감면·공제

투자세액공제 받은 기계를 2년 안에 팔거나 임대하면 세금을 다시 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

통합투자세액공제를 받은 자산을 투자완료일부터 2년(건물·구축물 5년)이 지나기 전에 팔거나 임대하면, 처분한 과세연도 신고 때 공제세액과 하루 10만분의 22의 이자상당가산액을 냅니다. 합병·분할·현물출자 등으로 소유권이 넘어가거나 내용연수가 지난 자산을 처분하는 경우는 예외이고, 관계회사 임대는 처분에 들어갑니다.

투자세액공제를 받은 설비라도 언제든 팔 수 없는 것은 아닙니다. 묶이는 기간은 투자완료일부터 2년이고, 합병·현물출자로 넘어가거나 내용연수가 지난 자산을 처분하는 경우는 추징하지 않습니다. 문제는 기간 계산을 잘못하거나 관계회사에 빌려주는 것을 처분이 아니라고 생각하는 경우입니다. 신성장·국가전략기술 시설은 3개 과세연도 동안 생산 비율까지 지켜야 합니다.

이런 상담이 많습니다

포장재를 만드는 중소기업 F법인은 2025. 3. 15. 10억원짜리 성형기 설치를 마치고, 2026. 3. 법인세 신고 때 통합투자세액공제 1억원을 받았습니다. 그런데 주문 구조가 바뀌어 이 설비가 남게 되었고, 2026. 11. 관계회사에 매각하거나 임대할 계획을 세웠습니다. F법인 대표는 2026. 10. 7. 지금 팔면 공제받은 세금을 다시 내야 하는지, 얼마를 더 내는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공제받은 설비는 언제까지 갖고 있어야 하나요?

투자완료일부터 2년이 지나기 전에 그 자산을 처분하면 공제받은 세액을 다시 냅니다. 연구·시험, 직업훈련, 에너지 절약, 근로자복지 등을 위한 건물·구축물은 5년입니다. 처분에는 임대도 들어가므로, 관계회사에 빌려주는 것도 추징 사유가 됩니다.

팔지 않고 갖고 있더라도 같은 기간 안에 다른 목적으로 전용하면 마찬가지로 공제세액과 이자상당가산액을 냅니다. 예를 들어 제조 설비를 공제 대상이 아닌 임대사업에 쓰기 시작하면 전용이 될 수 있습니다.

F법인의 투자완료일은 2025. 3. 15.이므로 2027. 3. 15.이 지나기 전에 팔거나 임대하면 추징 대상입니다. 기간은 공제받은 날이 아니라 투자완료일부터 셉니다. 여러 해에 걸친 투자라면 자산별로 설치를 마친 날이 다를 수 있으므로, 처분하려는 자산의 투자완료일을 따로 확인합니다.

팔거나 빌려줘도 추징되지 않는 경우가 있나요?

다음 경우는 2년 안에 소유권이 넘어가도 추징하지 않습니다.

• 현물출자, 합병, 분할, 분할합병으로 자산이 넘어가는 경우
• 법인세법 제50조가 적용되는 교환이나 통합, 사업전환, 사업의 승계로 넘어가는 경우
• 내용연수가 지난 자산을 처분하는 경우
• 국가·지방자치단체나 학교 등에 기부하고 그 자산을 계속 쓰는 경우

개인사업자가 법인으로 전환하면서 설비를 현물출자하는 경우는 이 예외에 들어갑니다. 사업을 통째로 넘기는 사업양도는 조문에 따로 적혀 있지 않아 「통합」이나 「사업의 승계」에 해당하는지 따로 따져야 합니다. 반면 일부 설비만 관계회사에 팔거나 빌려주는 것은 예외가 아닙니다. 고장으로 폐기하는 경우도 별도 예외가 없으므로, 폐기 사유와 시점을 자료로 남겨 두어야 합니다. 사업 일부를 관계회사로 옮기는 재편이라면, 설비만 따로 넘기기보다 분할이나 현물출자처럼 예외에 들어가는 방식으로 넘길 수 있는지 먼저 따져 볼 실익이 있습니다.

다시 낼 세액은 얼마이고, 언제 내나요?

처분한 날이 속하는 과세연도의 법인세 신고 때 공제받은 세액에 이자상당가산액을 더해 냅니다. 이자상당가산액은 공제받은 과세연도의 신고일 다음 날부터 처분한 과세연도의 신고일까지 하루 10만분의 22로 계산합니다.

F법인이 2026. 11.에 팔면 2027. 3. 31. 신고 때 1억원과 2026. 4. 1.부터 2027. 3. 31.까지 365일분 이자상당가산액 803만원을 함께 냅니다. 신고 때 빠뜨리면 그 금액에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 더해질 수 있습니다. 2027. 3. 16. 이후로 처분을 미루면 추징 없이 정리할 수 있으므로, 남는 설비를 몇 달 더 보유하는 비용과 추징액 1억 803만원을 비교해 시기를 정하는 것이 현실적입니다.

