법인세·소득세

100% 자회사를 해산하고 청산 중이면 그해 연결납세를 할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 연결자법인이 해산등기를 하고 청산 중이면 해산등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용할 수 없습니다. 법인세법은 해산한 연결자법인을 그 연결사업연도 개시일부터 배제하고, 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우만 예외로 둡니다. 지금은 해산등기 전이라면 흡수합병으로 정리할 수 있는지부터 확인하십시오.

자산과 인력을 모회사가 모두 넘겨받았으니 합병과 같게 봐 달라는 주장은 받아들여지기 어렵습니다. 상법상 합병 절차를 거치지 않았다면 합병 예외를 적용하지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

지방공사 L는 주식회사 M을 100% 출자해 세웠고, 두 법인은 2024년부터 L을 연결모법인으로 연결납세방식을 적용해 왔습니다. M은 L로부터 위탁받은 시설 운영을 맡아 왔는데, 2026년 상반기 지방자치단체가 L이 시설을 직접 운영하도록 결정했습니다. L은 사업 운영 및 고용 승계 협약을 맺어 M의 자산과 인력을 넘겨받았고, 지방공사와 주식회사의 합병 근거가 분명하지 않다는 이유로 M은 2026년 9월 해산등기를 하고 청산에 들어갔습니다. 재무팀은 2026년 1월부터 해산등기일까지는 연결납세로 신고할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

해산등기를 하면 그해 연결납세는 언제부터 빠지나요?

해산한 연결자법인은 해산등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않습니다. 해산등기 전 몇 달 동안 연결집단에 있었더라도 그해 전체가 연결에서 빠집니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 해산으로 청산 중인 법인을 연결가능자법인에서 처음부터 제외합니다. 청산 중인 법인은 정상적인 사업연도 대신 청산소득을 계산하는 단계에 있어 연결집단과 하나의 단위로 소득을 계산하기 어렵기 때문입니다.

해산한 법인은 사업연도 개시일부터 해산등기일까지, 해산등기일 다음 날부터 사업연도 종료일까지를 각각 한 사업연도로 보아 개별 신고합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 연결자법인이 해산등기를 하고 청산 중인 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용할 수 없다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석법인-0114, 2019. 3. 20.).

질의 법인은 모회사가 자회사의 자산과 인력을 포괄적으로 인수했으니 흡수합병 예외를 적용해야 한다고 주장했습니다. 회신은 합병계약서 작성과 주주총회 승인, 합병등기 같은 상법상 합병 요건을 갖추지 않았고, 승계 협약서상 부채는 넘기지 않아 자산 이전 계약으로 볼 수 있으며, 자회사가 청산소득을 계산해 신고할 예정이라는 점을 들어 이 주장을 받아들이지 않았습니다. 이 회신은 그 사실관계를 전제로 한 해석입니다.

흡수합병이면 무엇이 달라지나요?

연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있습니다. 같은 정리라도 합병으로 하면 그해 연결납세를 유지하고, 해산·청산으로 하면 그해 처음부터 빠집니다.

이 예외를 받으려면 상법상 합병 절차를 실제로 밟아야 합니다. 합병계약서를 작성해 주주총회 승인을 받고 합병등기를 해야 하며, 사업 양수나 자산 인수 협약만으로는 합병으로 보지 않습니다.

• 흡수합병 - 그해 연결 유지, 청산소득 계산 없음
• 해산·청산 - 그해 개시일부터 연결 배제, 잔여재산가액 확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 청산소득 신고
• 사업 양수 후 해산 - 해산·청산과 같게 취급

연결에서 빠지면 무엇을 더 확인해야 하나요?

연결납세를 시작한 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 안에 배제되었다면, 연결 기간 동안 다른 연결법인과 합산했던 소득과 결손금을 배제된 사업연도의 익금과 손금에 넣어 정산해야 합니다. 다만 시행령이 정한 부득이한 사유가 있거나 연결법인 사이에 분담 정산금을 주고받았다면 이 정산을 하지 않습니다.

