양도소득세

재건축 청산금을 내고 받은 새 아파트, 장기보유특별공제 거주 2년은 어떻게 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

청산금납부분 양도차익은 새 아파트에서 산 기간만으로 1세대 1주택 장기보유특별공제의 거주 2년을 따지고, 기존건물분은 옛집과 새집 거주기간을 합쳐 따집니다. 대법원은 청산금을 내고 취득한 신축주택을 팔 때 두 부분의 거주요건을 나눠 판단해야 한다고 보았습니다. 지금은 주민등록초본으로 새 아파트 실제 거주기간이 2년을 넘는지부터 확인해 보십시오.

옛집에 살았던 기간이 사라지는 것은 아닙니다. 기존건물분 양도차익에는 옛집과 새집 거주기간을 합쳐서 따집니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2009년에 산 오래된 아파트에서 2009년부터 2016년까지 살았고, 2018년 관리처분계획인가 뒤 조합에 청산금을 내고 새 아파트를 배정받았습니다. 새 아파트에는 2022년 3월 입주해 1년 6개월을 살다가 2023년 9월 다른 지역으로 이사하면서 2024년 5월 팔았습니다. D씨는 옛집과 새집 거주기간을 합하면 2년이 넘는다며 양도차익 전체에 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용해 신고했습니다. 세무서는 청산금납부분 양도차익은 새 아파트 거주기간만 따져야 한다며 그 부분에 일반 공제율을 적용해 양도소득세를 더 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

청산금을 내고 받은 새 아파트의 양도차익은 어떻게 나뉘나요?

청산금을 낸 조합원이 새 아파트를 팔면 양도차익을 「청산금납부분」과 「기존건물분」으로 나눠 계산합니다. 관리처분계획인가 후 생긴 차익을 기존건물 평가액과 납부한 청산금의 비율로 나누고, 기존건물 평가액 몫과 인가 전 차익을 합한 것이 기존건물분 양도차익이 됩니다.

두 부분은 장기보유특별공제의 보유기간도 다르게 셉니다. 청산금납부분은 관리처분계획인가일부터 새 아파트 양도일까지, 기존건물분은 옛집 취득일부터 새 아파트 양도일까지입니다.

1세대 1주택 장기보유특별공제의 거주 2년은 어떻게 따지나요?

청산금납부분은 새 아파트에서 산 기간만으로 2년을 따집니다. 대법원 2026. 1. 8. 선고 2025두34147 판결은 기존건물분 양도차익은 옛집과 새집 거주기간을 통산하지만, 청산금납부분 양도차익은 신축주택 거주기간만으로 거주요건 충족 여부를 판단해야 한다고 보았습니다. 대법원은 원고의 상고를 기각했습니다.

새 아파트 거주기간이 2년이 안 되면 청산금납부분에는 1세대 1주택 공제율 대신 일반 공제율이 적용됩니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「소득세법」의 일반 공제율은 보유기간에 따라 6%에서 30%까지이고, 1세대 1주택 공제율은 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 더하는 구조입니다.

거주요건은 언제부터 적용됐나요?

2020. 1. 1. 이후 양도하는 주택부터입니다. 1세대 1주택 장기보유특별공제에 보유기간 중 거주기간 2년 이상이라는 요건은 2018. 10. 23. 시행령 개정으로 들어왔고, 부칙에 따라 2020. 1. 1. 이후 양도분부터 적용됐습니다. 대법원은 이 요건이 특례를 실수요자 중심으로 바꾸려는 취지라고 보았습니다.

판결은 2020년 양도분에 적용된 구 시행령 제159조의3을 해석했습니다. 현행 조문은 제159조의4로 옮겨졌고 「보유기간 중 거주기간이 2년 이상」이라는 요건은 같습니다. 현행법은 거주기간별 공제율을 따로 두고 있어, 청산금납부분의 거주기간별 공제율 계산은 세무서와 다툼이 생길 수 있습니다.

일반 공제율이 적용되면 세금이 얼마나 달라지나요?

청산금이 클수록 차이가 커집니다. 청산금납부분 양도차익은 납부한 청산금이 기존건물 평가액과 청산금 합계에서 차지하는 비율만큼 생기므로, 청산금을 많이 낸 조합원일수록 일반 공제율이 적용되는 부분이 늘어납니다. 고가주택이라 비과세가 일부만 되는 경우에 특히 영향이 큽니다.

