법인세·소득세

병원 소속 의사가 같은 병원 연구용역을 맡으면 근로소득인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

병원에 재직 중인 의사가 소속 병원과 별도 연구용역계약을 맺고 받는 대가도 종속관계에서 제공한 것이면 근로소득이고, 독립적으로 계속 제공하면 사업소득, 일시적이면 기타소득입니다. 본인 뜻으로 계약했고 병원 간섭 없이 연구했다는 사정만으로는 근로소득에서 빠지지 않습니다. 지금은 연구가 근무시간·병원 시설 안에서 진료 업무와 함께 이루어졌는지부터 확인해 보십시오.

별도 계약서를 썼다는 사실만으로 연구용역 대가를 기타소득이나 사업소득으로 처리할 수 있다고 볼 필요는 없습니다. 같은 병원 소속 의사가 받는 대가라면 고용관계 안에서 제공된 일인지부터 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

대학병원에 근무하는 H교수는 2025년 병원과 고용계약과 별도로 6개월짜리 임상연구 용역계약을 맺었습니다. 연구는 H교수 책임 아래 진행됐고, 병원은 시간이나 장소를 지시하지 않았으며 대가는 세 번에 나누어 지급됐습니다. 병원 원무팀은 이 대가를 근로소득으로 합산할지, 기타소득으로 20%를 원천징수할지 정하지 못했고, H교수는 본업과 다른 일이니 근로소득은 아니지 않느냐고 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소속 병원에서 받은 연구용역 대가는 어떤 소득인가요?

소속 병원에서 받는 연구용역 대가는 계약 이름이 아니라 실질에 따라 근로소득, 사업소득, 기타소득 가운데 하나로 정해집니다. 종속관계에서 근로를 제공한 대가면 근로소득, 독립적으로 계속·반복해 용역을 제공하면 사업소득, 일시적으로 제공하면 기타소득입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 근로를 제공해 받는 봉급·수당과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 정합니다. 고용관계 없이 전문적 지식을 활용해 일시적으로 용역을 제공하고 받는 대가는 기타소득으로 열거돼 있고, 같은 용역이라도 사업활동으로 볼 정도로 계속·반복되면 사업소득이 됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 고용관계나 이와 유사한 계약으로 근로를 제공하고 받는 대가는 근로소득, 고용관계 없이 독립된 자격으로 계속 용역을 제공하고 받는 대가는 사업소득, 일시적으로 용역을 제공하고 받는 대가는 기타소득이며, 어느 쪽인지는 사실관계를 종합해 판단할 사항이라고 회신했습니다(사전-2019-법령해석소득-0227, 2019. 5. 22.).

검토 의견은 의사가 본인 뜻에 따라 계약했고 병원의 간섭 없이 연구했다는 사정만으로 근로소득에서 뺄 수는 없다고 보았습니다. 고용관계에 있는 직원이 맡는 업무는 범위가 넓어서, 스스로 수행하는 업무라도 근로의 일부일 수 있기 때문입니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 다른 병원이나 제약회사와 맺은 연구계약이라면 판단 요소가 달라집니다.

근로소득과 사업소득·기타소득은 무엇으로 가르나요?

판단의 첫 기준은 종속성입니다. 연구가 병원의 지휘·감독 아래 근로의 일부로 이루어졌는지, 독립된 지위에서 이루어졌는지를 계약 형식보다 실제 수행 방식으로 봅니다.

• 근로소득 쪽 - 연구가 진료·교육 업무와 밀접하고, 병원 시설·인력을 쓰며, 성과가 병원에 귀속되고, 지급액이 직급에 연동되는 경우입니다.
• 사업소득 쪽 - 여러 기관과 반복해 연구계약을 맺고, 비용과 위험을 스스로 부담하며, 수익을 목적으로 계속 활동하는 경우입니다.
• 기타소득 쪽 - 고용관계 밖에서 전문 지식을 활용해 한두 번 제공한 일시적 용역입니다.

대법원은 독립된 자격의 용역 소득이 사업소득인지 기타소득인지를 가릴 때 거래의 형식·명칭에 구애되지 않고, 납세자의 직업 활동 내용, 기간, 횟수, 태양, 상대방에 비추어 수익 목적과 계속성·반복성이 있는지를 사회통념에 따라 판단해야 한다고 했습니다.

