법인세·소득세

분할 직전에 지은 새 공장과 짓고 있는 공장 땅도 적격분할 부동산 비율에서 빠지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 3년 넘게 중단 없이 사업을 해 온 사업부문이 분할일 현재 보유한 새 공장과 건설 중인 공장 토지는 사용 기간이 3년 미만이어도 부동산 비율 계산에서 빼는 사업용 자산에 해당한다는 것이 국세청 회신입니다. 시행규칙의 3년 요건은 자산의 사용 기간이 아니라 그 자산을 쓰는 사업부문의 계속 경영 기간을 말하기 때문입니다. 지금은 분할하는 사업부문이 분할일부터 거슬러 3년 이상 계속 사업을 했는지부터 확인하십시오.

새 공장이 준공된 지 3년이 안 됐다는 이유로 분할 시기를 미룰 필요는 없습니다. 오래 사업을 해 온 사업부문이 쓰는 자산이라면 그 공장과 부지는 처음부터 비율 계산에서 빠집니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 식품 부문과 금속 부문을 두고 있고, 금속 부문은 20년 넘게 제련업을 해 왔습니다. 2025년 11월 새 D공장을 완공해 2026년 5월부터 본격 생산을 시작했고, 수도권 E공장은 2026년 초 부지를 사서 짓고 있습니다. A법인은 2026년 7월 금속 부문을 분할해 새 법인을 세우려는데, 담당자는 사용 기간이 짧은 D공장과 아직 짓고 있는 E공장 부지 때문에 부동산 비율이 80%를 넘어 적격분할이 안 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부동산이 많은 사업부문은 왜 적격분할이 안 되나요?

분할로 승계한 사업용 자산가액 중 토지·건물 등 부동산이 100분의 80 이상인 사업부문을 분할하면 적격분할로 보지 않습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 대통령령으로 정한 사업부문의 분할을 적격분할에서 뺍니다.

이 비율을 계산할 때 분모의 사업용 자산가액에서 일정한 사업용 자산은 빼고 계산합니다. 빼는 자산이 많을수록 실제 영업에 쓰는 부동산이 비율을 끌어올리지 않게 됩니다.

3년 이상 계속 사업한 사업부문의 자산은 어떤 것을 말하나요?

비율 계산에서 빼는 사업용 자산은 분할일 현재 3년 이상 계속해 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 토지·건물이고, 부동산 임대업에 쓰는 자산은 빠지지 않습니다. 여기서 3년 이상 계속해는 사업을 경영한 사업부문을 꾸미는 말이므로, 자산 자체를 3년 이상 써야 한다는 뜻이 아닙니다.

그래서 판단은 두 단계입니다.

• 사업부문 요건 - 분할일부터 거슬러 3년 이상 중단 없이 계속 사업을 경영한 사업부문이어야 합니다.
• 자산 요건 - 그 사업부문이 분할일 현재 직접 사용하는 토지·건물이어야 합니다.

신설 공장이나 건설 중인 공장 부지도 오래된 사업부문이 분할일 현재 그 사업을 위해 보유하고 있다면 자산 요건을 갖춘 것으로 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 분할일부터 거슬러 3년 이상 중단 없이 사업을 경영한 사업부문을 분할하면서 그 사업부문이 분할일 현재 보유한 신설 공장과 건설 중인 공장의 토지는 시행규칙상 분할일 현재 3년 이상 계속하여 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 자산에 해당한다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석법인-0077, 2019. 4. 16.). 같은 취지의 해석을 반복해 왔다는 점도 함께 밝혔습니다.

이 회신은 2019. 3. 20. 개정된 시행규칙을 기준으로 했고, 현행 시행규칙도 같은 문언을 유지하고 있습니다. 회신은 20년 넘게 사업한 부문이 같은 사업을 위해 공장을 새로 지은 사실관계를 전제로 하므로, 새 공장이 다른 사업에 쓰일 예정이라면 결론이 달라질 수 있습니다.