신성장·국가전략기술 시설은 무엇을 더 지켜야 하나요?

신성장·원천기술이나 국가전략기술 제품 외에 일반 제품도 함께 만드는 사업화시설은, 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지 총생산량 중 해당 기술 제품 비율이 50%를 넘어야 합니다. 50% 이하이면 그 기간이 끝나는 날 전용한 것으로 봅니다.

이때는 공제받은 세액 전체가 아니라, 일반 시설이었다면 받았을 공제액과의 차액에 이자상당가산액을 더해 냅니다. 중소기업이 국가전략기술사업화시설 20억원에 25%인 5억원을 공제받았다면, 일반 시설 공제율 10%로 계산한 2억원과의 차액 3억원이 추징 대상입니다. 다만 신성장·원천기술 제품까지 합친 비율이 50%를 넘으면 신성장사업화시설 공제율 12%를 기준으로 차액을 계산합니다. 회사는 기간 동안 모든 제품의 생산량을 측정·보관하고 마지막 과세연도 신고 때 생산량 실적 자료를 내야 합니다. 이 자료가 없으면 50%를 넘었다는 사실을 회사가 보여 주기 어렵고, 세무조사에서 제품별 판매 자료로 역산한 비율을 그대로 받아들여야 하는 상황이 생길 수 있습니다. 제품 코드별 월간 생산 집계를 투자 첫해부터 남겨 두는 것이 가장 확실한 대비입니다. 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 연구개발시설은 일시적으로 사업화에 쓰는 시설과 그 사용시간도 이 기준에 포함되었습니다.

투자세액공제 추징 대응 순서

• 투자완료일 확인 - 설치·검수 완료일을 계약서와 검수조서로 확정하고 2년이 끝나는 날을 셉니다.
• 처분 방식 검토 - 매각·임대 대신 예외에 해당하는 분할이나 현물출자가 가능한지 봅니다.
• 추징액 계산 - 처분 시기별로 공제세액과 이자상당가산액을 비교합니다.
• 신고 반영 - 처분한 과세연도 신고 때 추징액을 함께 내고 공제 명세를 고칩니다.
• 조사 대응 - 세무서가 처분이나 전용으로 보는 시점·범위에 이견이 있으면 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 투자완료일, 처분 상대방과 방식, 시설의 생산 비율에 따라 추징 여부와 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 투자세액공제 추징에 대한 세무조사 소명과 과세전적부심사, 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 투자세액공제 받은 기계는 언제부터 팔 수 있나요?
  투자완료일부터 2년이 지나면 팔아도 추징되지 않습니다. 연구·에너지 절약·근로자복지 등을 위한 건물·구축물은 5년입니다. 공제받은 신고일이 아니라 설치를 마친 투자완료일부터 셉니다.
• 관계회사에 빌려주는 것도 처분인가요?
  그렇습니다. 처분에는 임대가 포함되므로 2년 안에 관계회사나 다른 회사에 빌려주면 공제세액과 이자상당가산액을 냅니다. 무상으로 쓰게 하는 경우도 실질이 임대라면 같은 문제가 생길 수 있습니다.
• 추징되지 않는 처분도 있나요?
  현물출자, 합병, 분할, 분할합병이나 법인세법 제50조가 적용되는 교환·통합 등으로 넘어가는 경우, 내용연수가 지난 자산을 처분하는 경우, 국가 등에 기부하고 계속 쓰는 경우는 2년 안이라도 추징하지 않습니다. 일부 설비만 파는 것은 예외가 아닙니다.
• 이자상당가산액은 어떻게 계산하나요?
  공제세액에 공제받은 과세연도 신고일 다음 날부터 처분한 과세연도 신고일까지의 일수와 하루 10만분의 22를 곱합니다. 1억원을 공제받고 365일이 지나면 이자상당가산액은 803만원입니다.
• 언제 다시 내야 하나요?
  처분한 날이 속하는 과세연도의 법인세 과세표준신고 때 함께 냅니다. 신고에서 빠뜨리면 법인세를 덜 낸 것으로 보아 과소신고가산세와 납부지연가산세가 더해질 수 있으니 신고서에 꼭 반영합니다.
• 국가전략기술 시설은 무엇을 더 지켜야 하나요?
  일반 제품도 함께 만드는 시설은 다음 3개 과세연도 동안 총생산량 중 국가전략기술 제품 비율이 50%를 넘어야 합니다. 50% 이하이면 일반 시설 공제액과의 차액과 이자상당가산액을 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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