세무조사

세무조사 대상자는 어떻게 선정되나요? 정기선정·비정기선정과 국세청 분석 과정

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무조사 대상자는 국세기본법이 정한 정기선정 사유(성실도 분석, 장기 미조사, 무작위 표본)나 비정기선정 사유(신고 의무 불이행, 사실과 다른 거래 혐의, 구체적 탈세제보, 명백한 탈루 자료, 금품 제공)에 해당할 때만 선정됩니다. 실무에서는 신고자료와 각종 과세자료를 전산으로 대조한 뒤 지방국세청 분석팀이 혐의가 큰 순서로 좁혀 선정하고, 선정되지 않은 자료는 해명안내나 누적관리로 남습니다. 지금은 내 신고 내용과 국세청이 이미 가진 자료가 서로 맞는지부터 점검하는 것이 출발점입니다.

세무조사 대상 선정은 담당 공무원 한 사람의 판단으로 정해지지 않습니다. 법률에 선정 사유가 정해져 있고, 실무에서는 여러 단계의 전산 분석과 서면 검토, 상급 관서의 승인을 거칩니다. 이 과정을 알면 무엇을 조심해야 하는지도 분명해집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨의 아버지는 수십 년 보유한 상가 토지를 법인에 팔고 양도소득세를 신고했습니다. 1년쯤 지나 지방국세청에서 양도소득세 세무조사 사전통지서가 왔고, 얼마 뒤 A씨에게도 몇 해 전 산 건물의 취득자금에 관한 조사 통지가 왔습니다. A씨는 아버지 조사와 자신이 무슨 관계인지, 누가 제보를 한 것은 아닌지 궁금해했습니다. 상담에서 확인해 보니 매수 법인이 같은 시기 인근 토지를 훨씬 높은 단가에 산 기록, 매각대금 사용처가 드러나지 않는 점, 가족의 부동산 취득 시기가 겹치는 점이 함께 분석된 것으로 보였습니다. 제보가 없어도 이미 국세청에 들어와 있는 자료들끼리 맞춰 보는 것만으로 선정이 이루어질 수 있다는 점을 설명드렸습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무조사는 어떤 단계를 거쳐 시작되나요?

세무조사는 과세자료 수집, 전산분석과 심리분석, 조사대상 선정, 준비조사와 해명안내, 사전통지, 조사 착수의 순서로 진행됩니다. 앞의 세 단계는 납세자가 알지 못하는 사이에 내부에서 진행되고, 납세자가 처음 접하는 것은 대개 해명자료 제출 안내문이나 사전통지서입니다. 국세청은 양도소득세, 상속세·증여세, 자금출처, 주식변동 조사마다 이 순서를 따로 정해 두고 있습니다. 이 절차 구성은 추후 변동될 수 있습니다.

이 시리즈는 단계별로 글을 나누었습니다. 양도소득세 신고 뒤 세무서가 대조하는 항목은 「양도소득세 신고 뒤 세무조사 대상이 되는 경우, 세무서가 대조하는 항목은?」에서, 해명안내를 받은 뒤의 흐름은 「양도세 해명자료 제출 안내문을 받았는데 내지 않으면 세무조사로 넘어가나요?」에서 다룹니다. 상속세 신고 뒤 분류는 「상속세 신고하면 모두 세무조사를 받나요?」, 증여세와 자금출처는 「증여세 조사 대상은 어떻게 정해지나요?」와 「자금출처조사 대상자는 어떻게 선정되나요?」, 비상장주식 변동은 「주식등변동상황명세서를 내면 국세청은 무엇을 분석하나요?」에서 이어집니다.

정기선정과 비정기선정은 무엇이 다른가요?

정기선정은 특별한 혐의가 없어도 일정한 기준에 따라 대상을 고르는 방식이고, 비정기선정은 법이 정한 구체적 혐의 사유가 있을 때만 하는 방식입니다. 국세기본법은 정기선정 사유를 세 가지로 정합니다. 국세청장이 신고 성실도를 정기적으로 분석해 불성실 혐의가 있다고 본 경우, 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 경우, 무작위추출 방식의 표본조사가 그것입니다.

비정기선정 사유는 다섯 가지입니다. 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서나 계산서 발급·제출, 지급명세서 제출 같은 납세협력의무를 이행하지 않은 경우, 무자료거래나 위장·가공거래처럼 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우, 구체적인 탈세 제보가 있는 경우, 신고 내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우입니다.

