감면·공제

동업 병원을 혼자 운영하게 되면 고용 세액공제의 직전연도 근로자 수는 어떻게 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 공동사업장이 지분 승계로 단독사업장이 됐다면 사업의 양수가 있었던 경우로 보아, 탈퇴한 공동사업자 몫의 매월 말 상시근로자도 단독사업장에서 일한 것으로 간주해 직전 과세연도와 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산합니다. 국세청은 2025년 4월 9일 회신(기준-2024-법규소득-0121)에서 이를 시행령의 승계 계산 규정으로 풀었습니다. 지금은 공동사업장 시절 매월 말 근로자 명단과 지분 승계 계약서를 확인해 두십시오.

단독사업장이 된 해를 새로 창업한 것처럼 직전연도 근로자 수를 0명으로 놓고 공제액을 크게 잡을 필요도, 반대로 공동사업장 시절 근로자가 모두 사라진 것처럼 셀 필요도 없습니다. 공동사업장 시절 근로자는 그대로 이어서 셉니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년 3월 동료 의사와 지분 50 대 50으로 병원을 함께 열어 간호사와 직원 8명을 고용했습니다. 2024년 5월 동료가 그만두면서 A씨가 지분을 모두 넘겨받아 같은 자리에서 단독으로 병원을 계속 운영했고, 그해 말까지 직원을 11명으로 늘렸습니다. 2025년 5월 종합소득세 신고를 준비하면서 세무대리인은 단독사업장이 2024년에 새로 생긴 것이니 직전연도 상시근로자 수를 0명으로 보고 11명 전부를 증가 인원으로 계산해도 되는지, 아니면 공동사업장 시절 8명을 직전연도 인원으로 봐야 하는지 판단하지 못했습니다. A씨는 어느 쪽이 맞는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 공동사업장의 단독 전환을 어떻게 해석했나요?

공동사업자 간 지분 승계로 공동사업장이 단독사업장이 된 경우에는 사업의 양수가 있었던 경우의 상시근로자 수 계산 규정을 적용해, 탈퇴한 공동사업자의 매월 말 상시근로자를 단독사업장에서 근무한 것으로 간주하여 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산한다고 해석했습니다. 국세청은 기준-2024-법규소득-0121(2025. 4. 9.) 회신에서, 공동사업장은 소득세법상 1거주자로 보아 소득금액을 계산하므로 공동사업자 한 사람이 지분을 모두 넘겨받아 단독사업장이 되면 승계한 기업에 해당한다고 보았습니다. 질의인은 합병한 경우의 계산 방법에 관한 기획재정부 해석(조세특례제도과-30, 2024. 1. 15.)이 공동사업자 탈퇴로 고용을 승계한 단독사업장에도 적용되어야 한다며 경정청구를 했고, 국세청은 탈퇴한 공동사업자의 매월 말 상시근로자를 단독사업장 근무로 간주하는 방식으로 답했습니다. 이 회신은 지분 전부를 한 사람이 승계해 같은 사업장을 계속 운영한 사실관계를 전제로 하므로, 공동사업을 폐업하고 다른 곳에서 새로 개업했다면 결론이 달라질 수 있습니다.

승계한 경우 상시근로자 수는 어떻게 계산하나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」은 해당 과세연도에 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등으로 종전 사업부문에서 일하던 상시근로자를 승계한 경우, 승계한 기업의 직전 과세연도 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하고, 해당 과세연도 상시근로자 수는 과세연도 개시일에 승계한 것으로 보아 계산한다고 정합니다. 상시근로자 수는 매월 말 현재 상시근로자 수의 합을 과세연도의 개월 수로 나눈 수이고, 100분의 1 미만은 버립니다.

• 직전 과세연도 - 공동사업장 시절 매월 말 상시근로자를 그대로 단독사업장의 직전연도 인원으로 셉니다. 0명이 아닙니다.
• 해당 과세연도 - 과세연도 첫날부터 승계한 것으로 보므로 지분 승계일 전후를 나누지 않고 1월부터 12월까지 매월 말 인원을 셉니다.
• 제외되는 사람 - 근로계약기간 1년 미만, 월 소정근로시간 60시간 미만 단시간근로자, 대표자와 배우자·직계존비속·친족, 원천징수와 4대보험 납부 사실이 확인되지 않는 사람은 상시근로자에서 뺍니다.
• 공동사업장의 성격 - 공동사업장은 1거주자로 보아 소득금액을 계산하므로 세액공제도 사업장 단위로 따집니다.

회신 이후 고용 세액공제 제도에서 무엇이 바뀌었나요?

