감면·공제

벤처펀드가 공모주 청약으로 산 구주매출 주식도 신주 투자로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 벤처기업투자신탁이 상장 공모주 청약으로 받은 주식 중 기존 주주가 파는 구주매출분은 신주 투자가 아니라 타인 소유 주식의 매입으로 봅니다. 국세청은 어느 주식이 구주매출분인지 알 수 없으면 상장 총주식가액 중 구주매출 비율만큼을 신주 투자에서 빼라고 회신했습니다. 지금은 펀드 운용보고서의 신주·구주 비중과 내 투자일부터 3년 보유 여부를 함께 확인하십시오.

투자자가 펀드 운용 내역을 하나하나 따질 필요는 없습니다. 운용요건은 집합투자업자가 관리하고, 투자자는 투자확인서와 3년 보유 여부를 챙기면 됩니다. 다만 펀드가 공모주를 많이 담는 구조라면 구주매출 비중이 요건 판정에 어떤 영향을 주는지 알아 두면 운용사 설명을 이해하기 쉽습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년 3월 벤처기업투자신탁(이른바 벤처펀드)에 2천만원을 넣었습니다. 이 펀드는 코스닥 신규상장 벤처기업의 공모주 청약에 적극 참여하는 상품이었습니다. 그런데 운용보고서를 보니 상장 공모 물량의 상당 부분이 기존 주주가 파는 구주매출이었다는 설명이 붙어 있었습니다. A씨는 이렇게 산 주식도 벤처기업 투자로 인정되는지, 혹시 펀드가 요건을 못 채워 소득공제가 취소되는 것은 아닌지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

벤처기업투자신탁은 어떤 요건을 갖춰야 소득공제가 되나요?

벤처기업투자신탁은 계약기간 3년 이상, 통장 거래, 설정일부터 6개월(공모펀드는 9개월) 안에 재산총액의 50% 이상을 벤처기업 등에 투자하는 요건을 갖춰야 하고, 그중 15% 이상은 신주 투자여야 합니다. 이 요건은 설정 뒤에도 6개월마다 평균 비율로 다시 따집니다.

• 계약기간 - 투자신탁 계약기간이 3년 이상이어야 합니다.
• 투자 비율 50% - 벤처기업 신주·구주 투자와, 벤처기업에서 벗어난 지 7년이 안 된 코스닥 상장 중소·중견기업 투자를 합쳐 50% 이상이어야 합니다.
• 신주 투자 15% - 그 가운데 「벤처투자 촉진에 관한 법률」상 투자, 즉 회사가 새로 발행하는 주식을 인수하는 방식이 15% 이상이어야 합니다.
• 사후 유지 - 요건을 갖춘 날부터 매 6개월 평균 비율이 50%와 15% 이상이어야 하고, 해지일 전 6개월은 빼고 봅니다.

구주매출로 산 공모주는 신주 투자로 보나요?

아니요. 상장 공모에 청약해 받았더라도 기존 주주가 내놓은 구주매출 물량은 이미 발행된 남의 주식을 사는 것이어서, 시행령이 구분하는 두 가지 투자 중 「타인 소유 주식의 매입」에 해당합니다. 그래서 50% 비율에는 들어가지만 15% 신주 투자 비율에는 들어가지 않습니다.

시행령은 신주 인수형 투자(가목1)에서 타인 소유 주식이나 출자지분, 채권을 매입하는 방법을 명시적으로 빼고, 이를 별도 항목(가목2)으로 둡니다. 소득공제 제도가 벤처기업에 새 자금이 실제로 들어가는 투자를 지원하려는 취지라는 점도 같은 결론으로 이어집니다. 법률 본문에서도 타인의 지분이나 수익증권을 양수하는 방법의 투자는 공제를 배제합니다.

국세청은 구주매출 비중을 어떻게 계산하라고 했나요?

국세청은 사전-2018-법령해석소득-0318(2018. 6. 15.)에서, 펀드가 산 공모주 중 어느 것이 구주매출분인지 알 수 없으면 그 회사가 상장한 총주식가액 가운데 구주매출이 차지하는 비율만큼은 신주 투자가 아닌 것으로 보라고 회신했습니다. 공모 물량이 신주 60%, 구주 40%였다면 펀드가 받은 공모주도 40%는 구주매출로 나누어 계산하는 방식입니다.

이 회신은 2018. 2. 13. 이후 설정된 벤처기업투자신탁에 완화된 운용요건이 적용된 뒤 나온 것입니다. 그 뒤 2022. 2. 15. 시행령 개정으로, 어느 쪽으로 취득했는지 불분명한 주식을 팔 때에는 재산총액에서 각 주식 평가액이 차지하는 비율대로 나누어 판 것으로 본다는 규정도 생겼습니다. 사들일 때와 팔 때 모두 비례 배분으로 맞춘 것입니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서 구주 물량을 따로 특정할 수 있는 경우에는 실제 내역으로 판단합니다.

펀드가 요건을 못 채우면 투자자 소득공제는 어떻게 되나요?

