세금

세법이 바뀌었는데 종전 감면 규정을 계속 적용해 달라고 할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

종전 감면을 부칙 경과조치로 주장하려면 종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 감면을 명시했어야 합니다. 대법원은 이 요건이 없다며 법인지방소득세 이월공제를 인정한 원심을 파기했습니다. 감면을 믿었다는 사정을 길게 설명하기보다 종전 조문의 문언부터 확인하시면 됩니다.

종전 감면을 부칙 경과조치로 주장하려면 종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 감면을 명시했어야 합니다. 대법원은 이 요건이 없다며 법인지방소득세 이월공제를 인정한 원심을 파기했습니다. 감면을 믿었다는 사정을 길게 설명하기보다 종전 조문의 문언부터 확인하시면 됩니다.

부칙에 「종전의 규정에 따른다」고 되어 있으면 감면이 유지되나요?

그 문구만으로 유지되지는 않습니다. 대법원 2023. 12. 7. 선고 2020두42668 판결은 법인지방소득세 사건입니다. 2014. 1. 1. 개정 지방세법은 법인세액에 10%를 곱하던 방식을 바꿨습니다. 법인세 과세표준에 법인세율의 10%를 적용하는 독립세 방식이 됐습니다. 부칙 제15조는 「이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다」고 정했습니다.

원고 회사는 2009~2013 사업연도에 지출한 연구·인력개발비 등을 최저한세 미달 등으로 공제받지 못했습니다. 2014~2017 사업연도 법인세에는 이월공제를 적용했지만 법인지방소득세에는 적용하지 않았습니다. 회사는 경과규정을 근거로 2018. 10. 8. 환급을 구하는 경정청구를 했고 거부됐습니다. 원심은 회사 주장을 받아들였습니다. 대법원은 원심을 파기하고 사건을 돌려보냈습니다. 납세자가 대법원에서 진 판결입니다.

종전 규정이 어떤 내용이어야 보호받나요?

종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 비과세·면제나 과세유예를 명시하고 있어야 합니다. 그렇지 않으면 대법원은 「설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐」이라고 봅니다. 98두13713 판결부터 이어진 기준입니다.

2020두42668 판결은 「종전의 규정」을 개정 대상인 구 지방세법 본칙으로 한정했습니다. 이월공제를 정한 구 조세특례제한법 조항은 다른 법률에 있고 개정 대상도 아니어서 빠졌습니다. 그 조항은 법인세 공제 규정일 뿐 지방소득세 감면 규정도 아니라고 했습니다. 구 지방세법 본칙은 산출방법만 정했을 뿐 감면을 명시하지 않았다고 보았습니다.

같은 쟁점의 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두41696 판결도 결론이 같습니다. 원심이 회사 청구를 받아들이지 않았고 대법원은 회사의 상고를 기각했습니다. 독자 사안에서도 감면 조문이 개정된 그 법률 안에 있었는지부터 보셔야 합니다. 사전확인을 믿은 경우는 「감면대상이라는 사전확인을 받았는데 추가투자 감면이 거부되면 신뢰보호를 주장할 수 있나요?」에서 설명했습니다.

개정이 예고됐는데 거래를 미뤘다면 신뢰를 주장할 수 있나요?

그렇게 주장하기는 어렵습니다. 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결은 휴면법인 인수에 따른 등록세 중과 사건입니다. 2010. 1. 1. 시행 개정 지방세법은 휴면법인 인수를 대도시 법인 설립에 포함해 중과 대상으로 삼았습니다. 원고의 등록세 과세요건은 개정법 시행 뒤에 생겼습니다. 원심은 종전 규정이 장래 일정 기간 중과하지 않겠다고 명시하지 않았다고 보았고, 대법원은 이를 정당하다고 했습니다.

대법원은 개정법 시행이 예고된 상황이었다는 점도 들었습니다. 원고는 2009. 11. 24. 대금을 청산했으므로 연말까지 등기를 마쳐 중과를 피할 수 있었다고 보았습니다. 그리고 원고의 상고를 기각했습니다. 개정 예고를 알고도 과세요건 완성을 미뤘다면 신뢰 주장은 약해질 수 있습니다.

반대로 과세요건이 개정 전에 충족됐다면 새 법으로 소급해 과세할 수 없습니다. 충족 전이라도 취득과 밀접한 원인행위로 법적 지위를 얻었다면 보호될 수 있습니다. 대법원 2015. 10. 15. 선고 2015두36652 판결이 이 기준을 세웠고, 「취득세 감면이 줄기 전에 경매 매각허가를 받았다면 종전 감면을 받나요?」에서 자세히 다뤘습니다.

