감면·공제

첫해 고용증대세액공제를 놓쳐 기한이 지났는데 다음 해 추가공제는 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 고용이 늘어난 첫해 공제를 경정청구 기한이 지나 받지 못했더라도 그 뒤 고용이 줄지 않았다면 기한이 남은 연도의 고용증대세액공제 추가공제는 받을 수 있습니다. 추가공제 요건은 첫해 고용 증가와 그 뒤 유지이고 첫해 공제 여부는 요건이 아닙니다. 지금은 연도별 상시근로자 수와 경정청구 기한부터 확인하십시오.

첫해 공제를 놓쳤다고 고용증대세액공제 전체를 포기할 필요는 없습니다. 고용이 늘어난 사실과 그 뒤 유지된 사실만 상시근로자 명부로 보여 주면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

도소매업을 하는 중소기업 G법인은 2020년에 상시근로자가 60명에서 64명으로 늘었고, 2021년과 2022년에도 64명 이상을 유지했습니다. 당시 고용증대세액공제를 몰라 신고 때 신청하지 않았고, 2026년 9월에야 알게 됐을 때는 2020 사업연도 경정청구 기한이 이미 지나 있었습니다. G법인은 첫해 공제를 받지 못했는데도 2021·2022 사업연도에 추가공제를 청구할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

첫해 공제를 놓쳤어도 다음 해 추가공제를 받을 수 있나요?

네, 고용이 늘어난 해에 경정청구 기한이 지나 첫해 공제를 받지 못했더라도, 그 뒤 연도에 고용이 줄지 않아 추가공제 요건을 갖췄다면 경정청구 기한이 남은 연도의 추가공제는 받을 수 있습니다. 법은 고용이 늘어난 해와 그 다음 1년(중소기업·중견기업은 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제하도록 정합니다. 추가공제 여부는 첫해 고용이 실제로 늘었는지와 그 뒤 유지됐는지로 정해지고, 첫해에 실제로 공제를 받았는지는 요건이 아닙니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제29조의7도 같은 구조입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 상시근로자 수가 직전보다 늘어 고용증대세액공제 요건을 갖췄으나 경정청구 기간이 지나 그해 공제를 받지 못했더라도, 이후 경정청구 기간 안의 과세연도에 고용이 줄지 않아 추가공제 요건을 갖췄다면 추가공제가 가능하다고 회신했습니다(서면-2024-법규법인-2296, 2025. 1. 24.). 질의 법인은 도소매 중소기업으로 상시근로자가 2017년 58명, 2018년 60명, 2019년 64명, 2020년 65명, 2021년 63명이었고, 2018 사업연도는 경정청구 기간이 지나 공제를 받지 못했습니다.

같은 쟁점에 대해 국세청은 개인사업자 사안에서도 서면-2024-법규소득-4153(2025. 2. 19.)으로 같은 결론을 냈습니다. 국세청은 법 문언상 첫해에 고용이 늘고 다음 해에 유지되기만 하면 각 과세연도의 공제 요건이 충족된다고 보았습니다. 첫해 고용 증가 여부가 추가공제 금액을 정할 뿐 첫해에 실제 공제했는지에 따라 추가공제가 정해지지 않으므로 배제할 근거가 없다는 것입니다. 창업중소기업 감면에서도 첫해 감면을 받지 않았더라도 남은 감면기간에 감면을 인정한 해석(서면-2014-법인-22091, 2015. 5. 18.)과 같은 취지라는 점도 들었습니다.

이 회신은 질의 법인의 연도별 상시근로자 수를 전제로 합니다. 중간에 상시근로자가 최초 공제 연도보다 줄었다면 그 연도부터 추가공제를 받을 수 없어 결론이 달라집니다.

고용이 줄면 추가공제는 어떻게 되나요?

