법인세·소득세

동업기업 과세특례는 어떤 동업에 적용되고 언제까지 신청하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.29 갱신

동업기업 과세특례는 민법상 조합·합명회사·합자회사·익명조합 등이 적용 신청을 한 경우에만 적용되고, 동업기업 대신 동업자에게 소득을 배분해 과세합니다. 조세특례제한법 시행령 제100조의16 제1항은 적용받을 최초 과세연도 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 함께 신청하도록 정합니다. 지금은 동업자 전원의 동의를 받을 수 있는지부터 확인하십시오.

동업기업 과세특례를 받으려고 법인을 새로 세울 필요는 없습니다. 민법상 조합으로 하는 공동사업도 대상입니다.

이런 상담이 많습니다

D씨와 친구 두 명은 2026년 3월 민법상 조합 형태로 공방 겸 카페를 차리면서 각자 출자했습니다. 세무사에게서 동업기업 과세특례를 받으면 조합 단계에서 세금을 내지 않고 손익을 각자에게 나눠 과세한다는 말을 듣고, 2027년부터 적용받으려면 언제까지 무엇을 내야 하는지 물었습니다. 세 사람 중 한 명은 아직 동의 여부를 정하지 못했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

동업기업 과세특례는 어떤 동업에 적용되나요?

민법상 조합, 상법상 합자조합·익명조합, 합명회사·합자회사, 그리고 법무법인·특허법인·노무법인·법무사합동법인과 법무법인(유한)·회계법인·세무법인·관세법인 같은 인적 용역 단체가 대상입니다. 투자합자조합·투자익명조합 등 일부 투자기구는 빠집니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「조세특례제한법」과 시행령이 이렇게 정합니다.

국내사업장을 두고 사업하는 외국단체도 조합 등과 비슷하고, 조세조약 체결국에서 비슷한 제도를 적용받고 있으면 대상이 됩니다. 이 경우 국내사업장 소득에 한정해 적용합니다.

동업기업 과세특례를 받으면 세금이 어떻게 달라지나요?

동업기업 자체에는 소득세나 법인세를 부과하지 않고, 동업자가 배분받은 소득에 대해 각자 소득세나 법인세를 냅니다. 과세특례를 받는 동안에는 각 세법보다 이 특례 규정이 먼저 적용됩니다.

소득과 결손금은 과세연도 종료일에 손익배분비율에 따라 나눕니다. 손익배분비율은 동업자 사이에 서면으로 약정해 신고한 단일 비율이고, 약정이 없으면 출자지분 비율입니다. 결손금은 각 동업자의 지분가액을 한도로 배분되고 넘는 부분은 15년 동안 이월됩니다.

신청하려면 무엇을 내고, 나중에 포기할 수 있나요?

동업자 전원의 동의서와 동업기업과세특례 적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 냅니다. 한 사람이라도 동의하지 않으면 신청할 수 없습니다. 외국단체는 요건을 증명하는 서류를 함께 냅니다.

포기는 할 수 있지만 제한이 있습니다. 최초 적용 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 포기할 수 없고, 포기하려면 적용받지 않을 최초 과세연도 개시일 이전에 동업자 전원 동의서와 포기신청서를 냅니다.

동업기업 과세특례 대응 순서

• 단체 형태 확인 - 조합계약서나 정관으로 민법상 조합·합자회사 등 대상 단체인지 확인합니다. 투자기구 등 제외 대상이면 신청할 수 없습니다.
• 손익배분비율 서면 약정 - 각자 받을 비율을 하나의 비율로 서면에 적습니다. 약정이 없으면 출자지분 비율로 나눕니다.
• 동업자 전원 동의서 - 한 사람도 빠짐없이 서명을 받습니다. 동의하지 않는 동업자가 있으면 신청이 막힙니다.
• 개시일 전 신청 - 적용받을 과세연도 개시일 이전에 신청서를 냅니다. 설립 연도부터면 개시일부터 1개월 이내입니다.
• 포기 제한 기간 계산 - 한 번 적용받으면 최초 연도와 이후 4년 이내 끝나는 연도까지 포기할 수 없으므로 동업 존속 기간과 맞춥니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기존 법인을 동업기업으로 바꾸려는 경우처럼 준청산소득 법인세가 생기는 사안은 재무제표를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 동업 관련 과세처분 불복과 공동사업 소득 배분 다툼을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 개인 동업자끼리 하는 가게도 과세특례를 받나요?
  민법상 조합으로 운영한다면 받을 수 있습니다. 조세특례제한법 제100조의15 제1항 제1호는 민법에 따른 조합을 대상 단체로 정합니다. 다만 적용 신청을 해야만 특례가 적용되고, 신청하지 않으면 일반 공동사업 과세 방식에 따릅니다. 조합계약서로 조합 관계를 증명할 수 있어야 합니다.
• 동업기업에는 정말 세금이 안 나오나요?
  동업기업 단계에서는 소득세나 법인세를 부과하지 않습니다. 조세특례제한법 제100조의16 제1항이 이렇게 정하고, 제2항은 동업자가 배분받은 소득에 대해 소득세나 법인세를 내도록 합니다. 세금이 없어지는 것이 아니라 내는 사람이 동업자로 바뀌는 구조입니다.
• 동업자 한 명이 반대하면 신청할 수 없나요?
  신청할 수 없습니다. 조세특례제한법 시행령 제100조의16 제1항은 적용신청서에 동업자 전원의 동의서를 붙이도록 정합니다. 동의하지 않는 동업자가 있으면 설득하거나 조합 구성을 정리한 뒤에 신청해야 합니다.
• 손익배분비율은 어떻게 정하나요?
  동업자 사이에 서면으로 약정한 단일 비율을 신고합니다. 조세특례제한법 시행령 제100조의17 제1항은 약정손익분배비율에 따르되 약정이 없으면 출자지분 비율에 따르도록 정합니다. 조세회피 우려가 있거나 특수관계자의 지분 합계가 가장 큰 경우에는 다른 기준이 적용될 수 있습니다.
• 적자가 나면 동업자에게 결손금도 나눠 주나요?
  나눠 주지만 한도가 있습니다. 조세특례제한법 제100조의18 제2항은 결손금을 각 동업자의 지분가액을 한도로 배분하고, 넘는 부분은 다음 과세연도부터 15년 이내 끝나는 과세연도에 이월 배분하도록 정합니다. 경영에 참여하지 않고 출자만 한 수동적동업자에게는 결손금을 배분하지 않습니다.
• 한번 신청하면 언제 그만둘 수 있나요?
  최초 적용 연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 포기할 수 없습니다. 조세특례제한법 제100조의17 제2항 단서가 이렇게 정합니다. 그 뒤에는 적용받지 않을 최초 과세연도 개시일 이전에 동업자 전원 동의서와 포기신청서를 내면 됩니다.

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