재건축 청산금 장기보유특별공제 대응 순서

• 거주기간 증빙 정리 - 옛집과 새 아파트 각각의 전입일과 전출일을 주민등록초본으로 확인합니다. 새 아파트 거주기간이 2년인지가 청산금납부분을 가릅니다.
• 양도차익 구분 계산 - 관리처분계획상 기존건물 평가액과 납부한 청산금으로 두 부분 양도차익을 나눕니다. 세무서 계산과 비율이 맞는지 봅니다.
• 보유기간 기산일 확인 - 청산금납부분은 관리처분계획인가일, 기존건물분은 옛집 취득일부터 셉니다. 기산일이 틀리면 공제율이 달라집니다.
• 매도 시점 검토 - 아직 팔지 않았다면 새 아파트에서 2년을 채운 뒤 파는 방안을 검토합니다. 청산금납부분에도 1세대 1주택 공제율이 적용됩니다.
• 불복 기한 관리 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다. 기간을 넘기면 계산 오류도 다투기 어렵습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 청산금을 낸 것이 아니라 받은 경우이거나 일시적 2주택·상속주택이 섞여 있으면 관리처분계획서와 주택 보유 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 양도소득세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 옛집에서 오래 살았는데 그 기간은 소용없나요?
  소용이 있습니다. 대법원 2025두34147 판결은 기존건물분 양도차익의 거주요건은 옛집 거주기간과 새 아파트 거주기간을 합쳐 판단한다고 보았습니다. 새 아파트 거주기간만 따지는 것은 청산금을 내고 새로 얻은 부분, 즉 청산금납부분 양도차익에 한정됩니다.
• 청산금납부분 보유기간은 언제부터 세나요?
  관리처분계획인가일부터 새 아파트 양도일까지입니다. 기존건물분은 옛집 취득일부터 새 아파트 양도일까지로 셉니다. 보유기간이 다르면 적용되는 공제율도 달라지므로, 세무서 계산에서 기산일이 맞게 잡혔는지 확인해야 합니다.
• 청산금납부분 양도차익은 어떻게 계산하나요?
  관리처분계획인가 후 양도차익에 「납부한 청산금 ÷ (기존건물과 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)」 비율을 곱해 계산합니다. 기존건물 평가액은 관리처분계획에 정해진 가격을 쓰고, 그 가격이 변경됐으면 변경된 가격을 씁니다.
• 새 아파트에서 2년을 못 살면 공제를 아예 못 받나요?
  못 받는 것은 아닙니다. 청산금납부분에 1세대 1주택 공제율 대신 보유기간별 일반 공제율이 적용됩니다. 현행 소득세법의 일반 공제율은 보유기간 3년 이상부터 6%에서 시작해 15년 이상이면 30%입니다. 청산금납부분의 보유기간이 3년 미만이면 그 부분은 공제가 없습니다.
• 거주 2년 요건은 언제 판 집부터 적용되나요?
  2020. 1. 1. 이후 양도하는 주택부터입니다. 2018. 10. 23. 개정 시행령이 1세대 1주택 장기보유특별공제에 보유기간 중 거주 2년 요건을 추가했고, 부칙에서 2020. 1. 1. 이후 양도분부터 적용하도록 정했습니다. 현행 조문은 소득세법 시행령 제159조의4입니다.
• 청산금을 받은 조합원도 같은가요?
  구조가 다릅니다. 청산금을 받은 경우에는 청산금납부분이 따로 생기지 않고, 받은 청산금 비율만큼 양도차익을 조정하는 산식을 씁니다. 받은 청산금에 대한 과세 문제는 별도로 따져야 하므로, 관리처분계획서와 청산금 수령 내역을 함께 보고 계산해야 합니다.
• 이미 신고하고 고지까지 받았으면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구를 낼 수 있습니다. 다만 이 판결이 세무서 계산과 같은 결론이므로, 다툴 실익은 기존건물분까지 일반 공제율을 적용했거나 양도차익 구분 비율이 틀린 경우처럼 계산 오류가 있을 때 생깁니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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