부가가치세

전자세금계산서를 발급하고 국세청 전송을 늦게 했다면 가산세가 얼마인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

전자세금계산서는 발급일 다음 날까지 국세청에 전송해야 합니다. 늦었더라도 그 과세기간 확정신고기한까지 전송하면 공급가액의 0.3%, 끝내 전송하지 않으면 0.5%가 가산세입니다. 전송 가산세가 붙는 부분에는 합계표 가산세가 겹치지 않습니다.

전송 지연 가산세는 발급 자체를 하지 않은 경우보다 훨씬 가볍습니다. 다만 공급가액에 비율을 곱하므로 월합계 세금계산서처럼 금액이 큰 거래에서는 수백만원이 될 수 있습니다. 확정신고기한 전에 전송을 마치느냐가 0.3%와 0.5%를 가릅니다.

이런 상담이 많습니다

제조업을 하는 B법인은 2026. 3. 31.을 작성일로 한 월합계 전자세금계산서(공급가액 5억원)를 2026. 4. 9. 회사 전산 시스템으로 발급했습니다. 그런데 시스템 연동 오류로 국세청 전송이 되지 않았고, 거래처가 조회되지 않는다고 알려 와 2026. 5. 18.에야 전송했습니다. B법인 재무팀장은 가산세가 얼마인지, 예정신고 때 낸 세금계산서합계표에도 문제가 생기는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

전송기한은 작성일이 아니라 언제부터 따지나요?

전송기한은 전자세금계산서를 실제로 발급한 날의 다음 날입니다. 월합계 세금계산서는 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있으므로, 작성일이 3. 31.이라도 4. 9.에 발급했다면 전송기한은 4. 10.입니다.

국세청은 발급 즉시 전송해야 전송 오류로 인한 가산세를 피할 수 있다고 안내합니다. 전산 시스템이나 발급 대행업체를 통해 발급했더라도 전송 의무는 발급한 사업자에게 있으므로, 대행업체 오류라는 이유만으로 가산세가 빠지지는 않습니다.

계약 해제나 금액 변경으로 수정전자세금계산서를 발급한 경우도 전자세금계산서를 다시 발급한 것이므로 같은 기준으로 전송기한을 따집니다. 수정분은 합계표의 발급 매수에도 포함해 신고합니다. 수정 사유가 생긴 날을 작성일로 적는 경우가 많아 작성일과 발급일이 벌어지기 쉬우니 두 날짜를 모두 확인하십시오.

늦게 전송하면 가산세는 얼마인가요?

B법인은 전송기한(4. 10.)을 넘겼지만 제1기 확정신고기한(2026. 7. 27.) 전에 전송했으므로 지연전송 가산세 0.3%가 적용됩니다. 공급가액 5억원의 0.3%인 150만원입니다. 확정신고기한까지도 전송하지 않았다면 미전송 가산세 0.5%인 250만원이 됩니다.

세금계산서를 발급시기에 아예 발급하지 않았다면 상황이 다릅니다. 확정신고기한까지 늦게 발급하면 1%, 그때까지도 발급하지 않으면 2% 가산세이고, 이 경우에는 전송 가산세를 따로 매기지 않습니다. 전송 가산세와 지연발급·미전송 가산세는 의무위반 종류별로 5천만원(중소기업이 아니면 1억원) 한도가 있습니다.

세금계산서합계표 가산세도 함께 나오나요?

과세기간 또는 예정신고기간 마지막 날의 다음 달 11일까지 전송한 전자세금계산서는 합계표에 개별 명세를 적지 않아도 됩니다. 그 뒤에 전송한 것은 종이 세금계산서처럼 합계표에 거래처별로 적어야 합니다. B법인은 예정신고 때 이 세금계산서를 합계표에 개별 기재했는지부터 확인해야 합니다.

다만 지연전송이나 미전송 가산세가 적용되는 부분에는 매출처별 세금계산서합계표 가산세를 다시 매기지 않습니다. 같은 거래에 전송 가산세와 합계표 가산세(0.5%)가 겹쳐 나오지는 않는다는 뜻입니다. 고지서에 두 가산세가 함께 들어 있다면 중복 적용인지 따져 볼 수 있습니다.

