불복·환급

세무조사 처분사유 일부만 위법이면 세금 전부가 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

처분사유 일부만 위법하고 소송 자료로 정당한 세액을 계산할 수 있으면 법원은 세금 전부가 아니라 정당세액을 넘는 부분만 취소합니다. 대법원은 세무서가 낸 정당세액 계산서로 심리할 수 있었는데도 처분 전부를 취소한 원심을 파기했습니다. 지금은 처분사유를 항목별로 나누고 세무서가 추계를 쓴 부분이 어디인지 확인해 두십시오.

세무서가 소송 중에 「예비적 정당세액 계산서」를 냈다고 해서 처분의 위법을 인정하는 셈이 될까 걱정할 필요는 없습니다. 그 계산서는 법원이 취소할 범위를 정하는 자료로 쓰일 뿐입니다.

이런 상담이 많습니다

미용 시술업을 하는 E법인은 2024년 세무조사를 받은 뒤 수입금액 누락과 가공세금계산서 발급을 이유로 법인세·부가가치세 부과처분과 대표에 대한 소득금액변동통지를 받았습니다. 세무서는 장부 일부를 근거로 하면서 시술 횟수에 시술단가표 금액을 곱해 누락액을 추산했고, 단가표에 없는 시술에는 임의의 가격을 넣었습니다. 조세심판을 거쳐 2025년 취소소송을 내자, 세무서는 소송 도중 법인 주장이 받아들여질 경우를 대비한 정당세액 계산서를 법원에 냈습니다. E법인은 처분사유 일부가 위법하면 세금 전부가 취소되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

처분사유 일부만 위법하면 세금 전부가 취소되나요?

아니요. 처분사유 중 일부만 위법하고 사실심 변론종결 때까지 낸 자료로 정당한 세액을 계산할 수 있다면, 법원은 정당한 세액을 넘는 부분만 취소합니다. 과세처분 취소소송에서 다투는 대상은 처분의 절차가 아니라 정당한 세액이 객관적으로 얼마인지이기 때문입니다.

대법원 2024. 12. 12. 선고 2024두49469 판결은 원심이 처분사유 일부만 위법하다고 보면서도 정당세액을 계산하지 않고 부과처분과 소득금액변동통지 전부를 취소한 것은 잘못이라고 보았습니다. 세무서가 1심에서 낸 정당세액 계산서와 재경정결의서로 정당세액을 심리할 수 있었다는 이유입니다. 대법원은 원심판결을 파기하고 다시 심리하라고 돌려보냈으므로, 이 사건에서 최종적으로 얼마가 취소될지는 환송 뒤 정해집니다.

세무서가 추계로 매출누락을 계산하면 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 장부로 소득을 계산할 수 없을 때에만 추계가 허용되고, 추계를 하더라도 합리적이고 타당한 방법이어야 하며 그 합리성은 세무서가 증명해야 합니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 결정·경정하는 것이 원칙이고, 대통령령으로 정한 사유가 있을 때만 추계할 수 있게 정합니다. 이 사건에서 원심은 실지조사와 추계를 섞으면서 같은 항목을 중복해 계산하고 단가표에 없는 시술에 임의 가격을 쓴 방법은 합리적이지 않다고 보았고, 대법원은 이 판단을 그대로 유지했습니다.

가공세금계산서라는 처분사유는 누가 증명하나요?

재화나 용역을 실제로 공급하지 않고 세금계산서만 발급했다는 사실은 처분의 적법성을 주장하는 세무서가 증명해야 합니다. 이 사건에서 원심은 세무서가 낸 증거만으로는 가공 발급이 증명되지 않았다고 보았고, 대법원도 이 부분 상고를 받아들이지 않았습니다.

조세심판 없이 바로 소송을 낼 수 있나요?

국세 부과처분은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거치지 않으면 취소소송을 낼 수 없습니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내야 하고, 결정기간 안에 결정을 받지 못하면 그 기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다.

