의사가 직접 진료했는데도 면세가 안 되나요?

안 됩니다. 면세 대상은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법에 따라 제공하는 의료보건 용역입니다. 고용된 의사가 진료했더라도 의료기관을 실질적으로 개설·운영한 사람이 의사가 아니라면 그 진료 용역은 면세 대상인 「의사 등이 제공하는 용역」에 해당하지 않습니다.

공단 징수금을 아직 안 냈으면 어떻게 되나요?

결론은 같습니다. 대법원은 부당이득징수처분이 이루어졌더라도 특별한 사정이 없는 한 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 뺄 수 없고, 징수금을 실제로 납부한 경우도 마찬가지라고 했습니다. 징수금을 냈는지와 관계없이 과세표준에 포함됩니다.

미용 시술은 원래 면세가 아닌가요?

쌍꺼풀수술, 코성형수술, 지방흡인술 같은 성형수술과 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 피부미백술 등 요양급여 대상에서 제외되는 진료용역은 적법하게 개설한 의료기관이 제공해도 면세 대상에서 빠집니다. 사무장병원 여부와 별개로 과세됩니다.

10년 부과제척기간은 어떤 경우인가요?

납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년입니다. 장부 조작, 이중장부 작성, 차명계좌 사용 같은 적극적 행위가 있어야 하고, 단순 무신고나 거짓 신고에 그치면 무신고 7년이 적용됩니다.

명의를 빌려준 의료법인만 세금을 내나요?

판결 사건에서는 실제 운영자가 수익을 유출했다는 사정만으로는 과세대상이 운영자에게 귀속됐다고 볼 수 없다며 법인에 대한 과세를 유지했습니다. 다만 명의만 빌려준 것이 불복 결정이나 판결로 확인되면 확정일부터 1년 안에 실제 사업자에게 다시 과세할 수 있는 규정도 있습니다.

공단이 운영자에게도 징수할 수 있나요?

있습니다. 의료기관을 개설할 수 없는 사람이 의료인 면허나 의료법인 명의를 빌려 개설·운영한 의료기관이 부당하게 보험급여 비용을 받았다면, 공단은 그 의료기관을 개설한 사람에게 요양기관과 연대해 징수금을 내게 할 수 있습니다.

세금 가이드 목록

부가가치세

사무장병원으로 밝혀지면 면세였던 진료비에 부가가치세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 의사가 아닌 사람이 의료법인 명의를 빌려 운영한 사무장병원의 진료비는 부가가치세 면세 대상이 아니어서 부가가치세가 부과됩니다. 대법원은 공단에 요양급여비용을 징수당하고 실제로 냈더라도 과세표준에서 빼지 않는다고 보았습니다. 지금은 고지된 과세기간이 무신고 부과제척기간 7년 안에 있는지부터 확인해 두십시오.

기한

부가가치세를 신고하지 않은 경우 부과제척기간은 7년이고, 부정행위가 있었다고 인정되면 10년으로 늘어납니다. 어느 과세기간까지 고지됐는지 고지서별로 표시해 두십시오.

공단에 요양급여비용을 돌려줬으니 그만큼 부가가치세도 줄어든다고 생각할 필요는 없습니다. 대법원은 징수금을 실제로 냈더라도 과세표준에서 빼지 않는다고 보았습니다.

이런 상담이 많습니다

E의료법인 명의의 요양병원은 2016년부터 의사가 아닌 F씨가 운영권을 넘겨받아 실질적으로 운영해 왔습니다. F씨는 의사를 고용해 진료하게 했고 병원은 국민건강보험공단에서 요양급여비용 약 140억원을 받았습니다. 2024년 공단은 사무장병원이라며 부당이득징수처분을 했고, 2025년 세무서는 그동안 면세로 처리한 진료 매출에 부가가치세를, 자금 유출에 법인세를 부과했습니다. 법인은 진료는 의사가 했으니 면세이고, 징수당한 요양급여비용은 과세표준에서 빼야 한다고 주장했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사무장병원 진료비는 왜 부가가치세 면세가 안 되나요?

부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법에 따라 제공하는 용역이기 때문입니다. 의사가 아닌 사람이 의사를 고용해 제공한 진료는 면세 대상인 「의사 등이 제공하는 용역」이 아닙니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」 제35조 제1호도 같은 문언입니다.

대법원 2026. 7. 16. 선고 2026두30111 판결은 의료법인 명의로 개설된 요양병원을 비의료인이 실질적으로 개설·운영했다면 그 병원의 진료 용역은 면세 대상이 아니라고 판단했습니다. 의료기관을 개설할 수 있는 사람은 의사, 의료법인 등으로 한정되고 자격 없는 사람의 개설은 엄격히 금지되기 때문입니다. 비의료인이 의사를 고용해 제공한 용역을 면세에서 뺀 대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결의 법리를 따른 것입니다.