하나뿐인 연결자법인이 빠지면 연결모법인도 연결납세를 할 수 없게 됩니다. 연결자법인이 바뀐 날부터 1개월 안에 관할지방국세청장에게 변경 신고를 해야 하고, 연결로 신고했다가 개별 과세로 경정 통지를 받으면 30일 안 과세전적부심사를 검토합니다.

연결자법인 정리 대응 순서

• 정리 방식 결정 - 해산등기 전에 흡수합병과 해산·청산 중 무엇으로 할지 정합니다. 합병 근거 법령이 있는지부터 확인합니다.
• 연결 배제 시점 확인 - 해산·청산이면 해산등기일이 속하는 연결사업연도 개시일부터 배제됩니다.
• 변경 신고와 개별 신고 - 1개월 안에 연결법인 변경신고서를 내고, 해산 전후 사업연도별로 개별 신고를 준비합니다.
• 청산소득 신고 - 잔여재산가액 확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 청산소득을 신고합니다. 청산소득이 없어도 신고합니다.
• 4년 정산 점검 - 연결 기간 합산 소득·결손금 정산 대상인지, 부득이한 사유나 정산금 예외에 해당하는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 정리 방식과 정산 대상은 합병 가능 여부와 승계 협약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공기업·그룹 법인의 구조조정 법인세 쟁점 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해산등기 전까지만 연결로 신고할 수 있나요?
  해산한 연결자법인은 해산등기일이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않으므로, 해산등기일까지 기간만 떼어 연결로 신고할 수 없습니다. 그해 전체를 개별 법인으로 신고해야 합니다.
• 자산과 인력을 다 넘겼으면 합병으로 보나요?
  합병계약서 작성, 주주총회 승인, 합병등기 같은 상법상 절차를 거치지 않았다면 흡수합병 예외를 적용하지 않습니다. 사업·고용 승계 협약은 자산 이전 계약으로 보며, 부채를 넘기지 않았다면 더욱 그렇습니다.
• 청산 중인 회사를 새로 연결할 수 있나요?
  해산으로 청산 중인 법인은 시행령상 연결가능자법인에서 제외되므로 연결집단에 새로 넣을 수도 없습니다. 연결모법인이 그 법인을 100분의 90 이상 보유하더라도 마찬가지이고, 청산 중에는 계속등기로 사업을 다시 시작하지 않는 한 연결 대상이 되지 않습니다.
• 해산한 회사의 사업연도는 어떻게 나뉘나요?
  사업연도 중에 해산하면 사업연도 개시일부터 해산등기일까지, 해산등기일 다음 날부터 사업연도 종료일까지를 각각 한 사업연도로 봅니다. 연결에서 빠졌으므로 각각 개별 신고합니다. 해산등기일까지의 사업연도는 각 사업연도 소득으로 신고하고, 그 뒤 청산 단계는 청산소득으로 따로 계산합니다.
• 청산소득 신고는 언제 하나요?
  잔여재산가액 확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 청산소득에 대한 법인세를 신고해야 합니다. 청산소득 금액이 없더라도 신고 의무는 그대로이고, 잔여재산가액 확정일 현재의 재무상태표 등을 첨부해야 합니다.
• 연결 기간의 결손금 합산은 되돌리나요?
  연결을 시작한 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 안에 배제되면 합산했던 소득과 결손금을 정산합니다. 시행령이 정한 부득이한 사유가 있거나 분담 정산금을 주고받았다면 정산하지 않습니다.
• 배제되면 어디에 신고하나요?
  연결자법인이 배제되어 바뀐 경우에는 변경사유가 생긴 날부터 1개월 안에 납세지 관할지방국세청장에게 신고합니다. 하나뿐인 연결자법인이라면 모회사의 연결납세도 함께 끝나므로 모회사도 그해부터 개별 신고를 준비해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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