불복·환급

조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

세무서는 사실심 변론종결 때까지 처음 처분과 같은 기초사실 범위에서 과세 이유를 바꿀 수 있지만, 바뀐 이유도 세무서가 증명해야 합니다. 소송 중 증액경정이 나오면 당초 처분은 흡수되어 증액경정처분이 소송 대상이 됩니다. 대법원 2010두7277·2006두17390·2024두33914 판결로 처분사유 변경, 증액·감액경정, 취소 범위를 정리했습니다.

세무서가 소송에서 새 이유를 들고 나왔다고 처분이 곧 위법해지지는 않습니다. 조세소송에서 다투는 대상은 고지서에 적힌 이유가 아니라 정당한 세액이 얼마인지이기 때문입니다. 대신 새 이유도 처음 처분과 같은 기초사실 위에 있어야 하고, 그 이유가 맞다는 증명은 세무서가 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023. 10. 1층은 상가, 2·3층은 주택인 건물을 팔고 1세대 1주택 비과세로 양도소득세를 신고했습니다. 세무서는 2025. 4. 상가 면적이 주택 면적보다 크다며 상가 부분에 양도소득세 9,000만원을 고지했고, 조세심판원은 2026. 5. 심판청구를 기각했습니다. A씨가 2026. 7. 취소소송을 내자 세무서는 2026. 9. 준비서면에서 A씨가 양도 당시 지방에 주택 한 채를 더 갖고 있었다는 이유를 추가했고, 같은 달 필요경비 일부를 부인해 세액을 1억 1,000만원으로 늘리는 증액경정을 통지했습니다. A씨는 세무서가 소송 중에 이유를 바꿔도 되는지, 처음 고지를 상대로 낸 소송은 어떻게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소송 중에 세무서가 과세 이유를 바꿔도 되나요?

같은 처분으로 볼 수 있는 범위라면 바꿀 수 있습니다. 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결의 세무서는 겸용주택의 상가 부분이 주택 부분보다 넓다는 이유로 1세대 1주택 비과세를 부인했다가, 소송 중에 양도인이 다른 주택 1채를 더 갖고 있었다는 이유를 내세웠습니다. 대법원은 취소소송의 소송물은 세액의 객관적 존부이므로 세무서가 사실심 변론종결 때까지 새 자료를 내거나 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 사유를 바꿀 수 있다며 이 변경을 받아들였습니다.

대법원 2012. 5. 24. 선고 2010두7277 판결의 세무서는 주식 취득자금 16억원의 출처가 없다며 증여 추정으로 증여세 6억 7,200만원을 부과했다가, 소송에서 회사의 실질 운영자가 그 주식을 명의신탁했다는 증여의제 사유를 예비적으로 추가했습니다. 원심은 목적물과 적용 법조가 달라 허용할 수 없다고 했지만, 대법원은 명의개서라는 하나의 사실관계에 대해 과세요건의 구성과 법적 평가만 달리할 뿐 과세원인이 되는 기초사실은 같다며 원심을 파기했습니다. 거꾸로 보면 기초사실 자체가 다른 사유로 바꾸는 것은 이 범위를 벗어난다고 볼 수 있습니다.

납세자에게도 같은 법리가 적용됩니다. 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두33914 판결은 경정거부처분 취소소송의 심판 대상도 정당한 세액이므로, 경정청구 때 주장하지 않은 사유를 소송에서 새로 주장할 수 있다고 다시 확인했습니다.

바뀐 과세 이유도 세무서가 증명해야 하나요?

