법인세·소득세

대표 이름으로 등록한 특허를 회사에 팔아 가지급금을 갚으면 세무조사에서 부인되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

회사 시설과 비용으로 만든 직무발명을 대표나 가족 이름으로 등록한 뒤 회사에 팔아 가지급금을 상계하면, 세무조사에서 양도가 가장거래로 부인될 수 있습니다. 부인되면 특허 감가상각비가 손금에서 빠지고, 양도대금은 이를 받은 사람이 대표나 직원이면 상여로 처분되어 소득세가 다시 계산됩니다.

대표나 가족 이름으로 특허를 등록한 뒤 회사가 감정가로 사들이고, 그 대금으로 가지급금을 상계하는 방식이 가지급금 정리 방법으로 소개되곤 합니다. 특허가 대표 개인의 발명이고 값이 적정하다면 문제가 없지만, 실제로는 회사의 직무발명이었다면 양도 자체가 부인될 수 있습니다. 부인되면 법인세와 대표 소득세가 함께 나옵니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 기계부품 제조회사인 B회사의 대표로 주식 대부분을 갖고 있고, 회사에 다니는 배우자와 함께 생산 공정 개선 장치를 특허로 등록했습니다. B회사는 2024. 3. 감정평가를 받아 이 특허를 4억원에 사들였고, 대금 중 3억원은 배우자 앞 가지급금과 상계하고 1억원은 A씨에게 지급했습니다. 회사는 특허를 무형자산으로 올려 감가상각했습니다. 2026. 8. 세무조사에서 조사팀이 특허 양수를 인정할 수 없다고 하자, A씨는 감정평가까지 받았는데 왜 부인되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

왜 대표 이름의 특허를 회사가 사면 문제가 되나요?

임원이나 직원이 맡은 일과 관련해 발명했고 그 발명이 회사 업무 범위에 속하면 직무발명입니다. 회사 시설과 인력, 비용으로 회사 공정을 개선하는 장치를 만들었다면 대표나 직원 이름으로 등록했더라도 직무발명으로 평가될 수 있습니다.

과세관청은 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 실질 귀속자가 따로 있으면 실질 귀속자를 기준으로 과세합니다. 특허가 실질적으로 회사 것이라면 회사가 자기 재산을 돈을 주고 다시 산 셈이 되므로, 그 대금은 대표 측으로 빠져나간 회사 자금이 됩니다.

부인되면 어떤 세금이 나오나요?

먼저 회사가 무형자산으로 계상한 특허의 감가상각비가 손금에서 빠져 법인세가 늘어납니다. 다음으로 양도대금 명목으로 나간 돈은 사외로 유출된 것으로 보아 받은 사람이 임원이나 직원이면 상여로 처분되고, 회사는 그 상여에 대한 소득세를 원천징수해야 합니다.

대표 쪽에서 보면 특허 양도대금은 기타소득이어서 받은 금액의 60%를 필요경비로 빼고 남은 금액에만 세금이 붙습니다. 상여로 바뀌면 받은 금액 전부가 근로소득이 되어 다른 소득과 합산해 누진세율로 과세되므로 부담이 크게 늘어납니다.

사례에서 4억원을 기타소득으로 보면 과세 대상은 필요경비 2억 4,000만원을 뺀 1억 6,000만원입니다. 상여로 처분되면 배우자에게 3억원, A씨에게 1억원이 각각 근로소득으로 더해지고, 회사는 감가상각비 부인에 따른 법인세와 원천징수 부담을 함께 집니다.

법원은 무엇을 보고 가장거래라고 판단했나요?

비슷한 사건에서 법원은 대표 부부의 특허 양도를 허위 또는 가장행위로 보아 감가상각비 손금불산입과 상여처분을 모두 적법하다고 판단했습니다. 판단의 근거는 다음과 같았습니다.

• 대표는 발명에 실질적으로 기여하지 않았고, 직원인 배우자는 회사에서 일하며 회사 시설로 발명함
• 발명이 회사 사업과 직접 관련되어 회사에 귀속되어야 할 권리로 봄
• 등록 전부터 이사회·주주총회로 매입을 결의하고 등록 한 달여 만에 양수함
• 대표 부부와 자녀가 주식 전부를 가져 거래 조건을 사실상 정할 수 있었음
• 감정평가가 회사 제출 자료만으로 이루어졌고, 예상 매출이 실제 실적과 맞지 않음

이 판결은 1심 판단이지만, 같은 구조의 거래에서 조사팀이 확인하는 지점을 그대로 보여 줍니다. 특히 발명자로 이름을 올린 대표가 실제로 어떤 기술적 기여를 했는지 설명하지 못하면, 공동 명의 자체가 대금을 나눠 받기 위한 장치로 보일 수 있습니다.

