감면·공제

임대아파트가 8년 만에 자동말소되면 10년 임대 100% 감면은 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 임대의무기간 8년이 끝나 자동말소된 임대아파트는 말소 뒤 세를 더 놓아 10년을 넘겨도 양도소득세 100% 감면을 받지 못합니다. 조세특례제한법은 10년 이상 계속 등록·임대한 경우에만 감면을 인정합니다. 지금은 대신 받을 수 있는 8년 임대 50% 장기보유특별공제 요건을 갖추었는지부터 확인해야 합니다.

자동말소된 뒤 100% 감면을 받으려고 2년을 더 세 놓을 필요는 없습니다. 감면은 10년 동안 계속 등록되어 있어야 하는데 등록이 8년 만에 끝나므로, 말소 뒤 임대를 이어 가도 감면 요건은 채워지지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 1월 아파트를 사서 바로 8년 장기일반민간임대주택으로 등록하고 세를 주었습니다. 등록할 때는 10년을 채우면 양도소득세를 100% 감면받을 수 있다는 설명을 들었는데, 2020년 법 개정으로 아파트 장기임대가 폐지되면서 2025년 1월 임대의무기간 8년이 끝나는 날 등록이 자동말소되었습니다. A씨는 말소 뒤에도 세입자를 그대로 두고 있고 2026년 12월에 팔 계획인데, 전체 임대기간이 10년을 넘으면 100% 감면을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소된 임대아파트는 10년 임대 100% 감면을 받을 수 있나요?

아니요, 임대의무기간 8년이 끝나 등록이 자동말소된 아파트는 말소 뒤 임대를 이어 가더라도 양도소득세 100% 감면을 받지 못합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제97조의5 제1항은 장기일반민간임대주택으로 등록한 뒤 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택으로 임대한 후 양도할 것을 요건으로 하고, 시행령 제97조의5 제1항은 이를 10년 이상 계속 등록하고 그 등록 기간 동안 계속 10년 이상 임대한 경우로 풀고 있습니다. 등록이 8년에 끝나면 등록 기간이 10년에 미치지 못하므로 그 뒤 임대기간은 감면 요건 계산에 들어가지 않습니다.

• 취득·등록 시기 - 2018년 12월 31일까지 매입임대주택을 취득(그날까지 계약하고 계약금을 낸 경우 포함)하고 취득일부터 3개월 안에 장기일반민간임대주택으로 등록했어야 합니다.
• 임대기간 - 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속 등록·임대한 뒤 양도해야 합니다.
• 임대료 요건 - 임대기간 중 임대료 증가율 5% 이하 등 제97조의3 제1항 제2호의 요건을 지켜야 합니다.
• 감면 범위 - 요건을 갖추면 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 세액의 100%를 감면하며, 제97조의3 특례와 중복 적용되지 않습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 종전 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 임대의무기간 종료로 등록이 말소되는 경우에는 조세특례제한법 제97조의5의 양도소득세 감면을 적용받을 수 없다고 회신했습니다(서면-2021-법령해석재산-2824, 2021. 12. 20.). 국세청은 「양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022)에서 이 해석을 바탕으로, 8년 등록·임대한 아파트가 자동말소되면 100% 감면은 적용할 수 없지만 제97조의3의 장기보유특별공제율 50%는 적용할 수 있다고 정리했습니다. 감면은 10년 계속 등록을 요구하는 반면, 제97조의3은 자동말소 아파트를 8년 동안 등록·임대한 것으로 보는 규정을 두었기 때문입니다.

이 회신은 2020년 7월 10일 이전에 등록한 아파트 장기일반민간임대주택이 민간임대주택법 제6조 제5항으로 자동말소된 사실관계를 전제로 합니다. 아파트가 아닌 다세대·오피스텔처럼 지금도 10년 장기일반민간임대주택 등록이 유지되는 주택이라면 10년을 채워 감면을 받을 수 있습니다.

감면 대신 받을 수 있는 혜택은 무엇인가요?

자동말소된 아파트는 8년 등록·임대한 것으로 보아 임대기간 중 양도차익에 장기보유특별공제율 50%를 적용받을 수 있습니다. 2022. 12. 31. 개정 전 조세특례제한법 제97조의3 제1항은 8년 이상 임대 시 50%, 10년 이상 임대 시 70%의 공제율을 정했고, 개정법 부칙(법률 제19199호) 제38조는 개정법 시행 전에 등록한 장기일반민간임대주택 등에 종전 규정을 적용하도록 했습니다. 현행 제97조의3은 2027. 12. 31.까지 등록하는 민간건설임대주택에 10년 임대 70% 공제만 두고 있어, 2020년 이전에 등록한 매입임대 아파트는 종전 규정으로 판단합니다.

