세금

소송 중 세무서가 진 쟁점만큼 세금을 줄이면 남은 세금도 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세무서가 소송 중 직권 감액경정으로 위법사유를 없앴다면, 그 사유만으로 남은 세금까지 취소되기는 어렵습니다. 대법원은 이런 사안에서 남은 처분 전부를 취소한 원심을 파기해 돌려보냈습니다. 감액된 부분은 이미 줄어든 것이므로 그 부분을 따로 다투는 소송을 낼 필요는 없습니다.

세무서가 소송 중 직권 감액경정으로 위법사유를 없앴다면, 그 사유만으로 남은 세금까지 취소되기는 어렵습니다. 대법원은 이런 사안에서 남은 처분 전부를 취소한 원심을 파기해 돌려보냈습니다. 감액된 부분은 이미 줄어든 것이므로 그 부분을 따로 다투는 소송을 낼 필요는 없습니다.

세무서가 소송 중 세금을 줄이면 남은 세금은 왜 취소되기 어렵나요?

과세처분 취소소송에서 다투는 대상이 정당한 세액이기 때문입니다. 대법원은 「과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부」라고 봅니다. 변론 종결 때까지 낸 자료로 정당한 세액이 산출되면 그 초과 부분만 취소하는 것이 원칙입니다. 대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결은 기밀비와 대손금만 다툰 사안입니다. 대법원은 정당한 세액을 산출할 수 있는데도 처분 전부를 취소한 원심을 파기했습니다.

대법원 2026. 1. 29. 선고 2025두34741 판결은 합자회사의 법인세 등 사건입니다. 제1심은 대표이사 계좌에서 나간 돈에 관한 쟁점 ①만 회사 주장을 받아들였습니다. 승용차 운행 지출(쟁점 ②)과 거래처 지원금(쟁점 ③) 주장은 받아들이지 않았습니다. 그러고도 정당세액을 산출할 수 없다며 처분 전부를 취소했고, 세무서만 항소했습니다.

항소심에서 세무서는 쟁점 ①을 받아들일 경우의 세액만큼 직권으로 감액경정했습니다. 회사는 남은 세액의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 줄였고, 원심은 남은 처분 전부를 취소했습니다. 대법원은 감액경정으로 쟁점 ①의 위법사유를 더는 상정할 수 없게 되었다고 보았습니다. 취소할 정당세액 초과 부분도 존재하지 않는다고 볼 여지가 크다고 했습니다. 그런데도 위법사유가 남아 있다고 전제한 원심을 파기했습니다. 남은 세액의 최종 결론은 환송받은 광주고등법원이 다시 심리해 정합니다.

감액된 뒤에는 어느 처분을 대상으로 다투나요?

당초 처분 가운데 감액되고 남은 부분을 다툽니다. 감액경정은 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분입니다. 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결은 이때 항고소송의 대상이 「당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분」이라고 했습니다. 그 사건의 원고는 주택 분양수입의 귀속시기를 두고 세무서가 한 감액경정을 다퉜습니다. 감액경정된 세액 805,892,032원 중 일부의 취소를 구했지만, 대법원은 이 부분 소를 부적법하다며 각하했습니다.

이미 감액된 세액까지 취소를 구하면 그 부분도 부적법해집니다. 2025두34741 사건의 제1심도 선행 처분 중 감액경정된 세액의 취소를 구한 부분을 각하했습니다. 감액 통지를 받으면 다투는 세액을 남은 금액으로 줄여 청구취지를 정리해야 합니다. 청구취지를 줄이더라도 남은 쟁점에 관한 주장은 유지할 수 있습니다. 2025두34741 사건의 회사도 청구취지를 줄이면서 쟁점 ①·②·③ 주장은 그대로 유지했습니다. 세액을 늘리는 경정이 나온 경우는 「부가세 소송 중 세무서가 세액을 고치면 어느 처분을 다퉈야 하나요?」에서 설명했습니다.

남은 세금을 계속 다투려면 무엇을 준비해야 하나요?

감액으로 해소된 쟁점 말고 남은 처분에 있는 다른 위법사유를 세워야 합니다. 2025두34741 사건의 원심은 세무서만 항소했으므로 쟁점 ②·③은 더는 심판대상이 아니라고 전제했습니다. 대법원은 이 전제를 따로 판단하지 않았습니다. 남은 쟁점이 항소심 심판 범위에 남는지는 제1심 판결 내용과 항소 경과에 따라 달라질 수 있습니다.

