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범칙조사 중 수정신고를 하면 그 세금은 나중에 다툴 수 없게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

범칙조사 중 수정신고한 세액은 처분이 아니어서 심판청구로는 다툴 수 없지만, 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 인정할 항목만 특정해 수정신고하면 나머지는 고지 뒤 심판청구로 다툴 수 있습니다. 2026두30500 판결과 가산세 감면 제외 기준을 함께 정리했습니다.

수정신고를 앞두고 있다면

수정신고한 세액은 납부고지가 아니어서 심판청구로 다툴 수 없고, 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 해야 바로잡을 수 있습니다. 경정청구에 2개월 안에 답이 없으면 그다음 날부터 불복할 수 있습니다.

범칙조사나 수사 중에 조사관이나 세무대리인에게서 수정신고를 권유받는 일이 많습니다. 법정신고기한 후 2년 안의 수정신고는 형을 감경할 수 있는 사유이고, 세무서와의 다툼을 줄이는 효과도 있습니다. 다만 수정신고는 스스로 세액을 확정하는 행위여서, 내용을 어떻게 쓰고 무엇을 넣느냐에 따라 뒤에 세금을 다투는 길이 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 인테리어 공사업을 하는 법인의 대표입니다. 2026. 5. 시작된 법인세 조사가 조세범칙조사로 바뀌었고, 조사관은 2023 사업연도와 2024 사업연도의 외주비 합계 4억 8,000만원이 가공 경비라며 수정신고를 하면 처벌에 참작될 수 있다고 했습니다. E씨는 그 가운데 1억 5,000만원은 실제로 일한 협력업체에 현금으로 준 대금이라 증빙을 모으고 있습니다. 수정신고서 제출 기한으로 안내받은 날이 다가오는데, 전부 수정신고하면 나중에 1억 5,000만원 부분을 다툴 수 없게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

수정신고한 세금은 어떤 절차로 다투나요?

경정청구로 다툽니다. 수정신고는 납세자가 스스로 과세표준과 세액을 고쳐 신고하는 것이어서 세무서의 처분이 없고, 처분을 대상으로 하는 심판청구는 할 수 없습니다. 대신 최초신고와 수정신고한 세액이 세법상 신고해야 할 세액을 넘는다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있고, 세무서가 거부하거나 2개월 안에 답하지 않으면 불복과 소송으로 이어집니다. 거부 통지를 받았다면 그날부터 다시 90일 안에 심판청구 등을 해야 합니다.

대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결은 수정신고를 취소하는 내용의 경정청구가 거부된 사안입니다. 원고 회사는 국외에서 공급된 용역에 일반세율로 매입세액을 공제받았다가, 공급자가 영세율로 수정세금계산서를 발급하고 환급을 받자 매입세액 상당액과 가산세를 수정신고·납부했습니다. 대법원은 본세 부분은 수정세금계산서 발급이 적법하다며 원심을 유지했지만, 가산세 부분은 원고가 공급자의 체납을 예견할 수 있었는지 등을 심리하지 않았다며 파기했습니다. 수정신고 뒤에도 경정청구를 통해 법원 판단을 받을 수 있음을 보여 주는 사례입니다.

수정신고와 고지를 기다리는 것은 무엇이 다른가요?

다투는 방식과 기한이 다릅니다. 수정신고 없이 세무서의 고지를 받으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다투고, 처분의 적법성은 원칙적으로 세무서가 증명해야 합니다. 수정신고를 하면 경정청구 기간은 5년으로 길지만, 신고한 세액이 과다하다는 점을 납세자가 먼저 주장하고 뒷받침해야 하는 구조가 됩니다. 경정청구 소송의 증명 문제는 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 다뤘습니다.

수정신고와 고지 후 불복 비교
구분수정신고한 세액고지받은 세액
다투는 절차 (핵심 행)경정청구 후 거부처분 불복심판청구 등 바로 불복
기한법정신고기한 후 5년고지서 받은 날부터 90일
가산세 감면조사 착수를 알고 낸 경우 제외감면 없음
형사 절차2년 안 수정신고는 감경 사유납부는 양형 참작 자료

수정신고는 기간이 길지만, 다툴 부분까지 넣으면 스스로 확정한 것이 됩니다.

출처 - 국세기본법 제45조의2 제1항, 제48조 제2항 제1호, 제68조 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제3항

가산세 감면도 따져야 합니다. 법정신고기한 후 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 90%에서 10%까지 감면받지만, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 낸 경우는 제외됩니다. 시행령은 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 낸 경우를 그 제외 사유로 정하고 있고, 조세범칙조사도 세무조사에 포함되므로 범칙조사 중 수정신고는 감면을 받기 어렵습니다. 형 감경도 법정신고기한 후 2년 안의 수정신고에 한정되어, E씨 회사가 12월 결산법인이라면 2023 사업연도분은 법정신고기한(2024. 4. 1.)부터 이미 2년이 지나 감경 사유에서 빠지고 2024 사업연도분만 해당합니다.

일부만 인정하고 나머지는 다투려면 어떻게 하나요?

인정하는 항목만 수정신고하고 다툴 항목은 넣지 않는 방법이 있습니다. E씨라면 증빙이 없는 3억 3,000만원 부분만 수정신고하고, 1억 5,000만원 부분은 세무서가 고지하면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 수정신고서나 함께 내는 설명서에는 수정 대상 항목과 금액을 특정해, 나머지 부분까지 인정한 것으로 읽히지 않게 합니다.

지적 항목별 수정신고 판단
  1. 1

    그 항목을 뒷받침할 증빙이 있나요?

