법인세·소득세

분할하는 사업부문이 쓰던 건물 일부 층과 대출금도 넘겨야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 층별 구분등기가 가능한 건물에서 분할 사업부문이 쓰던 층과 그 부속토지는 포괄승계 대상이고, 건물 취득 대출금도 예외 부채가 아니면 해당 가액만큼 넘겨야 적격분할 요건을 갖춥니다. 국세청은 이런 대출금을 층별 시가 비율로, 시가 자료가 없으면 사용면적 비율로 나누어도 된다고 회신했습니다. 지금은 대출 약정에 명의변경 제한이나 조건 변경 조항이 있는지부터 확인하십시오.

한 건물을 두 사업부문이 층을 나눠 썼다고 해서 그 건물 전체를 공동사용 자산으로 묶어 승계에서 빼야 하는 것은 아닙니다. 층별로 구분등기가 가능하면 사업부문이 쓰던 층만 따로 넘길 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 식자재 수입·유통업과 부동산 임대업을 함께 하면서 사옥 1~6층 가운데 4~6층을 유통 사업부문이 쓰고 나머지는 임대해 왔습니다. 2026년 유통 사업부문을 인적분할하려는데, 사옥은 시설자금대출로 사들인 것이라 4~6층 건물과 땅, 대출금을 신설법인으로 넘겨야 하는지 고민이 생겼습니다. 대출 약정에는 차입자 명의변경 제한이나 분할 시 조건 변경 조항이 없었습니다. 담당자는 건물을 남기면 적격분할 요건을 못 갖출까, 넘기면 대출을 어떻게 나눌까를 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업부문이 쓰던 층의 건물도 분할신설법인에 넘겨야 하나요?

네, 층별 구분등기가 가능한 건물에서 분할 사업부문이 쓰던 층과 그 면적에 해당하는 부속토지는 공동사용 자산이 아니라 포괄승계 대상 자산입니다. 적격분할을 받으려면 이 부분을 분할신설법인에 넘겨야 합니다.

적격분할은 분할하는 사업부문의 자산과 부채가 포괄적으로 승계될 것을 요건으로 합니다. 다만 공동으로 사용하던 자산이나 채무자를 바꿀 수 없는 부채처럼 나누기 어려운 것은 예외로 둡니다. 시행령이 정한 예외 자산은 변전·폐수처리·용수시설, 사무실·창고·식당·연수원·사택, 물리적으로 분할이 불가능한 공동 생산시설과 그 부속토지 등입니다.

층별로 쓰임이 나뉘고 구분등기까지 가능하다면 물리적으로 나눌 수 없는 공동시설로 보기 어렵습니다. 그래서 분할 사업부문이 쓰던 층을 남겨 두면 오히려 포괄승계 요건을 다투는 원인이 될 수 있습니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 층별 구분등기가 가능한 건물의 일부 층을 분할 사업부문이 쓰던 경우 그 층과 부속토지는 포괄승계 대상이고, 그 건물·토지 취득 차입금도 예외 부채가 아니면 해당 가액만큼 승계 대상 부채라고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0168, 2015. 10. 8.). 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」에서도 같은 구조가 유지됩니다.

국세청은 차입금이 두 사업부문의 공동차입금이기는 하지만 건물 취득 자금이므로 그 건물을 쓰는 사업부문에 직접 사용된 차입금으로 볼 수 있다고 판단했습니다. 회신은 대출 약정에 명의변경 제한이나 조건 불리 변경 사유가 없다는 사실관계를 전제로 한 것이므로, 약정 내용이 다르면 결론도 달라질 수 있습니다.

건물 대출금은 얼마만큼 넘겨야 하나요?

건물과 땅을 사려고 빌린 차입금은 분할 사업부문이 쓰는 층의 시가 비율만큼 넘기는 것이 원칙이고, 층별 시가 자료가 없으면 사용면적 비율로 나누어도 무방하다는 것이 국세청 설명입니다.

담보대출 금액은 담보물의 가치로 정해지므로, 건물 전체 시가 가운데 4~6층 시가가 차지하는 비율로 안분하는 것이 논리에 맞습니다. 법인세법상 시가는 제3자 사이의 거래가격, 감정가액, 상속세 및 증여세법상 평가액 순서로 정합니다.

거래가격이나 감정가액이 없고 층별 기준시가도 고시되지 않았다면 건물 기준시가 계산식에 층별 요인이 없어 결국 면적에 비례하게 됩니다. 현행 시행규칙도 공동사용 자산·부채는 각 사업부문의 사용비율로 안분해 계산하도록 정합니다.

