세금

창업감면을 받는 회사가 통합고용세액공제도 함께 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

2025. 1. 1. 이후 창업한 중소기업은 창업감면을 받는 과세연도에 통합고용세액공제를 함께 받을 수 없습니다. 2024년 이전 창업 기업은 종전 규정이 적용돼 결론이 다를 수 있습니다. 중소기업 특별세액감면은 통합고용세액공제와 함께 받을 수 있는 것으로 볼 수 있습니다.

2025. 1. 1. 이후 창업한 중소기업은 창업감면을 받는 과세연도에 통합고용세액공제를 함께 받을 수 없습니다. 2024년 이전 창업 기업은 종전 규정이 적용돼 결론이 다를 수 있습니다. 중소기업 특별세액감면은 통합고용세액공제와 함께 받을 수 있는 것으로 볼 수 있습니다.

창업감면과 통합고용세액공제는 왜 함께 받지 못하나요?

조세특례제한법은 같은 과세연도에 감면과 공제가 겹치면 하나만 고르게 합니다. 여기에 창업감면에 대해서는 따로 단서를 둡니다. 창업중소기업 등 세액감면을 받는 경우 통합고용세액공제와 고용증대 세액공제를 동시에 적용하지 않는다는 내용입니다.

종전 단서는 창업감면 중 고용을 늘린 만큼 더 주는 제6조 제7항의 추가감면을 받을 때만 고용 공제를 막았습니다. 기본 창업감면만 받는 회사는 통합고용세액공제를 함께 받을 수 있었습니다. 2024. 12. 31. 개정으로 창업감면 전체로 범위가 넓어졌습니다.

이 단서는 고르는 규정이 아니라 동시 적용을 막는 규정입니다. 그래서 창업감면을 받는 해에는 고용 공제를 신청할 수 없습니다. 고용 공제를 받으려면 그해 창업감면을 포기해야 하는 셈입니다. 단순 예시로 그해 창업감면이 법인세 2,000만원이고 통합고용세액공제가 3,000만원이라면 공제를 고르는 편이 유리합니다. 반대로 감면액이 더 크면 고용 공제를 포기합니다. 감면율이 높은 초기 연도와 고용이 크게 는 연도를 나눠 해마다 비교해야 합니다.

2024년에 창업한 회사도 함께 받지 못하나요?

개정 단서는 2025. 1. 1. 이후 창업한 경우부터 적용됩니다. 부칙은 이 법 시행 이후 창업중소기업을 창업하는 경우부터 적용한다고 정했습니다. 창업보육센터사업자 지정, 벤처기업 확인, 에너지신기술중소기업 해당도 같은 기준으로 봅니다.

그래서 2024년 이전에 창업한 회사는 남은 감면기간 동안 종전 단서가 적용된다고 볼 수 있습니다. 고용증대 추가감면을 받지 않는다면 기본 창업감면과 통합고용세액공제를 함께 받을 여지가 있습니다. 과세연도가 아니라 창업 시점이 기준이라는 점이 중요합니다. 창업감면은 최초 소득 발생 과세연도부터 5년간 적용됩니다. 그래서 2024년 창업 회사는 2028년 무렵까지 이 차이가 이어질 수 있습니다. 창업일 기준이라는 점은 세무조사에서 먼저 짚어야 할 대목입니다.

직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 부칙 문언상 2024년 이전 창업 기업에는 종전 단서가 적용된다고 볼 수 있습니다. 과세관청은 2025년 이후 과세연도 전체에 개정 단서가 적용된다고 볼 수 있습니다. 그러나 부칙은 과세연도가 아니라 창업 시점을 기준으로 정했으므로 배제됐다면 창업일과 부칙 문언으로 다툴 수 있습니다. 반대로 2025년 이후 창업이라면 두 혜택 중 큰 쪽을 계산해 고르는 것이 맞습니다.

투자세액공제와 감면은 함께 받을 수 있나요?

같은 과세연도에 창업감면 등 법이 열거한 감면과 통합투자세액공제 등 열거한 공제가 겹치면 하나만 고릅니다. 중소기업 특별세액감면도 감면 목록에 들어가므로 통합투자세액공제와는 하나를 골라야 합니다. 둘 중 세액이 큰 쪽을 해마다 비교해 선택합니다.

예외가 있습니다. 감면받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하고, 그 밖의 사업에 공제가 적용되면 중복지원으로 보지 않습니다. 예를 들어 감면 업종인 제조업과 감면이 없는 다른 사업을 함께 한다면 사업별로 장부를 나눠 둘 실익이 있습니다. 구분경리는 감면 사업과 그 밖의 사업의 수입과 비용을 나눠 장부에 적는 것을 말합니다. 공통 비용의 배분 기준이 불분명하면 과세관청이 구분경리를 인정하지 않을 수 있어 배분 근거를 문서로 남겨야 합니다.