50% 공제는 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용하고, 그 양도차익은 기준시가로 안분해 계산합니다. 임대기간의 마지막 날은 자동말소일이므로, 말소 뒤 2년 동안 오른 부분은 일반 장기보유특별공제율로 돌아갑니다.

자동말소 임대아파트 100% 감면 대응 순서

• 등록 이력 확인 - 임대사업자등록증으로 취득일, 등록 신청일, 자동말소일을 확인합니다. 2018. 12. 31. 이전 취득과 3개월 내 등록은 감면의 입구 요건입니다.
• 감면 가능 여부 판단 - 등록이 10년 미만에 자동말소되었으면 감면은 적용되지 않습니다. 아파트가 아니어서 등록이 유지되는 주택만 10년을 채워 감면을 검토합니다.
• 50% 공제 요건 점검 - 임대료 5% 증액 제한, 국민주택규모 이하, 임대개시일 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하 요건을 계약서와 공시가격으로 확인합니다.
• 양도차익 안분 - 취득일·임대개시일·말소일·양도일의 기준시가를 모아 임대기간 중 양도차익을 계산해 둡니다.
• 신고와 사후 대응 - 예정신고 때 과세특례 적용신청서를 내고, 감면이나 공제가 부인되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고 누락이면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 단기임대에서 장기로 변경 등록한 이력이 있거나 재개발·리모델링으로 임대하지 못한 기간이 있으면 등록증과 변경신고 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 양도소득세 감면·특례 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 말소 뒤에도 계속 임대하면 10년으로 인정되나요?
  아니요, 감면 요건인 10년은 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속 등록하고 그 등록 기간 동안 10년 이상 임대한 경우를 말합니다. 등록이 자동말소된 뒤의 임대는 등록 기간 밖이므로 합산되지 않습니다. 세입자 교체로 비는 6개월 이내 기간이나 재개발로 임대하지 못한 기간은 계속 임대한 것으로 보지만, 이는 등록이 유지되는 동안의 이야기입니다.
• 100% 감면은 어떤 주택이 받을 수 있나요?
  2018년 12월 31일까지 매입임대주택을 취득하고 3개월 안에 장기일반민간임대주택으로 등록한 뒤 10년 이상 계속 임대하고, 임대료 증가율 5% 이하 등 요건을 지킨 주택입니다. 아파트는 2020년 개정으로 장기일반민간임대 등록이 폐지되어 자동말소되므로 대상이 되기 어렵고, 아파트가 아닌 주택은 등록을 유지해 10년을 채우면 감면을 검토할 수 있습니다.
• 50% 공제는 어떤 규정으로 받나요?
  2022. 12. 31. 개정 전 조세특례제한법 제97조의3 제1항은 8년 이상 임대 시 50%, 10년 이상 임대 시 70%의 장기보유특별공제율을 정했고, 개정법 부칙에 따라 개정 전에 등록한 주택에는 종전 규정이 적용됩니다. 자동말소된 아파트는 8년 동안 등록·임대한 것으로 보므로 50%를 적용하고, 말소 뒤 임대를 이어 가도 70%로 올라가지는 않습니다.
• 50% 공제는 양도차익 전체에 적용되나요?
  아니요, 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용합니다. 그 양도차익은 전체 양도차익에 임대기간 마지막 날의 기준시가에서 임대개시일 기준시가를 뺀 금액을 양도일 기준시가에서 취득일 기준시가를 뺀 금액으로 나눈 비율을 곱해 계산합니다. 자동말소된 아파트는 말소일이 임대기간의 마지막 날이 되므로 그 뒤 오른 부분은 일반 공제율을 적용합니다.
• 감면과 50% 공제를 같이 받을 수 있나요?
  아니요, 제97조의5의 세액감면은 제97조의3의 장기보유특별공제 특례와 중복해서 적용하지 않습니다. 두 요건을 모두 갖춘 주택이라면 세액을 비교해 하나를 선택하지만, 자동말소된 아파트는 감면 요건을 갖추지 못하므로 50% 공제만 적용 대상이 됩니다.
• 특례 신청은 언제 어떻게 하나요?
  양도소득 과세표준 예정신고나 확정신고를 하면서 과세특례 적용신청서를 관할 세무서에 내야 합니다. 예정신고 기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월입니다. 신청서를 빠뜨리고 일반 공제율로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.
• 감면이 부인돼 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 감면 요건을 못 갖춘 것이 분명하면 50% 공제라도 적용받았는지를 먼저 확인하고, 공제까지 빠졌다면 그 부분을 불복이나 경정청구로 바로잡습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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