과세처분 일부 취소 대응 순서

• 처분사유 분리 - 고지서와 세무조사 결과통지서에서 처분사유를 항목별로 나눕니다. 다툴 사유와 인정할 사유를 먼저 구분합니다.
• 추계 방법 검토 - 세무서가 장부 대신 추계를 썼는지, 같은 항목을 중복 계산했는지 확인합니다. 합리성 증명책임은 세무서에 있습니다.
• 심판청구 - 처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 청구합니다. 이 절차를 거쳐야 소송을 낼 수 있습니다.
• 취소소송 제기 - 심판 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 냅니다. 소송물은 정당한 세액입니다.
• 정당세액 자료 대비 - 세무서가 예비적 정당세액 계산서를 내면 계산 근거를 하나씩 확인합니다. 법원은 이 자료로 일부 취소 범위를 정할 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소득금액변동통지가 대표 등 여러 사람에게 나뉘어 있거나 부가가치세 과세기간이 여러 개 걸쳐 있으면 처분별로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세·부가가치세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 처분사유 하나가 위법이면 고지서 전체가 취소되나요?
  정당세액을 계산할 수 있으면 아닙니다. 대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결과 2024. 12. 12. 선고 2024두49469 판결은 사실심 변론종결 때까지 낸 자료로 정당한 세액이 산출되면 그 세액을 넘는 부분만 취소해야 한다고 보았습니다. 자료가 없어 정당세액을 계산할 수 없을 때만 전부 취소됩니다.
• 세무서가 매출을 추계로 계산해도 되나요?
  장부나 증명서류로 소득금액을 계산할 수 없는 경우에만 됩니다. 법인세법 제66조 제3항은 장부 등을 근거로 결정·경정하는 것을 원칙으로 하고, 대통령령으로 정한 사유가 있을 때만 추계를 허용합니다. 장부가 있는데 추계를 했다면 그 자체를 다툴 수 있습니다.
• 추계 방법이 틀렸다는 건 누가 증명하나요?
  세무서가 추계 방법이 합리적이라는 점을 증명해야 합니다. 대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두11576 판결은 추계방법의 합리성과 타당성은 처분의 적법성을 인정받으려는 과세관청이 주장·증명할 책임이 있다고 보았습니다. 같은 항목의 중복 계산이나 임의 가격 적용은 합리성을 깨는 사정이 됩니다.
• 세무서가 낸 정당세액 계산서에 동의해야 하나요?
  동의할 의무는 없습니다. 다만 법원은 그 계산서와 첨부한 재경정결의서 같은 자료로 정당세액을 심리할 수 있습니다. 대법원 2024두49469 판결도 이런 자료가 있으면 정당세액을 산정해야 한다고 보았으므로, 계산 근거를 항목별로 확인해 틀린 부분을 지적하는 편이 낫습니다.
• 가공세금계산서라는 이유도 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 실제 공급 없이 세금계산서만 발급했다는 사실은 세무서가 증명해야 합니다. 대법원 2024두49469 판결에서도 원심은 세무서가 낸 증거만으로는 가공 발급이 증명되지 않았다고 보았고, 대법원은 이 판단을 유지했습니다. 거래 계약서와 대금 흐름이 반박 자료가 됩니다.
• 조세심판은 언제까지 청구해야 하나요?
  처분이 있음을 안 날, 처분 통지를 받았으면 그 받은 날부터 90일 안입니다. 국세 부과처분은 심사청구나 심판청구를 거치지 않으면 취소소송을 낼 수 없으므로 이 기한을 넘기면 소송으로 다툴 길이 막힙니다. 이의신청을 거쳤다면 그 결정 통지일부터 90일을 셉니다.
• 조세심판 결정 뒤 소송은 언제까지 내나요?
  심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 하고, 이 기간은 불변기간입니다. 결정기간 안에 결정의 통지를 받지 못했다면 결정기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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