감면·공제

사업장이 두 곳인 개인사업자, 고용 증가 세액공제는 사업장별로 따지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 사업장이 둘 이상인 개인사업자의 고용 증가 세액공제는 사업장별이 아니라 그 사업자의 전체 사업장 상시근로자 수를 합쳐 직전 과세연도와 비교합니다. 「조세특례제한법」은 공제 주체를 내국인으로 정하고 내국인은 거주자이므로, 한 사업장 인원이 줄어도 전체 인원이 늘었다면 공제와 추징을 전체 기준으로 판단하기 때문입니다. 지금은 모든 사업장의 월별 상시근로자 수를 합쳐 연도별로 다시 계산해 보시기 바랍니다.

한 사업장의 직원이 줄었다고 해서 그 사업장 몫의 공제를 포기하거나 추징을 각오할 필요는 없습니다. 다른 사업장에서 늘어난 인원과 합쳐 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

개인사업자 K씨는 지방에서 제조 공장 A와 설비 시공 사업장 B를 함께 운영합니다. 2024년 상시근로자는 A가 30명, B가 10명이었는데, 2025년에는 일감이 B로 옮겨 가면서 A가 20명, B가 50명이 됐습니다. 담당 세무 직원은 A는 10명이 줄었으니 A 사업장은 공제를 받을 수 없고 예전 공제분도 추징될 수 있다고 했습니다. K씨는 전체로는 30명이 늘었는데 어떻게 판단하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

고용 증가는 누구를 기준으로 계산하나요?

공제를 받는 내국인, 즉 개인사업자라면 그 거주자 한 사람을 기준으로 계산합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 내국인을 「소득세법」에 따른 거주자와 「법인세법」에 따른 내국법인으로 정의합니다.

고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 규정은 내국인의 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 증가한 경우 공제한다고 정합니다. 사업장 단위로 따로 계산하라는 문구는 없습니다.

따라서 사업장이 몇 곳이든 같은 사업자의 모든 사업장 상시근로자 수를 합친 숫자가 비교 대상입니다. 사업장별로 사업자등록이 따로 되어 있어도 사업자가 같은 사람이면 결론은 같습니다.

한 사업장 인원이 줄면 추징되나요?

전체 인원이 줄지 않았다면 추징되지 않습니다. 공제 후 2년 안의 추징도 전체 상시근로자 수가 최초 공제 연도보다 감소했는지로 판단합니다.

청년등 상시근로자 수가 줄어든 경우에는 청년등 증가분에 대한 추가 공제 부분만 적용하지 않고 그 금액을 다시 냅니다. 이 판단도 전체 사업장의 청년등 인원 합계로 합니다.

K씨 사례에서 A 사업장은 10명이 줄었지만 B 사업장이 40명 늘어 전체로는 40명에서 70명으로 30명이 늘었습니다. 공제와 추징 모두 이 30명 증가를 기준으로 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2 이상의 사업장을 운영하는 개인사업자가 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항부터 제3항까지를 적용할 때 상시근로자 수는 전체 사업장을 기준으로 계산한다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석소득-0119, 2019. 5. 22.).

질의자는 두 사업장을 운영하는 개인사업자로, 한 사업장은 2017년 30명에서 2018년 20명으로 줄고 다른 사업장은 10명에서 50명으로 늘었습니다. 국세청은 조세법규는 문언대로 해석해야 하고, 공제 주체인 내국인이 거주자로 정의되므로 사업장이 아닌 거주자 기준으로 고용 증가를 판단해야 한다고 보았습니다. 이 회신은 같은 개인이 여러 사업장을 운영한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 사업장마다 사업자가 다르면 따로 판단합니다.

지금은 어떤 공제를 적용하나요?

고용증대세액공제는 2024. 12. 31.이 속하는 과세연도까지 적용되고, 그 뒤 고용 증가에 대한 공제는 통합고용세액공제로 받습니다. 2025년 귀속분은 2025. 12. 23. 개정 전 통합고용세액공제 규정에 따라 직전 과세연도보다 상시근로자 수가 늘었는지로 판단합니다.

