세무조사

직무발명보상금으로 가지급금을 정리하라는 권유, 세무조사에서 문제 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

직무발명보상금으로 대표이사의 가지급금을 정리하는 방식은 세무조사에서 자주 문제 됩니다. 2024. 1. 1. 이후 지급받는 분부터 법인의 지배주주와 그 친족 등 특수관계인이 받는 직무발명보상금은 연 700만원 비과세에서 빠져 근로소득으로 전액 과세되고, 법인은 실제 발명과 보상 절차, 보상액의 정당성을 입증하지 못하면 손금을 부인당하고 대표에게 상여로 처분될 수 있습니다. 실행 전에 대표가 실제 발명자인지, 보상규정을 미리 만들어 알렸는지, 보상액을 이익과 기여도로 계산했는지부터 확인하십시오.

직무발명보상금 자체는 발명진흥법이 인정하는 정당한 제도입니다. 연구 성과를 낸 임직원에게 보상하고 그 비용을 손금으로 처리하는 것은 합법적인 경영 판단입니다. 문제는 가지급금을 줄이려는 목적이 앞서 발명의 실체나 보상 절차가 뒤따르지 못할 때 생깁니다. 이 글은 그런 경우 세무조사에서 무엇이 확인되고 어떤 세금이 생기는지, 실행 전에 무엇을 갖춰야 하는지를 현행 법령과 조세심판원 결정을 기준으로 정리합니다.

이런 상담이 많습니다

H씨는 지분 80%를 가진 제조업체의 대표이사입니다. 회사 장부에 대표 가지급금이 6억원 쌓여 있었는데, 세무 컨설팅에서 H씨 이름으로 등록된 특허를 회사에 승계하고 직무발명보상금 6억원을 받아 가지급금을 갚으면 회사는 비용 처리를 하고 H씨 세금은 크게 줄일 수 있다는 제안을 받았습니다. 보상규정은 보상금 지급 직전에 만들었고, 보상액은 외부 평가 없이 가지급금 잔액에 맞췄습니다. 2년 뒤 법인세 조사에서 보상금 전액이 손금에서 빠지고 H씨에게 상여로 처분되었으며, H씨는 근로소득세까지 내야 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

직무발명보상금은 어떤 경우에 비과세되나요?

재직 중인 종업원이나 임원이 회사에서 받는 직무발명보상금은 근로소득이고, 그 가운데 연 700만원 이하만 비과세됩니다. 2024. 2. 29. 시행령 개정 전에는 연 500만원이었습니다. 퇴직한 뒤 받는 직무발명보상금은 기타소득으로 구분되고, 같은 해 재직 중 비과세받은 보상금과 합해 연 700만원까지 비과세됩니다.

2023. 12. 31. 소득세법 개정으로 2024. 1. 1. 이후 지급받는 분부터는 보상금을 지급한 사용자와 특수관계에 있는 사람이 받는 보상금은 비과세에서 빠졌습니다. 사용자가 법인이면 특수관계자는 지배주주등과 그 친족, 경영지배관계에 있는 사람입니다. 지배주주등은 지분 1% 이상을 가진 주주로서 특수관계인과 합한 지분이 가장 많은 주주를 말하므로, 회사의 최대주주인 대표이사와 그 가족은 대부분 여기에 해당합니다.

결국 지배주주인 대표가 받는 직무발명보상금은 700만원도 비과세되지 않고 전액이 근로소득으로 다른 급여와 합산되어 과세됩니다. 가지급금을 갚을 만큼 큰 보상금을 받으면 최고 세율 구간에 걸리기 쉬워서, 보상금 대신 상여나 배당으로 받는 경우와 비교했을 때 세 부담이 기대만큼 줄지 않을 수 있습니다.

회사는 직무발명보상금을 비용으로 처리할 수 있나요?

회사가 지급한 직무발명보상금은 사업과 관련해 지출된 통상적인 비용이어야 손금이 됩니다. 발명진흥법은 종업원이 직무발명의 권리를 회사에 승계하면 정당한 보상을 받을 권리를 갖는다고 정하고, 회사가 보상 기준과 지급 방법을 담은 보상규정을 만들어 서면으로 알리고 종업원과 협의하며 구체적 보상액을 서면으로 통지하도록 정합니다. 이 절차를 거쳐 보상했다면 정당한 보상으로 보지만, 보상액이 그 발명으로 회사가 얻을 이익과 공헌도를 고려하지 않았다면 그렇지 않습니다.

