법인세·소득세

법인세 중간예납을 안 내면 가산세가 붙나요? 결손 법인도 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

법인세 중간예납은 신고서를 내지 않았다는 이유만으로 무신고가산세가 붙지는 않지만, 기한까지 내지 않으면 납부지연가산세가 붙고 계산 방법을 고를 권리도 잃습니다. 결손 법인이라도 직전 사업연도 가산세가 커서 계산액이 50만원 이상이면 면제되지 않고, 덜 낸 중간예납은 수정신고 대상이 아닙니다.

중간예납은 한 해 법인세 일부를 미리 내는 제도라, 신고서를 내지 않았다고 무신고가산세가 붙지는 않습니다. 대신 내야 할 세금을 기한까지 내지 않으면 납부지연가산세가 붙고, 계산 방법을 고를 권리도 잃습니다. 특히 「작년에 적자였으니 면제」라고 생각했다가 대상이었던 경우가 자주 문제 됩니다.

이런 상담이 많습니다

12월 말 결산 중소기업인 D법인은 2025 사업연도에 이월결손금 공제로 법인세 산출세액이 없었지만, 세금계산서 관련 가산세 120만원을 냈습니다. 대표는 결손 법인이라 면제라고 생각해 2026. 8. 31.까지 중간예납을 하지 않았습니다. 2026. 10. 세무서 안내를 받은 대표는 상반기 실적이 좋았던 만큼 얼마를 더 내야 하는지, 지금이라도 수정신고를 하면 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중간예납을 하지 않아도 되는 법인은 어디인가요?

사업연도가 6개월을 넘는 내국법인은 중간예납 의무가 있습니다. 합병·분할이 아니라 새로 설립된 법인의 최초 사업연도, 사립학교를 경영하는 학교법인과 산학협력단 등은 제외됩니다.

신설법인 여부는 설립등기일을 기준으로 봅니다. 국세청은 2024년에 설립등기를 하고 2025년에 사업자등록을 한 법인은 2025 사업연도가 최초 사업연도가 아니므로 중간예납 의무가 있다고 봅니다. 사업자등록이 늦었다는 이유로 면제되지 않습니다.

중간예납기간에 휴업 등으로 수입금액이 없다는 사실이 확인되면 세무서는 그 기간 법인세를 징수하지 않습니다.

결손 법인은 모두 면제되나요?

면제되는 것은 직전 사업연도에 중소기업이었고, 직전 사업연도 산출세액 기준으로 계산한 금액이 50만원 미만인 법인입니다. 이 계산식의 산출세액에는 가산세가 포함되고 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 빠집니다. 중소기업 여부는 조세특례제한법 시행령 기준으로 판단합니다.

그래서 결손이어도 가산세가 있으면 결과가 갈립니다. 직전 사업연도가 12개월이고 가산세만 80만원이면 계산액이 40만원이라 면제되지만, 가산세가 120만원이면 60만원이라 의무가 있습니다. 이때는 직전 산출세액(가산세 제외)이 없으므로 올해 상반기를 1사업연도로 보고 계산한 세액(가결산 방식)을 냅니다.

반대로 가결산 방식으로 계산한 금액이 50만원 미만이라는 이유로는 면제되지 않습니다. 면제 기준은 어디까지나 직전 사업연도 산출세액 기준 계산액입니다. 직전 사업연도가 12개월보다 짧았다면 6을 그 개월 수로 나누어 곱하므로, 같은 가산세라도 계산액이 커질 수 있습니다.

기한까지 내지 않으면 어떤 불이익이 있나요?

국세청은 중간예납 신고납부계산서를 내지 않은 것만으로 무신고가산세를 매기지 않는다고 봅니다. 그러나 납부지연가산세는 중간예납에도 적용됩니다. 법정납부기한 다음 날부터 납부일(그 전에 고지가 나가면 고지일)의 전날까지 1일 10만분의 22가 붙고, 고지 뒤 지정납부기한까지 내지 않으면 3%가 더해지고, 지정납부기한 다음 날부터 낼 때까지 한 달이 지날 때마다 1만분의 67이 붙습니다. 이 월 단위 가산세는 고지서별·세목별 세액이 150만원 미만이면 붙지 않습니다.

예를 들어 중간예납세액 3천만원을 기한보다 30일 늦게 고지 전에 스스로 냈다면 납부지연가산세는 3천만원 × 30일 × 10만분의 22로 19만8천원입니다. 고지를 받은 뒤 지정납부기한까지도 내지 않으면 3%인 90만원이 한 번에 더해집니다.

