세금

과세사업에 쓰던 건물을 면세사업에 쓰면 부가가치세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 매입세액을 공제받은 건물을 면세사업에 쓰기 시작하면 그 건물을 공급한 것으로 보아 부가가치세를 냅니다. 이를 면세전용이라고 합니다. 공급가액은 취득가액에서 경과한 과세기간마다 5퍼센트씩 깎은 금액입니다. 처음부터 매입세액을 공제받지 않은 건물이라면 용도를 바꿔도 과세되지 않습니다.

네, 매입세액을 공제받은 건물을 면세사업에 쓰기 시작하면 그 건물을 공급한 것으로 보아 부가가치세를 냅니다. 이를 면세전용이라고 합니다. 공급가액은 취득가액에서 경과한 과세기간마다 5퍼센트씩 깎은 금액입니다. 처음부터 매입세액을 공제받지 않은 건물이라면 용도를 바꿔도 과세되지 않습니다.

상가를 주택으로 바꿔 세를 주면 왜 부가가치세가 나오나요?

상가 임대는 과세사업이고 주택 임대는 면세사업이기 때문입니다. 사업자는 상가를 지을 때 낸 부가가치세를 매입세액으로 공제받았습니다. 그 건물을 면세사업에 쓰면 공제받은 세금을 그대로 둘 이유가 없어집니다. 그래서 부가가치세법은 이 사용을 재화의 공급으로 봅니다.

이 규정이 적용되려면 세 가지가 맞아야 합니다. 첫째, 과세사업과 관련해 생산하거나 취득한 재화여야 합니다. 둘째, 그 재화의 매입세액을 공제받았어야 합니다. 셋째, 면세사업을 위해 직접 사용하거나 소비해야 합니다. 주택 임대 외에도 과세사업용 설비를 같은 사업자의 면세사업, 예를 들어 의료나 교육 용역에 옮겨 쓰면 같은 규정이 적용됩니다.

대표적인 사례가 업무용 오피스텔을 주거용으로 세를 주는 경우입니다. 분양 때 업무용으로 매입세액을 환급받은 뒤 상시 주거용으로 임대하면 면세전용이 됩니다. 원심 서울고등법원 2017. 5. 31. 선고 2016누78600 판결은 이를 면세전용으로 보았습니다. 이 판결은 대법원 2017. 9. 21. 선고 2017두50386 판결(심리불속행 기각)로 확정되었습니다.

면세전용 부가가치세는 얼마로 계산하나요?

건물은 매입세액을 공제받은 취득가액에 「1에서 100분의 5에 경과된 과세기간 수를 곱한 비율을 뺀 값」을 곱합니다. 과세기간은 6개월 단위입니다. 20개 과세기간, 즉 10년이 지나면 공급가액이 0이 되어 과세되지 않습니다.

예를 들어 건물분 취득가액 5억원의 상가를 3년 임대한 뒤 전부 주택으로 바꿨다고 하겠습니다. 경과된 과세기간은 6개이므로 공급가액은 5억원 × (1 - 0.05 × 6) = 3억5천만원입니다. 부가가치세는 3천5백만원입니다.

기계나 비품 같은 그 밖의 감가상각자산은 과세기간마다 25퍼센트씩 깎습니다. 4개 과세기간, 즉 2년이 지나면 0이 됩니다. 과세기간 중간에 취득하거나 전용했으면 그 과세기간 개시일에 한 것으로 보아 기간을 셉니다.

공급가액을 계산할 때 시가나 감정가액은 쓰지 않습니다. 건물값이 올랐든 내렸든 계산식에 따른 금액이 공급가액입니다. 다만 취득가액은 매입세액을 공제받은 금액이므로, 분양 계약서와 당시 신고서로 공제받은 건물분 금액을 먼저 확인해야 합니다.

건물 일부만 면세사업에 쓰면 어떻게 계산하나요?

일부만 면세사업에 쓰면 위 금액에 면세공급가액 비율을 곱합니다. 비율은 면세사업에 쓰기 시작한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비중입니다.

예를 들어 같은 과세기간 총공급가액 1억원 중 주택 임대료가 3천만원이면 비율은 30퍼센트입니다. 앞의 3억5천만원에 30퍼센트를 곱한 1억5백만원이 공급가액이 됩니다.

면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만이면 공급가액이 없는 것으로 봅니다. 따라서 과세사업 비중이 압도적인 사업장에서 일부를 잠깐 면세용으로 쓰는 경우에는 과세되지 않을 수 있습니다. 다만 이후 면세 비중이 커지면 공통매입세액 정산 문제가 따로 생깁니다. 비율은 과세기간마다 달라지므로 전용한 날이 속한 과세기간의 실제 공급가액으로 계산해야 합니다. 예정신고기간이 아니라 과세기간 전체 기준이라는 점도 유의해야 합니다.

