불복·환급

소송에서 이긴 뒤 세무서가 다른 연도로 다시 과세하면 제척기간은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

현행 국세기본법에서는 판결이 확정된 날부터 1년 안이라면 같은 세목의 다른 연도로 다시 과세할 수 있어, 일반 부과제척기간 5년이 지났다는 이유만으로 막히지 않습니다. 대법원 2012두6636 판결은 구법에서 이런 재과세를 막았지만, 지금은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의2가 연동된 다른 과세기간의 조정을 따로 허용합니다. 지금은 판결 확정일과 새 고지서의 고지일, 세목이 같은지부터 확인하십시오.

이긴 판결의 이유에 「이 돈은 다른 해의 소득」이라고 적혀 있어도, 그 판결을 근거로 다른 연도 세금을 스스로 신고할 의무가 생기지는 않습니다.

이런 상담이 많습니다

개인사업자 A씨는 2019년 12월 컨설팅 계약의 착수금 3,000만원을 받았습니다. 세무서는 이를 2018년 귀속 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과했고, A씨는 소송을 내 2025년 5월 「2018년 소득이 아니다」라는 판결을 확정받았습니다. 그러자 세무서는 2025년 12월 같은 돈을 2019년 귀속 사업소득으로 보아 종합소득세를 다시 고지했습니다. 2019년 귀속분의 일반 부과제척기간은 이미 끝났지만, 판결 확정일부터 1년 안에 같은 세목의 연동된 과세기간을 조정한 것이어서 현행법에서는 제척기간 도과만으로 다투기 어렵습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

판결이 확정된 뒤 다른 연도로 다시 과세할 수 있나요?

현행법에서는 할 수 있습니다. 불복 결정이나 판결이 확정되어 그 대상이 된 세액과 연동된 다른 과세기간의 세액을 조정해야 하면, 같은 세목에 한해 판결 확정일부터 1년 안에 경정이나 그 밖의 처분을 할 수 있습니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1호의2가 이 특례를 두고 있고, 귀속 연도를 잘못 잡았다는 이유로 진 과세관청이 올바른 연도로 다시 과세하는 경우가 대표적인 예입니다.

원안이 인용한 대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결은 이 조항이 생기기 전의 구 국세기본법을 해석한 것입니다. 당시 대법원은 판결의 기판력이 그 과세기간에만 미치므로 과세기간이 다른 새 처분에는 특례제척기간을 적용할 수 없다고 보았습니다. 지금은 법률이 연동된 다른 과세기간을 명시하고 있으므로, 이 판결만 들고 새 처분이 당연히 위법하다고 주장하기는 어렵습니다.

일반 부과제척기간은 언제부터 계산하나요?

종합소득세처럼 신고하는 세금은 신고기한 다음 날부터 5년입니다. 종합소득세 확정신고기한은 다음 연도 5월 31일이므로, 2019년 귀속분은 2020년 6월 1일부터 기간을 셉니다. 신고를 하지 않았으면 7년, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 포탈했으면 10년으로 늘어납니다.

특례가 적용되지 않는 재과세는 어떤 경우인가요?

세목이 다르면서 과세기간까지 다른 경우는 제1호의2로 조정할 수 없습니다. 이 조항은 다른 세목이면 같은 과세기간, 다른 과세기간이면 같은 세목으로 범위를 좁혀 두었기 때문입니다. 판결 확정일부터 1년이 지난 뒤의 처분도 특례 밖입니다.

또 판결과 무관하게 과세관청이 새로 찾아낸 소득을 다른 연도에 과세하는 경우는 「연동된」 조정이라고 보기 어렵습니다. 제척기간이 지난 뒤의 과세처분은 무효이므로, 이런 처분은 납부 후에도 무효확인이나 부당이득 반환으로 다툴 수 있습니다. 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결은 제척기간이 지난 뒤의 부과처분을 무효로 보았습니다.

다른 연도 재과세 대응 순서

• 판결 확정일 확인 - 확정증명원으로 판결이 확정된 날을 확인합니다. 1년 계산의 출발점이 됩니다.
• 세목·과세기간 대조 - 새 처분의 세목과 연도를 종전 판결 대상과 비교합니다. 세목과 과세기간이 모두 다르면 특례가 적용되지 않습니다.
• 연동성 검토 - 새 과세가 판결에서 부정된 소득을 옮긴 것인지, 새로 찾은 소득인지 봅니다. 새로 찾은 소득이면 일반 제척기간이 기준입니다.
• 일반 제척기간 계산 - 신고 여부와 부정행위 유무에 따라 5년·7년·10년 중 무엇이 적용되는지 계산합니다. 신고했다면 5년이 원칙입니다.
• 불복 기간 관리 - 새 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 냅니다. 기간을 넘기면 무효 사유만 남습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종전 판결 이유에 귀속 연도가 어떻게 적혀 있는지와 새 처분의 세액 계산 근거에 따라 결론이 달라질 수 있으니 판결문과 고지서를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 부과처분 취소소송과 조세심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 판결 확정일은 어떻게 확인하나요?
  판결 확정일은 판결을 선고한 법원에서 확정증명원을 발급받으면 확인할 수 있습니다. 상대방이 상소하지 않으면 판결정본을 송달받은 날부터 상소기간이 지난 날에 확정되고, 대법원 판결은 선고일에 확정됩니다. 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의 1년은 이 확정일부터 계산합니다.
• 세목이 다른 세금도 다시 부과할 수 있나요?
  같은 과세기간이라면 가능합니다. 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의2는 연동된 다른 세목은 같은 과세기간으로, 연동된 다른 과세기간은 같은 세목으로 한정합니다. 예를 들어 같은 해의 부가가치세와 종합소득세는 조정 대상이 될 수 있지만, 다른 해의 다른 세목까지 함께 바꾸는 처분은 이 특례로 할 수 없습니다.
• 2012두6636 판결은 지금도 쓸 수 있나요?
  제척기간 특례의 해석 원칙으로는 참고가 되지만 결론을 그대로 옮기기는 어렵습니다. 대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결은 연동된 다른 과세기간 조정 조항이 없던 구 국세기본법에 관한 것입니다. 현행 제26조의2 제6항 제1호의2가 적용되는 처분이라면 판결 확정일부터 1년 안의 다른 연도 재과세는 허용되는 쪽으로 봐야 합니다.
• 제척기간이 지난 고지서도 불복해야 하나요?
  불복하는 편이 안전합니다. 제척기간이 지난 뒤의 부과처분은 무효라서 기간 제한 없이 무효확인을 구할 수 있지만, 특례 적용 여부를 두고 다툼이 생기면 취소 사유로 판단될 여지도 있습니다. 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 내 두면 두 주장을 모두 할 수 있습니다.
• 신고를 안 했으면 제척기간이 달라지나요?
  달라집니다. 법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않았으면 부과제척기간은 5년이 아니라 7년입니다. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 세금을 포탈했다면 10년입니다. 그래서 다른 연도 재과세를 다툴 때는 그 연도에 종합소득세 신고를 했는지부터 확인해야 합니다.
• 판결 이유대로 다른 연도를 수정신고해야 하나요?
  의무는 없습니다. 판결의 기판력은 소송 대상이었던 과세기간에만 미치고, 이유에 다른 연도 소득이라고 적혀 있어도 그 연도에 대한 신고의무가 새로 생기지는 않습니다. 다만 과세관청이 판결 확정일부터 1년 안에 연동된 과세기간을 조정할 수 있으므로, 그 기간 동안 고지서가 올 수 있다는 점은 알아 두어야 합니다.

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