상속세와 증여세처럼 정부가 세액을 결정하는 세목은 별도로 결정을 위한 조사를 할 수 있습니다. 상속세 신고를 하면 결정을 위해 신고 내용을 확인하는 것이 원칙이라 양도소득세나 소득세와는 출발점이 다릅니다. 반대로 소규모 성실사업자는 정기선정 조사를 면제받을 수 있고, 법은 비정기선정 사유(제81조의6 제3항 각 호)에 해당하지 않으면 납세자가 성실하며 신고서가 진실한 것으로 추정합니다.

재산제세(양도소득세, 상속세, 증여세)는 실무상 대부분 비정기선정으로 이루어집니다. 양도소득세 사무처리규정도 조사대상자 선정을 비정기선정 방법에 따른다고 정하고, 세무서장이 선정할 때는 긴급조사 등을 빼고는 지방국세청장의 승인을 받도록 합니다.

국세청은 어떤 자료로 대상자를 골라내나요?

대상자 선정의 재료는 납세자 본인이 낸 신고서와, 국세청이 다른 경로로 모은 자료입니다. 국세청은 비정기선정 시 신고자료, 공시자료, 언론보도, 탈세제보 등을 최대한 수집·분석하고 탈세 혐의가 명백하고 상당한 경우에만 선정하라고 정합니다. 실제로 대조되는 자료는 등기부 기재가액과 부동산 거래 자료, 전 소유자와 매수인의 신고가액, 이자·배당 지급명세서, 신용카드 사용액, 해외 송금 내역, 주식등변동상황명세서, 증여세 신고 내역 등입니다. 이 선정 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

개별 납세자를 따로 분석해 선정하는 경로도 있습니다. 국세청은 특정인에 대한 탈세제보, 채택된 탈세정보, 검찰·경찰 등 외부기관의 고발이나 정보 제공, 감사 지적, 관련인 동시조사, 무신고, 부과제척기간 1년 이내 만료, 허위계약서·차명계좌·명의위장 정황 같은 사유를 열거합니다. 신고 담당 부서가 해명안내를 했는데 자료를 내지 않은 경우도 조사로 넘기는 기준 가운데 하나입니다. 이 선정 사유는 추후 변동될 수 있습니다.

금융정보분석원 정보는 실시간으로 국세청에 넘어오지 않습니다. 국세청 기준으로는 심리분석 단계부터 요청할 수 있지만, 요청한 뒤 국내 정보는 평균 2주, 외국 정보는 1~3개월이 지나야 회신됩니다. 금융정보 경로는 다른 시리즈 글에서 자세히 다룹니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

지방청 분석팀은 어떤 순서로 대상자를 좁히나요?

국세청은 양도소득세와 자금출처 조사에서 지방국세청 분석전담팀이 자산별·탈루유형별로 여러 납세자를 한꺼번에 분석해 대상자를 고르도록 합니다. 순서는 네 단계입니다. 먼저 분석할 탈루유형과 과세기간을 정하고, 해당 유형의 모집단을 뽑습니다. 그다음 이미 조사받은 사람과 분석 제외 기준에 해당하는 사람을 뺍니다. 남은 사람 가운데 선정 예상 건수의 2~3배 이상을 정밀분석하고, 탈루 혐의가 큰 순서로 최종 선정합니다. 이 선정 절차는 추후 변동될 수 있습니다.

정밀분석에서는 혐의 금액을 숫자로 계산합니다. 양도소득세라면 같은 지역 유사 부동산 매매사례로 추정한 양도가액에서 신고 양도가액을 뺀 금액, 신고한 필요경비에서 세금계산서·현금영수증 같은 적격증빙이 있는 금액을 뺀 금액이 대표적입니다. 자금출처라면 재산 취득과 부채 상환, 카드 사용 같은 자금 운용액에서 신고 소득, 재산 처분, 신고된 증여 같은 자금 원천액을 뺀 부족액을 봅니다.

선정할 때는 대상자마다 조사대상 선정 검토표와 분석보고서를 만듭니다. 분석보고서의 조사할 사항은 혐의 항목별로 과세연도, 거래 상대방, 거래 형태, 금액 산정 근거를 적도록 되어 있고, 이 서류는 10년간 보관됩니다. 세무서가 선정하면 지방국세청 승인을 받아야 하고, 국세청 기준으로는 양도소득세는 승인일부터 6개월 안에, 자금출처와 주식변동은 선정일부터 1년 안에 조사를 시작하도록 계획을 세웁니다. 이 기간은 추후 변동될 수 있습니다.