다른 적격분할 요건도 함께 봐야 하나요?

네, 부동산 비율 요건을 넘더라도 적격분할이 되려면 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인이 독립된 사업부문을 포괄적으로 승계시키고, 분할대가 전액을 주식으로 받는 등 다른 요건도 모두 갖춰야 합니다. 분할 뒤에는 승계받은 사업을 계속하고 근로자 승계 비율 100분의 80 이상을 유지해야 합니다.

이전한 공장 가운데 이미 다른 사업부문으로 넘어간 공장은 분할하는 사업부문의 자산이 아니므로 승계 목록에서 빼야 합니다. 공동으로 쓰는 자산이나 명의변경이 어려운 부채처럼 포괄승계에서 제외할 수 있는 항목도 따로 정해져 있습니다.

적격분할 부동산 비율 대응 순서

• 사업부문 연혁 정리 - 분할 사업부문의 사업 개시일과 중단 없는 계속 경영을 사업자등록·매출 자료로 정리합니다.
• 승계 자산 분류 - 승계 토지·건물을 사업부문 사용 자산, 임대용 자산, 기타로 나눕니다.
• 비율 계산 - 제외 자산을 빼고 부동산 비율이 100분의 80 미만인지 계산합니다.
• 신고 - 적격분할이면 분할과세특례 신청서를, 물적분할이면 물적분할과세특례 신청서를 법인세 신고 때 냅니다.
• 다툼 대비 - 부동산 비율 때문에 비적격으로 과세 예고를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 새 공장이 다른 사업에 쓰이거나 임대 부분이 섞여 있으면 사용 현황 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분할 관련 법인세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산 임대에 쓰는 건물도 비율 계산에서 빠지나요?
  아니요, 3년 이상 계속 사업한 사업부문이 쓰는 자산이라도 부동산 임대업에 사용되는 자산은 제외 대상에서 빠집니다. 공장 일부를 임대하고 있다면 그 부분은 부동산 비율에 그대로 들어갑니다.
• 부동산 임대업이 주업인 사업부문은 어떻게 판단하나요?
  분할하는 사업부문이 승계하는 자산총액 중 부동산 임대업에 사용된 자산가액이 100분의 50 이상이면 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문으로 보아 적격분할이 되지 않습니다. 여러 사업부문을 승계하면 모두 더해 계산합니다.
• 사업부문이 중간에 1년 쉬었다면요?
  제외 자산은 분할일부터 거슬러 3년 이상 중단 없이 계속 사업을 경영한 사업부문의 자산이어야 한다는 것이 국세청 해석의 기준입니다. 3년 안에 사업을 중단한 기간이 있으면 제외 자산으로 인정받기 어려울 수 있습니다.
• 분할법인이 5년 이상 사업해야 하나요?
  네, 적격분할이 되려면 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분할해야 합니다. 분할합병이라면 여기에 더해 분할합병의 상대방법인(소멸한 상대방법인 포함)도 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인이어야 합니다. 3년 요건은 이와 별개로 부동산 비율 계산에만 쓰입니다.
• 적격분할이 안 되면 어떤 세금이 생기나요?
  비적격분할이면 분할법인은 승계 자산의 시가와 장부가액 차이를 양도손익으로 계산해 법인세를 냅니다. 물적분할이라면 받은 주식가액 중 양도차익 상당액의 과세이연을 받을 수 없으므로 분할 전에 요건을 먼저 계산해야 합니다.
• 적격분할로 신고하면 따로 낼 서류가 있나요?
  적격분할 과세특례를 받으려면 분할법인이 법인세 신고 때 분할신설법인등과 함께 분할과세특례 신청서를 냅니다. 물적분할이라면 물적분할과세특례 신청서를 냅니다. 부동산 비율 계산표를 함께 보관해 두면 조사 대응에 도움이 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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