자동말소 뒤 계속 임대한 기간은 왜 10년에 안 들어가나요?

70% 공제는 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속 등록되어 있고 그 등록 기간 동안 10년 이상 임대한 경우에만 적용되기 때문입니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항이 정한 요건이고, 자동말소된 아파트는 등록이 8년에서 끝나므로 그 뒤 임대는 등록 상태의 임대가 아닙니다. 국세청도 2025년 1월 23일 회신에서 같은 결론을 냈습니다.

자동말소된 아파트는 어떤 공제율을 받나요?

50%입니다. 2023년 2월 28일 개정 전 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항 제2호는 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트 매입임대주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 말소되는 경우 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다고 정했습니다. 8년 임대 요건을 채운 것으로 보아 2022년 개정 전 제97조의3 제1항 본문의 50% 공제율이 적용됩니다.

지금은 8년 50% 공제가 없어진 것 아닌가요?

새 등록분에는 없어졌지만 종전 등록분에는 남아 있습니다. 2022년 12월 31일 개정 조세특례제한법 제97조의3 제1항은 10년 임대 70%만 두었으나, 같은 법 부칙 제38조는 개정법 시행(2023년 1월 1일) 전에 등록한 공공지원·장기일반민간임대주택에는 종전 규정을 적용한다고 정했습니다. 2022년 이전 등록분은 8년 50%, 10년 70%의 종전 구조로 판단합니다.

아파트 임대등록은 왜 자동으로 말소되나요?

2020년 8월 18일 개정 민간임대주택에 관한 특별법이 아파트 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택 유형을 폐지했기 때문입니다. 같은 법 제6조 제5항은 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택과 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다고 정합니다. 집주인의 신청 없이 기간 종료로 말소됩니다.

특례 공제율은 양도차익 전체에 적용되나요?

아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항은 특례 공제율을 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용하고, 그 양도차익은 기준시가를 기준으로 안분해 계산하도록 정합니다. 전체 양도차익에 임대기간 동안의 기준시가 상승분이 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분에서 차지하는 비율을 곱합니다. 말소 이후 구간은 일반 장기보유특별공제로 계산합니다.

단기임대에서 장기임대로 바꾼 기간도 8년에 들어가나요?

변경 신고 시기에 따라 다릅니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제4항은 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 경우 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 보도록 정합니다. 2020년 7월 11일 이후 변경 신고한 아파트는 특례 대상에서 제외되므로 변경일 확인이 먼저입니다.

이미 70%로 신고했으면 어떻게 하나요?

수정신고로 50%로 바로잡는 쪽이 가산세를 줄입니다. 반대로 특례를 아예 반영하지 못하고 일반 공제율로 신고했다면 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 50% 공제를 반영할 수 있습니다. 과세관청이 특례를 부인해 고지하면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

세금 가이드 목록

양도소득세

자동말소된 임대아파트를 말소 뒤에도 계속 세 놓아 10년을 채우면 70% 공제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 아파트 장기일반민간임대주택이 임대의무기간 8년 종료로 자동말소된 뒤 계속 세를 놓아 실제 임대기간이 10년을 넘었더라도 장기보유특별공제 70%는 적용되지 않고 8년 임대에 따른 50% 공제만 받을 수 있습니다. 국세청은 2025년 1월 23일 회신에서 자동말소된 아파트는 8년 동안 등록·임대한 것으로 보므로 말소 뒤 임대기간은 10년 요건에 들어가지 않는다고 답했습니다. 지금은 임대등록 말소일과 양도일 사이의 기간이 공제 계산에서 어떻게 나뉘는지부터 확인해 두십시오.

기한

과세특례는 양도소득세 예정신고(양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월) 또는 확정신고와 함께 과세특례적용신청서를 내야 적용됩니다. 신청서에 70%로 적어 냈다가 50%로 경정되면 차액에 가산세가 붙으므로 신고 전에 공제율을 확정해야 합니다.

말소 뒤에 계속 세를 놓은 것이 손해는 아닙니다. 8년 특례의 50% 공제는 그대로 받고, 말소 이후 기간은 일반 장기보유특별공제로 따로 계산되므로 임대를 이어 간 기간이 공제에서 완전히 빠지는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2013년 11월 아파트 한 채를 5년 단기 매입임대주택으로 등록했고, 2018년 11월 이를 8년 장기일반민간임대주택(준공공임대)으로 변경 등록했습니다. 단기 임대기간을 합쳐 임대의무기간 8년이 끝난 2021년 11월 등록이 자동말소되었지만, A씨는 같은 세입자에게 계속 세를 놓아 2025년 4월 양도할 때까지 11년 넘게 임대했습니다. A씨는 실제 임대기간이 10년을 넘었으니 장기보유특별공제 70%를 적용받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소 뒤 계속 임대한 사례의 흐름

2013년 11월
5년 단기 매입임대주택 등록
2018년 11월
8년 장기일반민간임대주택으로 변경 등록
2021년 11월
임대의무기간 종료, 등록 자동말소(8년 의제 구간 끝)
2021년 11월부터 2025년 4월
등록 없이 계속 임대(10년 요건 미산입, 일반 공제 구간)
2025년 4월
양도, 50% 특례 + 일반 장기보유특별공제 안분

국세청은 말소 뒤 임대기간을 10년 요건에 넣어 주었나요?

