양도소득세

사업소득 때문에 비사업용이 된 농지가 개발구역에 묶이면 사업용으로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 다른 사업소득이 매년 3,700만원 이상이어서 자경기간에서 빠진 농지는 도시개발구역으로 지정돼 건축이 제한됐더라도 비사업용 토지에서 벗어나지 못합니다. 국세청과 기획재정부는 사용 제한 기간을 사업용으로 보는 규정이 이런 농지에는 적용되지 않는다고 해석했습니다. 지금은 보유기간 중 사업소득금액이 3,700만원을 넘은 연도가 몇 해인지부터 세어 보아야 합니다.

개발구역 지정 통지서를 사용 제한의 증거로 모아 둘 필요까지는 없습니다. 이 사안에서 결론을 가르는 것은 개발구역 지정이 아니라 보유기간 동안의 소득금액과 실제 경작 여부이기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2005년 5월 경기 소재 논 930제곱미터를 샀습니다. 1997년부터 생화 도소매업을 해 왔고, 2013년부터는 사업소득금액이 매년 3,700만원을 넘었습니다. 논이 있는 지역은 2016년 11월 도시개발구역으로 지정됐고, 2020년 4월 실시계획인가로 주거지역에 편입돼 건축물 건축 같은 개발행위가 허가 대상이 됐습니다. 2024년 4월 환지예정지가 지정됐고 A씨는 2025년 8월 논을 팔았습니다. A씨는 주거지역에 편입된 뒤로는 땅을 마음대로 쓸 수 없었으니 그 기간은 사업용으로 보아 비사업용 토지에서 빠지는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업소득이 많은 농지 소유자는 왜 비사업용 토지가 되나요?

농지는 소유자가 농지 소재지에 살면서 직접 경작한 기간이 법정 기간에 못 미치면 비사업용 토지가 됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 소유자가 농지 소재지에 거주하지 않거나 자기가 경작하지 않는 농지를 비사업용 토지로 정하고, 시행령은 자경한 기간을 판정할 때 「조세특례제한법 시행령」의 자경기간 계산 규정을 준용합니다. 그 규정은 농업·임업·부동산임대업·농가부업 소득을 뺀 사업소득금액과 총급여액의 합계가 3,700만원 이상인 과세기간을 경작한 기간에서 제외합니다. 실제로 농사를 지었더라도 그 해에 다른 사업소득이 3,700만원을 넘으면 그 해는 자경하지 않은 것으로 보는 셈입니다.

• 기간 기준 - 소유기간이 5년 이상이면 양도일 직전 5년 중 2년 초과, 직전 3년 중 1년 초과, 소유기간의 100분의 40 초과 기간 모두에서 비사업용에 해당해야 비사업용 토지가 됩니다.
• 세율 - 비사업용 토지는 기본세율에 10퍼센트포인트를 더한 세율로 과세합니다.
• 사업소득 기준 - 사업소득금액이 음수면 0으로 보고, 총급여액과 합산해 3,700만원 이상인지 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사업소득이 매년 3,700만원 이상 계속 발생해 자경기간에서 제외된 농지는 비사업용 토지에 해당한다고 회신했습니다. 사전-2022-법규재산-1031(2023. 12. 28.)에서 질의자는 2002년 5월 산 논이 2015년 11월 도시개발구역으로 지정되고 2019년 4월 실시계획인가로 주거지역에 편입돼 건축 등 개발행위가 제한된 상태에서 2022년 8월 31일 팔았습니다. 질의자는 1997년부터 생화 도소매업을 해 2013년부터 양도일까지 사업소득금액이 매년 3,700만원 이상이었습니다. 질의자는 주거지역 편입일부터 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 「법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지」로 보아 그 기간을 사업용으로 치면 기간 기준을 못 채워 비사업용에서 빠진다고 주장했습니다. 국세청은 기획재정부 조세정책과-2514(2023. 12. 27.)를 인용해, 사업을 하다가 농지를 산 뒤 사업소득금액이 매년 3,700만원 이상 계속 발생하는 경우에는 자경기간에서 제외되어 비사업용 토지에 해당한다고 답했습니다.

회신과 기획재정부 해석은 판단 이유를 따로 적지 않고 결론만 밝혔습니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 사전답변이므로, 사업소득이 3,700만원 미만인 해가 많아 자경기간이 인정되는 농지라면 결론이 달라질 수 있습니다.

개발구역 지정은 왜 사용 제한으로 인정되지 않나요?

농지가 도시개발구역에 들어가도 농사를 짓는 데는 제약이 없기 때문입니다. 도시개발법상 건축물의 건축이나 토지 형질변경은 허가 대상이지만, 경작을 위한 형질변경이나 농림수산물 생산용 간이공작물 설치는 허가 없이 할 수 있습니다. 법원도 자경하지 않던 농지가 도시개발구역에 편입됐더라도 농지라는 본래 용도로 쓰는 데 아무런 제약이 없고 형질변경을 시도한 사실도 없다면 여전히 비사업용 토지라고 판단했고, 대법원은 이 판단을 그대로 확정했습니다. 사용 제한 규정은 토지 본래 용도의 사용 자체가 법령으로 막힌 경우에 적용된다는 뜻입니다.

비사업용 토지에서 빠질 수 있는 농지는 어떤 경우인가요?

