세금

병원이 쓰던 의료기기를 팔면 부가가치세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

면세 진료만 하는 병원이 쓰던 의료기기를 팔면 그 매각도 면세사업에 따라 부가가치세가 면제됩니다. 주된 사업과 관련해 일시적으로 공급하는 재화는 주된 사업의 과세·면세 여부를 따르기 때문입니다. 반면 미용 목적 성형처럼 과세 진료도 함께 하는 병원이 공통으로 쓴 기기라면 과세 진료 비율만큼 부가가치세가 나옵니다.

면세 진료만 하는 병원이 쓰던 의료기기를 팔면 그 매각도 면세사업에 따라 부가가치세가 면제됩니다. 주된 사업과 관련해 일시적으로 공급하는 재화는 주된 사업의 과세·면세 여부를 따르기 때문입니다. 반면 미용 목적 성형처럼 과세 진료도 함께 하는 병원이 공통으로 쓴 기기라면 과세 진료 비율만큼 부가가치세가 나옵니다.

면세 병원이 쓰던 기기를 팔면 왜 면세인가요?

부가가치세법은 주된 사업에 부수되는 재화의 공급을 별도의 공급으로 보면서도 과세·면세 여부는 주된 사업을 따르게 합니다. 주된 사업과 관련해 우연히 또는 일시적으로 공급하는 재화가 여기에 해당합니다. 병원이 진료에 쓰던 장비를 교체하며 중고로 파는 것은 전형적인 예입니다.

의료보건 용역은 부가가치세 면세 대상입니다. 따라서 면세 진료만 하는 병원이 쓰던 초음파기, 내시경 장비, 진료용 가구를 팔면 그 매각도 면세입니다. 매수인에게 부가가치세를 따로 받을 필요가 없고 세금계산서도 발급하지 않습니다.

이 기준은 기기를 어디에 썼는지로 정해집니다. 면세 진료에 쓰던 기기라면 산 병원이 과세사업자여도 판 병원의 매각은 면세입니다. 반대로 병원이 과세사업에 쓰던 재화를 팔면 그 매각은 과세입니다. 그래서 같은 병원 안에서도 기기별 용도를 먼저 정리해야 합니다. 진료과목이 여러 개인 병원이라면 과목별로 어떤 기기를 썼는지 장비 대장에 적어 두면 판단이 쉬워집니다.

과세 진료도 하는 병원이면 어떻게 계산하나요?

과세 진료와 면세 진료에 함께 쓴 기기를 팔면 그 대가 중 과세 비율만큼만 공급가액이 됩니다. 비율은 기기를 판 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 총공급가액 중 과세공급가액이 차지하는 비중입니다. 판 날이 속한 과세기간이 아니라 그 직전 과세기간을 쓴다는 점이 중요합니다.

예를 들어 2026. 8.에 레이저 장비를 3,000만원에 팔았다고 하겠습니다. 2026년 제1기 총공급가액이 10억원이고 그중 미용 시술 등 과세공급가액이 4억원이면 비율은 40퍼센트입니다. 공급가액은 1,200만원이고 부가가치세는 120만원입니다.

다음 경우에는 대가 전액을 공급가액으로 봅니다. 직전 과세기간 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우입니다. 다만 기기 공급가액이 5천만원 이상이면 이 예외를 쓰지 않습니다. 기기 공급가액이 50만원 미만이거나, 그 과세기간에 새로 개업해 직전 과세기간이 없을 때도 전액이 과세표준입니다.

기기를 살 때 매입세액을 공제받지 않았어도 과세되나요?

공통으로 쓴 기기라면 공제 여부와 관계없이 과세 비율만큼 공급가액이 생긴다고 볼 수 있습니다. 판매는 사업자가 재화를 넘기는 공급이므로 매입 때 공제를 얼마나 받았는지로 결론이 바뀌지 않습니다. 공통매입세액을 안분해 일부만 공제받은 기기도 같은 방식으로 계산합니다.

자주 놓치는 경우는 면세 진료에만 쓴다고 보고 매입세액을 공제받지 않은 기기를 실제로는 과세 시술에도 쓴 경우입니다. 이때 매각 단계에서 과세 비율을 적용해야 하는지가 다툼이 됩니다. 사용 기록, 시술 기록, 장비 배치 자료로 실제 용도를 보여 주어야 합니다.

