부가가치세

사무장병원 부가가치세 소송, 대법원은 면세·환수금·제척기간을 어떻게 판단했나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

비의료인이 의료법인 명의로 운영한 병원의 진료비는 부가가치세 면세 대상이 아니고, 공단 환수금을 실제로 냈어도 과세표준에서 빠지지 않습니다. 반면 단순 무신고는 부정행위가 아니어서 무신고 7년 부과제척기간이 지난 뒤 부과된 부분은 취소되었습니다. 대법원 2026두30111 판결의 쟁점별 결론과 쌍방이 각각 이긴 부분을 정리했습니다.

의료법인 명의 병원이라도 비의료인이 실제로 운영했다면 진료비는 면세 대상이 아닙니다. 다만 모든 과세기간이 10년 동안 열려 있지는 않습니다. 대법원은 원고 의료법인의 상고와 과세관청의 상고를 모두 기각했고, 그 결과 면세 배제와 환수 진료비 과세는 과세관청이, 7년이 지난 부가가치세 부분 취소는 의료법인이 이긴 채로 확정되었습니다.

이런 상담이 많습니다

A의료재단은 지방에서 요양병원을 운영해 왔는데, 실제로는 의료인이 아닌 B씨가 2012년부터 운영권을 넘겨받아 병원을 경영해 왔습니다. 국민건강보험공단은 2023. 5. A의료재단에 요양급여비용 부당이득징수처분을 했고, 재단은 그중 일부를 이미 납부했습니다. 2026. 8. 받은 지방국세청 세무조사 결과통지에는 2017년 제1기분부터 부가가치세를 과세하겠다는 내용이 담겨 있었습니다. 재단 이사는 환수금을 냈는데도 부가가치세가 붙는지, 운영자가 B씨인데 왜 재단에 과세하는지, 9년 가까이 지난 과세기간까지 부과할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이 사건에서 의료법인과 세무서는 각각 무엇을 다투었나요?

원고는 충남 금산군에서 요양병원을 개설한 의료법인입니다. 의료인이 아닌 소외인은 2008. 6. 초순경 병원 운영권 일체를 포괄적으로 양수해, 원고의 이사장으로서 또는 처남을 이사장으로 내세워 병원을 실질적으로 운영했습니다. 의사를 고용해 진료하게 했고 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 요양급여비 합계 13,650,224,150원이 지급되었습니다.

국민건강보험공단은 2018. 12. 10. 원고에게 17,415,801,080원, 소외인에게 9,779,895,810원의 부당이득징수처분을 했고, 2024. 1. 16. 내부 재량준칙 개정에 따라 각각 6,652,157,840원, 6,845,927,060원으로 감경했습니다. 세무서는 2021년 조사 결과에 따라 2011년 제1기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세와 2011~2019 사업연도 법인세를 고지했습니다.

원고는 면세 대상이라는 점, 환수된 요양급여비용의 과세표준 제외, 실질과세 원칙에 따른 소외인 과세를 상고이유로 들었습니다. 세무서는 부가가치세 부분에 10년 부과제척기간이 적용되어야 한다고 상고했습니다.

의료법인 명의로 개설했는데 왜 면세가 안 되나요?

구 부가가치세법 시행령 제35조는 의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역을 면세하고, 의료기관을 개설한 자가 제공하는 것도 포함합니다. 의료법인은 형식상 개설자이지만, 대법원은 「부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역을 의미한다고 봄이 타당하다.」라고 밝혔습니다. 그래서 비의료인이 의사를 고용해 제공한 용역은 면세 대상이 아닙니다.

이 법리는 안마사 아닌 사람이 안마사를 고용해 제공한 안마용역을 과세 대상으로 본 대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결에서 나왔고, 이번 판결은 실질적으로 비의료인이 개설·운영했으므로 면세 대상이 아니라는 원심 판단을 수긍했습니다. 현행 시행령 제35조도 같은 구조여서 지금도 같은 기준이 적용된다고 볼 수 있습니다.

공단에 환수금을 냈는데도 진료비에 부가가치세가 붙나요?

붙습니다. 대법원은 부당이득징수처분이 있어도 특별한 사정이 없는 한 해당 요양급여비용을 과세표준에서 뺄 수 없고, 「이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지이다.」라고 판시했습니다. 징수처분은 공급 거래 뒤의 별도 제재처분으로 공단 재량으로 금액이 정해지고, 처분이나 납부로 공급 거래의 효력이 소급해 없어지거나 공급가액이 줄지 않는다는 이유입니다.

원심은 원고가 징수금을 납부하지 않아 경제적 이익을 누리고 있다는 이유로 과세표준에 포함했습니다. 대법원은 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있으나 결론은 정당하다고 보았습니다. 징수처분을 재량행위로 본 부분은 대법원 2020. 6. 4. 선고 2015두39996 판결을 따랐습니다.

다만 판결이 재량행위의 근거로 든 「전부 또는 일부」 문구는 2020. 12. 29. 개정으로 현행 국민건강보험법 제57조 제1항에서 빠졌습니다. 개정법이 적용되는 징수처분까지 이 판결이 판단한 것은 아닙니다. 그래도 징수처분이나 납부로 공급 거래가 소급해 없어지지 않는다는 이유는 개정과 관계가 없어 같은 결론에 이를 가능성이 크다고 볼 수 있습니다.

실제 운영자에게 과세하라는 주장은 왜 받아들여지지 않았나요?

