세무조사

특정 항목만 부분조사를 받았는데, 같은 해 다른 항목을 또 조사받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

앞선 조사가 특정 항목만 본 부분조사였다면 같은 해 다른 항목을 조사하는 것은 현행법상 허용됩니다. 다만 탈세 제보·명의위장·거래상대방 확인 같은 사유의 부분조사는 같은 세목·과세기간에 2회를 넘을 수 없습니다. 앞선 조사가 통합조사였거나 같은 항목을 다시 본다면 세무서는 다른 재조사 사유를 갖춰야 합니다.

같은 연도를 다시 조사받는다고 모두 위법한 것은 아닙니다. 세목이 다르면 애초에 재조사 금지 대상이 아니고, 앞선 조사가 특정 항목만 본 부분조사였다면 나머지 부분을 조사하는 것은 법이 허용합니다. 문제가 되는 것은 통합조사를 받은 연도를 다시 보거나, 같은 사유의 부분조사가 세 번째로 나오는 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 음식점을 운영하는 개인사업자입니다. 2025. 7. 탈세 제보가 있었다며 2023년 귀속 종합소득세 가운데 현금매출 누락 부분만 확인하는 부분조사를 받았고, 1,800만원을 추가로 냈습니다. 2026. 9. C씨는 같은 2023년 귀속 종합소득세에 대해 다시 사전통지서를 받았는데, 조사 사유는 직원 명의를 빌린 인건비 계상 혐의이고 범위는 인건비 항목이었습니다. C씨는 이미 조사받은 해를 또 조사하는 것은 금지된 재조사가 아닌지, 앞으로도 계속 이런 식으로 조사받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

통합조사와 부분조사는 어떻게 다른가요?

원칙은 통합조사입니다. 세무조사는 납세자의 사업과 관련해 신고·납부의무가 있는 세목을 통합해서 하는 것이 원칙이고, 세목의 특성이나 신고유형, 사업규모, 탈루 혐의를 고려해 필요하거나 조세채권 확보를 위해 긴급한 때에만 특정 세목만 조사할 수 있습니다.

여기에 더해 특정 사항만 확인하는 부분조사가 있습니다. 부분조사를 할 수 있는 경우는 법에 정해져 있습니다.

• 경정청구 처리나 국세환급금 결정을 위한 확인
• 이의신청·심판청구 등의 재조사 결정에 따른 사실관계 확인
• 거래상대방 세무조사 중 거래 일부 확인
• 구체적인 탈세 제보에 대한 확인
• 명의위장·차명계좌를 이용한 탈루 혐의 확인
• 시행령이 정한 경우(특수관계 주주 간 이익분여 혐의, 긴급한 무자료·가공거래 확인, 다른 기관 제공 자료 처리, 조세조약상 비과세·면제 신청 확인, 정상가격 사전승인 신청 취소·철회 등)

부분조사라면 사전통지서에 그 범위가 적혀야 합니다.

부분조사를 받은 해를 다시 조사하면 재조사 아닌가요?

같은 세목·같은 과세기간의 재조사는 원칙적으로 금지됩니다. 대법원은 2015년, 특정 항목만 조사한 경우에도 같은 세목·과세기간을 다시 조사하면 다른 항목만 보더라도 금지되는 재조사라고 판단했습니다. 다만 다른 조사 도중 범위가 넓어져 일부 항목만 보게 된 경우처럼 처음부터 전부 조사하기 어려웠던 사정이 있으면 예외로 보았습니다.

그 뒤 2017. 12. 19. 국세기본법 개정으로 부분조사 제도가 생기면서, 부분조사를 한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것이 재조사 허용 사유로 법에 들어갔습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」에서도 같습니다. 그래서 C씨처럼 앞선 조사가 현금매출만 본 부분조사였다면, 같은 해 인건비 항목을 조사하는 것 자체는 금지된 재조사가 아닙니다. 반대로 앞선 조사가 통합조사였거나 이번 조사가 앞선 부분조사와 같은 항목이라면, 세무서는 다른 재조사 허용 사유를 따로 갖춰야 합니다.

부분조사는 몇 번까지 받을 수 있나요?

거래상대방 조사 중 거래 확인, 탈세 제보 확인, 명의위장·차명계좌 확인, 시행령이 정한 경우를 사유로 한 부분조사는 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 2회를 넘을 수 없습니다. 경정청구·환급 확인이나 재조사 결정에 따른 부분조사는 이 횟수에 들어가지 않습니다. C씨의 이번 조사는 같은 2023년 귀속 종합소득세에 대한 두 번째 부분조사이므로 허용되지만, 같은 계열의 사유로 세 번째 부분조사를 하는 것은 할 수 없습니다.

