세금

적격분할로 넘겨받은 땅, 비사업용 토지 기간은 분할한 날부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

국세청과 기획재정부는 적격분할로 넘겨받은 토지의 취득일을 분할법인이 처음 취득한 날로 봅니다. 그러나 조세심판원은 2009~2012년 취득분 특례를 다툰 여러 사안에서 분할등기일을 취득일로 보았습니다. 어느 쪽이 유리한지는 분할 시점과 토지 이용 이력에 따라 달라지므로 두 기준으로 모두 계산해 보셔야 합니다.

국세청과 기획재정부는 적격분할로 넘겨받은 토지의 취득일을 분할법인이 처음 취득한 날로 봅니다. 그러나 조세심판원은 2009~2012년 취득분 특례를 다툰 여러 사안에서 분할등기일을 취득일로 보았습니다. 어느 쪽이 유리한지는 분할 시점과 토지 이용 이력에 따라 달라지므로 두 기준으로 모두 계산해 보셔야 합니다.

인적분할로 승계한 토지의 취득일은 분할등기일인가요?

과세관청은 아니라고 봅니다. 분할법인이 그 토지를 처음 취득한 날을 취득일로 봅니다. 적격 인적분할로 설립된 분할신설법인이 승계받은 토지를 양도할 때의 기준입니다. 국세청은 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용할 때 이렇게 본다고 회신했습니다.

조세심판원 판단은 다릅니다. 적격 인적분할로 승계한 토지의 취득일을 분할등기일로 보았습니다. 분할로 토지가 넘어가는 것도 법인세법상 양도라는 점을 근거로 들었습니다. 조세심판원 2021. 6. 7. 조심 2020서2572 결정과 2023. 8. 1. 조심 2023부7256 결정이 그렇습니다.

적격 인적분할은 법이 정한 요건을 갖춘 분할입니다. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인이 독립된 사업부문을 분할하는 것 등이 요건입니다. 이 요건을 갖추지 못한 분할에도 같은 결론이 나온다고 보기는 어렵습니다.

국세청 해석에 따르면 분할 뒤 사업에 쓴 기간이 짧더라도 분할 전 기간이 함께 계산됩니다. 반대로 분할 전 오래 놀려 둔 땅이었다면 그 기간도 비사업용 기간으로 계산에 들어갑니다.

분할 뒤 토지를 양도하면 분할 전 이용 상황을 보여 줄 자료도 분할신설법인이 갖추고 있어야 합니다. 재산세 과세 구분, 공장 등록, 임대차계약서처럼 토지 이용 상태를 보여 주는 자료를 분할 때 함께 넘겨받아 두어야 합니다.

물적분할로 받은 땅도 결론이 같은가요?

기획재정부 해석은 같다고 봅니다. 기획재정부는 2019년 적격물적분할로 승계한 토지도 분할법인의 취득일을 취득일로 본다고 해석했습니다.

조세심판원은 반대로 분할등기일을 취득일로 보았습니다(조세심판원 2019. 12. 19. 조심 2019서2775 결정). 조세심판원 2025. 7. 3. 조심 2024부2809 결정도 같은 입장입니다. 물적분할에 의한 자산 이전도 양도라는 대법원 2018. 5. 11. 선고 2014두44342 판결을 함께 들었습니다.

물적분할에서는 분할신설법인이 승계자산을 시가로 장부에 올리는 경우가 많습니다. 과세관청은 장부 계상액과 별개로 분할법인의 보유 이력을 이어 받는다고 봅니다.

물적분할에서 분할법인은 양도차익 상당액을 손금에 넣어 둡니다. 분할신설법인이 승계 자산을 처분하면 그 처분 비율만큼 분할법인 쪽에서 익금에 산입됩니다. 분할신설법인은 그 자산을 처분한 날부터 1개월 이내에 분할법인에 처분 사실을 알려야 합니다. 토지 양도 때 이 통지도 함께 챙겨야 합니다.

국세청도 구 법인세법상 물적분할 사안에서 분할법인의 소유기간을 합산한다고 회신했습니다.

분할 전 기간을 합치면 기간기준 계산이 어떻게 달라지나요?

소유기간이 5년 이상인 토지는 세 기간에 모두 해당할 때 비사업용 토지가 됩니다. 양도일 직전 5년 중 2년을 넘는 기간, 직전 3년 중 1년을 넘는 기간, 소유기간의 40%를 넘는 기간입니다.

소유기간이 3년 미만이면 계산 틀이 달라집니다. 그래서 분할법인의 보유기간을 합산하는지에 따라 적용되는 기준부터 바뀝니다.

예를 들어 분할법인이 2016. 3. 2. 취득한 땅이 있다고 하겠습니다. 2024. 7. 1. 분할로 넘긴 뒤 2026. 9. 30. 양도했습니다. 소유기간은 10년 이상으로 계산되어 5년 이상 기준을 적용합니다. 분할 뒤 약 2년 3개월만 세면 3년 미만 기준이 적용되는 것과 차이가 납니다.

기간은 일수로 계산합니다. 양도일 직전 5년 가운데 비사업용 기간이 2년을 넘는지, 직전 3년 가운데 1년을 넘는지 따집니다. 전체 소유기간의 40%를 넘는지도 보고, 세 가지에 모두 해당해야 비사업용 토지가 됩니다.