넣어 주지 않았습니다. 국세청은 사전-2024-법규재산-0507(2025. 1. 23.) 사전답변에서, 종전 「민간임대주택에 관한 특별법」상 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 같은 법 제6조 제5항에 따라 임대의무기간 종료로 등록이 말소되는 경우 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아 「조세특례제한법」(2022년 12월 31일 개정 전) 제97조의3 제1항 본문의 과세특례, 즉 50% 공제율을 적용한다고 답했습니다. 10년 이상 임대 시 70%를 적용하는 같은 항 단서는 적용되지 않습니다. 70% 요건은 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속 등록되어 있고 그 등록 기간 동안 10년 이상 임대한 경우를 뜻하는데, 자동말소된 아파트는 등록 자체가 8년에서 끝나 그 뒤 임대는 등록 상태의 임대가 아니라는 취지입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 아파트가 아니어서 자동말소 대상이 아닌 주택처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라집니다.

2023년 1월 1일 시행된 개정 조세특례제한법은 8년 임대 50% 공제를 없애고 10년 임대 70%만 남겼지만, 부칙 제38조는 시행 전에 등록한 장기일반민간임대주택에는 종전 규정을 적용한다고 정했습니다. 그래서 2022년 이전 등록분은 지금 양도해도 8년 50%, 10년 70%의 종전 구조로 판단합니다.

자동말소된 아파트의 8년 의제는 어떤 규정인가요?

2020년 8월 18일 개정 민간임대주택법으로 아파트 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택이 폐지되면서, 이미 등록된 아파트는 임대의무기간이 끝나는 날 등록이 자동으로 말소됩니다. 의무기간 8년을 채운 집주인이 불이익을 받지 않도록, 조세특례제한법 시행령은 이렇게 말소된 아파트를 8년 동안 등록·임대한 것으로 보아 50% 공제를 보장했습니다. 이 의제는 8년에서 멈추고, 10년 70% 쪽으로 늘려 주는 규정은 없습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제2항도 10년 이상 계속 등록되고 등록 기간 동안 통산 10년 이상 임대한 경우로 70% 요건을 정하고 있습니다.

종전 등록 장기일반민간임대주택 공제율 비교(2026. 10. 7. 기준)

구분	요건	공제율
8년 임대(종전 본문)	8년 이상 계속 등록·임대	50%
10년 임대(종전 단서)	10년 이상 계속 등록·등록 기간 중 10년 임대	70%
아파트 자동말소	의무기간 종료로 말소, 8년 등록·임대 의제	50%
말소 뒤 계속 임대	등록 없는 임대, 10년 요건 미산입	일반 공제율(최대 30%)

출처 - 조세특례제한법 제97조의3 제1항(2022. 12. 31. 개정 전), 시행령 제97조의3 제2항 제2호(2023. 2. 28. 개정 전)

8년 의제 대상 - 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트 매입임대주택으로 의무기간 종료로 자동말소된 주택.
적용 공제율 - 임대기간 중 양도차익에 50%(2022년 개정 전 제97조의3 제1항 본문).
70% 요건 - 10년 이상 계속 등록 및 등록 기간 동안 10년 이상 임대. 말소 뒤 임대는 등록 기간이 아님.
임대료 증액 제한 - 5% 이내 증액, 1년 이내 증액 금지 등 요건도 함께 갖춰야 합니다.

말소 이후 기간의 양도차익은 어떻게 계산하나요?

특례 공제율은 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용하고, 그 양도차익은 기준시가로 안분합니다. 전체 양도차익에 실제 임대기간 개시일부터 마지막 날까지의 기준시가 상승분이 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분에서 차지하는 비율을 곱해 구합니다. 자동말소된 아파트는 등록 기간 8년이 특례 임대기간이 되고, 말소 이후부터 양도일까지의 양도차익은 소득세법 제95조 제2항의 일반 장기보유특별공제율(보유기간에 따라 최대 30%)로 계산합니다.

질의 사안처럼 단기임대에서 장기일반임대로 변경 등록한 경우, 임대 개시 시점은 민간임대주택법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점으로 봅니다. 변경 전 단기임대 기간이 8년에 포함되는지는 변경 신고 시기에 따라 달라지므로 등록증과 변경 신고 서류를 확인해야 합니다.

