법인세·소득세

청산종결등기를 마친 법인의 남은 부동산을 팔면 법인세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 청산종결등기를 마친 법인이라도 정리되지 않은 부동산을 나중에 팔거나 판결로 넘겨주면 그 대금은 청산소득으로 보아 법인세를 신고·납부해야 합니다. 법인세법 시행규칙은 해산등기일 현재 자산을 청산기간 중 처분한 금액을 청산소득에 포함한다고 정합니다. 지금은 폐쇄등기부로 해산 당시 이사를 확인하고 청산인을 누가 맡을지부터 정하십시오.

등기부가 폐쇄됐다고 세금 문제까지 끝난 것은 아닙니다. 다만 법인이 사라졌다고 보아 주주나 상속인 개인이 양도소득세를 대신 신고할 필요는 없고, 남은 재산을 정리하는 법인 이름으로 청산소득을 신고하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 1980년대에 벽돌 제조업을 하다가 오래전 해산등기와 청산종결등기를 마쳐 등기부가 폐쇄된 회사입니다. 그런데 A법인 명의 토지 일부가 정리되지 않은 채 남아 있었고, 그 땅이 재건축 정비구역에 들어가면서 재건축조합이 A법인을 상대로 소유권이전등기 소송을 냈습니다. 2025년 법원은 조합이 보상금 약 3억원을 지급하는 것과 맞바꾸어 A법인이 소유권이전등기를 해 주라는 판결을 했습니다. 옛 주주들은 모두 사망해 상속인들이 이 돈에 세금이 붙는지, 누가 신고해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

청산종결등기를 마친 법인도 남은 재산이 있으면 존속하나요?

네, 청산종결등기를 했더라도 정리하지 못한 재산이나 권리관계가 남아 있으면 그 범위에서는 법인격이 소멸하지 않습니다. 청산종결등기는 청산이 실제로 끝났다는 사실을 공시할 뿐, 남은 재산이 있으면 청산은 아직 진행 중으로 봅니다.

대법원은 상법 제520조의2에 따라 해산되고 청산이 종결된 것으로 보는 휴면회사라도 현실적으로 정리할 권리관계가 남아 있으면 그 범위에서 완전히 소멸하지 않았다고 판단했습니다. 이때 회사를 대표하는 것은 해산 당시의 이사(정관이나 주주총회로 따로 정한 사람이 없으면 당연히 청산인)이고, 그런 사람이 없으면 이해관계인의 청구로 법원이 선임한 청산인입니다.

휴면회사 제도도 같은 구조입니다. 최후 등기 후 5년이 지난 회사가 공고일부터 2월 이내에 영업을 폐지하지 않았다는 신고를 하지 않으면 해산한 것으로 보고, 그 뒤 3년 안에 회사를 계속하지 않으면 청산이 종결된 것으로 봅니다. 그래도 등기부에 남은 부동산은 법인 소유로 남아 있습니다.

남은 부동산을 팔면 왜 청산소득이 되나요?

해산등기일 현재 법인이 가지고 있던 자산을 청산 과정에서 처분한 금액은 청산소득 계산에 들어갑니다. 해산 후 오랜 세월이 지났더라도 그 부동산이 해산 당시 재산이었다면 매각대금이나 판결로 받은 대금은 잔여재산의 가액을 이룹니다.

청산소득 금액은 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금과 잉여금 합계액(자기자본의 총액)을 뺀 금액입니다. 해산등기일 현재 이월결손금이 있으면 잉여금 범위 안에서 자기자본의 총액과 상계합니다.

다만 청산기간 중에 해산 전 사업을 계속하면서 생긴 임대수입이나 이자수입은 청산소득이 아니라 각 사업연도 소득으로 따로 계산합니다. 남은 부동산을 누군가에게 빌려주고 임대료를 받아 왔다면 그 부분은 구분해서 정리해야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 해산과 청산종결등기를 마친 내국법인이 보유하던 부동산을 그 뒤 양도하면 청산소득에 대한 법인세를 내야 한다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석법인-0119, 2017. 4. 19.). 판결에 따라 부동산이 넘어간 경우라면 잔여재산가액이 확정된 때를 기준으로 신고할 의무가 있다고 보았습니다.

이 회신은 해산 직후 등기부가 폐쇄되고 주주가 모두 사망한 법인이 판결로 보상금을 받는 사실관계를 전제로 한 것입니다. 해산 전에 이미 처분한 재산이거나 해산등기일 뒤에 새로 취득한 재산이라면 계산 방식이 달라질 수 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」 제79조와 제84조, 시행규칙 제61조도 회신 당시와 같은 구조여서 결론은 그대로입니다.

누가, 언제까지 신고해야 하나요?