선정되지 않으면 그 자료는 어떻게 처리되나요?

분석 대상이 되었다고 모두 조사로 가지는 않습니다. 국세청 기준으로 자금출처와 주식변동 분석 결과는 조사선정, 누적관리, 선정제외의 세 갈래로 나뉩니다. 누적관리는 혐의 금액이 작거나 다음 변동과 함께 보는 편이 효율적인 경우에 붙는 분류로, 이후 재산이나 주식 변동이 생기면 다시 꺼내 검토합니다. 이 분류 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

양도소득세는 조사 실익이 없으면 신고 담당 부서로 넘겨 과세자료로 처리합니다. 이때 납세자는 해명자료 제출 안내문을 받습니다. 양도소득세 사무처리규정은 해명자료를 내면 30일 안에 검토 결과를 알려 주도록 하고, 해명에 응하지 않으면 현장확인을 거쳐 처리하거나 조사대상으로 선정할 수 있다고 정합니다.

현장확인은 세무조사로 보지 않습니다. 현장확인 결과 통지에도 국세기본법상 선정 사유에 해당하면 같은 내용으로 세무조사를 할 수 있다는 문구가 들어갑니다. 다만 현장확인이라는 이름으로 사업장에서 상당 기간 질문하고 장부를 검사했다면 대법원은 그것을 세무조사로 보았습니다.

선정 뒤 사전통지까지 무엇이 진행되나요?

선정이 끝나면 조사팀은 준비조사로 신고서와 첨부서류, 부동산 거래 내역, 거래 당시 시세 등을 분석해 중점 조사 항목을 정합니다. 국세청은 조사 대상 과세기간에 처리되지 않은 과세자료를 조사로 넘겨받아 사전통지와 함께 또는 조사 착수 5일 전까지 해명안내를 보내도록 합니다. 사전통지서와 함께 온 해명안내문에 적힌 자료가 곧 중점 조사 항목이라는 뜻입니다. 이 기한은 추후 변동될 수 있습니다.

세무조사 사전통지서는 조사 시작 20일 전까지 보내야 합니다. 2025. 1. 1. 이후 통지분부터 15일에서 20일로 늘었고, 불복 재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전입니다. 통지서에는 조사대상 세목, 과세기간, 조사기간, 조사 사유가 적힙니다. 증거인멸 우려 등으로 사전통지를 생략하는 경우에는 조사 시작 때 생략 사유를 적은 세무조사 통지서를 받습니다.

선정된 뒤에는 철회가 쉽지 않습니다. 국세청은 명백한 중복조사나 전산상 선정 오류 같은 경우를 빼고는 관서 사정에 따른 선정 철회를 허용하지 않습니다. 같은 세목과 같은 과세기간을 다시 조사하는 것은 법이 정한 예외가 있어야만 가능하고, 납세자가 종전 사전통지서를 제시하며 중복조사를 주장하면 확인될 때까지 조사를 일시 중지하도록 되어 있습니다. 세무조사결정 자체도 항고소송으로 다툴 수 있습니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

조사대상으로 선정되지 않으려면 무엇을 지켜야 하나요?

선정 단계에서 실제로 작동하는 것은 숫자 대조이므로, 신고 내용과 국세청이 가진 자료가 서로 맞으면 혐의 금액 자체가 생기지 않습니다. 계약서 금액과 실제 대금이 같고, 그 대금이 계좌로 오가며, 필요경비마다 적격증빙이 있고, 가족 간 자금 이동은 증여세 신고나 차용 서류로 설명되는 상태가 가장 확실한 예방입니다. 거래 형식만 바꾸는 방법은 오히려 다른 자료와 어긋나는 지점을 늘립니다.

해명안내를 받으면 기한 안에 문제 된 항목 전체를 점검해 근거를 냅니다. 기한을 넘기거나 일부만 정리하면 그 자체가 조사로 넘어가는 기준이 될 수 있습니다. 신고 단계에서 오류를 발견했다면 해명안내나 조사 통지 전에 수정신고하는 편이 가산세와 이후 절차 모두에서 부담이 적습니다. 선정을 피하는 요령은 따로 없고, 신고와 기록을 일치시키는 것이 가장 현실적인 방법입니다.