세무조사에서는 이 요건을 거꾸로 확인합니다. 대표가 실제로 발명에 기여했는지, 발명이 대표의 직무에 속하고 회사 업무 범위에 있는지, 보상규정이 지급 전에 있었는지, 보상액이 발명으로 생긴 매출과 기여도에 근거해 계산되었는지를 봅니다. 지배주주인 임원에게 같은 직위의 다른 임원보다 정당한 사유 없이 많은 보수를 주면 그 초과액은 손금에 들어가지 않는다는 규정도 함께 검토됩니다.

조세심판원은 어떤 경우에 손금을 부인했나요?

조세심판원은 대표이사에게 지급한 직무발명보상금의 손금 부인을 여러 차례 정당하다고 보았습니다. 2020. 3. 27. 결정에서는 회사가 자체 제정한 보상규정이 특허 등록과 로열티 산정 용역 이후 소급해 작성된 것으로 보이고 이사회 결의 내용과 실제 지급액이 맞지 않아 지급 근거 규정 없이 지급한 것으로 보아, 보상금을 부당행위계산으로 손금불산입하고 대표에게 상여로 처분한 처분을 유지했습니다. 이 사건은 지방국세청의 세무서 정기업무감사 때 서면 소명을 요구받은 것이 계기였습니다.

2024. 12. 17. 결정에서도 대표이사에게 지급한 직무발명보상금이 발명진흥법상 절차를 거치지 않았다는 이유로 전액 손금불산입하고 연구·인력개발비 세액공제를 배제한 처분을 유지했습니다. 반면 2021. 4. 5. 결정은 외부 감정평가와 직무발명심의위원회 의결을 거쳐 전 대표에게 보상금을 지급한 사안에서, 전 대표가 발명에 전혀 관여하지 않았다고 보기 어렵다는 점을 들어 발명자 보상률과 기여도, 매출 기여도를 다시 조사해 적정 보상액을 산정하라고 결정했습니다.

세 결정을 나란히 보면 갈림길이 보입니다. 보상규정을 미리 갖추고 외부 평가와 내부 심의를 거쳐 기여도를 계산했다면 금액을 다툴 여지가 남지만, 절차 없이 가지급금 잔액에 맞춰 보상액을 정했다면 전액 부인될 가능성이 큽니다.

손금이 부인되면 대표에게는 어떤 세금이 생기나요?

손금이 부인된 보상금은 회사 소득에 다시 더해지고, 그 돈이 대표에게 나갔으므로 대표에 대한 상여로 처분됩니다. 대표는 그 금액을 근로소득으로 다시 신고해야 하고, 회사는 원천징수 의무를 지게 됩니다. 이미 근로소득으로 신고했다면 소득 구분이 같아 추가 세금이 크지 않을 수 있지만, 비과세로 신고했거나 다른 소득으로 처리했다면 차이가 커집니다.

더 큰 문제는 가지급금이 원래대로 남는다는 점입니다. 보상금 지급과 가지급금 상환이 하나의 거래로 부인되면, 조사 대상 기간 동안 가지급금이 계속 있었던 것으로 보아 인정이자와 지급이자 손금불산입을 다시 계산할 수 있습니다. 회사 입장에서는 보상금 손금 부인, 인정이자 익금산입, 가산세가 한꺼번에 나올 수 있습니다.

가지급금은 원래 어떤 세금 문제를 만드나요?

회사가 업무와 관계없이 대표에게 돈을 빌려주고 시가보다 낮은 이자를 받으면 부당행위계산이 됩니다. 이때 시가 이자율은 회사의 가중평균차입이자율이 원칙이고, 적용할 수 없거나 회사가 선택하면 당좌대출이자율 연 4.6%를 씁니다. 시가 이자와 실제 받은 이자의 차이는 회사의 익금이 되고 대표에 대한 상여로 처분됩니다. 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 적용합니다.

