불복·환급

심판청구로 양도소득세가 일부 감액됐는데 남은 세금은 언제까지 소송하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

감액경정 뒤 남은 양도소득세를 다투려면 감액경정 통지일이 아니라 심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내야 합니다. 감액경정은 당초 처분의 일부 취소여서 소송 대상은 감액되고 남은 당초 부과처분입니다. 지금은 조세심판원 결정서를 받은 날짜부터 확인하십시오.

감액경정 통지서를 받았다고 해서 그 통지에 대해 이의신청이나 심판청구를 처음부터 다시 할 필요는 없습니다. 이미 거친 불복 절차가 남은 세금에 대한 전심절차가 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년 9월 관할 세무서로부터 양도소득세 2억 원을 고지받고 조세심판원에 심판청구를 했습니다. 조세심판원은 2025년 6월 일부를 받아들이는 결정을 했고, 세무서는 2025년 7월 세액을 1억 원으로 줄이는 감액경정을 통지했습니다. A씨는 남은 1억 원도 위법하다고 보고, 감액경정 통지를 받은 날부터 90일을 세어 소송을 준비하려 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감액경정처분은 따로 소송 대상이 되나요?

아니요, 세액을 줄여 주는 감액경정은 당초 부과처분의 일부를 취소한 것일 뿐이어서 소송 대상은 감액되고 남은 당초 처분입니다. 대법원은 감액경정처분이 당초 처분과 별개의 새 처분이 아니라 당초 처분의 변경이고, 전심절차를 거쳤는지와 제소기간도 당초 처분을 기준으로 판단한다고 봅니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」도 세액을 감소시키는 경정은 감소되는 세액 외의 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정합니다. 그래서 A씨 사례에서 다툴 대상은 2024년 9월에 고지된 부과처분 중 남은 1억 원 부분입니다.

소송 기간은 언제부터 세나요?

심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일입니다. 감액경정 통지를 받은 날부터 세는 것이 아닙니다. 대법원은 국세청장의 심사결정에 따라 감액경정을 한 사안에서, 심사결정서를 받은 날부터 90일이 지난 뒤 낸 취소소송을 부적법하다며 각하했습니다.

A씨 사례에서 조세심판원 결정서를 받은 날이 2025년 6월 중순이고 감액경정 통지가 7월에 왔다면, 소송 기한은 결정서 수령일부터 셉니다. 감액경정 통지일부터 90일을 세면 2~3주가 늦어져 소가 각하될 수 있습니다.

세액이 오히려 늘어난 경우에는 무엇을 다투나요?

세액을 늘리는 증액경정이 있으면 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 소멸하고, 증액경정처분만이 불복 대상이 됩니다. 증액경정은 당초 처분의 세액까지 포함해 전체 세액을 다시 정하는 처분이기 때문입니다.

다만 「국세기본법」은 증액경정이 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정하고 있습니다. 증액과 감액이 여러 번 섞였다면 어느 처분이 대상인지 결정서와 고지서 날짜를 놓고 따로 따져야 합니다.

심사청구와 심판청구를 차례로 거쳐야 하나요?

아니요, 지금은 심사청구와 심판청구 중 하나만 선택합니다. 같은 처분에 심사청구와 심판청구를 중복해서 낼 수 없고, 행정소송은 둘 중 하나의 결정을 거친 뒤 제기합니다. 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하거나, 원하면 그 전에 세무서장이나 지방국세청장에게 이의신청을 먼저 할 수 있습니다.

감액경정 뒤 남은 세금 불복 대응 순서

• 날짜 정리 - 당초 고지일, 결정서 수령일, 감액경정 통지일을 따로 적습니다. 기한 계산은 결정서 수령일에서 시작합니다.
• 소송 대상 특정 - 감액경정이면 당초 처분 중 남은 부분을 대상으로 적습니다. 증액경정이면 증액경정처분을 대상으로 적습니다.
• 결정 이유 검토 - 조세심판원이 받아들이지 않은 부분과 그 이유를 확인합니다. 소송에서 다툴 쟁점이 여기서 정해집니다.
• 소장 제출 - 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 관할 행정법원에 취소소송을 냅니다. 이 기간은 늘어나지 않습니다.
• 납부와 체납 관리 - 소송을 내도 남은 세금의 납부의무는 그대로입니다. 가산세와 압류를 피하려면 납부 여부를 함께 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사 결정이 있었거나 증액과 감액이 여러 번 반복됐다면 결정서와 고지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 등 부과처분 취소소송과 조세심판 결정 이후 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감액경정 통지서에 대해 다시 심판청구해야 하나요?
  그럴 필요가 없습니다. 감액경정은 당초 처분의 일부를 취소한 것이어서 당초 처분에 대해 이미 거친 심판청구나 심사청구가 남은 세액에 대한 전심절차가 됩니다. 감액경정 통지를 새 처분으로 보고 다시 불복하면 그 사이 행정소송 기한 90일이 지나갈 수 있으니 결정서 수령일부터 기한을 세십시오.
• 행정소송 기간 90일은 늘릴 수 있나요?
  늘릴 수 없습니다. 심사청구나 심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 제기해야 하고, 이 기간은 불변기간입니다. 다만 결정기간 안에 결정 통지를 받지 못했다면 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 낼 수 있습니다.
• 소장에는 어떤 처분을 취소해 달라고 적나요?
  감액경정이 있었다면 당초 부과처분 중 감액경정으로 취소되고 남은 부분의 취소를 구합니다. 예를 들어 2억 원 처분이 1억 원으로 줄었다면 당초 처분일자의 처분 중 1억 원 부분을 적습니다. 감액경정처분 자체의 취소를 구하면 대상이 잘못돼 각하될 수 있습니다.
• 증액경정을 받았다면 무엇을 다투나요?
  증액경정처분을 다툽니다. 대법원은 증액경정이 당초 세액을 포함해 전체 세액을 다시 정하는 처분이어서 당초 처분은 증액경정에 흡수되어 소멸한다고 봅니다. 따라서 불복 기간도 증액경정 고지를 받은 날부터 셉니다. 증액과 감액이 섞였다면 마지막 증액경정처분이 대상인 경우가 많습니다.
• 심사청구와 심판청구를 모두 할 수 있나요?
  할 수 없습니다. 같은 처분에 대해 심사청구와 심판청구를 중복해 제기할 수 없으므로 국세청 심사청구와 조세심판원 심판청구 중 하나를 고릅니다. 그 전에 세무서장이나 지방국세청장에게 이의신청을 할지는 선택입니다. 어느 쪽이든 고지를 받은 날부터 90일 안에 청구해야 합니다.
• 심판청구는 언제까지 해야 하나요?
  해당 처분이 있음을 안 날, 고지서를 받았다면 그 받은 날부터 90일 안에 해야 합니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안입니다. 기간이 지나면 심판청구가 각하되고, 그러면 행정소송도 낼 수 없게 됩니다.
• 소송 중에도 남은 세금을 내야 하나요?
  원칙적으로 내야 합니다. 불복을 해도 처분의 효력이나 집행이 멈추지 않기 때문에 납부기한이 지나면 가산세가 붙고 압류 같은 강제징수가 이어질 수 있습니다. 먼저 내고 소송에서 이기면 환급받는 방식이 일반적이며, 압류가 임박했다면 집행정지 신청을 검토합니다.

이 페이지는 일반적인 절차 안내입니다. 개별 사안의 판단은 상담에서 합니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성