감면·공제

주거지역에 편입된 농지를 팔면 자경 감면은 편입 전에 오른 값까지만 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

그렇습니다. 주거·상업·공업지역에 편입된 농지는 편입일까지 생긴 소득에만 자경농지 감면이 적용되고, 비율은 취득·편입·양도 당시 기준시가로 계산합니다. 시 지역 농지는 편입일부터 3년이 지나 팔면 감면 대상에서 빠지므로, 개발을 기다리며 잔금을 미루기 전에 3년 기한과 대규모 개발사업 예외를 먼저 확인해야 합니다.

농지가 주거지역으로 편입되면 땅값이 크게 오르고, 매수 제안도 이어집니다. 이때 8년 넘게 농사지은 분들은 판 금액 전체에 감면이 적용된다고 생각하기 쉽습니다. 그러나 편입된 농지는 편입일까지 생긴 소득에 대해서만 감면되고, 시 지역에서는 편입일부터 3년이 지나면 감면 대상에서 아예 빠집니다. 매도 시점을 정하기 전에 두 가지를 함께 계산해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2003년에 산 논 2,000㎡에서 20년 넘게 벼농사를 지었습니다. 이 논이 있는 시의 동 지역이 2024. 3. 15. 도시관리계획 변경으로 주거지역에 편입되었습니다. 2026. 9. 한 시행사가 매수를 제안했는데, 주변에서는 개발이 더 진행된 뒤 팔면 값이 오른다며 1년쯤 기다리라고 권합니다. E씨는 지금 팔면 감면이 얼마나 되는지, 기다리면 감면에 어떤 영향이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주거지역에 편입되면 감면은 어디까지 되나요?

8년 자경 요건을 갖춘 농지가 주거·상업·공업지역에 편입되었거나 환지예정지로 지정된 경우, 감면은 편입일이나 지정일까지 발생한 소득에만 적용됩니다. 그 뒤에 오른 땅값에 대한 세금은 감면되지 않습니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「조세특례제한법」의 내용입니다.

편입일까지의 소득은 기준시가 비율로 나눕니다. 양도소득금액에 「편입일 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액」을 「양도 당시 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액」으로 나눈 비율을 곱합니다. 농지라면 기준시가는 개별공시지가로 계산하며, 편입일에 새 공시지가가 아직 고시되지 않았다면 직전 공시지가를 씁니다.

감면세액은 실제로 얼마나 되나요?

E씨 논의 양도소득금액이 6억원이고, 취득 당시 기준시가가 1억원, 편입일 기준시가가 3억원, 양도 당시 기준시가가 5억원이라고 해 보겠습니다. 비율은 2억원을 4억원으로 나눈 50%이므로 감면대상 소득은 3억원입니다. 나머지 3억원에 대한 세금은 내야 합니다.

감면세액은 산출세액에 「감면대상 소득에서 기본공제를 뺀 금액」이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱해 구합니다. 이렇게 나온 감면세액도 한 과세기간 1억원, 5개 과세기간 합계 2억원 한도 안에서만 감면되므로, 땅값이 크게 오른 경우 한도에 걸리는지 함께 계산합니다.

편입일부터 3년이 지나면 어떻게 되나요?

양도일 현재 특별시·광역시(광역시의 군 지역 제외)나 시에 있는 농지가 주거·상업·공업지역에 편입된 날부터 3년이 지났다면 자경농지 감면 대상에서 제외됩니다. 도농복합 형태 시의 읍·면 지역과 제주특별자치도 행정시의 읍·면 지역은 이 제한에서 빠집니다. 사례의 E씨는 시의 동 지역이므로 2027. 3. 15.이 지나기 전에 양도를 마쳐야 합니다.

양도일은 원칙적으로 잔금을 받은 날이고, 잔금 전에 등기를 넘기면 등기접수일입니다. 계약만 3년 안에 하고 잔금을 3년 뒤에 받으면 양도일이 3년을 넘기므로, 개발을 기다리며 잔금일을 미루는 계약은 특히 주의합니다. 매수인이 인허가를 이유로 잔금 연기를 요청하면 연기 전에 3년 기한부터 확인합니다.

3년이 지나도 감면되는 예외가 있나요?

있습니다. 토지소유자가 1천명 이상이거나 면적이 100만㎡(택지개발·대지조성사업은 10만㎡) 이상인 대규모 개발사업으로 편입되었는데 사업시행자의 단계적 사업 시행이나 보상 지연으로 3년이 지난 경우, 국가·지방자치단체·공공기관이 시행하는 개발사업으로 편입되었는데 사업시행자에게 책임이 있는 사업·보상 지연으로 3년이 지난 경우에는 감면 대상에서 빠지지 않습니다.