법이 전부 개정됐다면 예전 부칙은 어떻게 되나요?

전부 개정되면 종전 부칙의 경과규정도 원칙적으로 효력을 잃습니다. 대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두13076 판결은 자경농지 양도소득세 면제 사건입니다. 조세감면규제법이 조세특례제한법으로 전문 개정되면서 통작거리에 관한 시행령 부칙의 면세 경과규정이 실효됐다고 보았습니다. 새 법의 일반 경과규정으로도 종전 규정을 적용할 수 없다며 상고를 기각했습니다.

다만 대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결은 특별한 사정이 있으면 종전 경과규정이 유지된다고 했습니다. 계속 적용한다는 별도 규정을 둔 경우뿐 아니라 예외적 사정이 있는 경우도 포함됩니다. 입법 경위와 취지, 법률상 공백이 생기는지 등을 종합해 판단합니다. 이 사건에서는 종전 부칙이 유지돼 과세 근거가 됐고 회사의 상고가 기각됐습니다. 그래서 예전 부칙을 근거로 삼으려면 그 뒤 전부 개정이 있었는지 연혁부터 확인해야 합니다.

종전 감면 적용을 구하는 대응 순서

• 날짜 정리 - 원인행위일, 납세의무 성립일, 개정 법령의 공포일과 시행일을 한 표에 적습니다.
• 부칙 원문 확인 - 개정 법률 부칙의 적용례와 경과조치 문언을 그대로 옮겨 두고, 그 뒤 전부 개정이 있었는지 연혁을 봅니다.
• 종전 조문 대조 - 감면 조문이 개정된 그 법률의 본칙에 있었는지, 감면 기간을 명시했는지 확인합니다.
• 경정청구 - 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 종전 규정에 따른 세액으로 경정을 청구합니다.
• 심판청구와 행정소송 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종전 조문의 문언과 부칙의 적용 범위, 개정 전 거래의 진행 정도에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세법 개정 경과조치 검토와 경정청구, 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부칙에 경과조치가 아예 없으면 어느 법이 적용되나요?
  납세의무가 성립한 때의 법령이 적용되는 것이 원칙입니다. 대법원은 경과조치로 보호받지 못하는 경우 납세의무 성립 당시 법령을 적용했습니다. 납세의무가 성립한 뒤 바뀐 법으로 소급해 과세할 수는 없습니다.
• 법인세에서는 이월공제를 받는데 법인지방소득세에서는 왜 안 되나요?
  2014. 1. 1. 개정 지방세법이 법인세액이 아닌 법인세 과세표준에 세율을 적용하도록 바꿨기 때문입니다. 대법원은 구 조세특례제한법의 이월공제 조항이 법인세 공제 규정일 뿐 지방소득세 감면 규정이 아니라고 보았습니다.
• 시행령이 바뀐 경우에도 같은 기준이 적용되나요?
  시행령 개정에도 같은 기준이 쓰인 판결이 있습니다. 대법원 2003두13076 판결은 자경농지 면세 요건을 정한 시행령 부칙의 경과규정을 다뤘습니다. 종전 규정이 일정 기간 면제를 명시하지 않았다며 보호를 인정하지 않았습니다.
• 세무서가 감면된다고 안내했다면 부칙과 별개로 다툴 수 있나요?
  다툴 여지가 있습니다. 부칙 경과조치와 별개로 세무공무원의 신의성실 의무를 근거로 공적 견해표명에 따른 신뢰보호를 주장할 수 있습니다. 견해표명의 내용과 그 뒤 사정 변화를 자료로 따져야 합니다.
• 종전 감면 조문에 감면 기한이 적혀 있었다면 보호받을 수 있나요?
  기한 안에 취득과 밀접한 원인행위까지 했다면 보호받을 수 있습니다. 대법원 2015두36652 판결은 2012. 12. 31.까지로 정한 감면을 한정된 기간의 감면으로 보았습니다. 그 시행 당시 원인행위로 나아갔다면 종전 규정이 적용된다고 했습니다.
• 세무서가 세액을 늘려 고지했다면 경정청구 기한은 어떻게 되나요?
  국세는 처분이 있음을 안 날부터 3개월, 지방세는 90일 안에 늘어난 세액의 경정을 청구할 수 있습니다. 두 경우 모두 법정신고기한이 지난 후 5년 안으로 한정됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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