그렇습니다. 대법원 2023. 6. 29. 선고 2020두46073 판결의 원고는 건설회사 대표로 1995년 출국해 미국에 살았고, 세무서는 회사 법인세를 경정하면서 익금에 넣은 돈을 원고 상여로 처분해 종합소득세를 부과했는데, 그 근거 조항(구 법인세법 제32조 제5항)은 이미 헌법재판소에서 위헌으로 결정된 상태였습니다. 세무서는 소송에서 같은 금액이 원고에게 근로소득으로 실제 귀속되었다는 이유로 바꿨습니다. 대법원은 같은 종합소득세 안에서 근거 규정만 달리 주장하는 것이어서 변경은 허용된다고 보면서도, 바뀐 사유의 적법성과 그 전제 사실은 세무서가 증명해야 한다며 이를 원고에게 지운 원심을 파기했습니다. 무효확인소송이었는데도 원고가 당초 사유의 무효를 증명한 이상 증명책임이 세무서로 넘어간다고 본 점이 눈에 띕니다. 증명책임 전체는 「조세소송에서 과세요건과 필요경비는 누가 증명하나요? 대법원 판례로 본 기준」에서 정리했습니다.

소송 중에 증액경정이 나오면 처음 고지는 어떻게 되나요?

처음 처분은 증액경정처분에 흡수되고, 증액경정처분이 소송 대상이 됩니다. 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결은 구 국세기본법 제22조의2(현행 제22조의3)가 생긴 뒤에도 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수되어 독립한 존재가치를 잃으므로, 납세자는 증액경정처분 취소소송에서 당초 신고의 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 했습니다. 이 사건 원고는 당초 신고세액에 감액경정청구를 하지 않았지만, 신고 때 빠뜨린 인건비 2억 247만여원을 더 공제받아 정당세액을 넘는 부분을 취소받았습니다.

다만 당초 처분이 이미 확정되었다면 한계가 있습니다. 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두22280 판결은 취득세를 신고·납부하고 90일 안에 다투지 않아 당초 세액에 불가쟁력이 생긴 뒤 증액경정처분이 나온 사안에서, 확정된 당초 세액은 취소를 구할 수 없고 증액된 세액을 한도로 취소를 구할 수 있다고 했습니다. A씨처럼 처음 처분을 이미 다투고 있다면 소송 대상을 증액경정처분으로 바꾸는 청구취지 변경을 해 두어야 합니다.

세액을 줄인 감액경정이나 재조사 뒤 처분은 무엇을 다투나요?

감액경정은 당초 처분의 일부 취소일 뿐이어서, 남은 세액을 다투려면 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분을 대상으로 삼습니다. 대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결은 국세심판소 결정에 따라 양도소득세가 감액된 사안에서 제소기간 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단한다고 했습니다.

대법원 2024. 10. 31. 선고 2022두65160 판결은 같은 법리를 확인하면서, 증액 항목과 감액 항목이 섞였더라도 전체 세액이 줄었다면 그 경정의 취소를 구할 이익이 없다고 했습니다. 반면 심판청구의 재조사결정에 따라 처분청이 한 후속 처분이 당초 처분보다 세액을 늘렸다면 불이익변경금지 원칙에 어긋난다며, 2004년 제2기와 2005년 제1기 부가가치세 증액분을 직접 취소했습니다.

법원은 세금을 얼마만큼 취소하나요?

정당한 세액을 계산할 수 있으면 그 초과 부분만, 계산할 수 없으면 처분 전부를 취소합니다. 대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결은 사실심 변론종결 때까지 낸 자료로 정당세액이 산출되면 그 초과 부분만 취소해야 한다며, 정당세액을 따져 보지 않고 법인세 부과처분 전부를 취소한 원심을 파기했습니다. 반대로 대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결은 자료가 없어 정당세액을 산출할 수 없으면 전부 취소할 수밖에 없고, 법원이 직권으로 납세자에게 귀속될 세액을 찾아내 계산할 의무까지 지지는 않는다고 했습니다. 세무서의 새 사유도, 납세자의 누락 경비 주장도 결국 정당세액을 다시 계산하게 만드는 일입니다.