예외에 해당해도 감면은 여전히 편입일까지의 소득에만 적용됩니다. 예외 해당 여부는 사업인정 고시, 보상 계획 공고, 사업 지연 경위 같은 공문서로 보여 주어야 하므로 시행자에게 자료를 요청해 둡니다.

개발사업으로 수용되면 계산이 달라지나요?

공익사업으로 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 된 기준시가를 양도 당시 기준시가로 봅니다. 이 기준시가는 보상금을 산정할 당시의 개별공시지가입니다. 보상금 산정 시점과 실제 잔금 시점이 다르더라도 비율 계산에는 보상 산정 당시 공시지가를 넣습니다.

수용되는 농지는 공익사업용 토지 감면 등 다른 감면과 겹칠 수 있습니다. 이때는 어느 감면을 고르는지에 따라 세액과 한도 계산이 달라지므로, 보상 협의 단계에서 두 감면의 결과를 나란히 계산해 본 뒤 신고서에 적을 감면을 정합니다. 「8년 농사지은 땅이 수용되면 자경감면과 수용감면을 함께 받을 수 있나요?」에서 선택 기준을 자세히 설명했습니다.

편입 농지 감면 대응 순서

• 편입일 확인 - 도시관리계획 결정 고시일과 해당 지역이 시의 동 지역인지 읍·면 지역인지 확인합니다.
• 3년 기한 계산 - 편입일부터 3년이 되는 날을 잔금일의 마지막 날로 잡고 계약 일정을 짭니다.
• 감면액 계산 - 취득·편입·양도 당시 공시지가로 감면대상 소득과 한도 초과분을 미리 계산합니다.
• 예정신고 - 세액감면신청서에 편입 고시문과 공시지가 확인서를 붙여 냅니다.
• 다툼 대응 - 3년 경과 예외나 비율 계산을 두고 감면이 배제되면 변호사와 과세전적부심사·심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 편입 고시일과 지역 구분, 개발사업의 규모와 지연 경위에 따라 감면 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 편입 농지의 양도 시기 설계와 감면 배제에 대한 과세전적부심사·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주거지역에 편입된 농지도 8년 자경 감면이 되나요?
  됩니다. 다만 감면은 주거·상업·공업지역에 편입된 날까지 생긴 소득에만 적용되고, 편입 뒤 오른 값에 대한 세금은 감면되지 않습니다. 편입일까지의 소득은 기준시가 비율로 나누어 계산합니다.
• 편입일까지의 소득은 어떻게 나누나요?
  양도소득금액에 (편입일 기준시가 - 취득 당시 기준시가) ÷ (양도 당시 기준시가 - 취득 당시 기준시가) 비율을 곱합니다. 농지는 개별공시지가를 쓰고, 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 된 공시지가를 양도 당시 기준시가로 봅니다.
• 편입되고 3년이 지나서 팔면 어떻게 되나요?
  특별시·광역시(군 제외)·시 지역의 농지는 편입일부터 3년이 지나 양도하면 자경농지 감면 대상에서 빠집니다. 도농복합 시의 읍·면 지역과 광역시의 군 지역은 이 3년 제한이 적용되지 않습니다.
• 계약만 3년 안에 하면 되나요?
  아닙니다. 기준은 양도일이고 양도일은 원칙적으로 잔금을 받은 날입니다. 잔금 전에 등기를 넘겼다면 등기접수일입니다. 계약을 3년 안에 했더라도 잔금일이 3년을 넘기지 않도록 일정을 정합니다.
• 보상이 늦어져 3년이 지났는데도 감면받을 수 있나요?
  대규모 개발사업이나 국가·지방자치단체·공공기관의 개발사업으로 편입되었고, 사업시행자의 단계적 시행이나 책임 있는 보상 지연으로 3년이 지난 경우에는 감면 대상으로 남습니다. 지연 경위는 공문서로 보여 줍니다.
• 편입 농지 감면에도 한도가 있나요?
  있습니다. 감면세액은 한 과세기간 1억원, 5개 과세기간 합계 2억원까지입니다. 편입 뒤 땅값이 크게 올라 감면대상 소득이 큰 경우에는 감면세액이 한도를 넘는지 미리 계산해 납부할 세액을 준비합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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• 8년 농사지은 땅이 수용되면 자경감면과 수용감면을 함께 받을 수 있나요?
• 농지를 해를 나눠 두 번에 팔면 자경 감면 한도를 두 번 받을 수 있나요?
• 공익사업으로 수용되는 땅은 비사업용 토지 중과를 피할 수 있나요?
• 잔금 전에 매수인이 농지에 집을 짓기 시작했다면 8년 자경 감면을 못 받나요?
• 양도세 신고 때 자경농지 감면신청을 빠뜨렸다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?

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