펀드가 운용요건을 갖추지 못하면 그 수익증권은 시행령이 정한 벤처기업투자신탁에 해당하지 않게 되므로, 투자자의 소득공제 적용 여부가 문제 될 수 있습니다. 실제로 어떻게 처리되는지는 요건 미달 시점과 운용사의 조치, 투자확인서 발급 경위에 따라 따져야 합니다.

투자자 쪽에서 직접 통제할 수 있는 위험은 보유기간입니다. 투자일부터 3년이 지나기 전에 수익증권을 양도하거나 일부라도 환매하면 공제받은 세액을 추징합니다. 이때 금융기관이 환매액의 1천분의 35를 연 200만원 한도로 추징하고, 실제 감면세액이 이보다 적다는 사실을 증명하면 실제 감면세액만큼만 추징합니다. 사망이나 해외이주로 세대 전원이 출국하는 경우 등은 추징하지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」상 벤처기업투자신탁 공제율은 투자금액의 10%이고, 투자액은 거주자 1명당 연 2천만원까지 인정되며, 공제액은 종합소득금액의 50%를 넘지 못합니다. 적용기한은 2028. 12. 31.까지 투자분입니다.

벤처펀드 소득공제 대응 순서

• 투자확인서 받기 - 판매 금융회사에서 출자 또는 투자확인서를 발급받습니다. 공제시기를 바꾸려면 투자할 때 소득공제시기 변경신청서도 함께 냅니다.
• 소득공제 신청 - 근로소득자는 연말정산 때 출자 등 소득공제 신청서를 회사에 내고, 그 밖의 거주자는 5월 확정신고 때 반영합니다.
• 운용보고서 확인 - 구주매출·신주 비중과 요건 충족 여부에 관한 운용사 안내를 보관합니다. 요건 미달 통지를 받으면 경위를 서면으로 받아 둡니다.
• 3년 보유 관리 - 투자일부터 3년 안에 환매하면 추징되므로 만기와 환매 일정을 맞춥니다.
• 경정청구·불복 - 공제를 빠뜨렸으면 과세표준 및 세액의 경정청구서로 5년 안에 청구하고, 공제가 부인돼 고지를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 원하면 거칠 수 있는 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 펀드의 실제 편입 내역과 투자확인서 발급 경위에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 운용보고서와 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 소득공제·감면 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 벤처펀드 소득공제는 한 해에 얼마까지 받나요?
  벤처기업투자신탁은 투자금액의 10%를 공제하고, 공제 대상 투자액은 거주자 1명당 연 2천만원까지입니다. 공제액은 그해 종합소득금액의 50%를 넘을 수 없습니다. 적용기한은 2028. 12. 31.까지 투자분입니다.
• 3년 안에 일부만 환매해도 추징되나요?
  네. 투자일부터 3년이 지나기 전에 수익증권을 양도하거나 일부라도 환매하면 공제받은 세액을 추징합니다. 금융기관이 환매액의 1천분의 35를 연 200만원 한도로 추징하고, 실제 감면세액이 더 적다는 것을 증명하면 그 금액만 추징합니다.
• 구주매출 물량을 알 수 없으면 어떻게 나누나요?
  국세청은 그 회사가 상장한 총주식가액 중 구주매출이 차지하는 비율만큼을 신주 투자가 아닌 것으로 보라고 회신했습니다. 공모 물량이 신주와 구주로 나뉘어 있으면 펀드가 받은 공모주도 같은 비율로 나누어 계산하는 방식입니다.
• 불분명한 주식을 팔 때는 어떻게 보나요?
  신주 투자로 산 것인지 구주 매입으로 산 것인지 불분명한 주식을 매도하면, 재산총액에서 각각의 주식 평가액이 차지하는 비율대로 나누어 판 것으로 봅니다. 2022. 2. 15. 시행령 개정으로 생긴 규정입니다.
• 연말정산 때 공제를 빠뜨렸으면 어떻게 하나요?
  5월 종합소득세 확정신고 때 반영하거나, 이미 신고가 끝났으면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 출자 또는 투자확인서를 첨부해야 하므로 판매 금융회사에서 먼저 발급받아 두십시오.
• 공제를 다음 해로 미룰 수 있나요?
  네. 투자일이 속하는 과세연도부터 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 중 1과세연도를 골라 공제시기 변경을 신청할 수 있습니다. 투자할 때 판매 금융회사에 소득공제시기 변경신청서를 내야 합니다.
• 투자자가 사망하면 추징되나요?
  아니요. 출자자나 투자자가 사망한 경우, 해외이주로 세대 전원이 출국한 경우, 천재지변으로 재산상 중대한 손실이 생긴 경우 등은 3년 안에 환매해도 추징하지 않습니다. 해당 사유는 특별해지사유신고서로 알립니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 벤처투자조합이 해외에서 원천징수당한 세금, 조합원이 외국납부세액공제를 받을 수 있나요?
• 신탁에 5천만원을 넣고 벤처조합에 5백만원만 납입했다면 공제는 얼마인가요?
• 크라우드펀딩으로 벤처기업 전환사채에 투자해도 소득공제를 받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기