현행 시행령은 비사업용 토지로 보지 않는 농지를 따로 정해 두고 있습니다. 직계존속이나 배우자가 8년 이상 농지 소재지에 살면서 직접 경작한 농지를 상속·증여받은 경우, 상속받은 농지를 상속개시일부터 5년 안에 양도하는 경우, 사업인정고시일부터 5년 이전에 취득해 협의매수·수용되는 경우 등입니다. 질병·고령·취학 같은 부득이한 사유로 자경할 수 없게 된 농지도 사유 발생일부터 소급해 5년 이상 재촌·자경했고 농지법에 따라 임대한 경우에는 자경 농지로 봅니다. 사업소득이 많은 소유자의 농지는 이 중 어느 하나에 해당하는지를 먼저 보고, 해당하지 않으면 보유기간 중 3,700만원 미만인 연도를 세어 기간 기준을 다시 계산해야 합니다.

사업소득 있는 농지 비사업용 토지 대응 순서

• 소득 연도 정리 - 농지 보유기간 동안 연도별 사업소득금액과 총급여액을 종합소득세 신고서로 확인해 3,700만원 이상인 해와 미만인 해를 나눕니다.
• 자경·재촌 증빙 - 3,700만원 미만인 해에 대해 농지 소재지 거주 사실과 직접 경작 사실을 주민등록 초본, 농지원부, 농자재 구입 내역, 농산물 판매 내역으로 정리합니다.
• 기간 기준 계산 - 양도일 직전 5년 중 2년, 직전 3년 중 1년, 소유기간의 100분의 40을 일수로 계산해 비사업용 기간이 세 기준을 모두 넘는지 봅니다. 하나라도 넘지 않으면 비사업용 토지가 아닙니다.
• 예외 규정 확인 - 상속·증여받은 농지인지, 수용되는 농지인지, 부득이한 사유로 임대한 농지인지 확인해 비사업용에서 제외되는 조항이 있는지 봅니다.
• 신고와 불복 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하고, 중과세율로 고지되면 90일 안에 심판청구로, 신고 뒤 자경 사실을 입증하게 되면 5년 안에 경정청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업소득이 3,700만원을 오르내린 해가 섞여 있거나 농지가 수용·환지된 경우에는 연도별 소득금액증명과 농지원부, 환지 관련 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비사업용 토지 중과세 처분에 대한 경정청구와 조세불복, 양도소득세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업소득 3,700만원은 매출인가요, 소득금액인가요?
  매출이 아니라 소득금액입니다. 필요경비를 뺀 사업소득금액과 근로소득 총급여액을 합쳐 3,700만원 이상인 과세기간을 자경기간에서 제외합니다. 농업·임업 소득, 부동산임대업 소득, 농가부업소득은 합산에서 빼고, 사업소득금액이 음수면 0으로 봅니다. 사업소득 총수입금액이 복식부기의무자 기준 이상인 해도 따로 제외됩니다.
• 3,700만원 미만인 해가 있으면 그 해는 자경으로 보나요?
  그 해에 실제로 농지 소재지에 살면서 직접 경작했다면 자경기간에 들어갑니다. 소득 기준은 자경 여부를 판정하는 조건 중 하나일 뿐이므로, 소득이 기준 미만인 해라도 경작 사실을 농지원부·농자재 구입 내역·농산물 판매 내역으로 입증해야 합니다. 이렇게 모은 자경기간이 기간 기준을 채우면 비사업용 토지가 아닙니다.
• 개발행위 허가 제한은 사용 제한이 아닌가요?
  농지에 대해서는 사용 제한으로 보지 않는 것이 국세청 해석과 법원 판단입니다. 도시개발구역에서 건축이나 형질변경은 허가 대상이지만 경작을 위한 형질변경과 농업용 간이공작물 설치는 허가 없이 할 수 있어 농지로 쓰는 데 제약이 없기 때문입니다. 건축이 막혔다는 사정만으로는 토지 본래 용도의 사용이 금지된 것이 아닙니다.
• 비사업용 토지 세율은 얼마나 높아지나요?
  비사업용 토지는 양도소득 기본세율에 10퍼센트포인트를 더한 세율로 과세합니다. 과세표준 1,400만원 이하 구간이 16퍼센트부터 시작해 구간별로 올라갑니다. 지정지역 안의 비사업용 토지는 여기에 100분의 10을 더합니다. 중과 여부가 세액에 크게 영향을 주므로 신고 전에 비사업용 판정을 먼저 가려야 합니다.
• 기간 기준은 어떻게 계산하나요?
  소유기간이 5년 이상인 토지는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 소유기간의 100분의 40을 초과하는 기간 모두에 걸쳐 비사업용에 해당해야 비사업용 토지가 됩니다. 기간은 일수로 셉니다. 소유기간이 3년 이상 5년 미만이거나 3년 미만이면 기준이 달라집니다.
• 수용되는 농지도 비사업용으로 중과되나요?
  사업인정고시일부터 5년 이전에 취득한 토지가 협의매수·수용되는 경우에는 비사업용 토지로 보지 않습니다. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지도 같습니다. 환지방식 도시개발사업처럼 수용이 아닌 경우에는 이 규정이 적용되지 않으므로, 사업 방식이 수용인지 환지인지부터 확인해야 합니다.
• 중과세율로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 비사업용으로 신고했다가 자경기간이 인정된다는 자료를 찾았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 어느 쪽이든 연도별 소득금액증명과 자경 증빙이 판단 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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