감면·공제

본점이 서울인 중소기업, 지방 공장 소득도 중소기업 특별세액감면을 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

법인의 본점이나 주사무소가 수도권에 있으면 공장이 지방에 있어도 모든 사업장을 수도권으로 보고 감면 비율을 정합니다. 중기업은 일반 서적 출판업을 빼면 수도권 감면 비율이 없어 감면을 받을 수 없습니다. 직원이 줄면 1억원 한도도 1명당 500만원씩 깎이고, 잘못 받은 감면은 5년 치까지 가산세와 함께 추징될 수 있습니다.

중소기업 특별세액감면은 지방에 공장을 둔 중소기업이 가장 많이 받는 감면입니다. 그런데 본점을 서울이나 경기에 둔 회사는 공장이 지방에 있어도 감면 비율을 수도권 기준으로 계산합니다. 중기업이라면 대부분의 업종에서 감면이 아예 없다는 뜻이어서, 이를 모르고 수도권 밖 비율로 신고했다가 몇 년 치를 한꺼번에 추징당하는 경우가 생깁니다. 직원이 줄어든 해에는 감면 한도도 줄어듭니다.

이런 상담이 많습니다

자동차 부품을 만드는 C법인은 공장이 충남에 있고 본점은 서울 강남구에 있습니다. 매출이 소기업 기준을 넘는 중기업이고, 2025 사업연도 법인세를 신고하면서 공장 소득에 수도권 밖 중기업 비율인 15%로 감면 8,000만원을 받았습니다. 2026. 9. 세무서에서 본점이 수도권이라 감면 대상이 아니라는 해명자료 제출 안내를 받았습니다. C법인 대표는 감면 전액을 다시 내야 하는지, 지난 몇 년 치도 문제가 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

본점이 수도권이면 지방 공장 소득도 수도권 비율인가요?

그렇습니다. 법인의 본점이나 주사무소가 수도권에 있으면 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 감면 비율을 정합니다. 공장 소재지나 매출이 어디서 나는지는 따지지 않습니다.

수도권 기준으로 보면 결과가 크게 갈립니다.

• 소기업 - 제조업 등은 20%, 도매·소매업과 의료업은 10%
• 중기업 - 일반 서적 출판업만 10%이고, 제조업을 포함한 나머지 업종은 감면 비율이 없음

C법인은 중기업이므로 본점이 서울인 한 제조업 소득에 감면을 받을 수 없습니다. 같은 이유로 2021~2024 사업연도에도 수도권 밖 비율을 적용했다면, 법정신고기한부터 5년이 지나지 않은 해는 모두 경정 대상이 될 수 있습니다. 본점을 실제로 지방 공장으로 옮기면 그 뒤 과세연도부터 수도권 밖 비율을 검토할 수 있지만, 등기만 옮기고 경영은 서울에서 하면 주사무소 판단에서 다툼이 생깁니다.

소기업과 중기업은 무엇으로 나누나요?

소기업은 중소기업 가운데 해당 과세연도 매출액이 업종별 소기업 규모 기준 이내인 기업입니다. 중소기업 판정과 달리 3년 평균이 아니라 그해 매출액으로 봅니다. 매출이 늘어 소기업 기준을 넘는 해에는 감면 비율이 바로 낮아지고, 본점이 수도권인 제조업체라면 20%에서 0%로 떨어집니다. 매출이 기준 근처인 회사는 결산 전에 소기업 여부를 먼저 따져 보아야 합니다.

이 구분은 「중소기업 특별세액감면의 소기업 여부, 3년 평균 매출로 따지나요?」에서 자세히 설명했습니다.

직원이 줄면 감면 한도가 얼마나 줄어드나요?

감면 한도는 1억원입니다. 다만 그해 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었으면 줄어든 1명당 500만원씩 한도가 깎이고, 20명이 줄면 한도는 0원이 됩니다.

상시근로자 수는 매월 말 인원을 더해 개월 수로 나눈 연평균으로 셉니다. 1년 미만 계약직, 임원, 최대주주와 그 친족은 빠지고, 월 60시간 이상 단시간근로자는 0.5명으로 셉니다. 연말에 다시 채용했더라도 한 해 평균이 줄었으면 한도가 깎입니다.

공장 매각 이익이나 이자수익도 감면되나요?

감면은 감면 업종을 경영하는 사업장에서 생긴 소득에만 적용됩니다. 광주지방법원 2020. 10. 22. 선고 2020구합12148 판결은 택시회사가 운송사업면허를 양도해 얻은 무형자산처분이익을 감면 대상 소득으로 보지 않았습니다. 고유의 영업에서 생긴 소득이 아니라는 이유였습니다.

