법인세·소득세

거래처와 요금 분쟁 끝에 중재판정으로 낸 손해배상금, 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 주된 사업 과정에서 거래처와 생긴 요금 분쟁을 중재판정에 따라 정리하며 낸 손해배상금은 법인세 손금에 해당합니다. 사업 관련성과 통상성을 갖춘 비용이기 때문이며, 다만 실제 손해를 넘는 징벌적 배상 부분은 손금에서 빠집니다. 지금은 판정문에서 인용된 금액을 원금·위약금·이자로 나눠 보십시오.

손해배상금이라는 이름만 보고 비용 처리를 포기할 필요는 없습니다. 고의나 과실이 인정된 배상이라도 사업을 하는 과정에서 생긴 분쟁을 정리한 돈이면 손금 요건을 따져 볼 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

지역 도시가스를 공급하는 A법인은 대형 공장 한 곳에 2016년부터 2023년까지 냉·난방용 요금을 적용해 왔고, 그만큼 도매사업자에게 낸 매입대금도 적게 계산됐습니다. 도매사업자는 그 기간에 산업용 요금이 맞다며 2024년 대한상사중재원에 중재를 신청했고, 2025년 중재판정부는 A법인의 과실을 인정해 약 30억원의 손해배상을 명했습니다. A법인은 판정대로 이자까지 지급한 뒤, 이 돈을 법인세 계산에서 비용으로 넣어도 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중재판정으로 낸 손해배상금도 법인세 비용이 되나요?

네, 주된 사업을 하는 과정에서 거래처와 생긴 분쟁을 중재판정에 따라 정리하며 낸 손해배상금은 법인세법상 손금에 해당합니다. 손금은 사업과 관련해 생긴 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이면 되기 때문입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 같은 요건을 두고 있습니다.

• 사업 관련성 - 가스 매입·판매처럼 주된 사업의 거래 조건에서 생긴 분쟁인지 봅니다.
• 통상성 - 같은 업종의 다른 사업자도 그 상황이면 지출했을 비용인지 봅니다.
• 확정성 - 중재판정처럼 지급 의무가 확정된 근거가 있는지 봅니다.

통상성은 지출이 자주 일어나는지가 아니라 같은 상황에 놓인 다른 사업자도 그렇게 지출했을지로 판단합니다. 요금 분쟁에 대한 배상은 업계에서 드문 일이어도 사업 거래에서 생긴 이상 통상성을 갖춘 비용으로 볼 수 있습니다.

고의나 과실이 인정된 배상금도 손금이 되나요?

네, 중재판정에서 고의나 과실이 인정됐다는 사정만으로 손금에서 빠지지는 않습니다. 다만 실제 발생한 손해를 넘겨 징벌적 목적으로 지급하는 손해배상금은 따로 손금불산입 규정이 있으므로 구분해야 합니다.

• 실손해 범위의 배상 - 요금 차액처럼 상대방이 실제로 입은 손해를 메우는 배상은 손금 요건을 따집니다.
• 징벌적 배상의 초과분 - 시행령 별표 1에 열거된 법률이나 외국 법령에 따라 실제 손해를 넘겨 지급한 부분은 손금불산입됩니다.
• 위약금과의 구분 - 계약상 위약금이 함께 청구됐다면 판정문에서 인용된 항목을 나눠 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 일반도시가스사업자가 요금 구분을 잘못 적용해 매입대금을 적게 낸 데 대해 대한상사중재원 중재판정에 따라 도매사업자에게 지급한 손해배상금은 손금에 해당한다고 답했습니다(사전-2016-법령해석법인-0574, 2016. 12. 14.).

국세청은 이 배상금이 도시가스를 팔아 이윤을 추구하는 과정에서 매입처와 생긴 요금 분쟁을 해결하려고 지출된 비용이고, 같은 사업을 하는 다른 사업자도 그 상황이면 지출했을 비용이므로 통상성과 사업 관련성을 모두 갖췄다고 보았습니다. 이 해석은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 분쟁이 사업과 무관하거나 대표자 개인 행위에서 비롯됐다면 결론이 달라질 수 있습니다.

