감면·공제
중소기업 특별세액감면의 소기업 여부, 3년 평균 매출로 따지나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신
아니요, 중소기업 특별세액감면에서 소기업인지는 직전 3년 평균매출액이 아니라 감면을 받으려는 그 과세연도의 매출액을 업종별 소기업 기준금액과 비교해 판단합니다. 「조세특례제한법 시행령」이 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하면서 평균매출액등을 매출액으로 보도록 정하고 있기 때문입니다. 지금은 감면 대상 과세연도 손익계산서상 매출액이 주된 업종의 소기업 기준금액 안에 드는지부터 확인해 보시기 바랍니다.
소기업이냐 중기업이냐에 따라 같은 업종·같은 지역에서도 감면율이 두 배까지 차이 납니다. 신고 전에 해당 연도 매출액으로 다시 판정해야 합니다.
「중소기업기본법」상 소기업 확인서가 있다고 해서 세법상 소기업이 확정되는 것은 아닙니다. 세법은 매출액 산정 기준을 따로 정하고 있습니다.
이런 상담이 많습니다
지방에서 개인사업자로 식료품 제조업을 하는 J씨의 매출은 2022년부터 2024년까지 평균 110억원이었고, 2025년에는 125억원으로 늘었습니다. 식료품 제조업의 소기업 기준금액은 120억원입니다. J씨는 2025년 귀속 종합소득세를 신고하면서 3년 평균으로 보면 소기업이니 30% 감면을 적용하려 했습니다. 담당자는 2025년 매출만으로 보면 중기업이라 15%라고 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
중소기업 특별세액감면율은 어떻게 정해지나요?
감면율은 소기업인지 중기업인지, 사업장이 수도권 안인지 밖인지, 업종이 도매·소매·의료업인지에 따라 정해집니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 2028. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 이 감면을 적용합니다.
- 소기업, 도매업등 - 10%
- 소기업, 수도권, 그 밖의 업종 - 20%
- 소기업, 수도권 외, 그 밖의 업종 - 30%
- 중기업, 수도권 외, 도매업등 - 5%
- 중기업, 수도권 외, 그 밖의 업종 - 15%
- 감면 한도 - 1억원(상시근로자가 줄면 1명당 500만원씩 차감)
중기업이 수도권에서 경영하는 사업장은 일반 서적 출판업 등 일부를 빼면 감면 대상이 아닙니다. 그래서 소기업 판정은 감면 여부 자체를 가르기도 합니다.
소기업 판단은 어느 해 매출로 하나요?
감면을 받으려는 그 과세연도의 매출액으로 합니다. 시행령은 소기업을 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용해 산정한 규모 기준 이내인 기업으로 정하면서, 이 경우 평균매출액등은 매출액으로 본다고 규정합니다.
| 구분 | 비교하는 매출 | 기준금액 |
|---|---|---|
| 중소기업기본법 | 직전 3개 사업연도 평균매출액등 | 별표 3 |
| 조특법 제7조 소기업 | 감면 대상 과세연도 매출액 | 별표 3 준용 |
출처 - 조세특례제한법 시행령 제6조 제4항, 중소기업기본법 시행령 제7조
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
감면받을 해의 매출이 소기업 기준금액을 넘나요?
중기업 감면율로 다시 계산합니다
조세특례제한법 시행령 제6조 제4항
3년 평균 매출로 소기업 감면율을 적용해 신고했나요?
고지 전 수정신고를 검토합니다
조세특례제한법 제7조 제1항
사업장이 수도권 안에 있나요?
중기업이면 감면 대상인지부터 확인합니다
조세특례제한법 제7조 제1항
그해 매출이 기준 이내인데 중기업 감면율로 신고했나요?
5년 안에 경정청구를 검토합니다
국세기본법 제45조의2 제1항
「중소기업기본법」은 원래 직전 3개 사업연도 총매출액을 3으로 나눈 평균매출액등으로 규모를 판단합니다. 세법은 기준금액만 빌려 오고 비교 대상은 해당 과세연도 매출액으로 바꾼 것입니다.
매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 그 과세연도 손익계산서상 매출액입니다. 창업한 해에는 연간 매출액으로 환산합니다.
국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?
국세청은 「조세특례제한법」 제7조 제1항의 소기업은 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용해 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말하고 평균매출액등은 매출액으로 보므로, 2017년의 소기업 해당 여부는 2017년 당해 매출액으로 판단한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0046, 2018. 3. 15.).
