세금

ERP로 발급한 전자세금계산서가 국세청에 전송되지 않았다면 가산세는 누가 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

ERP나 발급대행 시스템을 거쳐 발급한 전자세금계산서가 전송되지 않았다면 가산세는 발급한 사업자가 냅니다. 시스템 운영사는 부가가치세법상 전송 의무자가 아니기 때문입니다. 다만 운영사의 잘못으로 생긴 손해는 계약에 따라 운영사에 물을 수 있습니다. 매입자의 매입세액공제는 발급 사실이 확인되면 유지됩니다.

ERP나 발급대행 시스템을 거쳐 발급한 전자세금계산서가 전송되지 않았다면 가산세는 발급한 사업자가 냅니다. 시스템 운영사는 부가가치세법상 전송 의무자가 아니기 때문입니다. 다만 운영사의 잘못으로 생긴 손해는 계약에 따라 운영사에 물을 수 있습니다. 매입자의 매입세액공제는 발급 사실이 확인되면 유지됩니다.

시스템 회사 잘못인데도 왜 발급한 회사가 가산세를 내나요?

전자세금계산서 발급명세를 국세청에 전송할 의무는 전자세금계산서를 발급한 사업자에게 있습니다. 법은 발급일 다음 날까지 발급명세를 전송하라고 정합니다. 이를 어기면 그 사업자에게 가산세를 매깁니다. ERP 설비나 발급대행 시스템은 발급과 전송을 위한 수단일 뿐입니다.

시스템 운영자는 국세청이나 세무서에 미리 등록해야 하는 사업자입니다. 하지만 등록했다고 해서 고객사의 전송 의무를 대신 지는 것은 아닙니다. 과세관청은 시스템 사정과 관계없이 발급 사업자에게 가산세를 고지합니다.

거래처가 역발행해 준 경우도 같습니다. 조세심판원 2015. 11. 5. 조심 2015중3363 결정은 매입처가 역발행한 세금계산서 일부가 전송되지 않은 사안입니다. 심판원은 전송 책임이 공급자인 청구법인에게 있고, 전송 여부를 확인하지 않은 책임도 청구법인에게 있다고 보았습니다. 이 결정은 2010년 당시 법령에 따라 합계표 가산세를 다룬 사안이지만, 전송 책임의 귀속은 지금도 같은 구조입니다.

전송 누락 가산세는 얼마이고 한도가 있나요?

전송기한이 지난 뒤 확정신고기한까지 전송하면 공급가액의 0.3%, 확정신고기한까지도 전송하지 않으면 0.5%입니다. 예를 들어 시스템 오류로 한 과세기간 동안 공급가액 20억원 분량이 전송되지 않았다고 해 보겠습니다. 확정신고기한 전에 발견해 전송하면 600만원, 끝내 전송하지 않으면 1,000만원입니다.

이 가산세에는 한도가 있습니다. 의무위반 종류별로 5,000만원, 중소기업이 아니면 1억원입니다. 대량 누락으로 금액이 커졌다면 한도 적용을 먼저 확인해야 합니다. 다만 고의로 위반했다면 한도가 적용되지 않습니다.

전송 가산세가 붙은 부분에는 매출처별 세금계산서합계표 가산세가 겹치지 않습니다. 예전 법령에서는 미전송분에 합계표 가산세를 매겼지만, 현행법은 전송 가산세 하나만 적용하도록 정하고 있습니다.

시스템 오류는 가산세를 면할 정당한 사유가 되나요?

경우에 따라 다릅니다. 가산세는 의무를 게을리한 데 대한 제재이므로, 의무를 다하지 못한 데 정당한 사유가 있으면 부과하지 않습니다. 다만 단순히 시스템을 믿고 확인하지 않았다는 사정만으로는 인정되기 어렵습니다. 앞의 결정도 전송 여부를 확인하지 않은 점을 들어 청구를 받아들이지 않았습니다.

반대로 사업자가 확인할 방법이 없었던 장애라면 정당한 사유로 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 다만 인증서를 받을 수 없어 전자 발급이 불가능했던 사정을 정당한 사유로 본 심판례가 있습니다(조세심판원 2014. 10. 23. 조심 2014구3515 결정). 시스템이 전송 완료로 표시했는데 실제로는 전송되지 않은 경우, 국세청 시스템 장애가 겹친 경우가 그 예입니다. 이런 경우 장애 발생 시각과 화면 기록, 운영사의 장애 공지와 원인 보고서가 핵심 자료입니다. 장애를 알게 된 뒤 얼마나 빨리 바로잡았는지도 함께 판단됩니다. 장애 사실을 안 날부터 전송을 마친 날까지의 경위를 날짜순으로 정리해 두어야 합니다.