원고는 실제 운영자인 소외인에게 과세해야 한다고 주장했습니다. 대법원은 실질과세 원칙상 귀속명의자가 재산을 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등으로 실질적으로 지배·관리하는 사람이 따로 있으며, 그 괴리가 조세회피 목적에서 비롯된 경우에 실질적 지배·관리자를 납세의무자로 본다는 대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결의 법리를 다시 확인했습니다.

소외인이 상당 기간 원고의 운영수익을 부당하게 유출했다는 사정만으로는 법인세와 부가가치세 과세대상이 소외인에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없다는 원심 판단을 수긍했습니다. 면세 여부는 실질적 개설·운영자를 기준으로, 납세의무자는 과세대상의 귀속을 기준으로 따로 판단했다고 볼 수 있습니다.

10년 부과제척기간은 왜 적용되지 않았나요?

세무서는 사무장병원을 적법한 의료기관처럼 꾸며 부가가치세를 포탈했으니 10년이라고 주장했습니다. 대법원은 「다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다.」라는 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결의 법리를 들었습니다.

원심은 원고가 적법한 의료기관인 것처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐, 면세를 위해 회계장부를 조작하는 등 적극적 행위를 했다고 볼 수 없다고 보아 무신고 7년이 지난 뒤 부과된 부가가치세 부분을 취소했고, 대법원은 이를 수긍했습니다. 비의료인 운영이나 명의 사용만으로는 10년이 되기 어렵고, 2013두7667 판결이 든 허위 계약서 작성이나 장부 허위기재 같은 적극적 행위가 더해져야 한다고 볼 수 있습니다. 현행 국세기본법 제26조의2 제2항도 무신고 7년, 부정행위 10년의 같은 구조입니다.

사무장병원 부가가치세 대응 순서

• 과세기간별 제척기간 계산 - 신고 여부와 부과할 수 있는 날을 기준으로 5년·7년·10년을 과세기간마다 따집니다.
• 부정행위 근거 대조 - 과세관청이 10년을 주장하면 장부 조작, 거짓 증빙 등 적극적 행위의 구체적 근거가 무엇인지 확인합니다.
• 귀속 관계 정리 - 운영수익 흐름으로 실질귀속 주장이 가능한지 봅니다.
• 환수 절차와 함께 관리 - 징수금액은 공단 처분에 대한 불복에서 따로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 운영자, 신고 여부, 장부·증빙의 적극적 조작 여부에 따라 과세할 수 있는 과세기간과 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 사무장병원 관련 부가가치세·법인세 부과처분 불복과 행정소송, 요양급여비용 환수 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의료법인 이름으로 연 병원인데 사무장병원이면 진료비가 과세되나요?
  실질적으로 비의료인이 개설·운영했다면 과세됩니다. 대법원은 면세되는 의료보건 용역을 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법에 따라 제공하는 용역으로 보고, 비의료인이 의사를 고용해 제공한 용역은 면세 대상이 아니라고 판단했습니다.
• 공단 환수금을 다 냈으면 그 진료비는 부가세 과세표준에서 빠지나요?
  특별한 사정이 없는 한 빠지지 않습니다. 대법원은 부당이득징수처분은 공급 거래 뒤의 별도 제재처분이고, 처분이나 징수금 납부로 공급 거래가 소급해 없어지거나 공급가액이 줄지 않는다고 보아, 징수금을 실제로 납부했어도 과세표준에서 제외할 수 없다고 판시했습니다.
• 실제 운영자가 따로 있는데 왜 의료법인에 세금이 나오나요?
  운영자가 법인 수익을 부당하게 유출했다는 사정만으로는 과세대상이 운영자에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없다는 원심 판단을 대법원이 수긍했습니다. 실질귀속을 인정받으려면 법인의 지배·관리 능력 부재, 운영자의 지배, 조세회피 목적이 함께 인정되어야 합니다.
• 사무장병원이면 부가세를 10년 전 것까지 매길 수 있나요?
  사무장병원이라는 사정만으로는 10년이 적용되지 않습니다. 이 사건에서는 적법한 의료기관처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐 장부 조작 등 적극적 행위가 없다고 보아 무신고 7년이 지난 부가가치세 부분이 취소되었습니다. 장부 조작 같은 적극적 부정행위로 포탈했다면 10년이 적용됩니다.
• 이 판결에서 의료법인이 이긴 부분도 있나요?
  있습니다. 원심은 무신고 7년의 부과제척기간이 지난 뒤 부과된 부가가치세 부분을 취소했고, 대법원은 10년이 적용되어야 한다는 세무서의 상고를 기각했습니다. 면세, 환수금, 실질과세에 관한 의료법인의 상고도 모두 기각되어, 이 쟁점들은 과세관청이 이긴 채로 확정되었습니다.
• 부정행위로 인정되는 적극적 행위는 어떤 것인가요?
  조세범 처벌법 제3조 제6항이 정한 이중장부 작성, 거짓 증빙·문서 작성, 장부 파기, 재산 은닉이나 거래 조작·은폐, 세금계산서 조작 등으로 조세 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 행위입니다. 단순 무신고나 허위 신고만으로는 해당하지 않습니다.
• 사무장병원 부가세 고지를 받으면 언제까지 다투어야 하나요?
  세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 제기해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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• 사무장병원으로 밝혀지면 면세였던 진료비에 부가가치세가 나오나요?
• 사무장병원 실제 운영자의 환수금이 의료법인보다 많을 수 있나요?
• 의사 명의를 빌려 병원을 열고 건강보험 요양급여를 받으면 사기죄가 되나요?
• 사무장병원 무죄가 확정되면 보류된 의료급여비용을 이자까지 받나요?
• 세금 포탈로 10년 제척기간이 적용되면 가산세도 10년 동안 부과되나요?

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