질의자는 감면 업종을 경영하면서 2017년 매출은 기준을 넘을 수 있지만 직전 3년 평균은 기준 이하인 사업자였습니다. 국세청은 시행령 후단의 뜻이 평균매출액등을 쓰는 「중소기업기본법」과 달리 감면 대상 사업연도 매출액과 소기업 기준금액을 비교하라는 것이라고 보았습니다. 당시 조문은 시행령 제6조 제5항이었고 지금은 같은 내용이 제6조 제4항에 있습니다.
소기업과 중기업의 감면 차이는 얼마인가요?
J씨 사례에서 2025년 제조업 사업장 소득에 대한 소득세가 2억원이라면, 소기업이면 30%인 6,000만원, 중기업이면 15%인 3,000만원을 감면받습니다. 차이는 3,000만원입니다.
| 소기업(수도권 외 제조업 30%) | 6,000만원 |
|---|---|
| 중기업(수도권 외 제조업 15%) | 3,000만원 |
단순 예시 계산(감면 한도 1억원 이내)
3년 평균으로 소기업이라 보고 30%를 적용해 신고했다면 3,000만원이 과소신고된 셈이어서, 나중에 경정되면 그 세액과 가산세를 함께 내야 합니다. 반대로 해당 연도 매출이 기준 이내인데 중기업 감면율로 신고했다면 경정청구로 차액을 돌려받을 수 있습니다.
중소기업 자체에 해당하는지도 세법은 같은 방식으로 해당 과세연도 매출액과 「중소기업기본법 시행령」 별표 1 기준을 비교합니다.
소기업 감면 판정 대응 순서
- 주된 업종 확인 - 사업자등록과 수입금액 구성으로 주된 업종을 정하고 별표 3의 소기업 기준금액을 찾습니다.
- 해당 연도 매출 확인 - 감면받을 과세연도 손익계산서상 매출액을 기준금액과 비교합니다.
- 감면율 적용 - 소기업·중기업, 수도권 여부, 업종 구분에 맞는 감면율과 1억원 한도를 적용합니다.
- 감면 신청 - 과세표준신고 때 세액감면신청서를 함께 냅니다.
- 정정·불복 - 감면율을 잘못 적용했다면 수정신고나 5년 안 경정청구를, 세무조사 결과통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 여러 업종을 함께 하거나 사업장이 수도권 안팎에 나뉘어 있으면 업종별 수입금액과 사업장별 소득을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 중소기업 감면 배제·축소 처분을 둘러싼 조세불복을 수행합니다.
실무상 착안점
소기업이라는 말은 같아도 법마다 판단하는 매출이 다릅니다. 「중소기업기본법」은 3년 평균매출액을 쓰지만 중소기업 특별세액감면은 감면받는 그해 매출액을 쓰므로, 매출이 기준선 근처에서 늘고 있는 사업자는 해마다 판정이 바뀔 수 있습니다.
그래서 결산이 끝나면 그해 손익계산서 매출액과 주된 업종의 기준금액을 먼저 맞춰 보는 것이 좋습니다. 매출에 잡을지 영업외수익으로 볼지 다툼이 있는 항목이 있다면 그 처리 근거도 함께 정리해 둡니다.
세무조사에서 감면율 적용이 잘못됐다고 지적되면 여러 해의 감면세액이 한꺼번에 문제가 됩니다. 연도별 매출액 산정표와 업종 판정 자료가 있어야 과세전적부심사나 심판청구에서 감면율을 다툴 수 있습니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 중소기업 특별세액감면 배제·축소를 둘러싼 조세불복을 수행해 왔으며, 소기업 판정 사안은 연도별 손익계산서와 업종별 수입금액을 대조해 감면율을 다시 산정하는 방식으로 대응합니다.
- 종합소득세 부과처분 취소소송
- 종합소득세 경정거부처분 취소소송
- 법인세 경정거부처분 취소소송
- 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle
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- 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
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- 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
- 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요
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법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요
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출처
- 조세특례제한법 시행령 제6조 제4항
- 조세특례제한법 제7조 제1항
- 중소기업기본법 시행령 제7조
- 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항
- 국세청 사전-2018-법령해석소득-0046(2018. 3. 15.)
- 국세기본법 제45조의2 제1항
- 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항
- 국세기본법 제81조의15 제2항
2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.
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