법인세·소득세

물적분할로 생긴 지 5년이 안 된 회사가 다시 분할하면 적격분할이 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 물적분할로 설립된 회사가 넘겨받은 사업부문을 다시 분할할 때 5년 사업기간 요건은 설립일이 아니라 분할 전 모회사가 그 사업을 해 온 기간을 합산해 판단합니다. 국세청은 2024년 사전답변에서 1차 물적분할이 비적격이었더라도 분할법인의 사업영위기간을 합산한다고 보았습니다. 지금은 2차 분할 대상 사업부문이 1차 분할 전 모회사가 5년 넘게 해 온 사업인지부터 확인해야 합니다.

1차 분할이 비적격이었다는 이유로 2차 분할 전에 5년을 다시 채워야 한다고 생각할 필요는 없습니다. 적격 여부는 과세특례를 줄지 가르는 기준일 뿐이고, 사업부문이 포괄승계된 법률효과는 적격이든 비적격이든 같습니다.

이런 상담이 많습니다

부품 제조업을 50년 가까이 해 온 A주식회사는 2024년 11월 A사업부문 전체를 물적분할해 B법인을 세웠습니다. 한 달 뒤 A주식회사는 B법인 주식 100%를 다른 회사에 팔았고, 분할등기일이 속한 사업연도 안에 주식을 처분했기 때문에 1차 분할은 비적격 물적분할이 됐습니다. B법인은 2026년 중 넘겨받은 사업부문 가운데 일부를 다시 물적분할할 계획을 세웠습니다. B법인은 설립된 지 2년이 안 됐는데 2차 분할이 5년 사업기간 요건을 갖추는지, A주식회사가 그 사업을 해 온 기간을 합칠 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2차 분할의 5년 사업기간은 언제부터 세나요?

물적분할로 설립된 법인이 넘겨받은 사업부문을 다시 분할할 때 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속했는지는 1차 분할 전 분할법인이 그 사업부문을 해 온 기간을 합산해 판단합니다. 법인세법은 적격분할의 첫 요건으로 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분리해 사업이 가능한 독립된 사업부문을 자산·부채 포괄승계 방식으로 분할할 것을 요구합니다. 물적분할로 사업부문의 권리와 의무가 신설법인에 포괄승계되면 그 사업부문의 역사도 함께 넘어가므로, 신설법인의 설립등기일부터 다시 세지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」 제46조 제2항 제1호도 같은 문구입니다.

• 사업기간 5년 - 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것, 재차 분할이면 1차 분할 전 분할법인의 사업영위기간을 합산.
• 독립 사업부문 - 분리해 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할할 것.
• 포괄승계 - 분할하는 사업부문의 자산과 부채가 포괄적으로 승계될 것.
• 단독 출자 - 분할법인등만의 출자로 분할할 것.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 분할법인의 물적분할로 설립된 분할신설법인이 넘겨받은 사업부문 중 일부를 다시 분할하는 경우, 1차 분할 때 분할법인이 분할등기일이 속하는 사업연도 중 분할신주를 모두 처분해 법인세법 제46조 제2항 제2호 요건을 어겨 1차 분할이 비적격 물적분할이 되었더라도, 2차 분할의 적격 여부를 판정할 때 분할신설법인의 사업영위기간은 1차 분할 전 분할법인의 해당 사업부문 사업기간을 합산한다고 답했습니다(사전-2024-법규법인-0177, 2024. 4. 22.). 질의한 법인은 2022년 11월 물적분할로 설립됐고, 한 달 뒤 분할법인이 그 주식 100%를 다른 회사에 양도해 1차 분할이 비적격이 된 상태에서 2024년 중 2차 분할을 계획하고 있었습니다.

판단 이유는 세 갈래입니다. 첫째, 상법상 분할은 분할사업부문의 권리와 의무를 분할계획서에 따라 신설법인에 포괄승계시키므로 사업부문에 관한 법률관계가 그대로 이어지고, 그 사업영위기간(약 49년)도 합산하는 것이 분할의 법률효과에 맞습니다. 둘째, 사업기간 요건은 단기간 영위한 사업의 분할을 통한 조세회피를 막기 위한 것인데, 모회사가 5년 넘게 해 온 사업부문을 다시 분할하는 것을 조세회피로 보기 어렵습니다. 셋째, 재차 구조조정 때 1차 구조조정 전 사업기간을 합산한다는 기존 해석이 일관되고, 적격 여부는 과세특례 적용 기준에 불과해 비적격 분할이라도 포괄승계라는 법률효과는 같습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 사전답변이어서, 2차 분할 대상이 1차 분할 전 분할법인이 하던 사업부문이 아니라 신설법인이 새로 시작한 사업이라면 결론이 달라집니다.

적격분할의 나머지 요건은 무엇인가요?

사업기간 요건 외에 세 가지가 더 있습니다. 분할법인등의 주주가 받는 분할대가 전액이 주식이고 시행령이 정하는 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 주식을 보유할 것, 분할신설법인이 같은 날까지 승계받은 사업을 계속할 것, 분할등기일 1개월 전 당시 분할 사업부문 근로자 중 승계한 근로자 비율이 100분의 80 이상이고 사업연도 종료일까지 유지될 것입니다. 시행령이 정하는 부득이한 사유가 있으면 뒤의 세 요건을 갖추지 못해도 적격분할로 봅니다. 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 시행령이 정하는 사업부문의 분할은 적격분할로 보지 않습니다. 물적분할이면 이 요건을 갖춘 경우 분할법인이 취득한 주식 가액 중 자산 양도차익 상당액을 분할등기일이 속하는 사업연도의 손금에 넣을 수 있습니다.