거래처의 매입세액공제에도 영향이 있나요?

전송 가산세는 전자세금계산서를 발급한 공급자에게 붙는 가산세입니다. 공급받은 거래처는 세금계산서를 제대로 발급받았다면 전송 지연만을 이유로 매입세액공제가 막히지 않습니다. 다만 국세청 조회 화면에 나타나지 않으므로, 받은 세금계산서를 매입처별 세금계산서합계표에 거래처별로 적어 내야 합니다.

거래처가 합계표에 적지 않고 신고했다면 수정신고나 경정청구 때 합계표를 함께 내 공제받을 수 있습니다. 공급자 쪽에서 전송을 마치면 거래처도 조회로 확인할 수 있으므로, 전송 오류를 발견하면 거래처에 함께 알려 두는 편이 좋습니다.

정당한 사유로 가산세를 면제받을 수 있나요?

의무를 이행하지 못한 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다. 국세청 전산망 장애처럼 사업자가 통제할 수 없는 사정은 정당한 사유로 주장해 볼 수 있고, 신고·납부기한 만료일에 전산망이 멈췄다면 기한 자체가 복구 다음 날로 늦춰집니다. 반면 회사 내부 시스템 오류나 담당자 실수는 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다.

전송 오류를 늦게 알았다면 확정신고기한 전에 전송을 끝내는 것이 가장 확실한 대응입니다. 0.5%가 0.3%로 줄고, 거래처도 매입세액 공제를 위한 조회가 가능해집니다.

전자세금계산서 전송 가산세 대응 순서

• 전송 상태 확인 - 홈택스에서 발급 건별 전송 여부와 전송일을 조회합니다.
• 즉시 전송 - 미전송 건은 확정신고기한 전에 전송해 0.5%를 0.3%로 줄입니다.
• 합계표 점검 - 다음 달 11일이 지나 전송한 건이 예정·확정신고 합계표에 개별 기재되었는지 확인합니다.
• 고지 내역 대조 - 가산세 고지가 나오면 발급일·전송일 기준이 맞는지, 합계표 가산세가 중복되지 않았는지 봅니다.
• 불복 검토 - 계산 오류나 정당한 사유가 있으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발급일과 작성일, 전송일을 어떻게 증명하느냐와 지연발급 해당 여부에 따라 적용되는 가산세율이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 가산세 검토, 부가가치세 수정신고, 가산세 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 전자세금계산서는 언제까지 국세청에 전송해야 하나요?
  전자세금계산서를 발급한 날의 다음 날까지 전송해야 합니다. 작성일이 아니라 실제 발급일 기준이므로, 월합계 세금계산서를 다음 달 10일에 발급했다면 11일까지 전송하면 됩니다.
• 전송을 하루 늦게 하면 가산세가 얼마인가요?
  전송기한이 지난 뒤 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 전송하면 공급가액의 0.3%입니다. 공급가액 5억원이면 150만원입니다.
• 확정신고기한까지도 전송을 못 했으면요?
  미전송 가산세로 공급가액의 0.5%가 붙습니다. 다만 세금계산서를 발급시기에 발급하지 않은 경우라면 지연발급 1%나 미발급 2% 가산세가 적용되고 전송 가산세는 따로 붙지 않습니다.
• 전송이 늦으면 합계표 가산세도 같이 나오나요?
  지연전송이나 미전송 가산세가 적용되는 부분에는 매출처별 세금계산서합계표 가산세를 적용하지 않습니다. 다만 다음 달 11일 이후 전송한 건은 합계표에 개별 기재해야 합니다.
• 시스템 오류로 전송이 안 됐는데 가산세를 면제받을 수 있나요?
  국세청 전산망 장애처럼 사업자가 통제할 수 없는 사정은 정당한 사유로 주장해 볼 수 있습니다. 회사 내부 시스템이나 발급 대행업체 오류는 전송 의무가 발급자에게 있어 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다.
• 전송 가산세에도 한도가 있나요?
  전자세금계산서 지연전송·미전송 가산세는 의무위반 종류별로 5천만원, 중소기업이 아니면 1억원이 한도입니다. 다만 고의로 위반한 경우에는 한도가 적용되지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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