다시 과세사업에 쓰면 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?

면세전용으로 낸 부가가치세를 그대로 환급받는 규정은 없습니다. 부가가치세법 제43조는 면세사업용 감가상각자산을 과세사업에 쓰면 일부를 공제하도록 정합니다. 그러나 시행령은 그 대상을 취득 때 면세사업 관련으로 공제받지 못한 매입세액으로 정합니다. 취득 때 공제받았다가 면세전용으로 과세된 건물은 이 문언에 바로 들어맞지 않습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 문언상 제43조 공제는 받기 어렵다고 볼 수 있습니다. 반대로 면세전용 때 공제분을 이미 되돌려 냈으니 실질은 같다는 주장도 가능합니다.

적용된다면 공제액은 그 매입세액에 「1에서 100분의 5에 경과된 과세기간 수를 곱한 비율을 뺀 값」을 곱한 금액입니다. 과세사업에 쓰기 시작한 과세기간의 확정신고 때 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 함께 내야 합니다. 면세와 과세를 오가면 세 부담이 남을 수 있어 바꾸기 전에 계산해 보는 것이 좋습니다.

주거용인지는 계약서 문구가 아니라 임차인의 실제 사용으로 판단합니다. 앞의 서울고등법원 판결 사안은 계약서에 「업무용」이라 적고 전입신고를 하지 않기로 특약까지 했습니다. 그러나 세탁기·인덕션·옷장 같은 주거용 옵션이 있었습니다. 임차인은 그곳에 사업자등록을 하지 않았고 다른 곳에서 근로소득을 받았습니다. 법원은 이런 사정으로 상시주거용 임대라고 보았습니다. 업무용이라고 다투려면 임차인이 그곳에서 실제로 한 업무를 보여 줄 자료가 있어야 합니다.

면세전용 부가가치세 대응 순서

• 매입세액 공제 여부 확인 - 건물 취득 때 매입세액을 공제받았는지 신고 내역으로 확인합니다.
• 전용 시점 확정 - 주거용 임대 등 면세사업에 쓰기 시작한 날을 계약서와 전입 기록으로 정합니다.
• 경과 기간 계산 - 취득일부터 전용일까지 과세기간 수를 세어 공급가액을 계산합니다.
• 일부 전용 비율 확인 - 일부만 전용했다면 면세공급가액 비율과 5퍼센트 기준을 확인합니다.
• 확정신고 - 전용한 과세기간의 확정신고에 반영하고, 누락분은 수정신고로 바로잡습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매입세액 공제 여부와 실제 사용 용도가 바뀐 시점에 따라 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 면세전용과 오피스텔 용도 변경에 관한 부가가치세 추징 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세전용을 신고하지 않으면 언제까지 추징될 수 있나요?
  부과제척기간은 법정신고기한 다음 날부터 5년이 원칙입니다. 신고 자체를 하지 않은 무신고라면 7년입니다. 부정행위가 있으면 10년까지 늘어납니다.
• 분양받을 때 환급받은 부가가치세를 그대로 돌려주는 것인가요?
  아니요, 환급액 전액이 아니라 경과된 과세기간만큼 깎은 금액에 세율을 곱합니다. 오래 과세사업에 쓸수록 낼 세금이 줄고, 10년이 지나면 0이 됩니다.
• 임차인이 몰래 주거용으로 쓴 경우도 면세전용인가요?
  임대인이 주거용 임대를 하는 것으로 판단되면 면세전용이 될 수 있습니다. 임대차계약서에 업무용으로 정했고 임차인이 사업자등록을 했다면 그 자료가 반박 근거가 됩니다.
• 면세전용 때 세금계산서를 발급해야 하나요?
  아니요, 면세전용은 자기에게 공급한 것으로 보는 거래라 세금계산서 발급 의무가 면제됩니다. 신고서의 과세표준에만 반영하고, 매출처별 세금계산서합계표에는 넣지 않습니다.
• 토지 부분도 면세전용 부가가치세에 들어가나요?
  아니요, 토지는 처음부터 면세이고 관련 매입세액도 공제받지 않습니다. 매입세액을 공제받은 건물분 취득가액만 계산 대상입니다. 분양가에 토지와 건물이 함께 들어 있다면 건물분을 먼저 나눕니다.
• 병원 건물 일부를 과세 사업인 피부미용에 쓰다 진료실로 바꿔도 해당하나요?
  과세사업용으로 매입세액을 공제받은 부분을 면세인 진료에 쓰면 면세전용이 될 수 있습니다. 공통으로 쓰던 부분이라면 공통매입세액 안분과 정산 관계를 함께 따져야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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