정당세액을 계산할 자료도 함께 보아야 합니다. 대법원 2024. 12. 12. 선고 2024두49469 판결이 그런 사안입니다. 세무서는 제1심에서 회사 주장을 받아들일 경우의 정당세액 계산 내역을 참고서면으로 냈습니다. 재경정결의서와 소득금액변동통지서도 첨부했습니다. 대법원은 이 자료로 정당세액을 심리할 수 있었다며 처분 전부를 취소한 원심을 파기했습니다. 반대로 2025두34945 판결은 제출된 자료로 정당한 세액을 산출할 수 없다며 전부 취소한 원심 판단을 수긍했습니다. 그 경비율 사안은 「주거용 오피스텔 분양소득에 비주거용 경비율이 적용됐다면 돌려받을 수 있나요?」에서 다룹니다. 일부 사유만 위법한 경우는 「세무조사 처분사유 일부만 위법이면 세금 전부가 취소되나요?」에서 설명했습니다.

소송 중 감액경정 대응 순서

• 감액 통지 확인 - 감액경정 통지서의 날짜와 감액된 쟁점, 금액을 확인합니다. 청구취지 변경 신청 60일이 여기서 시작합니다.
• 청구취지 정리 - 다투는 세액을 감액되고 남은 금액으로 줄입니다. 감액된 부분까지 취소를 구하면 그 부분은 부적법해집니다.
• 남은 쟁점 재정리 - 감액으로 해소되지 않은 위법사유를 쟁점별로 다시 정리하고 증거를 보강합니다.
• 정당세액 계산 검토 - 세무서가 낸 감액경정 결의서와 계산 내역을 쟁점별로 대조합니다. 법원은 이 자료로 취소 범위를 정할 수 있습니다.
• 환급 확인 - 감액된 세액을 이미 냈다면 국세환급금으로 결정되는지와 국세환급가산금이 붙는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감액경정이 해소한 쟁점과 남은 쟁점의 증거에 따라 남은 세금을 다툴 여지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 과세처분 취소소송과 조세 항소심·상고심 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감액경정결정 자체를 대상으로 소송을 내야 하나요?
  그럴 필요가 없습니다. 감액경정결정은 항고소송의 대상이 되지 않고, 다툴 대상은 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분입니다. 감액경정결정을 대상으로 낸 소는 각하될 수 있습니다.
• 소송 중에 세무서가 오히려 세액을 늘리면 어떻게 하나요?
  법원은 원고의 신청에 따라 청구의 취지나 원인 변경을 허가할 수 있습니다. 신청은 처분의 변경이 있음을 안 날부터 60일 안에 해야 합니다. 어느 처분을 대상으로 할지는 경정의 방향에 따라 달라집니다.
• 감액된 세금은 언제 돌려받나요?
  잘못 내거나 초과해 낸 금액은 세무서장이 즉시 국세환급금으로 결정해야 합니다. 체납 세금 등에 충당하고 남은 금액은 결정한 날부터 30일 안에 지급하고, 국세환급가산금을 더합니다.
• 제1심에서 전부 취소 판결을 받았다면 안심해도 되나요?
  세무서가 항소하면 결과가 달라질 수 있습니다. 대법원은 제출된 자료로 정당세액을 따질 수 있는데도 처분 전부를 취소한 원심을 파기한 바 있습니다. 받아들여지지 않은 쟁점과 세무서의 계산 자료를 미리 점검하십시오.
• 파기환송되면 사건은 어떻게 진행되나요?
  사건을 환송받은 법원이 다시 변론을 거쳐 재판합니다. 이때 대법원이 파기의 이유로 삼은 사실상·법률상 판단에 기속됩니다. 2025두34741 사건도 광주고등법원에서 다시 심리하도록 환송됐습니다.
• 세무서가 낸 정당세액 계산 내역을 그대로 받아들여야 하나요?
  그렇지 않습니다. 계산 내역은 법원이 정당세액을 심리하는 자료이므로 납세자는 계산 근거와 항목별 금액을 다툴 수 있습니다. 추계를 썼다면 그 방법의 합리성과 타당성은 세무서가 증명해야 합니다.
• 감액경정을 받은 뒤 세무서가 다시 세액을 늘릴 수도 있나요?
  그럴 수 있습니다. 법인세법은 결정이나 경정에 오류나 누락이 있으면 다시 경정하도록 정합니다. 다만 부과제척기간 안이어야 하고, 그 기간은 원칙적으로 5년입니다. 판결이 확정되면 그날부터 1년 안에 판결에 따른 경정을 할 수 있습니다.

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