸하는 등 다른 특수관계가 생기면 결론이 달라질 수 있습니다.

공제를 받은 뒤 다시 추징되는 경우는 언제인가요?

공제를 받은 뒤 정해진 기간 안에 기존 주주가 지배주주등이 되거나, 피인수법인이 사업을 폐지하거나, 인수법인 지분율이 낮아지면 공제세액에 이자상당액을 더해 냅니다. 기간은 기준충족사업연도 다음 사업연도 개시일부터 2년이고, 지분율 감소는 4년입니다. 계열편입 유예기간이 끝나 계열회사로 편입되면 그때 특수관계가 생기므로, 유예 종료일이 사후관리 기간 안에 있는지 날짜를 맞춰 봐야 합니다.

기술혁신형 주식취득 세액공제 요건은 무엇인가요?

인수법인과 피인수법인이 모두 1년 이상 사업을 해 왔고, 최초취득일부터 2년이 되는 날이 속하는 사업연도 말까지 지분 50%(경영권을 실질 지배하는 최대출자자는 30%)를 넘게 취득해야 합니다. 매입가액은 피인수법인 순자산시가의 130%에 지분비율을 곱한 금액 이상이어야 하고, 기존 지배주주가 지배주주등에서 빠지고 피인수법인이 하던 사업을 계속해야 합니다. 공제액은 기술가치 금액의 5%입니다.

기술혁신형 주식취득 세액공제 대응 순서

• 유예 통지 확인 - 공정거래위원회의 계열편입 유예 통지서와 유예기간을 확인합니다. 통지가 없으면 계열회사로 보아 특수관계가 생길 수 있습니다.
• 지분 구조 정리 - 기준충족사업연도 말 현재 주주명부로 창업자와 그 친족의 지분, 인수법인 지분을 정리합니다. 창업자가 1% 이상인지, 특수관계인과 합산하면 최대인지 계산합니다.
• 겸직 여부 확인 - 창업자가 인수법인 임원이 되었는지 확인합니다. 인수법인 지분 1% 미만, 피인수법인 지분 20% 미만이면 제외되는 예외가 있습니다.
• 신청서 제출 - 기준충족사업연도 법인세 신고 때 세액공제신청서와 공제세액계산서를 냅니다. 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 추징 시 불복 - 사후관리 위반이라며 추징 고지를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계열편입 유예의 범위와 창업자의 겸직·친족 지분에 따라 결론이 달라지므로 유예 통지서와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분과 경정거부처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 계열편입 유예를 받지 않았다면 어떻게 되나요?
  인수법인이 기업집단 소속이고 피인수법인이 계열회사로 편입되면 세법상 특수관계가 생길 수 있습니다. 그 경우 지분을 남긴 창업자는 인수법인 지분과 합산되어 피인수법인의 지배주주등으로 보일 수 있으므로, 공제 요건을 갖췄는지 지분과 관계를 따로 검토해야 합니다.
• 창업자가 인수법인 임원이 되면 공제가 안 되나요?
  기존 지배주주가 기준충족사업연도 말 이후 인수법인 임원이 되더라도 인수법인 지분이 1% 미만이고 피인수법인 지분이 20% 미만이면 공제 요건 판단에서 제외됩니다. 이 범위를 넘으면 지배주주등 요건을 다시 따져야 하므로 임원 선임 전에 지분을 확인해야 합니다.
• 창업자 지분이 1% 미만이면 어떤가요?
  최초취득일 현재 지분비율이 1% 미만이면서 지분가액이 10억원 미만인 주주는 요건 판단 대상에서 빠집니다. 지배주주등 정의 자체도 1% 이상 보유를 전제로 하므로, 지분이 아주 작은 주주는 대개 이 요건에 걸리지 않습니다.
• 창업자의 친족이 지분을 가지고 있으면요?
  지배주주등을 판단할 때 친족은 특수관계인이므로 창업자와 친족 지분을 합해 계산합니다. 다만 공제 요건에서 문제 되는 주주에서 4촌 혈족은 제외됩니다. 친족 지분이 크면 창업자 쪽 지분 합계가 최대가 될 수 있어 주주명부를 기준으로 계산해야 합니다.
• 특수관계인에게서 산 주식도 공제되나요?
  인수법인이 특수관계인으로부터 취득한 주식은 공제 대상에서 빠집니다. 특수관계인 여부는 최초취득일을 기준으로 판단합니다. 계열편입 유예로 계열회사가 아니라면 최초취득일 당시 창업자와 인수법인 사이에 특수관계가 없는지도 같은 방식으로 따지게 됩니다.
• 공제를 빠뜨렸으면 나중에 청구할 수 있나요?
  기준충족사업연도 신고 때 공제를 신청하지 않았더라도 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구로 공제를 구할 수 있습니다. 경정청구서에는 공제세액계산서와 유예 통지서, 주주명부 등 요건을 보여 주는 자료를 함께 내야 합니다.
• 추징 고지를 받으면 언제까지 다퉈야 하나요?
  사후관리 위반이라며 공제세액과 이자상당액을 고지받았다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 기한을 넘기면 다툴 길이 막히므로 고지서 수령일을 기록하고 유예 통지서와 주주명부를 바로 모아 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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