법인세·소득세

벤처투자조합이 해외에서 원천징수당한 세금, 조합원이 외국납부세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 벤처투자조합이 국외 투자소득에 대해 현지에서 원천징수세액을 냈다면 그 조합의 조합원이 자기 소득세 또는 법인세를 낼 때 외국납부세액공제를 적용할 수 있습니다. 국세청은 2024년 3월 회신에서 벤처투자조합은 과세상 도관이므로 납세의무자인 조합원에게 공제를 적용하는 것이 이중과세 해소 취지에 맞다고 보았습니다. 지금은 업무집행조합원에게 출자지분별 외국납부세액 배분 내역과 현지 납세증명서를 요청해 두십시오.

조합 명의로 낸 세금이라고 해서 조합원 개인이 공제를 포기할 필요는 없습니다. 조합 자체는 납세의무자가 아니므로 공제는 처음부터 조합원 몫입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년 한 중소기업창업투자회사가 결성한 벤처투자조합에 2억원을 출자해 출자지분 4%를 가진 유한책임조합원입니다. 조합은 2025년 미국 스타트업 지분을 매각하고 배당을 받으면서 현지에서 세금 1억 2,000만원을 원천징수당했고, 세후 소득에서 수수료를 뺀 금액을 출자지분에 따라 조합원에게 분배했습니다. A씨는 2026년 5월 종합소득세 신고를 준비하면서 조합이 미국에서 낸 세금 중 자기 지분에 해당하는 480만원을 외국납부세액으로 공제받을 수 있는지, 아니면 조합이 낸 세금이라 조합원은 공제를 받지 못하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 벤처투자조합의 외국납부세액을 어떻게 해석했나요?

조합이 국외원천소득에 대해 국외에서 원천징수세액을 납부했다면, 조합원이 그 국외원천소득에 대한 소득세 또는 법인세를 낼 때 소득세법 제57조 또는 법인세법 제57조에 따라 그 세액을 외국납부세액공제로 적용할 수 있다고 보았습니다. 국세청은 사전-2023-법규국조-0662(2024. 3. 29.) 회신에서, 중소기업창업투자회사가 업무집행조합원으로서 결성·운용하는 벤처투자조합이 국외 투자소득에 대해 현지에서 원천징수세액을 내고 세후 소득을 출자지분율에 따라 조합원에게 분배한 사안에 대해 이렇게 답했습니다. 판단 이유는 두 가지입니다. 첫째, 벤처투자조합은 과세 목적상 도관으로 취급되므로 납세의무자인 조합원에게 공제를 적용하는 것이 타당하고, 외국납부세액공제 제도의 취지를 보면 조합원 단계에서 이중과세를 해소할 필요가 있습니다. 둘째, 구성원이 납세의무를 지는 동업기업 과세특례 적용 회사에서도 기존 해석은 동업자가 외국납부세액공제를 적용할 수 있다고 보아 왔습니다(기획재정부 국제조세제도과-128, 2011. 4. 1.). 다만 회신은 공제 대상 외국납부세액이 현지 세법과 조세조약에 따라 적법하게 납부한 세액이어야 하고 그 해당 여부는 사실판단 사항이라는 단서를 붙였습니다. 이 회신은 조합이 도관으로 취급되어 조합원이 직접 납세의무를 지는 사실관계를 전제로 하므로, 조합 단계에서 법인세를 내는 구조라면 결론이 달라집니다.

조합원이 공제받을 수 있는 금액은 어떻게 계산하나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법」 제57조 제1항은 거주자의 종합소득금액에 국외원천소득이 합산되어 있고 그 소득에 대해 외국소득세액을 납부했거나 납부할 것이 있으면, 종합소득산출세액에 국외원천소득이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱한 공제한도금액 안에서 외국소득세액을 공제한다고 정합니다. 조합원은 조합이 낸 원천징수세액 중 자기 출자지분에 해당하는 금액을 외국소득세액으로, 분배받은 국외 투자소득을 국외원천소득으로 보아 계산합니다.

• 외국소득세액 - 조합이 현지에서 원천징수당한 세액 × 조합원 출자지분율
• 국외원천소득 - 조합이 분배한 소득 중 국외 투자에서 생긴 부분(세전 기준)
• 공제한도 - 종합소득산출세액 × 국외원천소득 ÷ 종합소득금액
• 한도 초과분 - 다음 과세기간 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간으로 이월해 공제, 그래도 남으면 이월공제기간 종료일 다음 날이 속하는 과세기간의 필요경비 산입

법인 조합원은 법인세법 제57조 제1항·제2항에 따라 같은 구조로 계산합니다. 공제한도는 해당 사업연도 산출세액에 국외원천소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액이고, 초과분은 10년 이월공제 뒤 손금산입이 가능합니다.

동업기업 과세특례를 적용받는 조합과는 무엇이 다른가요?