어느 사업연도의 손금으로 넣어야 하나요?

손금은 지급 의무가 확정된 날이 속하는 사업연도에 넣습니다. 중재판정은 확정판결과 같은 효력이 있으므로, 판정이 내려져 배상 의무가 확정된 사업연도가 기준이 됩니다. 분쟁이 진행 중인 동안 미리 비용으로 넣으면 손금불산입될 수 있습니다.

판정 후 지급을 미루더라도 손금 귀속은 의무가 확정된 사업연도로 봅니다.

중재판정 손해배상금 손금 대응 순서

• 판정문 분석 - 인용된 금액을 손해배상 원금, 위약금, 지연이자로 나눕니다. 항목마다 손금 판단 근거가 다를 수 있습니다.
• 사업 관련성 자료 정리 - 분쟁이 된 거래가 주된 사업의 매입·판매 조건이었다는 계약서와 요금 산정 자료를 모읍니다.
• 귀속 사업연도 확정 - 판정일과 지급일을 확인해 손금 귀속 사업연도를 정합니다. 이미 신고한 연도와 다르면 수정이 필요합니다.
• 경정청구 - 손금에 넣지 않고 신고했다면 과세표준 및 세액의 경정청구서를 법정신고기한부터 5년 안에 냅니다.
• 불복 - 세무서가 손금을 부인해 납부고지서를 보내면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 배상금에 징벌적 배상이나 위약금이 섞여 있거나 상대방이 특수관계인이면 판정문과 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구와 부과처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 소송 판결로 낸 손해배상금도 같은 기준인가요?
  네, 판결이든 중재판정이든 화해든 사업 과정에서 생긴 분쟁을 정리하며 낸 손해배상금이면 같은 기준으로 손금 여부를 봅니다. 지급 근거 문서의 형식보다 분쟁이 사업 거래에서 비롯됐는지가 판단의 중심입니다.
• 징벌적 손해배상금은 왜 손금이 안 되나요?
  법인세법은 실제 발생한 손해를 넘겨 지급하는 손해배상금 중 시행령 별표 1의 법률이나 외국 법령에 따른 초과분을 손금불산입하도록 정하고 있습니다. 실손해를 메우는 부분은 일반 손금 요건으로 따지므로 금액을 나눠 계산해야 합니다.
• 중재판정 전에 미리 비용으로 잡아도 되나요?
  원칙적으로 어렵습니다. 손금은 지급 의무가 확정된 날이 속하는 사업연도에 넣으므로, 분쟁 중에 충당금 형태로 잡은 금액은 손금불산입되고 판정이 나온 사업연도에 손금으로 넣게 됩니다.
• 판정에 따라 함께 낸 지연이자도 손금인가요?
  손해배상 원금이 사업 관련 비용이면 판정에 따라 함께 지급한 지연손해금도 같은 분쟁을 정리하는 비용으로 손금 여부를 따질 수 있습니다. 판정문에서 원금과 이자를 나눠 적어 두면 처리 근거가 분명해집니다.
• 상대방이 계열사여도 손금이 되나요?
  계열사 같은 특수관계인에게 지급한 배상금은 실제 손해보다 많이 준 것은 아닌지, 분쟁 자체가 경제적 합리성이 있는지를 추가로 봅니다. 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있으므로 손해액 산정 근거를 따로 갖춰야 합니다.
• 손금으로 안 넣고 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 손금 요건을 갖춘 배상금을 빠뜨리고 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 거부되면 심판청구로 다툽니다.
• 세무서가 손금을 부인하면 언제까지 다퉈야 하나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 청구서에는 판정문과 거래 계약서를 붙여 사업 관련성을 보여 줍니다. 이의신청은 선택 절차이며, 심판청구 결정에도 불복하면 행정소송으로 이어집니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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