2차 분할이 비적격으로 처리되면 어떻게 다투나요?

세무서가 2차 분할의 사업기간 요건 미비를 이유로 양도차익을 과세해 법인세를 고지하면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 스스로 비적격으로 보아 양도차익을 익금에 넣어 신고했다가 합산 판정으로 적격 요건을 갖춘 사실을 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다. 다툼의 중심은 1차 분할 전 분할법인이 그 사업부문을 언제부터 해 왔는지와 2차 분할 대상이 같은 사업부문인지이므로, 분할계획서와 사업자등록·재무제표로 사업의 연속성을 증명해야 합니다.

재차 분할 사업기간 요건 대응 순서

• 사업부문 이력 정리 - 1차 분할 전 분할법인이 해당 사업부문을 시작한 시점과 계속 영위한 사실을 사업자등록, 재무제표, 분할계획서로 확인합니다. 이 기간이 합산 대상입니다.
• 1차 분할 서류 확인 - 1차 분할계획서에서 자산·부채가 포괄승계된 범위를 확인합니다. 2차 분할 대상이 그 범위 안의 사업부문이어야 합산할 수 있습니다.
• 2차 분할 요건 점검 - 독립 사업부문, 포괄승계, 단독 출자, 분할대가 주식, 사업 계속, 근로자 80% 승계 요건을 분할계획서 작성 단계에서 맞춥니다.
• 사후관리 기간 관리 - 분할등기일부터 3년 범위의 사후관리 기간 안에 주식 처분, 사업 폐지, 근로자 감소가 생기지 않도록 일정과 지분 계획을 세웁니다.
• 신고·불복 - 양도차익 명세서를 신고서와 함께 내고, 세무서가 비적격으로 보아 고지하면 90일 안에 심판청구를, 스스로 잘못 신고했으면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 1차 분할 뒤 신설법인이 사업부문을 합치거나 새로 추가했다면 어느 부분이 승계 사업인지, 부득이한 사유가 있는지에 따라 결론이 달라지므로 분할계획서와 사업 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분 취소소송과 기업 구조조정 세제를 둘러싼 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1차 분할이 적격이었으면 더 유리한가요?
  사업기간 합산 판정에서는 차이가 없습니다. 국세청은 적격이라는 요건은 과세특례 적용 여부를 가르는 기준일 뿐이고, 비적격 분할이라도 사업부문의 권리·의무가 포괄승계된다는 점에서 법률효과가 같다고 보았습니다. 1차 분할이 적격이든 비적격이든 2차 분할 때 1차 분할 전 분할법인의 사업영위기간을 합산합니다.
• 신설법인이 새로 시작한 사업을 분할하면요?
  합산 대상이 아닙니다. 합산되는 것은 1차 분할 전 분할법인이 영위하다 포괄승계한 사업부문의 기간입니다. 분할신설법인이 설립 뒤 새로 시작한 사업부문은 그 사업을 시작한 때부터 5년을 세어야 하므로, 2차 분할 대상 사업부문이 승계 사업인지 신규 사업인지를 분할계획서와 매출 자료로 구분해야 합니다.
• 1차 분할이 비적격이 된 이유는 무엇인가요?
  분할법인등의 주주가 받은 분할대가 전액이 주식이고 시행령이 정하는 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 주식을 보유해야 하는데, 회신 사안의 분할법인은 분할등기일이 속한 사업연도 안에 분할신주 100%를 다른 회사에 양도해 이 요건을 어겼습니다. 주식 처분 시점을 사업연도 종료일 뒤로 미루면 결과가 달라질 수 있습니다.
• 물적분할 과세특례는 어떻게 작동하나요?
  적격분할 요건을 갖춘 물적분할이면 분할법인이 받은 분할신설법인 주식 가액 중 자산 양도차익 상당액을 분할등기일이 속하는 사업연도의 손금에 넣어 과세를 미룹니다. 이후 분할법인이 그 주식을 처분하거나 분할신설법인이 승계자산을 처분하면 처분비율에 따라 익금에 산입합니다. 적용받으려면 양도차익 명세서를 내야 합니다.
• 사후관리 기간에 무엇을 지켜야 하나요?
  분할등기일부터 3년 범위에서 시행령이 정하는 기간 안에 분할신설법인이 승계 사업을 폐지하거나, 분할법인이 분할신설법인 주식을 발행주식총수의 100분의 50 미만으로 보유하게 되거나, 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 당시의 100분의 80 미만으로 떨어지면 손금에 넣었던 양도차익 상당액이 그 사업연도 익금에 산입됩니다. 부득이한 사유가 있으면 예외입니다.
• 비적격으로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  법인세 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 비적격으로 보아 양도차익을 익금에 넣어 신고했다가 합산 판정으로 적격 요건을 갖춘 사실을 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 사업의 연속성을 증명하는 서류를 함께 내야 합니다.
• 부동산임대업 사업부문도 적격분할이 되나요?
  부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 시행령으로 정하는 사업부문을 분할하는 경우에는 다른 요건을 모두 갖춰도 적격분할로 보지 않습니다. 2차 분할 대상 사업부문에 임대 부동산이 섞여 있다면 주업이 무엇인지 매출 구성과 자산 구성으로 먼저 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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