법인세·소득세

물적분할 전 연도 법인세를 분할 뒤 더 내게 되면 누가 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

분할 전 사업연도에 분할대상 사업부문에서 생긴 법인세 추가분은 분할계획서에 따라 분할신설법인이 부담하고, 분할법인도 승계 재산가액 범위에서 연대해 납부할 의무가 있습니다. 국세청은 정상가격 상호합의로 분할 뒤 세금이 늘어난 사안에서 이렇게 회신했고, 현행 국세기본법 제25조는 연대납부에 승계 재산가액 한도를 두고 있습니다. 지금은 분할계획서에 세금 귀속과 정산 조항이 있는지부터 확인하십시오.

분할신설법인이 분할 전 세금 전부를 무한정 함께 떠안는 것은 아닙니다. 현행법은 연대납부 범위를 분할로 승계된 재산가액으로 묶어 두었습니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2023. 4. 1. 디스플레이 부품 사업부문을 물적분할해 B법인을 세웠습니다. 분할 전 A법인은 그 사업부문의 해외 자회사와 거래하면서 정상가격 산출방법 사전승인을 신청해 두었고, 상호합의는 분할 뒤에야 끝났습니다. 2026년 초 합의 결과 분할 전 3개 사업연도의 거래가격이 조정되어 약 40억원의 법인세를 더 내야 하는 상황이 되자, A법인과 B법인은 누가 이 세금을 내야 하는지 서로 다른 의견을 냈습니다. 분할계획서에는 분할대상사업에 관한 계약과 소송은 B법인에 귀속한다는 조항만 있었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

분할 전 연도 법인세를 분할 뒤에 더 내게 되면 누가 부담하나요?

분할 전 사업연도에 분할대상 사업부문에서 생긴 법인세 추가분은 분할계획서에 따라 그 사업을 넘겨받은 분할신설법인이 부담하는 것이 원칙이고, 분할법인도 승계 재산가액 범위에서 연대해 납부할 의무를 집니다. 두 회사의 내부 부담과 과세관청에 대한 납부 의무는 따로 봐야 합니다.

상법은 분할신설법인이 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계한다고 정합니다. 분할계획서가 분할대상사업에 관한 권리·의무를 신설법인에 넘기기로 했다면, 그 사업에서 생긴 세금 채무도 신설법인이 최종적으로 부담하는 구조가 됩니다.

반면 과세관청에 대해서는 국세기본법이 따로 연대납부의무를 정합니다. 분할법인이 존속하는 물적분할에서는 분할등기일 이전에 분할법인에 부과되었거나 납세의무가 성립한 국세에 대해 분할법인과 분할신설법인이 함께 책임집니다. 그래서 세무서는 두 회사 중 어느 쪽에든 납부를 요구할 수 있고, 먼저 낸 회사가 분할계획서를 근거로 상대방에게 구상하는 문제가 남습니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 정상가격 상호합의 결과로 분할 전 사업연도 법인세를 분할등기일 뒤에 더 내게 된 경우, 그 세금은 분할계획서에 따라 분할신설법인이 승계해 부담하되 분할법인과 분할신설법인이 연대해 납부할 의무가 있다고 회신했습니다(법규법인2012-0285, 2012. 8. 24.). 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」으로 보아도 결론의 뼈대는 같습니다.

국세청은 추가 세금이 분할되는 사업부문의 거래에서 생긴 것이고, 분할계획서가 분할대상사업에 관한 계약과 소송을 신설법인에 귀속시켰다는 점을 근거로 들었습니다. 동시에 분할을 이용해 분할 전 원인으로 생긴 조세채무를 피하는 것을 막기 위해 국세기본법이 연대납부의무를 둔 취지도 함께 설명했습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이어서, 분할계획서가 세금 부담을 따로 정했거나 사업부문 구분이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 뒤 연대납부의 범위는 어떻게 바뀌었나요?

2012년 회신 당시 조문에는 연대납부의 한도가 없었지만, 2019. 1. 1. 시행된 개정 조문부터는 분할로 승계된 재산가액을 한도로 연대해 납부합니다. 지금 분할을 하는 회사라면 이 한도를 전제로 부담 범위를 계산해야 합니다.

현행 조문은 분할법인이 존속하는 경우와 소멸하는 경우를 나눕니다. 존속하면 분할법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방 법인이 분할등기일 이전 성립분에 대해 연대하고, 소멸하면 분할신설법인과 분할합병의 상대방 법인이 연대합니다. 어느 경우든 책임의 상한은 분할로 승계된 재산가액입니다.

정상가격 조정은 과세당국이 국외특수관계인과의 거래가격이 정상가격과 다르다고 보아 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 제도입니다. 사전승인과 상호합의는 이 정상가격을 미리 확정하는 절차라서, 합의가 분할 뒤에 끝나면 이번 사례처럼 세금이 분할 이후에 확정되는 일이 생깁니다.