임대등록 자동말소 장기보유특별공제 대응 순서

등록 이력 확인 - 임대사업자 등록증과 변경 신고 서류로 최초 등록일, 장기일반 변경일, 의무기간 종료일, 자동말소일을 정리합니다.
공제율 확정 - 자동말소된 아파트는 8년 의제로 50%입니다. 70%로 신고하지 않습니다.
임대료 요건 점검 - 등록 기간 중 임대료 5% 초과 증액, 1년 이내 증액이 있었는지 계약서로 확인합니다. 위반 시 특례 자체가 빠집니다.
양도차익 안분 - 취득일·임대 개시일·말소일·양도일의 기준시가를 조회해 특례 구간과 일반 구간의 양도차익을 나눕니다.
신고·경정청구 - 예정신고와 함께 과세특례적용신청서를 내고, 이미 70%로 신고했다면 수정신고를, 50%도 반영하지 못했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 단기에서 장기로 변경 등록한 시점이 2019년 이후이거나 임대료 증액 이력이 있는 사안은 등록증·변경 신고서·임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 장기임대주택 과세특례를 둘러싼 경정청구와 양도소득세 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

실무상 착안점

자동말소된 집주인들은 「나는 10년 넘게 세를 놓았다」는 사실 하나로 70%를 기대합니다. 국세청이 보는 것은 실제 임대기간이 아니라 등록 상태로 임대한 기간입니다. 아파트는 8년에서 등록이 강제로 끝났고, 그 뒤 임대는 등록 없는 임대이므로 10년 요건에 들어가지 않습니다. 8년 의제는 구제이지 확장이 아닙니다.

그래서 챙겨야 할 것은 등록 이력의 날짜입니다. 최초 등록일, 단기에서 장기로 바꾼 변경 신고일, 의무기간 종료일, 지자체의 자동말소 통지일, 그리고 등록 기간 중 임대차계약서마다 보증금·월세 증액 폭이 모두 서류로 있어야 합니다. 5% 초과 증액이 한 번이라도 있으면 50%도 사라집니다.

이 기록은 예정신고에서 공제율을 50%로 적고 기준시가 안분을 하는 근거가 되고, 과세관청이 특례 자체를 부인했을 때 심판청구·소송에서 등록 기간과 임대료 요건을 증명하는 자료가 됩니다. 등록증 한 장과 계약서 묶음이 공제액을 정합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

70% 공제는 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속 등록되어 있고 그 등록 기간 동안 10년 이상 임대한 경우에만 적용되기 때문입니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항이 정한 요건이고, 자동말소된 아파트는 등록이 8년에서 끝나므로 그 뒤 임대는 등록 상태의 임대가 아닙니다. 국세청도 2025년 1월 23일 회신에서 같은 결론을 냈습니다.
50%입니다. 2023년 2월 28일 개정 전 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항 제2호는 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트 매입임대주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 말소되는 경우 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다고 정했습니다. 8년 임대 요건을 채운 것으로 보아 2022년 개정 전 제97조의3 제1항 본문의 50% 공제율이 적용됩니다.
새 등록분에는 없어졌지만 종전 등록분에는 남아 있습니다. 2022년 12월 31일 개정 조세특례제한법 제97조의3 제1항은 10년 임대 70%만 두었으나, 같은 법 부칙 제38조는 개정법 시행(2023년 1월 1일) 전에 등록한 공공지원·장기일반민간임대주택에는 종전 규정을 적용한다고 정했습니다. 2022년 이전 등록분은 8년 50%, 10년 70%의 종전 구조로 판단합니다.
2020년 8월 18일 개정 민간임대주택에 관한 특별법이 아파트 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택 유형을 폐지했기 때문입니다. 같은 법 제6조 제5항은 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택과 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다고 정합니다. 집주인의 신청 없이 기간 종료로 말소됩니다.
아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항은 특례 공제율을 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용하고, 그 양도차익은 기준시가를 기준으로 안분해 계산하도록 정합니다. 전체 양도차익에 임대기간 동안의 기준시가 상승분이 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분에서 차지하는 비율을 곱합니다. 말소 이후 구간은 일반 장기보유특별공제로 계산합니다.
변경 신고 시기에 따라 다릅니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제4항은 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 경우 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 보도록 정합니다. 2020년 7월 11일 이후 변경 신고한 아파트는 특례 대상에서 제외되므로 변경일 확인이 먼저입니다.
수정신고로 50%로 바로잡는 쪽이 가산세를 줄입니다. 반대로 특례를 아예 반영하지 못하고 일반 공제율로 신고했다면 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 50% 공제를 반영할 수 있습니다. 과세관청이 특례를 부인해 고지하면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.