감면·공제

태양광 REC 판매수익에도 중소기업 특별세액감면이 적용되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 태양광 발전사업자가 공급인증서(REC)를 팔아 얻은 수익은 재생에너지 발전사업에서 발생한 소득으로 보아 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있습니다. 기획재정부는 공급인증서가 발전사업 과정에서 나오고 그 판매수익은 사업장에서 직접 발생한 소득이라고 회신했습니다. 지금은 감면 신청을 했는지, 전력판매대금과 REC 판매수익을 사업소득에 모두 넣어 신고했는지부터 확인해야 합니다.

REC 수익을 전력판매대금과 떼어 따로 신고하거나 감면 계산에서 미리 빼 둘 필요는 없습니다. 둘 다 같은 발전사업장의 사업소득이고, 감면 계산도 사업장 단위로 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년부터 지방 소도시 세 곳에 태양광 발전설비를 설치해 발전사업을 하고 있습니다. 2022년 2월 한국에너지공단에서 공급인증서 발급 대상 설비확인을 받은 뒤 전력은 한국전력에 계통한계가격으로 팔고, 공급인증서는 공급의무자인 발전사에 고정가격계약으로 팔아 왔습니다. 2025년 5월 2024년 귀속 종합소득세를 신고하면서 전력판매대금 1억 8,000만원과 REC 판매수익 9,000만원을 합친 사업소득 전체에 중소기업 특별세액감면을 적용했는데, 세무서에서 REC 수익은 감면 대상이 아니라는 안내를 받았다며 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

REC 판매수익도 감면 대상 소득에 들어가나요?

네, 들어갑니다. 중소기업 특별세액감면은 감면 업종을 경영하는 중소기업의 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세를 줄여 주는 제도입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」은 감면 업종에 「재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 재생에너지 발전사업을 넣고 있습니다. 공급인증서는 재생에너지로 전력을 공급했음을 공급인증기관이 증명하는 서류이고, 발전사업자는 이를 거래시장에서 공급의무자에게 팝니다. 전력을 생산하는 과정에서 생기는 인증서이므로 그 판매수익은 발전사업장에서 직접 발생한 소득으로 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

기획재정부 조세특례제도과-940(2024. 10. 30.) 회신은 신·재생에너지 발전사업자의 공급인증서 판매수입은 발전사업에서 발생한 소득으로서 중소기업 특별세액감면 적용 대상 소득에 해당한다고 답했고, 국세청도 과세기준자문(기준-2023-법규소득-0216, 2024. 11. 12.)에서 이 기획재정부 해석을 참고하라고 회신했습니다. 질의자는 2013년부터 세 곳에 태양광 설비를 두고 발전사업을 하면서 2014년 공급인증서 발급 대상 설비확인을 받아 REC 수입을 얻고, 그 수입을 포함한 사업소득 전체에 감면을 적용해 확정신고한 사람이었습니다. 기획재정부는 대법원이 감면 대상인 해당 사업에서 발생한 소득을 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득으로 한정해 온 법리를 전제로, 공급인증서가 발전 과정에서 발급되고 공급의무자가 의무공급량을 채우기 위해 이를 사야 하는 구조, 고정가격계약 입찰에서 전력판매가격과 REC 가격을 더한 금액을 기준가격으로 삼는 구조를 들어 REC 수익을 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득으로 보았습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 발전설비 없이 인증서만 사고파는 거래처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

감면 신청서를 내지 않았더라도 감면 요건을 갖추면 감면해야 한다는 것이 대법원의 판단입니다. 감면 신청 규정은 납세자에게 서류 제출이라는 협력의무를 둔 것에 그친다고 보았습니다.

감면 비율과 한도는 어떻게 되나요?

재생에너지 발전사업은 도매업·의료업이 아닌 일반 감면 업종이므로 소기업이 수도권에서 하면 100분의 20, 수도권 밖에서 하면 100분의 30, 중기업이 수도권 밖에서 하면 100분의 15의 비율로 감면합니다. 감면액은 과세연도마다 1억원이 한도이고, 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었으면 줄어든 1명당 500만원씩을 뺀 금액이 한도가 됩니다. 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용됩니다.

• 소기업, 수도권 밖 - 100분의 30
• 소기업, 수도권 - 100분의 20
• 중기업, 수도권 밖 - 100분의 15
• 한도 - 과세연도당 1억원, 상시근로자 감소 시 1명당 500만원 차감

2026. 9. 18.부터 무엇이 바뀌었나요?