2026. 12. 31.이 속하는 과세연도부터는 직전 3개 과세연도 가운데 1개 이상 과세연도보다 상시근로자 수가 늘었는지로 바뀌고, 증가 시점별로 공제 금액도 달라집니다. 어느 규정이든 공제 주체는 내국인이므로 여러 사업장을 운영하는 개인사업자는 전체 사업장 인원을 합쳐 계산합니다.

다수 사업장 고용 세액공제 대응 순서

• 사업자 단위 확인 - 각 사업장의 사업자등록상 대표자가 같은 사람인지 확인합니다.
• 인원 합산 - 모든 사업장의 월별 상시근로자 수를 합쳐 연평균 인원을 연도별로 계산합니다.
• 적용 규정 선택 - 귀속 연도에 따라 고용증대세액공제나 통합고용세액공제 중 적용 규정을 확인하고 공제세액계산서를 작성합니다.
• 추징 점검 - 공제 후 2년 동안 전체 인원과 청년등 인원이 최초 공제 연도보다 줄지 않았는지 해마다 확인합니다.
• 정정·불복 - 사업장별로 계산해 공제를 덜 받았다면 5년 안에 경정청구를, 추징 결과통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업장을 새로 열거나 양수한 해, 공동사업장이 섞인 경우는 인원 승계 규정과 사업자등록 내용을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 고용 관련 세액공제 추징과 경정청구를 둘러싼 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업장별로 사업자등록이 따로 있어도 합치나요?
  네, 사업자등록이 사업장마다 따로 있어도 대표자가 같은 개인이면 공제 주체는 그 거주자 한 사람입니다. 그래서 모든 사업장의 상시근로자 수를 합쳐 직전 과세연도와 비교합니다. 대표자가 다른 사업장은 합치지 않습니다.
• 법인이 지점을 여러 개 둔 경우도 같은가요?
  법인은 내국법인 자체가 공제 주체이므로 본점과 지점의 상시근로자 수를 합쳐 판단하는 것이 문언에 맞습니다. 개인사업자와 마찬가지로 지점 한 곳의 인원 감소만으로 공제나 추징을 판단하지 않습니다.
• 추징은 언제까지 따지나요?
  고용증대세액공제는 최초로 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 전체 상시근로자 수가 최초 공제 연도보다 줄었는지 봅니다. 줄었다면 그 과세연도부터 공제를 적용하지 않고 공제받은 세액을 다시 냅니다.
• 2025년 귀속분은 어떤 규정을 적용하나요?
  고용증대세액공제는 2024년 귀속까지 적용되므로, 2025년 귀속분은 2025. 12. 23. 개정 전 통합고용세액공제 규정을 적용합니다. 직전 과세연도보다 상시근로자 수가 늘었는지로 판단하고, 증가 인원과 지역에 따라 공제액이 정해집니다.
• 2026년 귀속부터는 무엇이 바뀌나요?
  2026. 12. 31.이 속하는 과세연도부터는 직전 3개 과세연도 가운데 1개 이상보다 상시근로자 수가 늘었는지로 판단합니다. 중소기업은 직전·전전·전전전 과세연도 대비 증가분마다 다른 금액을 곱해 더하는 방식으로 공제액을 계산합니다.
• 사업장별로 계산해 공제를 덜 받았다면요?
  전체 사업장 기준으로 다시 계산하면 공제액이 늘어나는 경우 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 사업장별 월별 인원표와 합산 계산서, 공제세액계산서를 함께 냅니다.
• 추징 결과통지를 받았다면 어떻게 하나요?
  결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 한 사업장 인원 감소만 근거로 한 추징이라면 전체 사업장 인원 합계로 감소가 없었다는 점을 4대보험 자료와 함께 보여 주어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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