동업기업 과세특례를 적용받는 조합은 조합 단계에서 세액공제·감면과 원천징수세액을 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분하는 명문 규정이 있고, 벤처투자조합 회신은 이 구조와 같은 결론을 도관 법리로 끌어낸 것입니다. 조세특례제한법 제100조의18 제5항은 동업기업의 세액공제·감면, 원천징수세액 등을 손익배분비율에 따라 배분하도록 정하고, 기획재정부도 동업기업 과세특례를 선택한 사모투자전문회사가 외국에서 낸 법인세액은 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분해 동업자 단계에서 공제한다고 보았습니다(국제조세제도과-128, 2011. 4. 1.). 어느 쪽이든 외국납부세액은 조합이 아니라 조합원이 공제받는다는 점은 같고, 차이는 배분 비율의 근거가 약정 손익배분비율인지 출자지분율인지, 배분 명세를 누가 작성해 제출하는지에 있습니다.

벤처투자조합 외국납부세액공제 대응 순서

• 배분 명세 확보 - 업무집행조합원에게 국외원천소득과 현지 원천징수세액을 조합원별 출자지분으로 배분한 명세를 요청합니다. 공제 금액의 출발점입니다.
• 현지 납세 증빙 확보 - 현지 과세당국의 원천징수 납세증명서 또는 지급명세서와 조세조약상 세율 근거를 받습니다. 조약 세율을 넘긴 부분은 공제에서 빠질 수 있습니다.
• 소득 구분과 한도 계산 - 분배받은 소득을 국외원천소득으로 분류하고 산출세액 기준 공제한도를 계산합니다.
• 신고 또는 경정청구 - 확정신고 때 외국납부세액공제를 신청하고, 지난 신고에서 빠뜨렸다면 5년 이내에 경정청구합니다.
• 거부 시 심판청구 - 공제를 부인하는 경정거부나 과세처분이 있으면 안 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툽니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조합이 투자한 국가가 여럿이거나 분배 소득에 국내 투자소득이 섞여 있으면 조합 결산서와 분배 내역을 보고 국가별·소득별로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 외국납부세액공제를 둘러싼 소득세·법인세 경정청구와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조합이 낸 외국 세금을 왜 조합원이 공제받나요?
  벤처투자조합은 과세 목적상 도관으로 취급되어 조합 자체가 납세의무자가 아니기 때문입니다. 국세청 사전-2023-법규국조-0662(2024. 3. 29.) 회신은 납세의무자인 조합원에게 외국납부세액공제를 적용하는 것이 타당하고 이중과세 해소 취지에 맞다고 보았습니다. 조합원은 소득세법 제57조 또는 법인세법 제57조에 따라 공제받습니다.
• 공제받을 세액은 어떻게 나누나요?
  조합이 낸 원천징수세액을 조합원 출자지분율로 나눈 금액입니다. 회신 사안에서 조합은 세후 소득을 출자지분율에 따라 분배했고, 국세청은 그 분배 구조를 전제로 조합원의 공제를 인정했습니다. 동업기업 과세특례 조합은 조세특례제한법 제100조의18 제5항에 따라 손익배분비율로 원천징수세액 등을 배분하므로 약정 비율을 따릅니다.
• 외국납부세액공제 한도는 얼마인가요?
  종합소득산출세액에 국외원천소득이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액입니다. 소득세법 제57조 제1항이 정한 공제한도금액이며, 법인은 법인세법 제57조 제1항에 따라 산출세액에 국외원천소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다. 한도를 넘는 세액은 다음 과세기간부터 10년 이내에 이월해 공제받을 수 있습니다.
• 현지에서 떼인 세금은 전부 공제되나요?
  현지 세법과 조세조약에 따라 적법하게 납부한 세액만 공제됩니다. 회신은 공제 대상 외국납부세액이 적법하게 납부한 세액인지는 사실판단 사항이라고 단서를 달았습니다. 조세조약상 제한세율을 넘겨 원천징수된 부분은 현지에서 환급을 구해야 하고, 국내 공제에서는 빠질 수 있습니다.
• 지난해 신고에서 공제를 빠뜨렸으면 어떻게 하나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제1항은 법정신고기한까지 신고한 자가 5년 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 정합니다. 조합의 배분 명세와 현지 납세증명서를 붙여 청구하고, 거부되면 거부통지를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툽니다.
• 한도를 넘긴 외국 세액은 어떻게 되나요?
  다음 과세기간 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간으로 이월해 그 기간의 공제한도 안에서 공제받습니다. 소득세법 제57조 제2항은 이월공제기간 안에 공제받지 못한 세액을 이월공제기간 종료일 다음 날이 속하는 과세기간의 필요경비에 산입할 수 있다고 정합니다. 법인은 법인세법 제57조 제2항에 따라 손금에 산입합니다.
• 법인 조합원도 같은 방식으로 공제받나요?
  네. 회신은 조합원이 소득세 또는 법인세를 납부할 때 소득세법 제57조 또는 법인세법 제57조에 따라 공제할 수 있다고 보았습니다. 법인세법 제57조 제1항은 내국법인의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있고 외국법인세액을 납부했거나 납부할 것이 있으면 공제한도금액 안에서 산출세액에서 공제하도록 정합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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