회사가 차입금이 있으면 업무무관 가지급금에 해당하는 만큼의 지급이자도 손금에서 빠집니다. 가지급금 이자를 발생한 사업연도 종료일부터 1년 안에 회수하지 않으면 그 이자를 익금에 넣고, 대표가 퇴임하는 등 특수관계가 끝날 때까지 원금을 회수하지 않으면 원금도 익금에 넣어 대표 상여로 처분합니다. 가지급금이 오래될수록 세금 부담이 쌓이는 구조여서 정리 방법을 찾게 되는 것입니다. 다른 정리 방법으로는 대표의 급여나 상여를 늘려 갚는 방법, 배당을 받아 갚는 방법, 대표 개인 자산을 처분해 갚는 방법이 있고, 각각 소득세와 법인세 효과가 다르므로 함께 계산해 보는 것이 좋습니다.

가지급금 상여처분 자체를 다투는 방법은 기존 가이드 「법인 가지급금이 대표이사 상여로 처분됐는데 다툴 수 있나요?」에서 다룹니다.

직무발명보상금 지급은 어떻게 세무조사로 이어지나요?

이 구조는 회사와 대표의 신고서에 동시에 흔적을 남깁니다. 법인세 신고서에는 큰 금액의 보상금 비용과 가지급금 감소, 인정이자 조정 내역의 변화가 나타나고, 대표의 근로소득 지급명세서에는 보상금이 비과세나 과세 소득으로 찍힙니다. 연구·인력개발비 세액공제를 함께 신청했다면 그 내역도 검토 대상이 됩니다. 신고자료에서 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 보이면 비정기 조사 사유가 됩니다. 특히 회사가 법인세 신고 때 작성하는 가지급금 인정이자 조정 내역에는 가지급금 잔액과 적용 이자율이 나타나므로, 큰 잔액이 한 해에 갑자기 사라지면 그 이유가 무엇인지 같은 해 손익계산서의 비용 항목과 함께 보게 됩니다. 대표의 근로소득 지급명세서에 같은 금액이 비과세로 신고되어 있다면 2024년 이후 기준으로는 그 자체가 오류로 보입니다.

앞의 심판 사례처럼 처음에는 서면 해명이나 업무감사 과정의 소명 요구로 시작해 법인세 부분조사로 이어지는 경우도 있습니다. 해명 통지를 받은 뒤 수정신고하면 과소신고 가산세 감면을 받지 못하므로, 보상금 처리에 문제가 있다고 판단되면 해명 요청 전에 바로잡는 것이 낫습니다.

실행하기 전에 무엇을 확인해야 하나요?

직무발명보상금을 지급하려면 발명이 먼저 있어야 합니다. 대표가 특허 출원서에 발명자로 올라 있는지, 아이디어 제공이나 관리를 넘어 기술적 사상의 창작에 실질적으로 기여했는지, 그 발명이 회사 업무 범위에 속하는지를 자료로 확인합니다. 권리 승계 계약서, 연구 노트, 개발 회의록이 발명의 실체를 보여 주는 자료입니다.

다음은 절차와 금액입니다. 보상규정을 지급 전에 만들어 서면으로 알리고 협의 기록을 남기며, 보상액은 그 발명으로 회사가 얻은 매출이나 이익, 발명자 기여도를 근거로 외부 평가나 내부 심의를 거쳐 정합니다. 보상액을 가지급금 잔액에 맞추는 방식은 피해야 합니다. 실무적으로는 직무발명 신고서, 권리 승계 통지서, 직무발명심의위원회 회의록, 보상액 산정표, 이사회 의사록, 보상금 지급 계좌 내역을 날짜 순서대로 묶어 두면 조사에서 거래 순서를 설명하기 쉽습니다. 이 서류들의 작성일이 서로 앞뒤가 맞지 않으면 그 자체가 소급 작성의 정황으로 읽힐 수 있으니, 날짜를 나중에 맞추려 해서는 안 됩니다. 마지막으로 지배주주인 대표는 비과세가 적용되지 않으므로 근로소득으로 원천징수하고, 같은 금액을 상여나 배당으로 받는 경우와 세 부담을 비교한 뒤 결정합니다.