반대로 처음부터 과세 시술 전용으로 쓰며 매입세액을 전액 공제받은 기기라면 매각 대가 전액이 과세입니다. 공통사용 재화 비율을 쓸 수 있는 것은 과세와 면세에 함께 쓴 경우에 한합니다. 장비 도입 때 작성한 과세·면세 사용 계획과 이후 실제 시술 기록이 다르면 실제 사용을 기준으로 다시 따지게 됩니다. 그래서 장비별 시술 건수를 과세기간마다 집계해 두는 것이 좋습니다.

병원을 통째로 넘기면서 기기를 넘기면요?

병원 사업 전체를 다른 의사에게 넘기는 양도양수라면 기기만 따로 판 경우와 다르게 봅니다. 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않습니다. 면세 병원이라면 애초에 과세 문제가 크지 않지만, 과세 진료가 있는 병원은 이 구분이 세액을 가릅니다.

사업양도로 인정받으려면 기기뿐 아니라 직원, 임차권, 진료 관련 계약 등 사업의 핵심을 함께 넘겨야 합니다. 기기와 인테리어만 넘기고 새 원장이 따로 개원한다면 사업양도로 보기 어렵습니다. 그 경우 과세 비율만큼 기기 매각에 부가가치세가 나옵니다.

폐업하면서 기기를 처분하지 않고 남겨 두는 경우도 있습니다. 매입세액을 공제받은 과세사업용 재화가 폐업 때 남아 있으면 자기에게 공급한 것으로 볼 수 있습니다. 공제받지 않은 면세 진료용 기기는 이 규정의 대상이 아닙니다.

의료기기 매각 부가가치세 대응 순서

• 용도 분류 - 기기별로 면세 진료 전용, 과세 시술 전용, 공통사용을 나눕니다.
• 매입세액 이력 확인 - 취득 때 공제를 받았는지, 안분했는지 확인합니다.
• 비율 계산 - 공통사용 기기는 직전 과세기간 과세공급가액 비율을 적용합니다.
• 예외 점검 - 5퍼센트 미만, 50만원 미만, 신규 개업 예외에 해당하는지 봅니다.
• 증빙 발급 - 과세분은 세금계산서를, 면세분은 계산서 발급 의무를 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기기의 실제 용도와 병원의 과세 진료 비중에 따라 매각 부가가치세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 병·의원 자산 처분과 양도양수의 부가가치세 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 병원이 기기를 팔 때 계산서를 발급해야 하나요?
  면세 재화를 공급하는 사업자는 소득세법이나 법인세법에 따른 계산서 발급 의무를 따로 확인해야 합니다. 부가가치세 세금계산서와는 다른 증빙입니다.
• 기기를 팔고 받은 돈은 소득세 대상인가요?
  개인 병원이 사업용 기기를 팔아 생긴 차익의 소득 구분은 소득세법으로 따로 판단합니다. 복식부기의무자인지에 따라 사업소득 포함 여부가 달라질 수 있어 확인이 필요합니다.
• 리스로 쓰던 기기를 반납하면 매각으로 보나요?
  리스 기기는 병원 소유가 아니므로 반납은 재화의 공급이 아닙니다. 리스 기간 종료 후 소유권을 넘겨받았다가 판다면 그때부터 매각 기준을 적용합니다.
• 직전 과세기간에 과세 매출이 전혀 없었다면요?
  직전 과세기간 과세공급가액이 없다면 비율이 0이 되어 공통사용 기기 매각분도 과세표준이 없게 됩니다. 다만 그 기기를 실제로 과세 시술에 썼는지 자료로 확인해 두어야 합니다.
• 동물병원이 기기를 팔아도 같은가요?
  동물 진료 용역은 면세 범위가 따로 정해져 있어 진료 항목별로 과세와 면세가 나뉩니다. 과세와 면세에 함께 쓴 기기라면 같은 비율 계산 방식을 적용합니다.
• 기기를 다른 지점 병원으로 옮기면 공급인가요?
  판매 목적이 아닌 자기 사업장 간 이동은 공급으로 보지 않습니다. 옮긴 지점이 그 기기를 진료에 쓰는 것이라면 매각과 다르게 처리하고 세금계산서도 발급하지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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