불복·환급

세금 취소소송에서 이기면 낸 세금은 언제 돌려받고, 다시 과세될 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

취소판결이 확정되면 낸 세금은 환급가산금과 함께 돌려받지만, 판결이 소득 구분이나 계산 잘못만 지적했다면 세무서가 확정일부터 1년 안에 하자를 고쳐 다시 과세할 수 있습니다. 대법원 2000두6237·2017두30757 판결로 재처분 한계를, 2018다264161·2023다238029 판결로 환급가산금을 정리했습니다.

취소판결이 확정되면 과세처분은 효력을 잃고 낸 세금은 돌려받는 것이 원칙입니다. 다만 판결이 무엇을 위법하다고 보았는지에 따라 세무서가 하자를 고쳐 다시 과세할 여지가 남습니다. 승소 뒤에도 판결 이유를 먼저 읽어야 하는 까닭입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 지인에게서 받은 돈을 부동산 임대소득으로 본 2019년 귀속 종합소득세 1억 2,000만원을 2021. 3. 31. 납부한 뒤 심판청구를 거쳐 취소소송을 냈습니다. 2026. 6. 18. 「이 돈은 임대소득이 아니라 이자소득」이라는 이유로 처분 전부를 취소한 판결이 확정되었습니다. 그런데 환급금이 들어오기도 전인 2026. 9. 세무서에서 같은 돈을 이자소득으로 보아 다시 과세하겠다는 과세예고통지가 왔습니다. A씨는 5년 제척기간이 이미 지났는데도 다시 과세할 수 있는지, 환급금과 이자는 언제 얼마나 받는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이긴 판결은 세무서를 어디까지 묶나요?

판결에 나온 위법사유까지만 묶습니다. 대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결은 과세처분을 취소하는 확정판결의 기판력은 확정판결에 나온 위법사유에 대하여만 미치므로, 그 위법사유를 보완한 새 과세처분은 종전 처분과 별개의 처분이라고 보았습니다. 그 사건에서 납세자들이 받은 돈을 부동산임대소득으로 본 1988년부터 1992년 귀속 종합소득세 등은 「임대소득이 아니라 이자소득」이라는 이유로 전부 취소되었습니다. 세무서가 같은 돈을 이자소득으로 보고 종전 세액을 한도로 다시 과세하자, 대법원은 과세원인을 달리하는 새 처분이어서 판결의 기속력이나 기판력에 어긋나지 않는다고 본 원심 판단을 유지했습니다. 구 국세기본법이 적용된 이 사건에서 대법원은 확정 후 1년 안의 재처분에는 일반 제척기간이 적용되지 않고, 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있다는 국세행정관행도 인정할 수 없다고 했습니다.

결국 판결이 「과세할 소득이 없다」는 이유인지, 「소득 구분이나 계산이 틀렸다」는 이유인지에 따라 재처분 가능성이 갈린다고 볼 수 있습니다.

판결 확정 뒤 1년 특례제척기간, 어디까지 허용되나요?

그 판결에 따른 처분까지만 허용됩니다. 대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결은 특례제척기간 안이라도 해당 판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만 할 수 있고, 판결에 따르지 않는 새로운 결정이나 증액경정은 할 수 없다고 보았습니다. 사안에서는 회사 주식 전부를 105억원에 판 대표에게 회사의 부동산 양도를 전제로 한 법인세 제2차 납세의무 처분이 취소되자, 다른 세무서가 주식 양도에 대한 양도소득세와 증권거래세를 부과했습니다. 대법원은 세목과 과세대상이 다른 새 결정이어서 특례가 적용되지 않는다고 판단했습니다.

대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결도 변호사가 받은 착수금을 2000년 사업소득으로 본 처분이 취소된 뒤 2002년 귀속으로 다시 과세한 사안에서, 과세기간이 다른 새 처분에는 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다. 다만 현행법은 판결 결과와 연동된 같은 과세기간의 다른 세목, 같은 세목의 다른 과세기간 조정과 명의대여 확인 시 실제 사업자에 대한 처분을 따로 정하고 있어, 판례 사안이 지금도 같은 결론인지는 조문별로 따져야 합니다.

환급금은 언제, 어떤 이자를 붙여 받나요?

세무서는 잘못 낸 세금을 즉시 국세환급금으로 결정하고, 체납 국세 등에 충당한 뒤 남은 금액을 결정일부터 30일 안에 지급해야 합니다. 부과를 취소해 생긴 환급금의 환급가산금은 국세 납부일 다음 날부터 붙습니다. 대법원 2020. 3. 12. 선고 2018다264161 판결은 당초 부과분과 1·2차 증액경정분을 각각 낸 경우 이를 분할납부로 볼 수 없으므로 각 납부일 다음 날부터 따로 기산해야 한다며, 마지막 납부일부터 계산한 원심을 파기했습니다.