회신이 다룬 고용증대세액공제는 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지만 적용되고, 그 뒤에는 통합고용세액공제가 적용됩니다. 통합고용세액공제도 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 늘어난 인원은 직전 과세연도보다 늘어난 인원에 공제하고 2년간 사후관리를 받는 종전 규정에 따르고, 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지는 바뀐 규정이 적용됩니다. 바뀐 규정은 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 1개 이상 과세연도보다 늘었는지로 판단하고, 중소기업의 청년등상시근로자는 직전 과세연도 대비 증가 인원 1명당 700만원(수도권 밖 1,000만원), 그 밖의 상시근로자는 400만원(수도권 밖 700만원)을 기본으로 전전·전전전 과세연도 대비 증가분에 더 큰 금액을 더해 공제합니다. 승계한 경우의 상시근로자 수 계산은 통합고용세액공제 시행령이 종전 규정을 그대로 준용하므로 이 회신의 결론은 지금도 같습니다.

고용증대세액공제를 받은 뒤 2년 안에 상시근로자 수가 줄면 공제받은 세액을 다시 내야 하는 사후관리는 2024년 이전 공제분에 대해 계속 적용됩니다. 단독 전환 뒤 직원이 줄었다면 공동사업장 시절을 포함한 인원으로 감소 여부를 따지게 됩니다.

공동사업장 단독 전환 고용 세액공제 대응 순서

• 승계 자료 정리 - 지분 양도 계약서, 사업자등록 정정 내역, 공동사업장 시절 근로소득원천징수부와 4대보험 가입 명부를 모읍니다.
• 매월 말 인원 표 작성 - 공동사업장 기간과 단독사업장 기간을 이어 붙여 직전연도와 해당연도의 매월 말 상시근로자 수를 세고 제외 대상을 뺍니다.
• 공제액 계산 - 청년등상시근로자와 그 밖의 상시근로자를 나눠 증가 인원에 공제액을 곱합니다.
• 신고서 제출 - 5월 확정신고 때 세액공제신청서·공제세액계산서·상시근로자 명세서를 냅니다.
• 경정청구·불복 - 이미 0명 기준이나 전부 감소 기준으로 신고했다면 5년 안에 경정청구하고, 거부되면 90일 안에 심판청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지분 일부만 넘겨받았거나 공동사업자가 친족이었다면 지분 계약서와 특수관계 여부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 고용 관련 세액공제의 부인과 추징을 둘러싼 종합소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 단독사업장이 되면 직전연도 근로자 수가 0명인가요?
  아닙니다. 국세청은 기준-2024-법규소득-0121(2025. 4. 9.) 회신에서 공동사업장이 지분 승계로 단독사업장이 되면 사업의 양수 규정을 적용해 탈퇴한 공동사업자 몫의 매월 말 상시근로자도 단독사업장에서 근무한 것으로 본다고 했습니다. 공동사업장 시절 인원이 직전연도 인원이 됩니다.
• 지분 승계일 전후를 나눠서 세나요?
  나누지 않습니다. 승계한 기업의 해당 과세연도 상시근로자 수는 과세연도 개시일에 승계한 것으로 보아 계산하므로 1월부터 12월까지 매월 말 인원을 그대로 셉니다. 직전 과세연도는 직전연도 인원에 승계한 인원을 더하는 방식이고, 회신은 이를 탈퇴자 몫까지 포함해 그대로 이어 세는 것으로 풀었습니다.
• 상시근로자에서 빠지는 사람은 누구인가요?
  근로계약기간이 1년 미만인 근로자, 월 소정근로시간 60시간 미만 단시간근로자, 임원, 대표자와 그 배우자, 대표자의 직계존비속과 친족, 근로소득세 원천징수와 국민연금·건강보험 납부 사실이 확인되지 않는 사람은 제외합니다. 월 60시간 이상 단시간근로자는 0.5명으로 셉니다.
• 지금은 어떤 세액공제가 적용되나요?
  고용증대세액공제는 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 적용되고, 그 뒤에는 통합고용세액공제가 적용됩니다. 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 늘어난 인원은 직전 과세연도 대비로 공제하고 사후관리하는 종전 규정을, 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 직전 3개 과세연도 중 1개 이상보다 상시근로자가 늘었는지로 판단하는 바뀐 규정을 따르며, 승계 시 인원 계산은 종전 규정을 준용합니다.
• 단독 전환 뒤 직원이 줄면 추징되나요?
  고용증대세액공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 과세연도까지 전체 상시근로자 수가 처음 공제받은 해보다 줄면 그 해부터 공제를 적용하지 않고 공제받은 세액을 납부해야 합니다. 공동사업장 시절 인원을 포함해 비교하므로 단독 전환 자체로 감소가 되는 것은 아닙니다.
• 세액공제는 언제 어떻게 신청하나요?
  종합소득세 확정신고 기한인 다음 해 5월 31일까지 과세표준신고서와 함께 세액공제신청서, 공제세액계산서, 상시근로자 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 신청서를 내지 않으면 공제가 적용되지 않으므로 공동사업장 시절 자료를 미리 정리해 둡니다.
• 잘못 계산해 신고했으면 바로잡을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서장에게 경정청구를 하면 됩니다. 세무서장은 2개월 안에 경정하거나 거부 이유를 통지해야 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 경정청구서에 매월 말 인원 표와 지분 승계 자료를 붙입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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