더 큰 불이익은 계산 방법 선택권입니다. 기한까지 내지 않으면 원칙적으로 직전 사업연도 산출세액 기준으로 계산하고, 세무서가 그 금액을 징수합니다. 상반기 실적이 나빠 가결산 방식이 유리했던 법인은 그 선택을 잃습니다. 직전 산출세액이 없는 D법인 같은 경우에는 세무서가 중간예납세액을 결정해 징수합니다.

덜 냈다면 수정신고로 바로잡을 수 있나요?

국세청은 중간예납이 과세표준 신고가 아니어서 수정신고 대상이 아니라고 봅니다. 환산을 잘못해 덜 냈다면 부족분을 빨리 추가 납부해 납부지연가산세가 쌓이는 기간을 줄이는 것이 현실적인 방법입니다. 중간예납 단계에서 가산세가 붙은 부분에는 확정신고 때 다시 납부지연가산세를 매기지 않습니다.

직전 사업연도 법인세를 중간예납기간 종료일 전에 수정신고해 세액이 늘었다면, 국세청은 그 늘어난 세액까지 반영해 계산해야 한다고 봅니다. 중간예납기간이 끝난 뒤 수정신고한 것은 다시 계산하지 않습니다. 많이 낸 중간예납세액은 확정신고 때 정산해 환급하거나 다른 세금에 충당합니다.

법인세 중간예납 대응 순서

• 면제 여부 계산 - 직전 사업연도가 중소기업이었는지, 가산세를 포함한 직전 산출세액 기준 계산액이 50만원 미만인지 계산합니다.
• 두 방식 비교 - 직전 기준과 가결산 기준 세액을 모두 계산해 적은 쪽을 고릅니다. 가결산은 상반기 결산 자료가 필요합니다.
• 기한 안 납부 - 12월 말 법인은 8월 31일까지 내고, 1천만원을 넘으면 분납을 활용합니다. 2천만원 이하이면 1천만원을 넘는 금액을, 2천만원을 넘으면 절반 이하를 나누어 낼 수 있습니다.
• 누락 시 바로 납부 - 기한을 놓쳤다면 고지 전에 납부해 3% 가산세와 매월 가산세를 피합니다.
• 고지 내용 검토 - 세무서가 결정한 중간예납세액이나 가산세가 틀렸다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 불복을 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직전 사업연도 세액의 확정 시점, 중소기업 해당 여부, 상반기 손익과 공제·감면 반영 방식에 따라 낼 세액과 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인세 가산세 부과와 결정·경정에 대한 불복, 세무조사 소명을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중간예납 신고서를 안 내면 무신고가산세가 붙나요?
  국세청은 중간예납 신고납부계산서를 내지 않은 것만으로 무신고가산세를 매기지 않는다고 봅니다. 다만 세금을 기한까지 내지 않으면 납부지연가산세가 붙고, 계산 방법 선택권도 잃습니다.
• 작년에 결손이었으면 중간예납이 면제되나요?
  직전 사업연도에 중소기업이었고 가산세를 포함한 직전 산출세액 기준 계산액이 50만원 미만이어야 면제됩니다. 결손이어도 직전 사업연도 가산세가 커서 계산액이 50만원 이상이면 내야 합니다.
• 설립 다음 해에 사업자등록을 했으면 첫해인가요?
  아닙니다. 사업연도는 설립등기일부터 시작하므로, 국세청은 등기한 다음 해에 사업자등록을 했더라도 그해는 최초 사업연도가 아니어서 중간예납 의무가 있다고 봅니다. 사업 개시일 기준이 아닙니다.
• 기한을 넘기면 가결산 방식으로 낼 수 없나요?
  기한까지 내지 않으면 원칙적으로 직전 사업연도 산출세액 기준으로 계산해 세무서가 징수합니다. 상반기 실적이 나빠 가결산 방식이 유리했던 법인은 그 선택을 잃게 되므로 기한 안 납부가 중요합니다.
• 중간예납을 덜 냈으면 수정신고하나요?
  국세청은 중간예납이 과세표준 신고가 아니어서 수정신고 대상이 아니라고 봅니다. 부족분을 빨리 추가로 납부해 납부지연가산세가 붙는 기간을 줄이고, 최종 세액은 확정신고에서 정산합니다.
• 중간예납도 나누어 낼 수 있나요?
  낼 세액이 1천만원을 넘으면 납부기한이 지난 날부터 일반법인은 1개월, 중소기업은 2개월 안에 나누어 낼 수 있습니다. 12월 말 중소기업이라면 2026년에는 11. 2.까지입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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