이자율은 재정경제부령이 정하는 기본이자율이고, 판결이 확정된 날부터 40일 이후에 지급하면 기본이자율의 1.5배를 적용합니다. 대법원 2023. 11. 2. 선고 2023다238029 판결은 이 가산이자율이 확정일부터 40일 이후 지급일까지의 기간에만 적용되고 확정일 전 기간에는 소급하지 않는다고 보았습니다.

세무서가 환급을 미루면 어떻게 청구하나요?

민사소송으로 부당이득반환을 청구할 수 있습니다. 대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결은 존재와 범위가 확정된 과오납부액은 민사소송으로 환급을 청구할 수 있다고 했습니다. 대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결은 조세환급금을 부당이득으로, 환급가산금을 그 법정이자로 보고, 이행청구를 한 뒤에는 환급가산금과 지연손해금 가운데 하나를 골라 청구할 수 있다고 했습니다.

누가 청구하는지도 따져야 합니다. 2013다212639 판결은 실제 사업자가 따로 있어도 사업명의자 명의로 낸 세액은 명의자가 환급청구권자라고 보았고, 대법원 2025. 4. 24. 선고 2024다295876 판결은 원천징수의무자 명의로 낸 세액의 환급청구권은 원천징수의무자에게 있다고 보았습니다.

취소소송 승소 후 환급·재처분 대응 순서

• 판결 이유 정리 - 위법사유가 과세요건이 없다는 것인지, 소득 구분·계산·절차의 잘못인지 나눕니다.
• 1년 기한 기록 - 확정일부터 1년이 되는 날을 적어 두고, 그 뒤 처분은 제척기간부터 봅니다.
• 환급금 대조 - 납부일별 원금, 환급가산금 기산일, 확정일부터 40일 경과 여부를 맞춰 봅니다.
• 재처분 통지 검토 - 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사로 판결 범위를 넘는지 다툽니다.
• 민사 청구 준비 - 확정된 환급금 지급이 늦어지면 이행청구와 부당이득반환 소송을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 판결이 어떤 위법사유를 들어 처분을 취소했는지와 새 처분의 세목·과세기간이 무엇인지에 따라 재처분 허용 여부와 환급 범위가 달라집니다. 판결 확정 뒤 재처분의 범위는 「조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?」에서 다룬 처분사유 변경 문제와도 이어집니다. 법무법인 윤성은 조세 취소소송 승소 후 재처분 다툼과 환급금·환급가산금 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 취소소송에서 이기면 세무서가 같은 세금을 다시 부과할 수 없나요?
  판결에 나온 위법사유를 그대로 반복할 수는 없지만, 그 사유를 보완한 새 처분은 할 수 있습니다. 대법원 2000두6237 판결은 임대소득이 아니라는 이유로 취소된 뒤 같은 돈을 이자소득으로 다시 과세한 처분이 판결에 어긋나지 않는다고 보았습니다.
• 5년 제척기간이 지났는데도 다시 과세할 수 있나요?
  판결이 확정된 날부터 1년 안이라면 그 판결에 따른 경정이나 그 밖에 필요한 처분은 할 수 있습니다. 다만 판결에 따르지 않는 새로운 결정이나 증액경정은 이 특례로 할 수 없다는 것이 대법원 2017두30757 판결입니다.
• 취소된 연도 대신 다른 연도로 과세하는 것도 특례에 들어가나요?
  대법원 2012두6636 판결은 2000년 귀속 처분이 취소된 뒤 2002년 귀속으로 한 새 처분에는 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다. 다만 현행법은 연동된 다른 과세기간 조정을 따로 정하고 있어 조문별로 다시 따져야 합니다.
• 환급가산금은 언제부터 계산하나요?
  부과를 취소해 생긴 환급금은 국세 납부일 다음 날부터 붙습니다. 증액경정을 거쳐 여러 번 낸 경우 대법원 2018다264161 판결은 분할납부가 아니므로 각 납부일 다음 날부터 따로 계산해야 한다고 보았습니다.
• 판결 뒤 환급이 늦어지면 이자를 더 받나요?
  판결이 확정된 날부터 40일 이후에 지급하면 기본이자율의 1.5배를 적용합니다. 대법원 2023다238029 판결은 이 이자율이 40일 이후 지급일까지의 기간에만 적용되고 그 전 기간에는 소급하지 않는다고 보았습니다.
• 세무서가 환급을 해 주지 않으면 어떤 소송을 내나요?
  존재와 범위가 확정된 과오납부액은 민사소송으로 부당이득반환을 구할 수 있습니다. 이행청구를 한 뒤에는 환급가산금과 지연손해금 가운데 하나를 골라 청구할 수 있다는 것이 대법원 2017다242409 전원합의체 판결입니다.
• 명의만 빌려준 사람 이름으로 낸 세금은 누가 돌려받나요?
  대법원 2013다212639 판결은 실제 사업자가 돈을 댔더라도 사업명의자 명의로 낸 세액의 환급청구권자는 명의자라고 보았습니다. 원천징수의무자 명의로 낸 세액은 원천징수의무자에게 환급청구권이 있다는 판결도 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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