2009~2012년 취득분 특례는 분할 시점으로 따지나요?

해석이 갈립니다. 특례 대상은 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산입니다. 기획재정부는 2022년 해석(조세법령운용과-882, 2022. 8. 10.)에서 분할 시점으로 따지지 않았습니다. 2010년 적격물적분할로 승계한 토지에 이 특례를 적용하지 않는다고 했습니다.

조세심판원은 분할등기일이 이 기간에 있으면 특례를 적용해 왔습니다. 분할등기일이 2010. 6. 3.인 물적분할 사안에서 추가 법인세 과세를 취소했습니다. 조세심판원 2021. 12. 22. 조심 2021서4781 결정입니다.

이 부칙은 그 기간에 취득한 자산의 양도소득에 비사업용 토지 추가 과세를 하지 않도록 정한 규정입니다. 분할등기일이 이 기간 안에 있었다면 이미 낸 추가 법인세의 경정청구를 검토할 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 해야 합니다.

반대로 분할법인이 그 기간에 취득했더라도 분할등기가 그 뒤라면 특례를 기대하기 어렵습니다. 조세심판원은 2020년 분할 사안에서 이 주장을 받아들이지 않았습니다.

분할 승계 토지 양도 대응 순서

• 분할 유형 확인 - 분할계획서와 신고 자료로 인적분할인지 물적분할인지, 적격분할 요건을 갖췄는지 확인합니다.
• 최초 취득일 확보 - 분할법인의 등기사항증명서와 취득 계약서로 최초 취득일과 취득 원인을 정리합니다.
• 이용 이력 연결 - 분할 전후 재산세 과세 구분, 건축물 사용 내역, 임대 내역을 하나의 시간표로 잇습니다.
• 기간기준 계산 - 합산한 소유기간으로 직전 5년, 직전 3년, 40% 기준을 일수로 계산합니다.
• 신고 반영 - 비사업용 토지에 해당하면 양도 사업연도 신고 때 토지등 양도소득에 대한 법인세를 함께 냅니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 분할이 적격 요건을 갖췄는지에 따라 추가 법인세 여부가 달라집니다. 분할 전 분할법인이 그 땅을 어떻게 썼는지도 결론을 가릅니다. 분할 전 공장 부지 문제는 다른 글에서 다뤘습니다. 「분할 직전에 지은 새 공장과 짓고 있는 공장 땅도 적격분할 부동산 비율에서 빠지나요?」에서 함께 볼 수 있습니다. 법무법인 윤성은 분할·합병 거래의 법인세 검토와 세무조사 대응 업무를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 승계한 땅이 비사업용으로 판정되면 추가 세액은 어떻게 계산하나요?
  토지등 양도소득에 10%를 곱한 금액을 일반 법인세에 더해 냅니다. 미등기 토지는 40%입니다. 토지등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 뺀 금액입니다.
• 적격분할 요건을 갖추지 못한 분할이면 어떻게 되나요?
  이 글의 해석들은 모두 적격분할을 전제로 합니다. 비적격분할로 승계한 토지에도 분할법인의 취득일을 이어 쓸 수 있는지는 별도로 검토해야 합니다. 취득시기 준용 규정과 함께 따져야 합니다.
• 분할 자체로 토지가 넘어갈 때도 추가 법인세가 붙나요?
  적격분할로 인하여 발생하는 소득에는 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하지 않습니다. 다만 미등기 토지는 예외이고, 분할신설법인이 나중에 그 땅을 팔 때는 다시 판정합니다.
• 같은 해에 손실 난 토지도 팔았다면 상계되나요?
  네, 양도 당시 장부가액이 양도금액보다 큰 토지의 양도차손은 상계됩니다. 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득에서 먼저 빼고, 남으면 다른 세율 자산에서 뺍니다.
• 분할 전 나대지였던 땅에 분할 뒤 공장을 지었다면요?
  분할 전 나대지 기간도 소유기간에 들어갑니다. 직전 5년 중 2년, 직전 3년 중 1년, 소유기간 40% 기준을 각각 일수로 계산합니다. 세 기준에 모두 걸려야 비사업용 토지입니다.
• 분할 뒤 사후관리 요건을 어기면 취득일도 바뀌나요?
  현재 공개된 해석은 이 점을 직접 다루지 않아 단정하기 어렵습니다. 사후관리 위반으로 과세특례가 취소되면 승계 세무조정이 함께 바뀝니다. 그래서 토지 취득일 판단도 그 결과와 맞춰 다시 검토해야 합니다.
• 분할등기일을 취득일로 보면 오히려 유리한 경우도 있나요?
  있습니다. 분할등기일이 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31. 사이라면 부칙 특례를 주장할 수 있습니다. 조세심판원은 이런 사안에서 추가 법인세 과세를 여러 번 취소했습니다. 다만 과세관청 해석과 달라 불복 절차가 필요할 수 있습니다.
• 법원도 분할등기일을 취득일로 보나요?
  이 쟁점을 직접 다룬 법원 판결은 아직 찾기 어렵습니다. 대법원은 물적분할로 자산이 넘어가는 것을 법인세법상 양도로 보았습니다. 조세심판원은 이 판결을 분할등기일 기준의 근거로 들었습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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