    • 예2번 질문으로
    • 아니요(중립)결과 수정신고에 넣고 형사 참작 자료로 활용
  2. 2

    형사 절차에서도 그 항목을 다툴 계획인가요?

    • 예(유리)결과 수정신고에서 빼고 고지 후 심판청구
    • 아니요(중립)결과 다툼의 실익을 따져 범위 결정

출처 - 국세기본법 제45조, 제45조의2, 제68조

고지된 세금을 먼저 내더라도 불복할 권리는 그대로입니다. 납부한 뒤 처분이 취소되면 환급가산금과 함께 돌려받습니다. 수사나 재판 중 납부가 형에 어떻게 반영되는지는 「조세포탈로 수사나 재판을 받는 중에 세금을 다 내면 처벌에 반영되나요?」에서 설명했습니다.

이미 전부 수정신고했다면 되돌릴 수 있나요?

법정신고기한부터 5년이 지나지 않았다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 실제 대금 지급을 보여 주는 계좌 내역, 협력업체의 확인서, 공사 현장 기록을 모아 신고한 세액이 과다하다는 점을 구체적으로 밝혀야 합니다. 수정신고 당시 조사관의 권유나 형사 절차를 고려했다는 사정만으로는 부족하고, 거래의 실체를 보여 주는 자료가 중심이 되고, 경정청구서에는 수정신고 당시 왜 그 항목을 넣었는지와 새로 확보한 자료를 함께 적습니다.

부과제척기간이 이미 지난 연도를 수정신고하고 낸 세금은 납부의무가 없는 돈을 낸 것이 되어 돌려받을 여지가 있습니다. 그 기준은 「제척기간이 지난 뒤 수정신고하고 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?」에서 다뤘습니다.

범칙조사 중 수정신고 대응 순서

  • 항목 분리 - 조사관이 지적한 항목을 인정할 것과 다툴 것으로 나누고 금액을 다시 계산합니다.
  • 연도 확인 - 수정신고 대상 연도가 법정신고기한 후 2년 안인지, 제척기간이 남아 있는지 봅니다.
  • 신고서 작성 - 인정 항목과 금액만 특정해 수정신고하고, 다투는 부분은 넣지 않습니다.
  • 다툼 경로 확보 - 고지를 받으면 90일 안에 심판청구하고, 이미 수정신고한 부분은 5년 안에 경정청구합니다.
  • 형사 자료 연결 - 수정신고서와 납부 영수증을 수사기관과 법원에 참작 자료로 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지적된 항목 가운데 어느 부분을 증빙으로 뒷받침할 수 있는지와 수정신고서에 무엇을 적는지에 따라 뒤에 다툴 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 범칙조사 단계의 수정신고 검토와 그 뒤의 경정청구·심판청구, 형사 변호를 함께 수행합니다.

스스로 점검해 보기

해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.

  1. 조사관이 지적한 금액 가운데 증빙이 있는 부분이 있나요?

    그 부분은 수정신고에서 빼고 고지를 받은 뒤 90일 안에 심판청구로 다투는 방안을 검토합니다.

    국세기본법 제68조 제1항

  2. 수정신고 대상 연도의 법정신고기한이 2년 안인가요?

    형 감경 사유가 될 수 있으므로 인정할 항목은 기한 안에 수정신고하는 방안을 함께 봅니다.

    조세범 처벌법 제3조 제3항

  3. 이미 전부 수정신고했나요?

    법정신고기한 후 5년 안이면 거래 실체 자료를 모아 경정청구로 다툽니다.

    국세기본법 제45조의2 제1항

  4. 부과제척기간이 지났을 수 있는 연도까지 수정신고했나요?

    10년 기간이 적용되는지 확인하고, 아니라면 낸 세금의 반환을 검토합니다.

    국세기본법 제26조의2, 제45조 제1항

변호사에게 보내기

실무상 착안점

범칙조사 현장에서 수정신고는 대개 짧은 시간 안에 결정하도록 요구받습니다. 조사관이 정리한 금액을 그대로 옮겨 적으면 편하지만, 그 순간 다툴 수 있었던 부분까지 스스로 확정하게 됩니다. 수정신고서는 형사 절차의 참작 자료이면서 동시에 세금 다툼의 출발점이라는 점을 함께 봐야 합니다.

그래서 수정신고 전에 항목별 표를 먼저 만듭니다. 지적된 금액마다 증빙이 있는지, 누구의 진술로 뒷받침되는지, 형사 쪽에서 다툴 계획인지를 적어 두면 인정할 범위와 남길 범위가 자연스럽게 나뉩니다. 이 표는 뒤에 경정청구나 심판청구의 청구 이유로도 그대로 쓰입니다.

이미 전부 수정신고한 사건이라도 포기할 필요는 없습니다. 5년 경정청구 기간 안이라면 거래 실체를 보여 주는 자료로 다시 다툴 수 있습니다. 다만 수정신고 당시의 진술과 새로 내는 주장이 어긋나는 이유를 설명할 수 있어야 하므로, 그때의 경위를 기록으로 남겨 두는 것이 중요합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 조세범칙조사 단계에서 수정신고 범위를 검토하고, 그 뒤의 경정청구·심판청구와 같은 사건의 형사 변호를 함께 수행해 왔으며, 항목별로 인정과 다툼을 나눠 정리합니다.

  • 범칙조사 단계 수정신고 검토
  • 수정신고 후 경정청구
  • 경정청구 거부처분 취소소송
  • 조세포탈 형사 변호

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.20 기준으로 조문을 확인했습니다.

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지