감면 업종의 근거 법률 이름이 바뀌었습니다. 회신 당시 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 신·재생에너지 발전사업이었던 감면 업종은 법률 제명 변경에 따라 「재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 재생에너지 발전사업으로 조문이 고쳐졌습니다. 태양광 발전사업이 감면 업종이라는 점과 REC 판매수익을 사업장 소득으로 보는 구조는 그대로입니다.

태양광 REC 수익 감면 대응 순서

• 소득 구성 정리 - 사업장별로 전력판매대금, REC 판매수익, 그 밖의 수입을 나눠 적습니다. REC 수익이 어느 설비에서 나왔는지 설비확인서로 연결합니다.
• 감면 요건 확인 - 중소기업 해당 여부, 소기업인지 중기업인지, 사업장 소재지가 수도권인지에 따라 감면 비율을 정합니다.
• 신고 내역 확인 - 감면신청서를 냈는지, REC 수익을 감면 대상 소득에 넣었는지 확인합니다. 빠졌다면 경정청구 대상입니다.
• 경정청구 - 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 감면을 반영한 경정청구를 합니다. 기획재정부 회신과 설비확인서, REC 거래 내역을 붙입니다.
• 불복 판단 - 세무서가 REC 수익을 감면에서 빼고 고지하면 90일 안에 심판청구로 다툴 실익을 따집니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발전설비를 임대했거나 공급인증서를 제3자에게서 사서 되판 거래가 섞인 사안은 설비확인서·거래 내역·계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 경정거부처분 취소소송과 세액감면 부인에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공급인증서는 무엇이고 어디서 파나요?
  재생에너지로 에너지를 공급한 사실을 공급인증기관이 증명하는 인증서입니다. 발전사업자가 발급을 신청하면 기관이 공급량과 기간을 확인해 발급하고, 거래하려면 공급인증기관이 개설한 거래시장에서 해야 합니다. 유효기간은 발급일부터 3년이고, 공급의무자가 의무공급량에 충당하면 효력을 잃습니다.
• 감면 신청서를 안 냈으면 감면을 못 받나요?
  감면 요건을 갖추면 신청서가 없어도 감면해야 한다는 것이 대법원의 판단입니다. 감면 신청 규정은 납세자에게 서류 제출이라는 협력의무를 둔 것에 그친다고 보았습니다. 다만 다툼을 줄이려면 확정신고 때 감면신청서를 내고, 빠뜨렸다면 경정청구를 하면서 함께 내는 것이 안전합니다.
• 감면 한도 1억원은 어떻게 계산하나요?
  과세연도마다 감면액의 한도는 1억원입니다. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었으면 줄어든 1명당 500만원씩을 1억원에서 뺀 금액이 한도가 되고, 그 결과가 음수이면 0으로 봅니다. 감면 비율을 곱해 나온 세액상당액이 한도를 넘으면 한도까지만 감면됩니다.
• 감면 비율이 더 커지는 경우도 있나요?
  해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 같은 업종을 계속 경영했고, 종합소득금액이 1억원 이하이며, 성실사업자 요건을 모두 갖춘 중소기업은 감면 비율에 100분의 110을 곱한 비율을 적용합니다. 세 요건을 모두 충족해야 하므로 사업 개시일과 소득금액을 먼저 확인해야 합니다.
• 법 이름이 바뀌었는데 예전 신고분은 어떻게 되나요?
  감면 업종의 근거 법률 제명이 2026. 9. 18.부터 「재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」으로 바뀌었을 뿐, 태양광 발전사업이 감면 업종이라는 점은 그대로입니다. 그 전 과세연도 신고분도 당시 조문의 신·재생에너지 발전사업에 해당하면 감면 대상이고, 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 수도권에서 하는 발전사업도 감면되나요?
  됩니다. 소기업이 수도권에서 도매업등을 제외한 감면 업종을 경영하면 100분의 20을 감면합니다. 수도권 밖이면 소기업 100분의 30, 중기업 100분의 15입니다. 내국법인의 본점이 수도권에 있으면 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 비율을 적용하므로 법인 발전사업자는 본점 소재지를 함께 봐야 합니다.
• 세무서가 REC 수익을 빼고 고지하면 언제까지 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 신고를 해 둔 상태에서 감면만 빠뜨렸다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 두 기한을 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 고지서 수령일과 신고일을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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