투자세액공제를 고른 뒤 그 자산을 2년 안에 팔면 공제세액을 다시 내야 하는 문제도 있습니다. 이 쟁점은 「투자세액공제 받은 기계를 2년 안에 팔거나 임대하면 세금을 다시 내나요?」에서 다뤘습니다.

중소기업 특별세액감면은 통합고용세액공제와 함께 되나요?

함께 받을 수 있는 것으로 볼 수 있습니다. 동시 적용을 막는 단서는 창업감면에만 붙어 있고, 통합고용세액공제는 선택 대상 공제 목록에 없습니다. 그래서 중소기업 특별세액감면을 받으면서 고용을 늘린 공제를 함께 신청하는 구조가 가능합니다.

다만 통합고용세액공제의 기본공제는 고용증대 세액공제나 중소기업 사회보험료 세액공제를 받지 않은 경우에만 적용됩니다. 같은 고용 증가로 여러 공제를 겹쳐 받을 수는 없습니다. 어느 공제를 이미 받았는지 연도별 신고서로 확인해 두십시오. 통합고용세액공제의 요건과 사후관리는 「중견기업이 2026년에 직원을 5명만 늘리면 통합고용세액공제를 못 받나요?」를 참고하십시오.

감면·공제 중복 검토 대응 순서

• 창업일 확인 - 창업일, 벤처 확인일 등이 2025. 1. 1. 이전인지 이후인지 확인합니다.
• 혜택 목록화 - 그 과세연도에 요건을 갖춘 감면과 공제를 모두 적고 선택 대상인지 표시합니다.
• 세액 비교 - 창업감면과 통합고용세액공제, 감면과 투자세액공제의 세액을 각각 계산해 큰 쪽을 고릅니다.
• 구분경리 점검 - 감면 사업과 다른 사업이 함께 있으면 구분경리로 중복지원을 피할 수 있는지 봅니다.
• 과거 신고 점검 - 이미 함께 받은 연도가 있으면 창업일 기준으로 종전 규정 적용 여부를 다시 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 창업 시점과 감면 종류, 구분경리 여부에 따라 함께 받을 수 있는 혜택이 달라집니다. 법무법인 윤성은 중소기업 감면·공제 중복 적용 검토와 경정청구, 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 창업감면 기간 중 한 해만 통합고용세액공제를 받을 수 있나요?
  중복 배제는 같은 과세연도 안에서 판단합니다. 그래서 그해에 창업감면을 받지 않는다면 통합고용세액공제를 받는 것으로 볼 수 있습니다. 해마다 큰 쪽을 계산해 고르십시오.
• 벤처기업 확인을 2025년에 받았다면 어떻게 되나요?
  부칙은 2025. 1. 1. 이후 벤처기업으로 확인받는 경우에도 개정 단서를 적용합니다. 그 확인에 따른 감면을 받는 해에는 통합고용세액공제를 함께 받을 수 없습니다.
• 둘 다 신고했다가 하나가 빠지면 가산세가 붙나요?
  중복으로 받은 공제나 감면이 부인되면 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다. 미리 수정신고하면 가산세 감면을 받을 여지가 있습니다.
• 2024년 창업 회사가 이미 함께 받았다면 문제 되나요?
  부칙상 개정 단서는 2025. 1. 1. 이후 창업분부터 적용되므로 2024년 창업 회사에는 종전 단서가 적용된다고 볼 수 있습니다. 고용증대 추가감면을 함께 받지 않았는지 확인하십시오.
• 구분경리를 하면 어떤 혜택이 겹쳐도 되나요?
  감면받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하고 그 밖의 사업에 공제가 적용되는 경우에만 중복지원으로 보지 않습니다. 같은 사업에서 생긴 감면과 공제는 여전히 하나만 고릅니다.
• 감면을 포기하고 공제를 고르면 남은 공제는 이월되나요?
  공제받지 못한 세액공제의 이월공제는 개별 공제 규정과 이월공제 규정에 따릅니다. 선택하지 않은 쪽은 그해 적용되지 않으므로 이월 여부를 함께 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 중견기업이 2026년에 직원을 5명만 늘리면 통합고용세액공제를 못 받나요?
• 투자세액공제 받은 기계를 2년 안에 팔거나 임대하면 세금을 다시 내나요?
• 프리랜서로 일하다 법인을 세우면 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있나요?
• 폐업한 회사 대신 배우자 명의로 새 법인을 세우면 창업 감면을 받나요?
• 셀프빨래방 세탁기·건조기도 투자세액공제를 받을 수 있나요?
• 8년 농사지은 땅이 수용되면 자경감면과 수용감면을 함께 받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기