공장이나 설비를 판 처분이익, 예금 이자, 주식 처분이익을 감면 소득에 넣어 계산했다면 세무조사에서 감면 대상 소득이 줄어들 수 있습니다. 감면 소득과 그 밖의 소득을 신고서에서 나눠 계산했는지 확인해 두십시오.

감면을 잘못 받았다면 가산세는 얼마나 붙나요?

감면이 배제되면 덜 낸 법인세를 내고, 일반적인 과소신고라면 그 세액의 10%를 과소신고가산세로 냅니다. 여기에 법정납부기한 다음 날부터 고지일 전날까지 하루 10만분의 22의 납부지연가산세가 붙습니다. C법인의 2025 사업연도분 8,000만원이라면 과소신고가산세만 800만원이고, 납부지연가산세는 기간에 따라 늘어납니다.

법정신고기한이 지난 뒤 스스로 수정신고하면 과소신고가산세가 1개월 이내 90%, 3개월 이내 75%, 6개월 이내 50%, 1년 이내 30%, 1년 6개월 이내 20%, 2년 이내 10% 줄어듭니다. 다만 세무서의 해명 안내를 받은 뒤에 낸 수정신고나 세무조사 착수를 안 뒤의 수정신고는 이 감면을 받지 못합니다. C법인처럼 이미 안내를 받았다면 감면보다는 소명할 사정이 있는지부터 따져야 합니다.

본점 기준을 몰랐다는 사정은 법령을 잘못 안 것이어서 가산세를 면제받는 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다. 반면 지방으로 실제 본점을 옮겼는데 등기 정리가 늦어진 것처럼 사실관계가 다르다면, 그 사실을 보여 주는 자료로 감면 자체를 다툴 수 있습니다.

감면 추징 대응 순서

• 본점·인원 확인 - 해당 연도 본점 소재지, 소기업 여부, 연평균 상시근로자 수를 연도별로 정리합니다.
• 대상 연도 산정 - 법정신고기한부터 5년이 지나지 않은 연도를 추려 추징 예상액을 계산합니다.
• 수정신고 판단 - 해명 안내 전이라면 수정신고로 과소신고가산세 감면을 받는 방안을 검토합니다.
• 해명자료 제출 - 실제 주사무소가 지방이었다는 사정 등 다툴 부분이 있으면 근거 자료와 함께 소명합니다.
• 과세전적부심사·심판청구 - 결과통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 본점의 실제 운영 장소, 소기업 해당 여부, 감면 소득의 범위에 따라 추징 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 조세특례 감면 추징에 대한 해명자료 작성, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공장이 지방이면 수도권 밖 감면 비율 아닌가요?
  법인의 본점이나 주사무소가 수도권에 있으면 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 감면 비율을 정합니다. 공장 소재지는 따지지 않으므로 지방 공장 소득도 수도권 비율을 적용합니다.
• 수도권 중기업은 감면이 전혀 없나요?
  수도권에서 중기업은 일반 서적 출판업만 10% 감면이 있고, 제조업을 포함한 다른 업종은 감면 비율이 없습니다. 소기업이라면 제조업 등 20%, 도매·소매업과 의료업 10%입니다.
• 소기업인지 중기업인지는 무엇으로 정하나요?
  해당 과세연도 매출액이 업종별 소기업 규모 기준 이내인지로 정합니다. 중소기업 판정처럼 3년 평균을 쓰지 않으므로, 매출이 늘어 기준을 넘은 해에는 그해부터 중기업 비율을 적용합니다.
• 직원이 줄면 감면이 얼마나 줄어드나요?
  상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었으면 1억원 한도에서 줄어든 1명당 500만원씩 뺍니다. 인원은 매월 말 인원의 연평균으로 세고, 20명이 줄면 한도는 0원이 됩니다. 연말 충원만으로는 평균이 회복되지 않을 수 있습니다.
• 공장을 판 이익도 감면받을 수 있나요?
  감면은 감면 업종 사업장의 고유 영업에서 생긴 소득에 적용됩니다. 하급심 판결은 운송사업면허 양도이익을 감면 소득으로 보지 않았으므로 자산 처분이익과 이자수익은 따로 계산해 두는 편이 안전합니다.
• 잘못 받은 감면은 몇 년 치까지 추징되나요?
  법인세 부과제척기간은 원칙적으로 법정신고기한부터 5년이므로 그 안의 연도가 경정 대상입니다. 해명 안내를 받기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세가 최대 90%까지 줄어듭니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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