세목이 다르면 이 계산도 따로 합니다. 같은 해 부가가치세 조사를 받았더라도 종합소득세 조사는 같은 세목이 아니어서 재조사 금지나 횟수 제한의 대상이 아닙니다. 재조사 금지는 세목과 과세기간을 단위로 판단하기 때문입니다.

부분조사 범위 밖 자료를 요구하면 어떻게 하나요?

부분조사는 통지된 사항을 확인하는 데 필요한 부분에 한정됩니다. 세무공무원은 조사에 필요한 최소한의 범위에서 장부를 요구해야 하고, 조사 대상 세목·과세기간의 세액 계산과 관계없는 자료를 요구해서는 안 됩니다. 조사 도중 범위를 넓히려면 다른 과세기간·세목·항목에 대한 구체적인 탈루 증거가 확인되거나, 같은 항목에 같은 잘못이 다른 과세기간에도 있을 것으로 의심되는 경우여야 하고, 그 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다.

연간 수입금액(양도가액)이 100억원 미만(부가가치세 조사는 1과세기간 공급가액 50억원 미만)인 중소규모납세자는 범위 확대에 대해 세무조사 일시중지·중지를 요청할 수 있고, 그 밖의 납세자에 대한 범위 확대는 납세자보호위원회 심의 대상입니다. 통지 없이 범위가 넓어졌다면 요구받은 자료와 날짜를 기록해 두십시오.

부분조사 재조사 대응 순서

• 앞선 조사 기록 모으기 - 이전 사전통지서, 결과통지서, 낸 자료 목록으로 세목·과세기간·범위를 정리합니다.
• 이번 통지서와 대조 - 세목과 과세기간이 같은지, 부분조사 범위가 앞선 조사와 겹치는지 확인합니다.
• 사유와 횟수 세기 - 이번 사유가 2회 제한 대상인지, 같은 세목·과세기간에 몇 번째인지 셉니다.
• 범위 밖 요구 기록 - 통지된 부분조사 범위 밖 장부 요구는 근거를 서면으로 묻습니다.
• 권리보호 요청과 불복 준비 - 금지된 재조사나 횟수 초과로 보이면 조사 기간 안에 일시중지·중지 심의를 요청하고, 과세되면 그 하자를 불복 사유로 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 앞선 조사가 실제로 통합조사였는지 부분조사였는지, 두 조사의 항목이 겹치는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부분조사 범위 검토, 재조사 금지 위반 주장, 조사 중 권리보호 요청과 과세 후 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부분조사가 무엇인가요?
  경정청구 확인, 재조사 결정, 거래상대방 조사 중 거래 확인, 탈세 제보, 명의위장·차명계좌 혐의처럼 법이 정한 사유가 있을 때 해당 사항 확인에 필요한 부분만 조사하는 것입니다. 사전통지서에 부분조사 범위가 적힙니다.
• 부분조사 뒤 같은 해 다른 항목을 조사하면 위법인가요?
  현행법은 부분조사를 한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것을 재조사 허용 사유로 정하고 있어 그 자체로 위법은 아닙니다. 다만 앞선 부분조사와 같은 항목을 다시 본다면 다른 허용 사유가 필요합니다.
• 부분조사는 몇 번까지 가능한가요?
  거래상대방 조사 중 거래 확인, 탈세 제보, 명의위장·차명계좌, 시행령이 정한 사유의 부분조사는 같은 세목·과세기간에 2회를 넘을 수 없습니다. 경정청구·환급 확인과 재조사 결정에 따른 부분조사는 횟수에 들어가지 않습니다.
• 부가세 조사 후 같은 해 소득세 조사도 재조사인가요?
  재조사 금지는 같은 세목·같은 과세기간을 기준으로 판단하므로 세목이 다르면 재조사 금지 대상이 아닙니다. 다만 세무조사는 사업 관련 세목을 통합해 하는 것이 원칙이므로 따로 조사한 이유는 사전통지서로 확인합니다.
• 예전에는 특정 항목 조사 후 재조사가 금지됐다던데요?
  대법원은 2015년 특정 항목만 조사했어도 같은 세목·과세기간을 다시 조사하면 재조사라고 판단했습니다. 그 뒤 2017년 개정으로 부분조사 후 남은 부분 조사가 허용 사유로 들어가, 지금은 앞선 조사가 부분조사인지가 쟁점입니다.
• 횟수를 넘는 부분조사라면 어떻게 하나요?
  조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장이나 지방국세청장에게 위법한 세무조사의 일시중지·중지를 납세자보호위원회 심의로 요청할 수 있습니다. 과세가 되면 재조사 금지·횟수 제한 위반을 불복 사유로 정리합니다.

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