세무조사 선정 단계 대응 순서

• 받은 문서 확인 - 해명안내문인지, 신고내용 확인 안내인지, 세무조사 사전통지서인지 구분합니다. 문서 이름과 근거 조문, 세목과 과세기간을 표로 정리합니다.
• 국세청 보유 자료와 대조 - 등기부, 계약서, 계좌 내역, 지급명세서, 증여세 신고서를 신고 내용과 맞춰 봅니다. 어긋나는 항목이 혐의 항목일 가능성이 큽니다.
• 해명 범위 결정 - 문제 된 거래 전체를 한 번에 점검하고, 수정신고가 필요한 부분과 설명으로 충분한 부분을 나눕니다. 제출한 자료 사본과 제출일을 기록합니다.
• 사전통지 후 일정 관리 - 20일 안에 준비 자료를 정리하고, 연기 사유가 있으면 연기신청을 검토합니다. 종전 조사 이력이 있으면 사전통지서와 결과통지서를 찾아 둡니다.
• 조사 착수 시 확인 - 오리엔테이션에서 선정 사유와 조사 범위, 기간을 묻고 기록합니다. 범위를 벗어난 요구는 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청할 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 선정 사유와 분석 내용은 사안마다 다르므로 받은 통지서와 신고 자료를 함께 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 사전 단계의 소명과 조사 대응, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사 선정 기준은 공개되나요?
  국세청 훈령은 국세청장이 세무조사 운용 방향과 선정 기준을 합리적인 수준에서 공개하도록 정하지만, 장기 미조사자 기준 같은 구체 수치는 내부 기준이라 공개되지 않습니다. 법률에 정한 정기·비정기 사유는 누구나 확인할 수 있으므로 통지서의 선정 사유가 그중 어디에 해당하는지부터 보면 됩니다.
• 4년 동안 조사를 안 받으면 무조건 조사를 받나요?
  아니요. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 조사를 받지 않은 경우는 정기선정 사유 가운데 하나일 뿐이고, 업종과 규모 등을 고려한 국세청장 기준에 따라 일부만 선정됩니다. 소규모 성실사업자는 정기선정 조사를 면제받을 수도 있습니다.
• 사전통지서에 적힌 조사 사유가 너무 짧은데 정상인가요?
  통지서에는 조사 사유와 법적 근거를 구체적으로 적도록 되어 있습니다. 사유가 법조문 번호만 있다면 오리엔테이션이나 조사 착수 때 선정 사유를 설명해 달라고 요청하고 그 답변을 기록해 두십시오. 탈세제보에 따른 조사는 제보자 보호를 위해 명백한 탈루 자료 사유로 적히기도 합니다.
• 현장확인을 받았는데 이것도 세무조사인가요?
  현장확인은 원칙적으로 세무조사가 아니며, 이후 선정 사유가 있으면 같은 내용으로 세무조사를 받을 수 있습니다. 다만 실질적으로 세액 결정을 위해 사업장에서 상당 기간 질문하고 장부를 검사했다면 세무조사로 평가될 수 있으므로 방문 일시와 요구 자료를 기록해 두는 것이 좋습니다.
• 선정된 뒤 세무서에 사정하면 철회되나요?
  선정 철회는 명백한 중복조사나 전산상 선정 오류처럼 제한된 경우에만 인정되는 것이 실무 기준입니다. 연기 사유가 있으면 연기신청을, 중복조사라고 보면 종전 통지서를 근거로 중복 여부 검토를 요청하는 것이 현실적인 방법입니다.
• 세무조사결정 자체를 소송으로 다툴 수 있나요?
  네. 대법원은 세무조사결정이 납세의무자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 공권력 행사로서 항고소송의 대상이 된다고 보았습니다. 실무에서는 조사 착수 전후 납세자보호담당관에 대한 권리보호요청을 먼저 검토하는 경우가 많습니다.
• 가족이 조사를 받으면 저도 함께 조사받나요?
  주조사대상자와 거래가 있거나 특수관계에 있는 관련인은 선정 사유와 관련성이 있을 때 동시조사 대상이 될 수 있고, 이때도 별도의 선정 검토와 지방국세청 승인을 거칩니다. 단순히 가족이라는 이유만으로 선정하지 않도록 되어 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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