실무에서는 국세청 조회 결과와 내부 발급 목록을 정기적으로 맞춰 보는 절차를 둡니다. 이것이 가장 확실한 예방책입니다. 이 확인 절차를 두고 있었다는 사실 자체가 정당한 사유를 주장할 때 도움이 됩니다.

시스템 회사에 가산세를 물어낼 수 있나요?

세법상으로는 발급 사업자가 내야 하지만, 그 손해를 시스템 운영사에 청구하는 것은 별개의 민사 문제입니다. 운영사가 계약에서 전송을 맡기로 했는데 오류로 전송하지 못했다면 계약 위반에 따른 손해배상을 검토할 수 있습니다.

다만 이용약관에 책임 제한 조항이 있는 경우가 많습니다. 배상 범위를 이용료 몇 개월분으로 제한하거나, 고객의 확인 의무를 정해 두는 식입니다. 대량 누락으로 가산세가 큰 경우에는 약관 조항의 효력과 운영사 과실을 함께 따져야 합니다.

매입자 쪽은 상대적으로 부담이 적습니다. 전송되지 않은 전자세금계산서라도 발급 사실이 확인되면 매입세액공제가 인정됩니다. 매입자는 수신 기록을 보관해 두면 됩니다. 공급자가 전송을 마치면 국세청 자료도 맞춰지므로 매입자에게 별도 소명 요청이 오는 일이 줄어듭니다.

전송 누락 대응 순서

• 누락 범위 확인 - 내부 발급 목록과 국세청 조회 자료를 대조해 미전송 건을 가려냅니다.
• 즉시 전송 - 확정신고기한 전이라면 바로 전송해 가산세율을 낮춥니다.
• 장애 기록 확보 - 시스템 로그, 장애 공지, 운영사 원인 보고서를 받아 둡니다.
• 가산세 검토 - 중복 적용과 한도, 정당한 사유 해당 여부를 확인합니다.
• 운영사와 정산 - 계약과 약관을 검토해 손해배상 청구 여부를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 누락 원인과 확인 절차, 운영사 계약 조건에 따라 가산세 감면 여부와 손해 회복 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 전자세금계산서 전송 누락 가산세의 불복과 시스템 운영사 상대 손해배상 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 역발행 세금계산서도 공급자가 전송 책임을 지나요?
  네, 역발행이라도 세금계산서를 발급한 사업자는 공급자이므로 전송 책임도 공급자에게 있습니다. 매입자가 시스템을 운영하더라도 공급자는 전송 여부를 직접 확인해야 합니다.
• 전송 누락을 세무조사 전에 스스로 고치면 어떻게 되나요?
  확정신고기한 전에 전송하면 0.3%로 줄어듭니다. 확정신고기한이 지난 뒤에는 전송하더라도 0.5% 미전송 가산세가 적용되는 구조이므로 기한 전 발견이 중요합니다.
• 시스템 운영사가 등록되지 않은 업체였다면 어떻게 되나요?
  대행 시스템은 미리 등록해야 하므로, 미등록 시스템 발급분은 전자적 방법의 요건을 못 갖춘 것으로 볼 수 있습니다. 등록은 운영사 의무일 뿐이라는 반론이 있으니 계약 전에 등록 여부를 확인하십시오.
• 전송 누락 때문에 매입자가 소명 요청을 받으면 어떻게 하나요?
  매입자는 받은 전자세금계산서 원본과 수신 기록, 대금 지급 내역을 내면 됩니다. 발급 사실이 확인되면 전송 누락만으로 공제가 부인되지 않습니다.
• 전송 가산세도 경정청구로 돌려받을 수 있나요?
  스스로 신고하며 낸 가산세라도 정당한 사유가 있었다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 돌려받을 여지가 있습니다. 장애 자료를 갖춰 청구해야 합니다.
• 여러 사업장에서 누락되면 한도는 사업장별인가요?
  한도는 의무 종류별로 과세기간 단위로 적용됩니다. 사업장별 적용 규정은 따로 없지만 사업장별 납세 원칙상 사업장별로 볼 수 있습니다. 사업자 단위로 합산한다는 반론도 있습니다.

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