신고는 그 법인의 청산인이 법인 이름으로 합니다. 해산 당시 이사가 모두 사망했거나 연락이 닿지 않으면, 상속인 등 이해관계인이 법원에 청산인 선임을 청구해 선임된 청산인이 신고와 납부를 맡습니다.

신고기한은 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내입니다. 잔여재산가액확정일은 해산등기일 현재 잔여재산의 추심이나 환가처분을 마친 날이고, 재산을 그대로 나눠 주는 경우에는 분배를 마친 날입니다. 청산소득 금액이 없더라도 신고 의무는 남습니다.

신고서에는 잔여재산가액 확정일 현재의 재무상태표와 청산인의 성명·주소, 잔여재산가액 확정일과 분배예정일을 적은 서류를 붙입니다. 오래된 법인은 장부가 없어 해산등기일 현재 자기자본을 확인하기 어려우므로, 폐쇄등기부와 옛 법인세 신고 자료를 먼저 찾아야 합니다.

청산종결 법인 부동산 처분 대응 순서

• 법인 상태 확인 - 폐쇄등기부를 떼어 해산등기일, 청산종결등기일, 해산 당시 이사를 확인합니다. 해산 당시 이사가 남아 있는지에 따라 청산인 선임 절차가 필요한지 정해집니다.
• 청산인 선임 - 이사가 모두 사망했다면 이해관계인이 법원에 청산인 선임을 청구합니다. 선임 결정이 나와야 법인 이름으로 소송 대응, 등기, 세금 신고를 할 수 있습니다.
• 잔여재산가액확정일 정리 - 판결 확정일, 보상금 수령일, 소유권이전등기일을 표로 정리합니다. 대금을 다 받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월이 신고기한입니다.
• 청산소득 신고 - 「청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서」에 재무상태표를 붙여 관할 세무서에 냅니다. 자기자본과 이월결손금 자료가 없으면 남아 있는 자료로 근거를 설명합니다.
• 사후 불복 - 신고 후 계산 착오를 알게 되면 5년 안에 경정청구를 하고, 세무서가 고지하면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 해산 당시 자산 명세와 남은 재산의 취득 시기, 청산인 선임 여부에 따라 신고 금액과 절차가 달라지므로 폐쇄등기부와 판결문을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인 해산·청산과 관련한 법인세 부과처분 불복과 청산인 선임 절차를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 청산종결등기 후 남은 땅은 누구 소유인가요?
  청산종결등기 후에도 정리되지 않은 땅은 여전히 법인 소유입니다. 대법원은 청산이 종결된 것으로 보는 회사라도 정리할 권리관계가 남아 있으면 그 범위에서 소멸하지 않았다고 보므로, 땅을 넘기려면 법인 이름으로 등기해야 합니다.
• 주주 상속인이 양도소득세를 대신 내야 하나요?
  아닙니다. 부동산의 소유자가 법인이므로 처분대금은 법인의 청산소득으로 신고합니다. 상속인은 법인을 대표할 청산인 선임을 청구하거나, 청산이 끝난 뒤 잔여재산을 분배받을 때 그 분배액에 대한 세금 문제를 따로 확인하면 됩니다.
• 해산 당시 이사가 모두 사망했으면 누가 신고하나요?
  해산 당시 이사가 없으면 이해관계인의 청구로 법원이 선임한 청산인이 법인을 대표합니다. 상속인이나 재건축조합 같은 이해관계인이 청산인 선임을 청구하고, 선임된 청산인이 청산소득 신고와 납부를 맡습니다.
• 청산소득은 어떻게 계산하나요?
  청산소득은 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금과 잉여금 합계액을 뺀 금액입니다. 해산등기일 현재 이월결손금이 있으면 잉여금 범위 안에서 자기자본 총액과 상계하므로, 해산 당시 재무 자료를 함께 찾아야 합니다.
• 휴면회사로 해산된 경우도 같은가요?
  같습니다. 최후 등기 후 5년이 지나 해산한 것으로 보는 휴면회사도 3년 안에 회사를 계속하지 않으면 청산이 종결된 것으로 보지만, 남은 부동산이 있으면 그 범위에서 법인격이 남아 청산소득 신고 대상이 됩니다.
• 청산소득이 없어도 신고해야 하나요?
  네. 청산소득에 대한 법인세 확정신고 의무는 청산소득 금액이 없는 경우에도 적용됩니다. 잔여재산가액이 자기자본 총액보다 적더라도 신고서와 재무상태표를 기한 안에 관할 세무서에 내야 합니다.
• 판결로 받은 보상금은 언제 확정되나요?
  잔여재산가액확정일은 해산등기일 현재 잔여재산의 추심이나 환가처분을 마친 날입니다. 판결로 부동산을 넘기는 경우에는 보상금을 다 받고 소유권 이전을 마친 날을 기준으로 보는 것이 안전하므로 날짜별 증빙을 남겨 두십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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