처분사유 변경·증액경정 대응 순서

• 처분 경과 정리 - 당초 고지, 증액·감액경정, 재조사 후속 처분을 날짜와 세액 순으로 정리해 지금 소송 대상이 무엇인지 확정합니다.
• 청구취지 변경 - 소송 중 증액경정이 있으면 그 사실을 안 날부터 60일 안에 청구취지 변경을 신청합니다.
• 동일성 다툼 - 세무서가 추가한 사유가 처음 처분과 같은 기초사실에 관한 것인지부터 따집니다.
• 증명 점검 - 새 사유의 전제 사실을 세무서가 증명했는지 확인하고, 반박 자료는 사실심 변론종결 전에 냅니다.
• 정당세액 계산 - 빠뜨린 필요경비와 공제 항목을 찾아 정당세액을 직접 계산해 제출합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 내세운 새 사유가 처음 처분과 같은 기초사실에 있는지, 당초 처분이 이미 확정되었는지에 따라 다툴 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 조세 취소소송에서 처분사유 변경 대응, 경정처분에 따른 소송 대상 정리, 정당세액 산정 주장을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 소송 중에 세무서가 고지서와 다른 과세 이유를 내세워도 되나요?
  처음 처분과 같은 기초사실 범위라면 사실심 변론종결 때까지 바꿀 수 있습니다. 대법원 2001두1994 판결은 겸용주택 면적을 이유로 비과세를 부인했다가 다른 주택 보유를 이유로 바꾼 것을 허용했습니다.
• 적용 법조가 완전히 달라져도 같은 처분인가요?
  기초사실이 같다면 같은 처분으로 볼 수 있습니다. 대법원 2010두7277 판결은 증여 추정에서 명의신탁 증여의제로 근거를 바꾼 것을, 하나의 명의개서 사실에 대한 법적 평가만 달리한 것이라며 허용했습니다.
• 바뀐 이유는 제가 반박해야 하나요?
  바뀐 사유의 적법성과 전제 사실은 세무서가 증명해야 합니다. 대법원 2020두46073 판결은 무효확인소송에서도 원고가 당초 사유의 무효를 증명했다면 변경된 사유의 적법성은 세무서가 증명한다고 했습니다.
• 소송 중 세액을 올리는 증액경정이 나오면 어떻게 하나요?
  당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분이 소송 대상이 됩니다. 처분 변경을 안 날부터 60일 안에 청구취지 변경을 신청하고, 당초 처분의 위법사유도 함께 주장할 수 있습니다.
• 처음 고지를 다투지 않았는데 증액경정이 나왔다면요?
  증액경정처분 취소소송을 낼 수는 있지만, 불가쟁력이 생긴 당초 세액은 취소를 구할 수 없고 증액된 세액을 한도로 취소를 구할 수 있습니다. 대법원 2008두22280 판결의 기준입니다.
• 심판청구로 일부 감액됐다면 무엇을 상대로 소송하나요?
  감액되고 남은 당초 처분이 소송 대상이고 제소기간도 당초 처분을 기준으로 따집니다. 재조사 뒤 후속 처분이 당초보다 세액을 늘렸다면 그 초과 부분은 불이익변경금지에 어긋나 위법합니다.
• 법원은 세금 전부를 취소하나요, 일부만 취소하나요?
  자료로 정당한 세액을 계산할 수 있으면 그 초과 부분만, 계산할 수 없으면 전부를 취소합니다. 법원이 직권으로 정당세액을 찾아낼 의무까지 지지는 않으므로 납세자가 계산 자료를 내는 것이 유리합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 상속세를 낸 뒤 추가 고지가 오면 어느 처분을 상대로 다투나요?
• 부가세 소송 중 세무서가 세액을 고치면 어느 처분을 다퉈야 하나요?
• 조세심판원 재조사결정 후 세무서가 오히려 세금을 늘렸다면 적법한가요?
• 심판청구로 양도소득세가 일부 감액됐는데 남은 세금은 언제까지 소송하나요?
• 조세소송에서 과세요건과 필요경비는 누가 증명하나요? 대법원 판례로 본 기준
• 조세소송과 조세 형사사건, 대법원은 쟁점마다 무엇을 기준으로 판단하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기