최초로 공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 전체 상시근로자 수가 최초 공제 연도보다 줄면 줄어든 연도부터 추가공제를 받을 수 없습니다. 청년등상시근로자만 줄었다면 청년 몫 공제만 빠집니다. 이미 공제받은 금액이 있으면 시행령이 정한 방식으로 계산한 금액을 법인세로 냅니다. 첫해 공제를 받지 못한 경우에도 추가공제 연도의 인원 비교는 고용이 늘어난 첫해를 기준으로 합니다.

고용증대세액공제는 언제까지 적용되나요?

고용증대세액공제는 2024. 12. 31.이 속하는 과세연도까지 상시근로자가 늘어난 경우에 적용됩니다. 그 이후 고용 증가분은 통합고용세액공제 요건을 따로 확인해야 합니다. 2024 과세연도에 고용이 늘어난 중소기업은 그 뒤 2개 과세연도까지 추가공제를 이어서 받을 수 있으므로, 이미 지난 연도의 공제 누락이 없는지 지금 점검할 실익이 있습니다.

고용증대세액공제 추가공제 대응 순서

• 인원 표 작성 - 연도별 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수를 원천징수 신고 자료로 계산해 표로 만듭니다. 매월 말 인원의 평균으로 셉니다.
• 기준 연도 확정 - 고용이 처음 늘어난 연도와 늘어난 인원을 정합니다. 이 인원이 추가공제 금액의 기준이 됩니다.
• 기한 확인 - 연도별 법정신고기한에서 5년이 지났는지 따져 청구할 수 있는 연도를 고릅니다. 가장 먼저 끝나는 연도부터 청구합니다.
• 경정청구 - 세액공제신청서와 상시근로자 명세를 붙여 경정청구서를 냅니다. 최저한세와 이월공제 여부도 함께 계산합니다.
• 거부 시 불복 - 첫해 공제를 받지 않았다는 이유로 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상시근로자 수 계산에서 제외되는 사람과 연도 중 합병·분할 여부에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 원천징수 자료와 근로계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 추가공제 금액은 첫해 기준으로 계산하나요?
  네, 추가공제 금액은 고용이 처음 늘어난 과세연도의 증가 인원을 기준으로 정합니다. 첫해에 실제로 공제를 받지 못했더라도 그해 늘어난 인원에 법정 금액을 곱한 금액이 다음 연도의 추가공제액이 됩니다. 다만 그 뒤 연도에 인원이 줄면 줄어든 연도부터 빠집니다.
• 중소기업은 몇 년 동안 공제를 받나요?
  고용이 늘어난 과세연도와 그 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지, 모두 3개 과세연도에 공제를 받습니다. 중견기업도 같고, 그 밖의 기업은 그 다음 1년까지 2개 과세연도입니다.
• 청년만 줄고 전체 인원은 그대로면요?
  전체 상시근로자 수는 유지됐지만 청년등상시근로자 수가 최초 공제 연도보다 줄었다면, 줄어든 연도부터 청년 몫으로 받는 공제만 적용되지 않습니다. 청년 외 인원 몫의 추가공제는 전체 인원이 유지되는 한 계속 받을 수 있습니다.
• 경정청구 기한은 어떻게 계산하나요?
  사업연도별 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안입니다. 12월 결산 법인이면 다음 해 3월 말 신고기한에서 5년을 세므로, 2021 사업연도분은 2027. 3. 31.까지입니다. 추가공제가 걸린 연도가 여러 해라면 각각 따로 기한을 확인해야 합니다.
• 2025년 이후 고용이 늘면 어떤 공제를 보나요?
  고용증대세액공제는 2024. 12. 31.이 속하는 과세연도까지의 고용 증가에 적용됩니다. 그 뒤 고용 증가분은 통합고용세액공제 요건을 따로 봐야 하며, 현행 조문은 직전 3개 과세연도 인원과 비교하는 방식 등 계산 구조가 다르므로 연도별로 어느 제도가 적용되는지 확인해야 합니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  세무서가 첫해 공제를 받지 않았다는 이유로 추가공제를 거부했다면 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 심판청구에서도 받아들여지지 않으면 행정소송으로 다툽니다. 국세청 회신과 연도별 인원표가 주요 자료가 됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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