정당한 양도로 인정받으려면 무엇이 필요한가요?

입사 전 발명이었거나 회사 업무와 관계없는 개인 연구였다는 점을 연구 일지, 시제품 제작 비용의 부담 주체, 출원 경위로 증명해야 합니다. 직무발명이라면 양도대금이 아니라 직무발명 보상의 문제로 정리하는 것이 맞고, 이때도 보상 규정과 산정 근거가 있어야 합니다.

직무발명이라면 회사는 등록 명의와 관계없이 그 특허에 대해 통상실시권을 가질 수 있습니다. 중소기업은 별도 약정이 없어도 그렇습니다. 이미 대가 없이 쓸 수 있는 특허를 큰돈을 주고 산 셈이 되면 거래의 경제적 이유를 설명하기가 더 어려워집니다.

가격도 따로 따집니다. 특수관계인에게서 자산을 시가보다 비싸게 사면 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 부당행위계산으로 부인됩니다. 감정평가서의 매출 추정이 실제 사업과 맞는지, 독립된 평가기관이 회사 자료를 검증했는지가 중요합니다.

특허권 양수 부인 대응 순서

• 발명 경위 정리 - 발명 시점, 발명자별 기여, 연구 장소와 시제품 제작 비용 부담을 자료로 나누고, 입사 전 연구가 있었다면 그 기록을 따로 모읍니다.
• 거래 조건 점검 - 매입 결의 시점, 감정평가 전제, 대금 지급과 가지급금 상계 내역을 확인합니다.
• 세액 영향 계산 - 감가상각비 부인, 상여처분, 이미 낸 기타소득세 처리를 함께 계산하고, 회사 원천징수분과 대표 종합소득세가 각각 얼마인지 나눠 봅니다.
• 거래 정리 방향 검토 - 직무발명으로 볼 여지가 크다면 양도 대신 보상 규정에 따른 정리가 가능한지도 함께 따져 봅니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 개인 발명이라는 근거와 가격 산정의 적정성을 함께 제출합니다.
• 심판청구 - 고지 후 90일 안에 법인세와 대표 종합소득세 불복을 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발명이 누구의 노력과 비용으로 이루어졌는지, 거래 가격이 어떻게 정해졌는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 특허권·무형자산 거래에 대한 세무조사 소명, 과세전적부심사, 조세심판 청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대표 개인 특허를 회사가 사는 것 자체가 불법인가요?
  아닙니다. 회사 업무와 관계없는 개인 발명이고 가격이 적정하면 정상 거래입니다. 문제는 회사 시설과 비용으로 만든 직무발명을 개인 이름으로 등록한 뒤 회사에 파는 경우로, 이때는 거래 자체가 부인될 수 있습니다.
• 감정평가를 받았으면 괜찮지 않나요?
  감정평가는 가격 근거일 뿐입니다. 특허가 실질적으로 회사 것이라면 거래 자체가 부인되고, 감정이 회사 제출 자료만으로 이루어졌거나 매출 추정이 실제와 다르면 가격도 인정받기 어렵습니다.
• 부인되면 회사에는 어떤 세금이 나오나요?
  무형자산으로 계상한 특허의 감가상각비가 손금에서 빠져 법인세가 늘어납니다. 양도대금은 사외유출로 보아 대표나 직원 상여로 처분되고, 회사는 그 소득세를 원천징수해 내야 하며 미납하면 가산세도 붙습니다.
• 기타소득으로 낼 때와 상여로 낼 때 차이가 큰가요?
  특허 양도대금은 기타소득이라 받은 금액의 60%를 필요경비로 뺍니다. 상여로 바뀌면 전액이 근로소득이 되어 다른 소득과 합산해 누진세율로 과세되므로 같은 금액이라도 세부담이 크게 늘어납니다.
• 직무발명이라면 대표는 아무것도 받을 수 없나요?
  직무발명이라면 양도대금이 아니라 직무발명 보상의 문제로 정리해야 합니다. 이때도 회사에 보상 규정이 있고 보상액 산정 근거가 있어야 세무상 인정받을 수 있으며, 회사는 특허에 통상실시권을 가질 수 있습니다.
• 소득금액변동통지를 받으면 언제까지 내야 하나요?
  회사가 통지를 받은 날 상여를 지급한 것으로 보아 그 달의 다음 달 10일까지 원천징수세액을 내야 합니다. 대표는 통지일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고하면 기한 내 신고로 봅니다.

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