직무발명보상금 가지급금 정리 대응 순서

• 비과세 여부 확인 - 대표와 가족이 지배주주등이나 그 특수관계인에 해당하는지 확인합니다. 해당하면 보상금 전액이 근로소득입니다.
• 발명 실체 점검 - 특허 출원서의 발명자, 권리 승계 계약, 개발 기록으로 대표의 실제 기여를 확인합니다. 기록이 없으면 이 방식은 맞지 않습니다.
• 절차·금액 근거 마련 - 보상규정의 제정일과 통지·협의 기록, 외부 평가나 심의 자료로 보상액 산정 근거를 갖춥니다.
• 대안 비교 - 상여, 배당, 개인 자산 처분 등 다른 가지급금 정리 방법과 세 부담을 비교합니다. 인정이자와 상여처분 위험도 함께 계산합니다.
• 이미 지급했다면 점검 - 비과세 신고나 손금 처리에 문제가 있으면 해명 요청 전에 수정신고를 검토하고, 관련 서류 원본을 정리해 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보상액의 적정성과 손금 인정 범위는 발명의 내용과 매출 기여, 회사 규정과 절차 기록을 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 조사 대응과 소득처분 관련 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대표이사도 직무발명보상금 비과세를 받을 수 있나요?
  2024. 1. 1. 이후에는 보상금을 준 법인의 지배주주등과 그 친족, 경영지배관계에 있는 사람이 받는 직무발명보상금은 비과세에서 빠집니다. 지배주주가 아닌 대표이사라면 연 700만원 이하 비과세가 적용될 수 있으므로 지분 구조부터 확인하십시오.
• 비과세 한도는 얼마인가요?
  직무발명보상금 비과세 한도는 연 700만원이고, 2024. 2. 29. 시행령 개정 전에는 연 500만원이었습니다. 한도를 넘는 금액은 재직 중이면 근로소득, 퇴직 후면 기타소득으로 과세됩니다.
• 보상규정을 나중에 만들면 안 되나요?
  발명진흥법은 보상 기준을 담은 규정을 만들어 서면으로 알리고 협의하도록 정합니다. 조세심판원은 보상규정이 특허 등록 이후 소급해 작성된 것으로 보이고 이사회 결의와 지급액이 맞지 않은 사안에서 손금 부인과 대표 상여처분을 유지했습니다.
• 가지급금 인정이자는 몇 %로 계산하나요?
  회사의 가중평균차입이자율이 원칙이고, 이를 적용할 수 없는 경우나 회사가 신고 때 선택한 경우에는 당좌대출이자율 연 4.6%를 씁니다. 당좌대출이자율을 선택하면 그 사업연도와 이후 2개 사업연도에 계속 적용합니다.
• 가지급금을 갚지 않고 대표가 퇴임하면 어떻게 되나요?
  특수관계가 끝날 때까지 회수하지 않은 가지급금과 그 이자는 정당한 사유가 없으면 회사의 익금이 되고 대표에 대한 상여로 처분될 수 있습니다. 퇴임이나 지분 매각 전에 정리 계획을 세워야 합니다.
• 손금이 부인되면 대표는 무엇을 하나요?
  회사가 소득금액변동통지를 받으면 대표는 상여로 처분된 금액을 근로소득으로 추가 신고·납부해야 합니다. 처분 자체를 다툴지, 금액만 다툴지는 보상 절차와 산정 근거 자료를 보고 정합니다.
• 실제로 발명한 대표라면 보상금을 받아도 되나요?
  실제 발명자이고 권리를 회사에 승계했다면 발명진흥법상 정당한 보상을 받을 권리가 있습니다. 조세심판원도 외부 평가와 심의를 거친 사안에서는 기여도와 매출 기여도를 다시 조사해 적정 보상액을 산정하라고 결정한 사례가 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 세무조사 대상자는 어떻게 선정되나요? 정기선정·비정기선정과 국세청 분석 과정
• 자녀 법인을 세우라는 세무 컨설팅, 세무조사 대상 선정에는 어떤 영향이 있나요?
• 세무조사 범위는 어떤 경우에 다른 연도·다른 세목으로 넓어지나요? 실제 사례로 보는 확대 요건
• 대표이사였던 아버지가 돌아가신 뒤 가지급금이 상여로 처분되면 상속인이 소득세를 내야 하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기