분할계획서에는 무엇을 적어 두어야 하나요?

분할 전 원인으로 생길 수 있는 세금은 분할계획서에 귀속 주체와 정산 방법을 따로 적어 두면 두 회사 사이의 다툼을 줄일 수 있습니다. 연대납부의무는 과세관청과의 관계라 계약으로 없앨 수 없지만, 두 회사 사이의 최종 부담은 계약으로 정할 수 있습니다.

• 세금 귀속 조항 - 분할 전 사업연도 법인세, 원천세, 부가가치세 추가분을 어느 사업부문 기준으로 나눌지 적습니다.
• 진행 중 절차 목록 - 사전승인 신청, 상호합의, 세무조사, 불복 사건을 목록으로 붙이고 담당 법인을 정합니다.
• 구상과 정산 - 한쪽이 먼저 낸 경우 상대방에게 청구하는 기한과 이자 기준을 정합니다.
• 자료 협조 의무 - 분할 뒤에도 장부와 거래 자료를 서로 제공하도록 약정합니다.

분할 전 연도 법인세 추가 고지 대응 순서

• 통지서 확인 - 세무조사 결과통지인지 과세예고통지인지, 상호합의 결과에 따른 경정인지 구분합니다. 통지일을 기준으로 30일 기한을 계산합니다.
• 사업부문 귀속 대조 - 조정된 거래가 분할대상 사업부문에서 생긴 것인지 분할계획서와 장부로 확인합니다. 귀속이 섞여 있으면 금액을 나누는 근거를 만듭니다.
• 과세전적부심사 검토 - 금액 산정이나 귀속에 다툼이 있으면 결과통지 단계에서 청구합니다. 고지 전에 바로잡을 수 있는 마지막 단계입니다.
• 납부와 구상 정리 - 납부고지서를 받은 회사가 우선 납부하고, 분할계획서 조항에 따라 상대 회사에 구상합니다. 연대납부 한도를 넘는 고지라면 그 부분을 따로 다툽니다.
• 경정청구·심판청구 - 상대국 과세 조정과 맞지 않는 부분은 「과세표준 및 세액의 경정청구서」로 바로잡고, 고지 처분 자체를 다툴 때는 90일 안에 「조세심판청구서」를 냅니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 분할계획서 문구와 상호합의 대상 거래의 귀속은 회사마다 달라 계약서와 장부를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분 취소소송과 과세전적부심사, 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분할신설법인이 분할 전 세금을 모두 책임지나요?
  아니요. 과세관청에 대해서는 분할등기일 이전에 성립한 국세를 분할로 승계된 재산가액 한도에서 분할법인과 함께 연대해 냅니다. 두 회사 사이의 최종 부담은 분할계획서가 정한 사업부문 귀속에 따릅니다.
• 분할계획서에 세금 조항이 없으면 어떻게 나누나요?
  분할계획서가 분할대상사업에 관한 권리·의무를 신설법인에 넘긴다고 정했다면, 그 사업에서 생긴 세금도 신설법인이 부담하는 것으로 보는 것이 국세청 회신의 입장입니다. 어느 사업부문의 거래에서 생긴 세금인지 장부로 확인하는 것이 먼저입니다.
• 세무서가 분할법인에만 고지하면 다툴 수 있나요?
  연대납부의무자 중 누구에게 고지할지는 과세관청이 정할 수 있어 고지 대상만으로 위법이 되지는 않습니다. 다만 고지액이 승계 재산가액 한도를 넘거나 분할등기일 뒤에 성립한 세금이 섞였다면 그 부분은 다툴 수 있습니다.
• 분할법인이 소멸한 경우에는 누가 내나요?
  분할 뒤 분할법인이 소멸하면 분할신설법인과 분할합병의 상대방 법인이 분할법인의 국세를 분할로 승계된 재산가액 한도에서 연대해 납부합니다. 소멸한 법인에 대한 고지는 이들 법인을 상대로 이루어집니다.
• 먼저 세금을 낸 회사는 상대 회사에 청구할 수 있나요?
  네. 연대납부의무는 과세관청과의 관계이고, 두 회사 사이의 부담은 분할계획서와 민사상 구상 관계로 정해집니다. 분할계획서에 정산 조항이 없으면 사업부문 귀속을 근거로 구상금을 청구하게 됩니다.
• 상호합의 결과가 마음에 들지 않으면 따로 다툴 수 있나요?
  상호합의 결과에 따른 경정 처분도 과세처분이므로, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 다만 합의 내용을 받아들이는 조건이 붙었는지 먼저 확인해야 하므로 관련 문서를 함께 검토하는 것이 좋습니다.
• 분할 전에 낸 세금이 많았다면 돌려받을 수 있나요?
  상대국 과세 조정 등으로 분할 전 연도에 세금을 더 낸 사실이 확인되면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 환급금이 어느 회사에 귀속되는지도 분할계획서 기준으로 정리해야 합니다.

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