부당이득징수금을 냈는데도 부가가치세를 내야 하나요?

내야 합니다. 대법원은 공단의 부당이득징수처분이 진료 뒤 따로 이루어지는 제재처분이어서, 처분이나 징수금 납부로 이미 이루어진 용역 공급의 효력이 소급해 사라지거나 공급가액이 줄어든다고 볼 수 없다고 했습니다. 징수금을 실제로 냈더라도 특별한 사정이 없으면 그 요양급여비용은 부가가치세 과세표준에 포함됩니다.

판결은 공단이 징수 금액을 재량으로 정한다는 점도 근거로 들었습니다. 공단은 사무장병원의 경우 의료기관을 개설한 사람에게 요양기관과 연대해 징수금을 내게 할 수도 있습니다. 결국 공단 징수와 세무서 과세는 서로 별개로 진행됩니다.

실제 운영자가 따로 있으면 법인은 과세를 피할 수 있나요?

운영자가 법인 수익을 빼돌렸다는 사정만으로는 피하기 어렵습니다. 실질과세 원칙은 소득이나 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 사람이 따로 있을 때 그 사람에게 과세하는 원칙입니다. 대법원은 운영자가 오랫동안 법인 운영수익을 부당하게 유출했다는 사정만으로 법인세와 부가가치세 과세대상이 운영자에게 귀속됐다고 볼 수 없다고 보았습니다.

부가가치세 부과제척기간은 10년인가요?

면세로 알고 신고하지 않은 것만으로는 10년이 아니라 7년입니다. 「사기나 그 밖의 부정한 행위」는 조세 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말하고, 단순히 신고하지 않거나 거짓 신고에 그친 것은 여기에 해당하지 않습니다.

국세 부과제척기간(2026. 10. 4. 기준)

경우	기간
신고는 했으나 과소	5년
법정신고기한까지 무신고	7년
사기나 그 밖의 부정행위	10년

출처 - 국세기본법 제26조의2 제1항·제2항

위 판결 사건에서도 법인이 적법한 의료기관처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐 장부 조작 같은 적극적 행위는 없었다고 보아, 7년이 지난 과세기간의 부가가치세 부과는 취소됐습니다. 반대로 매출을 숨기려고 장부를 조작했다면 10년이 적용될 수 있습니다.

사무장병원 부가가치세 대응 순서

고지 범위 확인 - 부가가치세·법인세 고지서의 과세기간을 정리합니다. 무신고 7년이 지난 기간이 들어 있는지부터 봅니다.
부정행위 여부 검토 - 장부 조작, 이중장부, 차명계좌 같은 적극적 행위가 있었는지 확인합니다. 그것이 10년 적용 여부를 가릅니다.
공단 처분 연계 - 부당이득징수처분의 금액, 감경 여부, 연대징수 대상을 확인합니다. 세금과 징수금은 별개라는 전제로 대응합니다.
매입세액 확인 - 과세로 바뀐 기간의 매입세액 공제 가능성과 세금계산서 수취 내역을 모읍니다. 과세사업이 되면 공제 여지가 생깁니다.
불복과 형사 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 합니다. 의료법 위반과 조세포탈 수사가 함께 진행되면 진술을 맞춰야 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 운영자가 의료인이었거나 명의를 빌린 기간이 일부뿐이면 개설 경위와 운영 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 사무장병원 관련 부가가치세·법인세 부과처분 취소소송과 조세범처벌법위반 사건을 수행합니다.

실무상 착안점

사무장병원 사건에서 병원 측은 공단에 이미 수십억 원을 토해 냈는데 세금까지 내는 것은 이중 제재라고 말합니다. 대법원은 두 가지를 별개로 봤습니다. 징수금은 제재이고, 부가가치세는 이미 이루어진 진료 공급에 붙는 세금이어서 서로 상쇄되지 않습니다.

그래서 다툼의 여지는 기간과 행위의 성격에서 찾아야 합니다. 고지된 과세기간이 신고기한부터 7년 안인지, 장부 조작이나 차명계좌 같은 적극적 행위가 있었는지가 10년 적용을 가릅니다. 세무조사 때 낸 확인서와 회계 담당자 진술이 이 판단의 핵심 기록이 됩니다.

같은 사실관계로 의료법 위반, 사기, 조세포탈 수사가 함께 진행되는 경우가 많습니다. 형사 사건에서 인정한 사실이 과세 불복의 부정행위 판단에 그대로 쓰일 수 있으므로, 수사 진술과 불복 주장을 처음부터 같은 방향으로 맞춰야 합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.