반대로 대출 약정에 차입자 명의변경이 제한되어 있거나 분할로 차입 조건이 불리해지는 조항이 있다면 그 차입금은 승계하지 않아도 되는 예외 부채에 해당합니다.

건물을 넘기면 다른 적격분할 요건은 괜찮나요?

건물과 땅이 승계 자산의 대부분을 차지하면 부동산 과다 사업부문으로 보아 적격분할에서 빠질 수 있으므로 비율을 따로 계산해야 합니다. 현행법은 승계한 사업용 자산가액 중 토지·건물 등이 100분의 80 이상인 사업부문의 분할을 적격분할로 보지 않습니다.

이 비율을 계산할 때 분할일 현재 3년 이상 계속하여 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 토지·건물은 분모에서 빼므로, 오래 영업해 온 유통 사업부문이 쓰던 층은 대개 이 계산에서 불리하게 작용하지 않습니다. 이 밖에 5년 이상 사업 계속, 주식 교부와 보유, 사업 계속, 근로자 100분의 80 승계 요건도 함께 갖추어야 합니다.

공동사용 건물 분할 대응 순서

• 층별 사용 현황 정리 - 층마다 어느 사업부문이 쓰는지와 구분등기 가능 여부를 등기부와 도면으로 확인합니다. 임대 층과 자가 사용 층을 나눕니다.
• 대출 약정 검토 - 명의변경 제한과 조건 변경 조항이 있는지 봅니다. 없으면 승계 대상 차입금 금액을 계산합니다.
• 시가 비율 산정 - 거래가격이나 감정가액이 있으면 그 비율로, 없으면 사용면적 비율로 안분합니다. 계산 근거를 분할계획서 부속서류로 남깁니다.
• 부동산 비율 점검 - 승계 사업용 자산 중 토지·건물 비율이 100분의 80에 가까운지 계산합니다.
• 신고와 사후관리 - 분할등기일이 속하는 사업연도 신고 때 「분할과세특례 신청서」를 내고, 사업연도 종료일까지 사업 계속과 주식 보유 요건을 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 건물 구조와 대출 약정, 승계 자산 구성은 회사마다 달라 분할계획서와 등기부를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분할·합병 과세특례 관련 세무 검토와 법인세 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사무실로 쓰던 층도 넘겨야 하나요?
  사무실은 시행령이 정한 포괄승계 예외 자산에 들어가므로, 여러 사업부문이 함께 쓰던 사무실이라면 남겨 두어도 포괄승계 요건을 해치지 않습니다. 다만 분할 사업부문만 쓰던 층이라면 공동사용 자산으로 보기 어렵습니다.
• 구분등기가 안 되는 건물이면 어떻게 하나요?
  물리적으로 나눌 수 없는 공동 생산시설·사업지원시설과 그 부속토지는 포괄승계 예외 자산입니다. 구분등기가 불가능한 건물이라면 이 예외에 해당하는지 구조와 사용 형태를 함께 따져야 합니다.
• 은행이 대출 명의변경을 허락하지 않으면요?
  차입조건상 차입자 명의변경이 제한된 차입금이나 분할로 차입 조건이 불리해지는 차입금은 승계하지 않아도 되는 예외 부채입니다. 약정서 조항과 은행의 회신을 문서로 남겨 두는 것이 좋습니다.
• 대출금을 면적 비율로 나눠도 되나요?
  국세청은 층별 시가 비율로 나누는 것이 원칙이지만 거래가격·감정가액이 없고 층별 기준시가도 없으면 사용면적 비율로 안분해도 무방하다고 보았습니다. 층별 가치 차이가 크다면 감정평가를 받아 두는 편이 안전합니다.
• 자산이 조금 빠졌는데 적격분할이 안 되나요?
  분할 사업부문이 승계해야 할 자산·부채라도 분할 당시 시가로 평가한 총자산가액과 총부채가액의 각각 100분의 20 이하인 것은 승계하지 않아도 포괄승계로 봅니다. 이때 주식과 공동사용 예외 자산·부채는 계산에서 뺍니다.
• 건물 때문에 부동산 과다 사업부문이 되나요?
  승계한 사업용 자산가액 중 토지·건물 등이 100분의 80 이상이면 적격분할로 보지 않습니다. 다만 분할일 현재 3년 이상 계속 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 토지·건물은 이 계산에서 제외합니다.
• 적격분할이 부인되면 세금이 어떻게 되나요?
  적격분할이 아니면 분할법인은 분할신설법인에 자산을 시가로 양도한 것으로 보아 양도손익에 법인세가 과세될 수 있습니다. 세무조사 결과통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 검토할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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