소득 구분에 따라 세금이 얼마나 달라지나요?

같은 금액이라도 근로소득이면 다른 급여와 합산해 연말정산하고, 사업소득이면 100분의 3을 원천징수한 뒤 종합소득세로 정산하며, 기타소득이면 받은 금액의 100분의 60을 필요경비로 빼고 100분의 20을 원천징수합니다.

기타소득금액이 300만원 이하이고 원천징수됐다면 종합소득에 합산하지 않고 분리과세로 끝낼 수 있습니다. 다만 고소득 의사는 근로소득과 합산하면 높은 세율 구간이 적용되므로, 구분에 따라 최종 세액 차이가 커질 수 있습니다.

의사 연구용역 소득 구분 대응 순서

• 계약 구조 확인 - 고용계약과 연구용역계약의 관계, 연구 책임자, 성과 귀속, 대가 산정 방식을 정리합니다.
• 수행 실태 정리 - 근무시간 중 수행했는지, 병원 시설·인력을 썼는지 기록으로 확인합니다.
• 원천징수 결정 - 병원은 판단 결과에 따라 근로소득 합산, 사업소득 100분의 3, 기타소득 100분의 20 중 하나로 원천징수하고 원천징수이행상황신고서를 냅니다.
• 종합소득세 신고 - 의사는 근로소득 외 소득이 있으면 다음 해 5월 종합소득세를 신고합니다.
• 사후 정정 - 구분이 잘못됐다면 병원의 수정신고나 의사의 경정청구로 바로잡고, 과세 처분을 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 연구비가 산학협력단을 거쳐 지급되거나 제약회사가 직접 지급하는 구조라면 계약서와 지급 흐름을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 소득 구분을 둘러싼 원천징수 추징과 경정청구·조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 다른 병원이나 제약회사에서 받은 연구비도 같은가요?
  고용관계가 없는 기관에서 받은 연구 대가라면 근로소득이 될 여지는 작고, 계속·반복성에 따라 사업소득이나 기타소득으로 나뉩니다. 여러 기관과 해마다 연구계약을 맺는다면 사업소득으로 볼 사정이 됩니다.
• 기타소득이면 세금이 얼마인가요?
  전문 지식을 활용해 일시적으로 제공한 용역의 대가는 받은 금액의 100분의 60을 필요경비로 보고, 나머지 기타소득금액에 100분의 20을 원천징수합니다. 실제 경비가 더 많으면 증빙으로 더 뺄 수 있습니다.
• 기타소득 300만원 이하면 신고하지 않아도 되나요?
  기타소득금액이 300만원 이하이고 원천징수됐다면 종합소득에 합산하지 않는 분리과세로 끝낼 수 있습니다. 다만 본인이 합산을 선택할 수 있고, 금액은 필요경비를 뺀 기타소득금액 기준입니다.
• 근로소득으로 보면 병원은 무엇을 다시 해야 하나요?
  병원은 연구 대가를 해당 의사의 급여와 합산해 근로소득으로 원천징수하고 연말정산에 반영해야 합니다. 이미 기타소득으로 원천징수했다면 원천징수이행상황신고서와 지급명세서를 수정하는 절차가 필요합니다.
• 본업과 무관한 연구라면 근로소득이 아니지 않나요?
  본업과 다른 연구라도 고용관계에 있는 직원이 맡는 업무 범위는 넓기 때문에, 본인 의사로 계약하고 간섭 없이 수행했다는 사정만으로 근로소득에서 빠지지 않습니다. 실제로 종속관계 안에서 수행됐는지를 봅니다.
• 사업소득으로 보면 의사가 따로 할 일이 있나요?
  사업소득은 병원이 100분의 3을 원천징수하고, 의사는 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 근로소득과 함께 신고하며 관련 경비를 필요경비로 넣습니다. 계속 반복된다면 사업자등록 여부도 함께 검토합니다.
• 구분이 잘못돼 세금을 더 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 연구계약서와 수행 기록으로 실제 소득 구분을 설명하고, 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

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